Cucsat.G13186.T1 (mRNA) Cucumber (B10) v3
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTCCATTTTTGGTCAACATTTTTTCTCGATATTTTGACGAACTCTACAAACCAGCTTTTTTGAGCTTCCTCCACTTATCACCCTTCTTCTAAACCATCTTTTTTGCTGGTGAATTAGGGAATCTCCTGCCCACTCTGAAAAGCCCCCAACTTTCCCACTCTTTCTTGCTTTCAATCTCCTTCTATTTTTCTTCAATCTTCTTCTTCTTCTCTGTTTCATCATCCCCTTGTTGCGAAGCAACACAGAGAGCCAGAAAGAATCTGCGACATATCAGCAATCTTCTTCTCCATTGTTCAAATTTGTCCTCCCCGAGGTTTCGTTCGGGAAAGAAAATCGTTAAGAGTGGTGTTCCTTAATCAATATATGCCAGGTATTCGAAATTTCTAATGGGGTTTTTTCTTTTTCTTCAAATCTAGATCCATCCTCTACATAGCGACGGGGAATAGCTGACCGGGATGTGGAACCCTAACGTTGTTATATCGTAAATTCTTGAACTGGGTATCGGGTGAAATTGTTTTTTTCTTTTTGTTGACAATGATAGTCATGCCTGCTAATATTGGGAAGGCAGCTTCAATGAAAATTCGTTTTTGTTTACAATTTAAATTCTTAGTATTTTTAGAGCTTACGTAACTACAATGAACTGCAATTTTTTTTTTGAACTCTCTTGCAGGGTAATGTAACAAAATTATCGCTACGGGATGAACAACGAGGTTTTTGAAGCACAGGTATTGGCTGAGAAGTTATCCAAGCTCAACAATTCTCAGCAGAGCATCGAGTGTATCCTTTCTCTAATTATTATCTTTTATTTATTTCCTTTTTTTTAAAAAAATAATGCATTGCACGTTCTATAACACACCTGCCATTTACAGTTTTTGTTTGGATACCTTTTCCGCCTATGTTACTGTGTTTATAATCATGGATGTCAAAAAGCAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAAAAAGCAATGTAATGGTTTTTATCATTTACTAATCATGTATGTACAAATTCTCTCATTGTGCCACTTATTACCTTGGAAGTAACTAGATATGTTACGAGGGTGGTGATTATCTATCAATACTCGATTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACATTAATCATTTATATTAATTGAGGTATTGGGGTCTCACTCCTTGCTCATGGCTTATCCCACTGATCCTTGGGAGGCTTGCCCACCCCAATGGTTGCTTCAAGAGGCAAGGGGGGACCTTGGGAGGTGGCTTAGTAGAACCCTGACAAGTCAGCATTGATGATCAGAGTTGGTCACAGCTTACGTTTTAGGATTCTTTATTGCCTTGGAACACCTATGGATTAGGTTTTAACATGGGCTACAAGCCTACAAACCTCTAGAAAGCTGGTGATAACACAAACGCCCAAGTCCAATTTACCTTTCACAATTTGTTGTGTTCAAACTTTTCTCGACTATTATGGTTTTGGTAGGTACTCTATTTACCCAAATCAGTCAATCTCCTAGATTCATTCAACTGCTTGCAACTCAAGAGCATGCTACATACATACAAATTTTGGTAGGCGTCGCTTTTGCACACTAATTGATACTAACAATAAGGACTGTAGTAAGTATAATTCATAGTTTAGATAATTGCATCAGTTCAAATAGTGGACCAGTACGGATTTAGGGAGAGTGGACAAGTATGGCCTTATTTTTCTTCATTCTTTTCTCAATGAAAGTTGTTTCAATAAAAAATCAGGCATAGAGATTAATTAAAGTTCCATCCTATATATCCACTCACTAAACATCACTAACTTTCATACATTGTTTTATTCCAAAGAGTGTTGATCGATTCAAATAAGCTTGCCTCAAGGTTTCCTGTTTTTTTTCCTAAGCCTTTTGTTGATTTTTCATAACGAGATACGCGTCTAATTGAAATGCACTAATTTACCTTTTGTAATTTTAATTTATGTATTAGCACTTTTTATTGTTTTTTTGTTTTTACTTCCTTGTGGAGTTTGCATCCTTTGAGTGTTAGCCTTTTTCCAATACATCCATGAAAATTTCCATTTATTGTTAAAGAAAAGAGTTGATGCTTGAAGGGTGGCTCTAGGTCATGAAGCAGCCTTATGCATTGTCTTTGTAGCATCGACGGATGTAGTATAGGTCTGGGGTTCAACCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAACTTTATGCTCTTTATAATATATATATAAAACTGAAGTAATACCAATATCCGAAGCCAGCCTAGTGGTGAAATTGTCTCTCAGCCTTCTTAGACCTAGGGCATGCACAGAATACAAGGGATGAGGACCAGAGGTCTTTGCGCCATGTGTGCAACTAGGTTGAGTAATTTCAATTAAGCACTTGCCCTGCTGTGCCTTTGATTGCCTCCGCCAAGGTGTGTGCGTTATTAAATAACCCTTAATAGTTTTTTAAATAAATATGCTTATAACGTTATAACCCACCGTCTAAAGCCACGAAAAAGGCCCATCAAAGCCACACAACCTAAACATTTGTTTCTTTAGTCTATTGTGATCATGCAAATCAAACTAACTACGTGGAAAAGTTTCAATGTGAAAAATATTAGGTGCACTATGAGAGTTAAATAAGAAGTCAAATTTATCTAATGTCATGTTCAAAGCATAAATGGAGAAGTCTTTTGCAATGCCTTTGGATATAGCGTATAGGGGGAAAGGTGACAAGCTCTTTGATCACAATCGATCAAATTCTTTCAGAGCCAAATTAAAGGTTTCGATGCGGGGGAATGAAGATCCTCATATTTGTCCCATGTTGATGACTGTATTCTGATTTCTTCCCATCAGAAAAATGATGTTGAGAATCTATTTAAGTATATTCAACTTATGGAGGAAGCATCTAGATTAAATATTGACTGATACAAGTCTGAAATTGGGTATTAATTGTGACAACAACTGAGTATCTCACTTAGCAAATCACTTTAGATGCAAGGGGAGCTCAAGGGCTGCAATCTGCTTGGGTTTTCTCATAAACAATAACCCATCCTCCTTATATTTTTTGCAACTTATTATGGAAAAGACAGACAAAAATCTTCAATCATGGCAAAGCAACTTCTATCCAAGGGAGGTAGCTTACCTTTGACAAATGCCACCCTAACCAATCTTCCTGCCTACATTTCCCCCTTCATTTGCCTTCCAAAGTGGTTGCTCTCATTCAACTCTTGCAATTTCGTATAGTGTAGGAATAGGAGCATGAAGCTCTTATATCTTCTGAAGTGGAACAAGTTAAAAAAAGAAACTGGAAAGGGGGACTTGACATTATTGATTTGAAGCTTCAGAACAACGCTGTCATCTGGAATATGTGTTCCACTTGAGCTATGTGTTCAATTGGAGTGTCTTTAATTCTTATTCAGAATTTAGTCTTTCTGATGTAATTTGATTCTAGCCTTGTATTGGCAAGTTTGATATTTTTATTTTGTTTCCTTTCATGTAATTTGAGCTTTAGACTCTTTCATTATATCAATGAATGATCTTGTTTCTGTTTAAAAAAAACATTTAGAACAAAGCTCTCTTAACCAAATGGATTTGGAGCTTCTCATGTGAAAAAATGCTTTATGGAGAAAAGTGTCCATTGCTAAATTTAGCACCACCTCTTTCAATTTAAAATTGGGAAACCTTTTTAGGGTATTCCCCAAAAGTTCATGGAAGTTTATCCATAGGCATTGAGATCTTGTTTAGAAAAGCGTTGTGATCTTTAAAGCCTTTACATGTTATTGTTTGCTTTTGGGAAGATAATTGGGTAGGAGACAACCCTTTAGGTGTTTGTTTTCTAGAATAATATGTAGTCTCCTTAAAGAAAAAATCAGCTGTTGTAGATTGTTGGGACAATGTTAATCAGACATGAAATTTAGGCCTTGGAAGAGGGATATTTGATTGGGAACTTTAGCATCAAGTGAGTTTATTAGAAGAATTGGTTTCTTTAGAACGAGAGATGGAGCAAATGAAATCAAATGGAACCTAAACCTGTTCGCTCTAGCAAATTTACTTTCCTCCACACTTTGAAAACAAAGTATAAATAACAGCCCCTTGACCAATTTTATTAGGAATTAGAGCTCCCAAGGACCATTTGCTTTGGACATTTTCCCAATATTGGCCTCTCTTCACCTAGGTGTGCATCTTAGTTTAAGGACCTAAGAGTCCCTTGACCAATCATTTTTGTAACTATACTCTTAGTCTTCTTTTACTTGATTGAAATTTGAAGCTCTTTTACTGGTTCCTTTTTGTAATCTCGTGTATTCTTTCATTTTTCTCTCAATGAAAGTGTGAATTTTTTTTATTACAATTATTTTAATATCAACATATGTACACACACATCTCCTCGGTGATGTTCAAACCCGAATATATTCTTTTGTAATTATAGCCTTTACATAATAAATGAGTGGTTGGTTGTTGAAGCTCGAATTTGTTGAGGCTGGTCGAGGCTATTGATTGTATGGATTGAAACCTCCTTGAAGAAGTGCTTTGGTTTAAAGGCTTTCATTGGCAATGGATTCGATGGATTATGGGTTGAATTTGAAGCTTTAAATATTTAGTTTTTATTAATGGGCATCCTTGTGGAGAAACCTTGGCTACATGGTGGTTGAGGCAAGTTGATCCACTTCATTCATTTCTTTTTCTAATTGAAAGTGAGGTTTTTGGTTTTTTACTGGATATTGTTTATTTCAAAAGGGCTGATAAACAATTTAGCTTTGGAAAAGAAAAAATATGTTTCTGTCCTTCAATTATCTGATGGTACATTGGCCGAAGGAGTTTATTGTCAAAGAAGTTGAAATGGAGAAGGGAGATTGGGTTTGCCCGCAATGTACACTCATGAACTTTGCAAGTAACAAGAAATGTTTGCACTGTAGAGAACTTCGTCCAAAGAGAGAATTGAATCAAGGAGAATGAATGGGAATGCCCTCGTGTGCTTTTGAATTTCAGAGGAGACATGAGCTGGTGCAAGTGCAATGTTGAACGTCCTAAACAAGAAA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BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9CSU0 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B OS=Mus musculus OX=10090 GN=Rprd1b PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 102.1 bits (253), Expect = 2.1e-20 Identity = 90/283 (31.80%), Postives = 134/283 (47.35%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9NQG5 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1B PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 101.3 bits (251), Expect = 3.6e-20 Identity = 86/276 (31.16%), Postives = 136/276 (49.28%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0P5J9 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Bos taurus OX=9913 GN=RPRD1A PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 89.0 bits (219), Expect = 1.8e-16 Identity = 81/294 (27.55%), Postives = 141/294 (47.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96P16 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1A PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 89.0 bits (219), Expect = 1.8e-16 Identity = 81/294 (27.55%), Postives = 141/294 (47.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5R8Y3 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Pongo abelii OX=9601 GN=RPRD1A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 89.0 bits (219), Expect = 1.8e-16 Identity = 81/294 (27.55%), Postives = 141/294 (47.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. NCBI nr
