CcUC10G187500.1 (mRNA) Watermelon (PI 537277) v1

Overview


Name	CcUC10G187500.1
Type	mRNA
Organism	Citrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
Description	Unknown protein
Location	CicolChr10: 1543160 .. 1545410 (+)
Sequence length	777
RNA-Seq Expression	CcUC10G187500.1
Synteny	CcUC10G187500.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTTGGGGCCTTCAAGTGTTGAATCTACAACAAAAGAAGTTTGTATATACTGGTAATTAACCACCGTGTGTTGGTGCACACCTACTATACATTTTTGTATTCATATCATATACAATGTATATGTATGAATGTTCGAGAAGTTGAGAAGGGATTTTTGAACAACATTACAATCATATAGATTTTTTGCACTATAATAAAGAGACCCATTGCATGTCTATTTTTTGGAAAAGTATTAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAATGAAAAGCAATAATATCCATGAGGTCTCCCAACTCCTATGGGGTGTCATGTACATTTATGTCACATGTATATATACGATTTAAATCTAGATTTGACTAGTCAAAGTCAACCTTTCCCTTTTCCTTACATTAAAATCTTCCAAAAATTTTAAATCTTTTATCAAATAAAATGCTAATAAACCAATTATCTTTCCAAATTACTTCAATTTGGGTTCTAAAAGTTTAAAATTAAAGGATAATAAAACCAAATAATTTGAAATAACTATTTTTCTCATCAAATCTATTTAATCCAAAATACTTAATCATCATATCCAAAATTAACTCCCATCAAACATGGGGCGTTATAAATATTCTCATAGATTTTAATAATAACTTTTCTTATTAAAATAACTTTCTGCTATATATATATTCGGGTAGTAATCGAGAAGAATATGCCATTTGGAATTATATTAAATATGTTAGGGTTAGTATACTCCAAATTTTGATTGATTGATTTATTTTTTATTTATTTTGTAGTAATCAAGAAGAATATGCCGTCTCGAATTTTATTAAATATGATTGGGTAAGTATATTCCATAGATTTTGTAAACAAAATAATGAGTATTCTAATTAGTTTAACAAATTTTTACTTTGTTTTAATTTGAATAATATAATTATCTCGATATACATGAAGGCCTCAAATGTGAGAATCTCTCTTACAAAACTTTCAAACGACTAGTATACAGATGCATATTCGAACTAATTTAGCGAACAATTATAGCACAATCTCATATGTTGAGATATACACTTTGCTTGCAAAGAAAATTTGTCAACACCCCACACAAGACATATATTCATTAAATGAGCTTAATTTAAGAGTGTGTTTGGAATACATTTTTAAATGTTTAATTTAAAAAATAAGTCATTTTAGACTAAATTTGAGTATTTGACAACTATTTAAAATAGTTTTTTAAGTATATTTTAAACCATTTGTATTTAAAATGATTGCAATTATTGTGTGTGCTTAATAGCTGGAATTGTTGATGTAGCTTTCTGATTTTGTTTCCATCTCTTTTGTTTATGTTAGTGTATTTAATATTAGATGTAATAGATTTCGCTTATGTTATTTAGATATTATTTAGTTTAAGTTTATTTTGGATGTAAAAGCTCAATGGACCCATTTTAATCCTTGTATTTAAGTTCGGTTTCATTTAATTGCATGTTGAAAAACTCTAATGGCATTTTTCTTTAAAATCTTCTTTATTTCTTCAAAGTTGCACAGGTGATGTTAGAAGAAGTCTGAATGTTGTTGGTAATGAAGCAGCCGAGAGAGGCCGAAGATTTTGTCTGTATTGGGTTTCGTGTAATAATTTCCCCTTTTAGGCCCATTCCCTTATTTCTAAGGATGTAATCTCAAATCCCTTTCTAAAAGGAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTTTGATCCTTATTTCTATTAAAACAATTTGATAAAATTAATTATTTAGAATAAAATTGAAAATGCTGAAGTAAATTAGATTTTATTTTATTTTAATTATAGATTTTTTTAAAAAAAATTTCTTATCTATATTTTCCTTCTCAATATTTTTTCTTTTTTATCTTTCATTTGTTTGGTCTGTTGGTGTCTACTTAATGTTTCATTTACCTTTTTAAAATTGTATTAATTATTTAATGAAATACACAAAAATAACTTGGTATCACAACCTCATTCAACTCTCTAGTGATATTGCTTGACCTCTTCCTTCATGGATTAGATGTTGACGGACTTAGATCCACACAGTCCCGTCGTTGTTATTACAAGTCTCGATTCGCCCATCCTTTGCTTCATTTTCGCACACGCCTTTGTCAGACGTCTCACTGAAGTCAAATAGTTGTGTCTAGATCCCGTGTGATCCTCTGCCCAGCTGCATGTTGTCTCCCTTCCTCCACTCCTGCCCATCCATGCATTCATGTGTGTTTATAGCCACTTCCCGTCGCGAATACCTTGTTTGA

mRNA sequence

ATGTTGGGGCCTTCAAGTGTTGAATCTACAACAAAAGAAGTTTGTATATACTGTAATCAAGAAGAATATGCCGTCTCGAATTTTATTAAATATGATTGGGTAAAAAATTTGTCAACACCCCACACAAGACATATATTCATTAAATGAGCTTAATTTAAGAGTGTGTTTGGAATACATTTTTAAATGTTTAATTTAAAAAATAAGTCATTTTAGACTAAATTTGAGTATTTGACAACTATTTAAAATAGTTTTTTAAGTATATTTTAAACCATTTGTATTTAAAATGATTGCAATTATTGTGTGTGCTTAATAGCTGGAATTGTTGATGTAGCTTTCTGATTTTGTTTCCATCTCTTTTGTTTATGTTAGTGTATTTAATATTAGATGTAATAGATTTCGCTTATGTTATTTAGATATTATTTAGTTTAAGTTTATTTTGGATGTAAAAGCTCAATGGACCCATTTTAATCCTTGTATTTAAGTTCGGTTTCATTTAATTGCATGTTGAAAAACTCTAATGGCATTTTTCTTTAAAATCTTCTTTATTTCTTCAAAGTTGCACAGGTGATGTTAGAAGAAGTCTGAATGTTGTTGGTAATGAAGCAGCCGAGAGAGGCCGAAGATTTTGTCTGTATTGGGTTTCGTGTAATAATTTCCCCTTTTAGGCCCATTCCCTTATTTCTAAGGATCTGCATGTTGTCTCCCTTCCTCCACTCCTGCCCATCCATGCATTCATGTGTGTTTATAGCCACTTCCCGTCGCGAATACCTTGTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTTGGGGCCTTCAAGTGTTGAATCTACAACAAAAGAAGTTTGTATATACTGTAATCAAGAAGAATATGCCGTCTCGAATTTTATTAAATATGATTGGGTAAAAAATTTGTCAACACCCCACACAAGACATATATTCATTAAATGA

Protein sequence

MLGPSSVESTTKEVCIYCNQEEYAVSNFIKYDWVKNLSTPHTRHIFIK

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CcUC10G187500.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CcUC10G187500.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CcUC10G187500.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CcUC10G187500.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC10G187500	CcUC10G187500	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC10G187500.1-exon	CcUC10G187500.1-exon-CicolChr10:1543160..1543212	exon
CcUC10G187500.1-exon	CcUC10G187500.1-exon-CicolChr10:1543936..1543985	exon
CcUC10G187500.1-exon	CcUC10G187500.1-exon-CicolChr10:1544220..1544805	exon
CcUC10G187500.1-exon	CcUC10G187500.1-exon-CicolChr10:1545323..1545410	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC10G187500.1-cds	CcUC10G187500.1-cds-CicolChr10:1543160..1543212	CDS
CcUC10G187500.1-cds	CcUC10G187500.1-cds-CicolChr10:1543936..1543985	CDS
CcUC10G187500.1-cds	CcUC10G187500.1-cds-CicolChr10:1544220..1544263	CDS

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC10G187500.1-three_prime_utr	CcUC10G187500.1-three_prime_utr-CicolChr10:1544264..1544805	three_prime_UTR
CcUC10G187500.1-three_prime_utr	CcUC10G187500.1-three_prime_utr-CicolChr10:1545323..1545410	three_prime_UTR

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CcUC10G187500.1	CcUC10G187500.1-protein	polypeptide