CaUC09G178120 (gene) Watermelon (USVL246-FR2) v1

Overview


Name	CaUC09G178120
Type	gene
Organism	Citrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
Description	Unknown protein
Location	Ciama_Chr09: 37319185 .. 37323778 (-)
RNA-Seq Expression	CaUC09G178120
Synteny	CaUC09G178120

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTTGGTGATGCTTTACGCCATTGATGTTGAAGGTTTGATTTTGGGAAGAGGGTTTTGTTTTTTGGTTGATAGACGAAATGGGTTTGTTTGAAAATGGTTGTTTGTTGGCTTACACTGCACTTAATTGGGTCGTGGGTGGTTGGATCGTATGCTTAATGGATCATTCCATTTATTGGTGCTCTGTTTTTACTTTTTGGGGGTTTCTTTTCCACATTAAAATATGTAAATCTTGTTTGTTTGTTTTTCAGGATTATTTGGCTTGGAGGCGTGGTCTTCGCTCCTTCAAAGCAAAGTATCTACATAATCCTTTGTTGGGATTTATTCGTAATTTCTCATGGAGGAGTTAATTGTTGGTGAATCAAGGAAACACAAGAAATAAGAAAAGCCCACTCTGCTTTCATGGACCCCAGTCATGGTCATGCGGTATGTAGCCTTTTTTTTTTTTTCTTTCCTGAAATTATATTTATCTTCTTCGTGTCCTTTTCTGGTGGCCAATGATGGTCTCTGGACGCTCAAAAAGCCTCCACCAAAGGCAATCGTTTCCTTTCTTTTATAACTATGGTAGGAGATTCAAACTTTCTGACTTTTTTTTTTTTTGTTGACTCTATGTTTACCATTCGAACTAGGCTCGTAAAGACAATAACTAAAGTCATATTGATGGAAGTTCTCTTATTTAGTATTTACCCAACGGAACCAATTTTTATGATGATCTAGTAGTTAAAATAAGAAATAAGTTAAAAAGTTTAAATGCTAGTTTGGTTCATGTAATTTGATTCATTTGTCTCTGTACTTCCAAATGTTCATTTTAAAATTTCTATACTTTAAATTTTGGTTCATTTCAGTTCTTGCATTTTCAATTTTAGTCTTTAAACTTTTAAAATTAAAATGAAATATCAAGGTGACCACGTTTTAAAAGTACAAGGATAAAAAAAAATATATATTTTGAAAGGATAAAGATCAAGATGAATAAAAGTTAGAAGTACAAGAATTACAATGAACACTCAAAATGTTTATAAACCAAAATGAACTAACACCAAAATTGACCATAGCAGTATTTAAACCTAGGACAAAATATATTTTTGGTCTCTGAAGTTTGGACCAGTTGTCTTTTTTATATGAGATGGGCAATTTTAGTTATTGAAGTTTGAAAAAGATTTTAAATAGTCACTATCCTCTTTGGACCGTTAGTTACTAACTCTGTGATGTTGTTGCTGTTAAGTTTGGTTGATTGTATTGCTGATTTGGCAAATAATTAATTAATTTTTTTGTTGACTAGACTCCCTTTCTTTCTTCTCCATTTTCTTTCTCTTCTTCTACGTTGTTATCGCCGGAAGTCCTTGTCGCCCCGTTGATAGGATTGCCACTGCCGGAGAAACACCATTGCCAATTATTTCTTTAAAATCTCTCTCACTAGTTTCCTATTTATGATTTATATGTTTATCTCTATCAATAATCTAAATTATCTCCATTTCCCAAATTCTCAATCTATCTCTCTTTGGTTCCAATTTCCCTCTCTATTTTTCAGATTTTGTATCTACCTTTCTTCATAACTCTATTTCTCTTTCTCTTTCCTTATTCTTCTATTTTTCTCCTTAGAACCCAATTTGAAATTAAAGAGTTCGTTTTTGTTGAAGAAAATCAATCCTTTTCTAGGAACAACTTTCTCCATCACACAGTTCGTTAATATGCATAGAGTGAGTCTTATTGTTTTTCGTTTTTTGATTTGTAATTTTAGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGAATAAACCCCAAGTTCTGCATTGAGGGTTTTCTTTTTCTTTATTATTATTATTTTTTTTTCTAGACCAACTTTCTACTTACAAATTTAGAACAAGGCTCATCTTCAAATTTGCAGATGTAGAAGTCTCCAGTGCTATTAGTTATCATCGAAGCATTTCTTTTGATGGCGTTACCAAACACCTTTCTTCTGACGATAGCGACAAGCAACTTCCGACGGCAGCTACTTTAACAGAGAAGGGAAGATGAAAGGAATTCTAGTCAAAAAAAAAAAATTATTATTATTATTATTATTTGCCAAATCAGCAGTACAACCAACAAAACTTAACAGCCAAGTTTGCATTTTCAAACTTCAAAGACTAAATAAATACTTAATCCAAACCTTAGGGACCAAAAATGTAGTTTGCTCTTAAACCTAAGTTAAAACGTCAAATTTCATCTTAGATAATGAATTCAAAAGAAATATATAATAGTGTAACTTTTATCGTGCTTAATAAATTTTAAAATTTTAAAATATTAATAAGTTCTTAGATGCGATAGGTTTTCATAATCAATTAAATATATTAAACTCAAAATTGAATGTCACAATCTTATAAAACACAAAATTCAATTACTTATTCCACACTTCTAAATTTTAGAATCATCAAAATTGAAAATGAATCTCATGTAACTTCAAAAGCTCTAGAACAAAATTTGGAGTTTAACTTTAAAGACATTTTAGAAAAAAAATCAATGTTAACCATAAACTTGTTTGGTTGTATCAATTTGAACCTTAAACTTTCAATTTTATCAAGTTTGACACTTACTTTAACAAATGTTGCAAGTTTTACCCTTGGTTCAATTTTCATTAATTCAACCATTAATTAATTTTAATAGAAAACAATTTTCATAAACTTATTAATTTCAATGAAATAAAGTTTTTCACAATAATAAGGTTAACCAATCCACTAATTAACTATTGAACAATTTTGCCTAAATTCATGAATTTTCAACAAAAAGGAAAAAAAAACTTTTAATATCATTTGTCTGTAAAGCTTTGTAAATTTTATATCGTACATATGTTTTATGATTTCTTGGATATATAAGTGAACTTTTTTATTTTTTTTGTAACTATGTTTGGAGGAAGAACTTTGAGTTAAAATTGTAACAATTTTAGGTCAAAGTTAAGATTTTGAAACGCATCTAAGTTTAATGCGCAAGTGATACACGTTAGATGAAAATTGAATTTTTCCCAAAATTATTTTGATTTCAATGACTTGTTTTGAGAATTATACATCTGATTTTGGAATGGCTTTGAATTAAAGTGTACACCTGGATTAGCTTACCTTACTTTCCCCCCCTCCTCTATGCTTTCCATAAGAAAAGGAAAGTAGATTAAGTTACAGAAGAGTGTTGGAGACTTGATCGGCAATAAATTAAAATTATTATTATTATTTAGCCATCATATGAGAGAATTAGAATAGTAAATATTAGGAATGGGAACGAAAATTGACATTTCTTTGATGTCAGTTTAATCATAATGGTTTGCTATTGGAATTACGTTAATATTCCTATTGCTTATTATTTGTATTAGGAAAATTAAACAAACATATAACTACAATTATCTAAATACCCCTTAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAGCTAGGACAACTTTTTTTTAAAAGGAAGAGCAATTATGTGGGGAGGACATCATTTGATTTTAAATGTTATATTATTTAAAAATTATGGGTAGAGTAGAAGAGATAGGATGAAAATGATTTAAAATAGCTTGTGATCAGGTCCATAGAATAGGGAGAAAGAGAAAGAGATTAAAGAGAATTTTTACCCTTATTGCTCCCTGTGATTTTAATGGATTAAATTAAAGTCATCCCTACAATATTGTTCTTATACGTTGGTTTTTCTTTCTTATTTCGTGTTGGTGTGCCTCCTAACTCTTTGACGATGCACAAAGGACAATATTATATCATCTAGTGATTTAAGAACTCTCATTGAAGATGCACAAGGGACAATATGGATAGTTAACATGTTACTAGTATACTATGACAATAACAAAGACTCATTCTCCATTATTTTTTTTTTTTAAAAATAGAGCAAAGGACATTAACATTCAAAATTTAGTGGTAGGATATAAAGTATGTTTGGGCTAAGGAGTTGGTGGAATAGGAGTTTAGGAGAGTCTACTCTTTGTTTGACTCAAAGACTAAATATCATCGATTTTATAACTTATTAACTTCTTACACAGTGGGTTCTAAGAGTTGACTTTATAACTTCATTTTTTTTTTCGTCGTAGAGGTCTATTAGAGACGTGTGTTTTGAAGAAAGGTATGAGAAAGTGGGACATGGGAAGCAGAGGAATCCTAAGGAATCTAGTTTTGAGTTGAAGAATCCCCAAATTGCCAAGATTAGAAGCAACTTCCAAAGGGAATAGCCAACACACTCATCCTTTCCTTGTTATTCAAAAGATAAAAGAAACCCATTTAATATGCTTATGGAGAGGTCAGGGTTACTGGATGGCCCCATTCCATTTTATGATTTGAAATCTCAAATCTCATCCATGCACTTGTCCCTTCTTAGCTTTCTGTCCTCTTCTATTGTATCAAATCAAAAAGACAACACTGTGACCAACTTTGAAGGATGTGTTCTTATCATTTTCTGTACGTGTCTTCTTATCATTATTCCACTATTTATGATCTTATAAATGAAGGCCATAAAAGGGAATAAGAGAAGGGAAGGCTCCAATAATTCCTTTCAATTAAAAGTCTCTGTTTTGGTACTTTGTTAGATCAGCTACTTATTCTAAAGTTGAAAAACTTCAAACTTACAAACTTATTCTTTCA

mRNA sequence

ATGTTGGTGATGCTTTACGCCATTGATGTTGAAGGTTTGATTTTGGGAAGAGGGTTTTGTTTTTTGGTTGATAGACGAAATGGGATTATTTGGCTTGGAGGCGTGGTCTTCGCTCCTTCAAAGCAAAGTATCTACATAATCCTTTGTTGGGATTTATTCAGGTCTATTAGAGACGTGTGTTTTGAAGAAAGGTATGAGAAAGTGGGACATGGGAAGCAGAGGAATCCTAAGGAATCTAGTTTTGAGTTGAAGAATCCCCAAATTGCCAAGATTAGAAGCAACTTCCAAAGGGAATAGCCAACACACTCATCCTTTCCTTGTTATTCAAAAGATAAAAGAAACCCATTTAATATGCTTATGGAGAGGTCAGGGTTACTGGATGGCCCCATTCCATTTTATGATTTGAAATCTCAAATCTCATCCATGCACTTGTCCCTTCTTAGCTTTCTGTCCTCTTCTATTGTATCAAATCAAAAAGACAACACTGTGACCAACTTTGAAGGATGTGTTCTTATCATTTTCTGTACGTGTCTTCTTATCATTATTCCACTATTTATGATCTTATAAATGAAGGCCATAAAAGGGAATAAGAGAAGGGAAGGCTCCAATAATTCCTTTCAATTAAAAGTCTCTGTTTTGGTACTTTGTTAGATCAGCTACTTATTCTAAAGTTGAAAAACTTCAAACTTACAAACTTATTCTTTCA

Coding sequence (CDS)

ATGTTGGTGATGCTTTACGCCATTGATGTTGAAGGTTTGATTTTGGGAAGAGGGTTTTGTTTTTTGGTTGATAGACGAAATGGGATTATTTGGCTTGGAGGCGTGGTCTTCGCTCCTTCAAAGCAAAGTATCTACATAATCCTTTGTTGGGATTTATTCAGGTCTATTAGAGACGTGTGTTTTGAAGAAAGGTATGAGAAAGTGGGACATGGGAAGCAGAGGAATCCTAAGGAATCTAGTTTTGAGTTGAAGAATCCCCAAATTGCCAAGATTAGAAGCAACTTCCAAAGGGAATAG

Protein sequence

MLVMLYAIDVEGLILGRGFCFLVDRRNGIIWLGGVVFAPSKQSIYIILCWDLFRSIRDVCFEERYEKVGHGKQRNPKESSFELKNPQIAKIRSNFQRE

Homology

[Close]

BLAST of CaUC09G178120 vs. NCBI nr
Match: KAG7037301.1 (hypothetical protein SDJN02_00926, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 55.8 bits (133), Expect = 2.4e-04
Identity = 39/77 (50.65%), Postives = 42/77 (54.55%), Query Frame = 0


Query: 1   MLVMLYAIDVEGLILGRGFCFLVDRRNGIIWLGGVVFAPSKQSIYIILCWDLFRSIRDVC 60
           MLV+LY IDVEGLI GRG           IWL GVVFAPSKQSIY      L   IR+  
Sbjct: 63  MLVVLYDIDVEGLIFGRG-----------IWLRGVVFAPSKQSIYFN---PLLGFIRNFA 122

Query: 61  FEERYEKVGHGKQRNPK 78
           +  R   V  G  RN K
Sbjct: 123 WRSRL-LVNQGSTRNKK 124

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CaUC09G178120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG7037301.1	2.4e-04	50.65	hypothetical protein SDJN02_00926, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro...	[more]

BLAST of CaUC09G178120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CaUC09G178120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CaUC09G178120 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CaUC09G178120.1	CaUC09G178120.1	mRNA