Match: XP_004136608.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B [Cucumis sativus] >XP_031739391.1 regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B [Cucumis sativus] >KAE8651160.1 hypothetical protein Csa_001803 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1003 bits (2592), Expect = 0.0 Identity = 533/534 (99.81%), Postives = 534/534 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. NCBI nr
Match: XP_008443180.1 (PREDICTED: regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 977 bits (2525), Expect = 0.0 Identity = 519/534 (97.19%), Postives = 524/534 (98.13%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. NCBI nr
Match: XP_038904543.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 936 bits (2419), Expect = 0.0 Identity = 498/535 (93.08%), Postives = 511/535 (95.51%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. NCBI nr
Match: KAG7027736.1 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 877 bits (2267), Expect = 0.0 Identity = 478/545 (87.71%), Postives = 501/545 (91.93%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. NCBI nr
Match: XP_022152017.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Momordica charantia] >XP_022152018.1 regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 877 bits (2265), Expect = 0.0 Identity = 471/534 (88.20%), Postives = 492/534 (92.13%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B7H0 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103486842 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 977 bits (2525), Expect = 0.0 Identity = 519/534 (97.19%), Postives = 524/534 (98.13%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DF20 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111019832 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 877 bits (2265), Expect = 0.0 Identity = 471/534 (88.20%), Postives = 492/534 (92.13%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F335 (UPF0400 protein C337.03-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111441698 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 869 bits (2245), Expect = 1.27e-314 Identity = 468/537 (87.15%), Postives = 493/537 (91.81%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FGC3 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111445436 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 863 bits (2231), Expect = 1.22e-312 Identity = 470/535 (87.85%), Postives = 492/535 (91.96%), Query Frame = 0
BLAST of Cucsat.G13186.T1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I2G4 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470291 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 863 bits (2230), Expect = 1.87e-312 Identity = 472/537 (87.90%), Postives = 495/537 (92.18%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (B10) v3
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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