Lcy11g014520 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview
NameLcy11g014520
Typegene
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRetrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
LocationChr11: 29566140 .. 29592451 (-)
RNA-Seq ExpressionLcy11g014520
SyntenyLcy11g014520
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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CTGTGACTCAACTCCGACATACATTATTCATGCATGCAACCTATAACCCTATAGTTGTTATAAGCGACCATCCCCTATAACAGCGAATACACTCTTTCAAGCCTTTTCTCCTATATCACCTTTACGAGAACCGATATTGTTTGACCCTTTTAGTACCAAACTCACATAGCATGAAAAGTCTAAGTGATCAAGTTAAACTCAGCAAGATTATAATGATAATCAATAAAGGATGATATGCAATAAATAGAACTTAGGTAAATAAACAACTTTCAAGCCATTTAATCCATAAGGGAATTCACTATATCGAACCCCTCAATGGAATTTAGCTACGCATGGTGGATAATAATGCAAACAAATAACTTTCCATTGAATAAATAAATGATAAGTACAAGAAATAATAGAAAGAAATAAGTGCTAGAAAAATATGGTACAGTAGCTAAAACTAGGGTTTTTTCAATTTATCAAATCCCTCCAGAGTTCTCATGACACTCTACACTCCCTTTACAAGGTGGAAACAGGGTGAAATCTCTACAAACGCAAAGGTTTGGTGTCTAACTAAGGTTAGAAGTTCGTCTTCTAGTAAGGACCTTGGACATCTCTACTTGGGTTCTGTCACTATCCTCTTCTTCTCAGTGAGTTCTGCCTAAATTTTCCTTCGAATCATGGCCTTTTATATCGTGGGGAGTGGTTGAGGAGTCATGAAAATGGTGTTTGCAGATAGCCTAGTCAGTTTCGGAGTCAAATAAGTCGGTTAGGTGCATGGAAAGCTCATTCAAATTGACCCGCGACGGACTCGGACTTGTCTATTTCTGCCATGAAATGCGGTTGCTTTTCATTTTGCATTGGCAGAAATGTGGTCGCATTTGTGCTGTTTGCCCTGTTTTTCTTTGTTTTTCTACTGCACACAAAATTGAGTCAAATTCTTGACAAAATAAGTCCAATTTAGCATAAATGCATACAATTTGACACACATAACTCTCAAAGACCTAACTTATCAACTTTAACACTTTTTAAGCTCGGGAATAGTGATGTTGATCTAAAACATACAAGTTTCACAAGAAATAAGCTAAGAATAAGGGGCAAAACCGGCATATTTTTGGCACTTATCAATAAACAAGTAAATGAAAACATATAAACTCTATGAGATAAACGGGGGAATTCAAATAGTATCAACTTTAAGTAGTAGATTGCACCCACCTATGCGCTCGCAATTTACTCAGGCACTACAAAGGGCTACAGAGTACTATCTACCCACATAGACATGGTGCAGATAACATCCCACAGTTGCGCCCGCAATTACCTTGACCTCTAG

mRNA sequence

ATGTATGCTTTGATGGCCACCCCTGACTTGAATCACGACAACAATTGGTACCCTTATTCGGGGGCAACAAATCACTTAACCCACAATTTCAACAATCTGTCCGTTGGCTCTGAATATGGTGGTATGTATCAGGTTCATGTTGGGAATGGAGCAGGCACTACAAAGGGCTACAGAGTACTATCTACCCACATAGACATGGTGCAGATAACATCCCACAGTTGCGCCCGCAATTACCTTGACCTCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTATGCTTTGATGGCCACCCCTGACTTGAATCACGACAACAATTGGTACCCTTATTCGGGGGCAACAAATCACTTAACCCACAATTTCAACAATCTGTCCGTTGGCTCTGAATATGGTGGTATGTATCAGGTTCATGTTGGGAATGGAGCAGGCACTACAAAGGGCTACAGAGTACTATCTACCCACATAGACATGGTGCAGATAACATCCCACAGTTGCGCCCGCAATTACCTTGACCTCTAG

Protein sequence

MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAGTTKGYRVLSTHIDMVQITSHSCARNYLDL
Homology
[Close]
BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7VFQ6 (Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold418G00150 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 77.4 bits (189), Expect = 3.0e-11
Identity = 35/52 (67.31%), Postives = 43/52 (82.69%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
          M A++ATPDLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 42 MSAMVATPDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSTGSEYGGGNQIYAANGSG 93

[Close]
BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3D5W5 (Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold204G001320 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 2.0e-10
Identity = 34/53 (64.15%), Postives = 43/53 (81.13%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAGT 54
          M A++ATPDLN D+NWY  SGATNHLTH+ +NLS GSEYGG  Q++  NG+G+
Sbjct: 42 MSAMVATPDLNIDSNWYTDSGATNHLTHSLSNLSTGSEYGGGNQIYAANGSGS 94

[Close]
BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U233 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold264G00060 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 7.5e-10
Identity = 33/52 (63.46%), Postives = 42/52 (80.77%), Query Frame = 0 

Query: 1   MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
           M A++A  DLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS+GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 333 MSAMVAALDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSIGSEYGGGNQIYAANGSG 384

[Close]
BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CH97 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold25G00040 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 7.5e-10
Identity = 33/52 (63.46%), Postives = 42/52 (80.77%), Query Frame = 0 

Query: 1   MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
           M A++A  DLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS+GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 333 MSAMVAALDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSIGSEYGGGNQIYAANGSG 384

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BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1D2M1 (uncharacterized protein LOC111016442 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111016442 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 7.5e-10
Identity = 36/51 (70.59%), Postives = 38/51 (74.51%), Query Frame = 0 

Query: 1   MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGA 52
           M AL+ T  LNHD NWYP  GATNHLTHNFNNL VG+EY    QV VGNGA
Sbjct: 91  MSALLTTLHLNHDTNWYPDLGATNHLTHNFNNLVVGTEYLDSNQVQVGNGA 141

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BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match: KAA0067212.1 (retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 77.4 bits (189), Expect = 6.3e-11
Identity = 35/52 (67.31%), Postives = 43/52 (82.69%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
          M A++ATPDLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 42 MSAMVATPDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSTGSEYGGGNQIYAANGSG 93

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BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match: TYK18916.1 (retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 4.1e-10
Identity = 34/53 (64.15%), Postives = 43/53 (81.13%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAGT 54
          M A++ATPDLN D+NWY  SGATNHLTH+ +NLS GSEYGG  Q++  NG+G+
Sbjct: 42 MSAMVATPDLNIDSNWYTDSGATNHLTHSLSNLSTGSEYGGGNQIYAANGSGS 94

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BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match: KAE8647228.1 (hypothetical protein Csa_018955 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 1.5e-09
Identity = 35/64 (54.69%), Postives = 47/64 (73.44%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG---TTKGY 60
          M A++A PD+N D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS G++Y G  Q++  NG+G   + KGY
Sbjct: 1  MAAMIAAPDMNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSTGADYNGGNQIYAVNGSGYSSSHKGY 60

Query: 61 RVLS 62
            LS
Sbjct: 61 NCLS 64

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BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match: KAA0048297.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 1.5e-09
Identity = 33/52 (63.46%), Postives = 42/52 (80.77%), Query Frame = 0 

Query: 1   MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
           M A++A  DLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS+GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 333 MSAMVAALDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSIGSEYGGGNQIYAANGSG 384

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BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match: TYK10642.1 (Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 1.5e-09
Identity = 33/52 (63.46%), Postives = 42/52 (80.77%), Query Frame = 0 

Query: 1   MYALMATPDLNHDNNWYPYSGATNHLTHNFNNLSVGSEYGGMYQVHVGNGAG 53
           M A++A  DLN D+NWYP SGATNHLTH+ +NLS+GSEYGG  Q++  NG+G
Sbjct: 333 MSAMVAALDLNIDSNWYPDSGATNHLTHSLSNLSIGSEYGGGNQIYAANGSG 384

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lcy11g014520 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lcy11g014520 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7VFQ63.0e-1167.31Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass OS=Cucumis melo var. makuw... [more]
A0A5D3D5W52.0e-1064.15Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass OS=Cucumis melo var. makuw... [more]
A0A5A7U2337.5e-1063.46Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var.... [more]
A0A5D3CH977.5e-1063.46Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 OS=Cucumis melo var.... [more]
A0A6J1D2M17.5e-1070.59uncharacterized protein LOC111016442 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111016... [more]
BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0067212.16.3e-1167.31retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK18916.14.1e-1064.15retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAE8647228.11.5e-0954.69hypothetical protein Csa_018955 [Cucumis sativus][more]
KAA0048297.11.5e-0963.46Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
TYK10642.11.5e-0963.46Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [Cucumis melo var. m... [more]
BLAST of Lcy11g014520 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lcy11g014520.1Lcy11g014520.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0015074 DNA integration
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding