CmaCh20G004400 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview


Name	CmaCh20G004400
Type	gene
Organism	Cucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Description	Unknown protein
Location	Cma_Chr20: 2083418 .. 2089588 (-)
RNA-Seq Expression	CmaCh20G004400
Synteny	CmaCh20G004400

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGAAAACGACCGAGAAATTAGCACTTTCTTTATCATCAGAGATCCAAACAGTGATAGAACCAGATTTAAATCCCGAGCAGGAGGCAAATTTGAGGCAAACAGGGAAGCAAAGTACAATAAATCTCAAAAAGCGCCAACTGGGATGAAGTTGAAGACAGCTTTAAAAGCGCACAGATACAGTTCTATTACATGCAATCAGAGCAAAGCAACAAAAAAACAAAAGAACGATCAAATGATCACACGGTCAAAAGGGGGCTAGAACGCGGACTGACAGCTGAATTCTTCTGGCAAAACTCAAAATCATCAAGTTCATCTCGGGATAGAACTTGTAAAAAGGTAAAATCTAGGGGAAAATGGATGCTAAACGGAGAAGAAACTTTGAGGAGGAAGAACAGTTGGGCTTTAATGGCGGGATTCAAAAGTAACAGAAAGAGCAAGTTTCAGAGTTGGGTAAAACTGGTTTGAATCCAGCAAGAAAACGCCACAAAAGAACAGAACCCATTGACGAAATGTGAAAAGTTTATTATTCGCATTTATTCGATTCCATGAAATTTAAACTAAATAAATAAATTGGAGAAAGGTGTAATGAAGTTTGAGCCGTCCATCACGAGGCAATCGTCAGTTAGCACATGGATTTCGGGTTTTTTGGGTCCGAGTCCGAGTCCACTCACAAGTATTAATACAAAATTAATTTAAAAACTTTTTAAATTAAATTTAAAATACTAAAATATATCTTTAGTTTCTTTTATTTATATACAATGCAATAATTGATTATAATTCAACGAAATATAAAATTCAATCAATAAAGAATTTGTTAATTTAAGCTCTAGCCACGTGTAATTGTCTCTTTTTTTTATTATCTTATGGAATTATATGATTTATTAAATAATATTAATTTTTTTGGACATATTAAATACAAAATCTAAAATTTTAAATATATATATATATATTTCAGAAGGTGTAATTTAAGCTTATACTTGTTGTATTCAAATATATAATGTATTTTTTATTTTTTTTATTTTCGAATTTCATTTTTTGGTATAATATCTTTATTTGAAGAGTAAAATTTACGCCTGGTTGAACGGCTTTATAAAGAGAATATAAATGATGGATGTTTATTTAAGGAATGTATAAATGCTTTCTTCTTATTTTATAAATATGAAATATTTTTTTTTTAGGGAGAAAAAAAAATGCCAAATAAGAAGAATCTAGCTTTTTCGAATTCACTCGACTCTCAACTAGATTGACTTATATTACAAGTTAACGAAGTGTTGACCAGTCAAAATATGTCACGGTTAGTCAAATGCAAATTTTGTCACAGTTCAACCATCAGTGGTTTTTTTAGTAATTCTGTTTATTTTAGGCATAAAAAAATATATATATAATTTATTGCATAAAAATATTATTAATGATATTGAAATCCATTTATTTTATTGAAAATAATAAAACATATATGTAATACATAATTTGTGACACCCGAGTAAATAAGGGGTACGTGAACGAACCAATACCAGAAGAAGAGCACTCGTAAATATAGAATAACTAAAAATAAGTAAAAGTTACTATCTATACTAATAAGGTGTATTTTCATTTTTATGGCTTAATCGTATAAACTCCCGAGTTAAAAATATATTTTGTTGGGAGTAATTATATGCTCAGTACCTTCATGAATTATTTTTGTAACAAACTTGTGAGTGAGGACAAAGGGTGTTAAAATGATCTGTGTTAGTTTTTTGAGATAGTGTTTGTTCTTAAAATTGGAAGTAACGTGACTGTATTACAAGAGAATGTTGAAGACATCATATGGTAAATTTAGATTTCAAATCCTACTCGAACAATAATGTCGTTGAAATATGTAGTAAAGCTAATCAATTATTCAATTGGCTGTGAGGGCAAGCTAGCACAATAAATCATCAATAATTTAAAAAAAAAAAAGTTGTTTTTATCGACAAATATTAGCTAACGGGCAGGAATTTTGTGACAAGGCAGTTAAATATGCTGCCGGAAGTGTAATAAATAATAATTATTATTATAAACACAAGTACAATAATTCATTTAAAATAAAGGAATAATATATATATATATATTTTTTTTAATATGGGATCGAGAATTCAACTCTCACAGGCTAGTTGAATATTGACTATATTTATGATGGTATCTAATAAATATTTAAATTATATAAAAAAATGTGAAATAAAAATAATAATTAAAAATGGGGAAAATAAAGGTAATTATCTACTAGTAATAGTAATAATAATACCCAACTTAAGTAGAAAGAAAACAAATAACTTGAGATAAAATTTAAGATTTTGTTTGCCTATCTTTTAACCCAAGAGAACGGTAAATCCAAAAAGAAAGTAAGTAAATTTTTGGTTGAAATACAAATTGACTATAATATTATAACAATTAAAAAAAAAAGTGTTTAGTTTAAAATAATAATAAATAATAAATTTGTAGTTAATTATAAATTATTGTTGTAACAATAAAAATATAGAATTATTTAAAGAGTGTAATTTTCTTTAACTTAAAAAATTATATGAATTATTTATTTGTGATTAATATTTAAAAAAAAAAACTCTTTTAAAAATTTAAAAAACCTCTTTAAACTTTAAAATATAAAAAATATTCGTAATTTGTAAAATAATATTAAAATTTAAAAATAATTTAGGAGGTGTCGATAAACGACTTTCATCCATTCCATGTATTTCAGTAAATTTTATTATAATTTTTATTTATAAAAGTGATATTATATTTAAAATTCTATATGTATTTTTTAAACATAATACTAAATATGTATAAAAGTGTTTTTTTTTTTTAATTTGAAAGTATAAAAAAATATTCTATTTTAAAAGTTCAAAATATTAAAACTTTTTTTAAAATTTACGGATATTTTTGAAGTAAATATAAATTTGAGATGTAATTTTATTAATTTAGCATAAAAATTTTAAATAGAAATTAGGAAATAATATATATGGATAACGTGGTTGACGGGGCAATTTATGACGCGTTTCTTCTCTATTATTTATTACGCTTCCAAGAGAACGATTGGTTGCGGCTGCTCGCCATCTGTCTCCATTTGGTAGTTGAATAAAGACTTCCATTATTTTTTTTTTAATACACAATTTTTCAAAGCCAGCTAGCCATATTATGTTTTTAGGGTTTAGTATGGATTAATTAATTACAATGGAATTCAAAATAATAATAAATAAATAAAATTAGAGGGATATATTGTTATTGAAACGAAATTCCTCCAGCCACCTACAAGTATATATCTTAAAATATAACATAAATTACTTTATTTATATATATATATATATATATATATATGAAATTTATAGTCATATTACGATCAAATTATTTACATTATTTCTTAATTTGCATCAATATTTTAAATTTAATATCCACACAATTATATATATTTTCATAATTTTTTTTTCTTTTTAAATTTTATTCTCGTGGCCATAAAAATTATTTTAAAAATAAACAATTCTCAATATAACTATTCAAATAAAAATAAGCTAATAAAATAATAATATTATACCATTGAATACAGATTATCTCTTTTTGTTCGGACAATTATATGATAAAACATAAACTTTCGTACATTCGCTTTTAGTTGTCTAAAAAGTCTTATATCAATAAAATTGTAAGTAAAAGCATGATTCGTAAATCACGCTTGAACTTAAGCTCTTCACTATATCATACTCAAACTTCGACTTCATTCCTTCACTTTACAGGAGAAGAGGATTCGAGATCCATGTCCCATCGAGGGAAAGCGTTTGAGCTTGATGCACTTGAACTCCGAACCATCTTGACCTCTCCTGTCATCAGGCCGTGCTATATGAGGTAGAAACTTGTCTCATGTACAGTTTGGAGTTGGTTACACACAAATCCACTTTTCTTCGATATTCAACTCAAGATAGAAAGAACCAAACAAACATTGACCTTTTATGTTTTTGTATAATTTTCTTGTTGCTCTTTCTCGAGCATGTTTCAAAGTCCTAGTAGTTGCACAAATGCAATTAGTGGGGTCTTACTTTCGGTGATATTGGTAGTTAAAATGTTGTTTCAAGATGGTGCGTATCCCCGATTTTGGGAAATGAAAGTCCTTGTATCGCGAGTTCAATGGGAAATAAATAAAAAGTTTTATTTATAATTTCTCGAAAAAAAATGTACAGTTACCCAAATAAATAGATAAAAACGTTTTGTTTATGATGTTTGGAAAATAATGTCTATTAATTAAATAAGGTGTGGTAAATGGTATGGGAATTTTATATAAATAAAGTAATTTAAACCATTTTATTATATTATTTAATTTTAGATAACTAATTCGGGTCCATTATTATATTTTTAATTTATTTTGTAATATATCTTATAATTATCATAGAATAAATGAATTTAATAAAATAATATAAAACTTTAATTATAACTATTTAGTATAACTTATATTTTAAAAACTAAACTAAATGATGTACATATGAGATAAATATATAATAAAACTATATAAACTTTCTTTAATTTAATTTGATTAATTTGTAAATAATTTTTGAGTTTATTTAGCGAATAAATTAATAACATTTTCAAGTAAACGATTTTAATAAAATTATAAATAGTTAGTTAAATAATTAAAATTATAAATGTCATATTTTAAAAATTAAATATAATTAATTTATTTCATAATATTTTTCAATTTTCTAAAAAAAATTAAAAAAATACATTTATTTTTACTTCAAAAATATTATTAAACTTTAAAAAAGTTTTAAAAATTACCCTTTTTAAGTTTTTAAAGGTTTGGACAATACTCTCCAGCTTTTTAAAAAAACTTCCTTTTAAACTTATTAAAAATTTTAAAAACTAACTGAAAAATATTTTTGAGATTTTTTTAAAAAAATTTATAAATATTATTGATTTTTTATTTAAAATTAGGAGTATTTTTAAAATAAATATGTGATTTAGAGATAATTTTATTAGCCTCAAATCTTAGTCTAAAATAATGAAA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mRNA sequence

ATGAAAACGACCGAGAAATTAGCACTTTCTTTATCATCAGAGATCCAAACAGTGATAGAACCAGATTTAAATCCCGAGCAGGAGGCAAATTTGAGGCAAACAGGGAAGCAAAAGCAAAGCAACAAAAAAACAAAAGAACGATCAAATGATCACACGGTCAAAAGGGGGCTAGAACGCGGACTGACAGCTGAATTCTTCTGGCAAAACTCAAAATCATCAAGTTCATCTCGGGATAGAACTTGTAAAAAGGTAAAATCTAGGGGAAAATGGATGCTAAACGGAGAAGAAACTTTGAGGAGGAAGAACAGTTGGGCTTTAATGGCGGGATTCAAAAGTAACAGAAAGAGCAAGTTTCAGAGTTGGGGCACGCAAGATCTTTGTTTCTCAACCAGACATCTCGCCGATCTGCTATTCAGGCTGTTATCGTTAGCAATAAAGCTTTCAAATAGCTTCTCTATCTTCTGGCTCCCCAAAAGCTGGAACAACAGCTGTTTTGACGAAGGAATGAAATTTGCATAG

Coding sequence (CDS)

ATGAAAACGACCGAGAAATTAGCACTTTCTTTATCATCAGAGATCCAAACAGTGATAGAACCAGATTTAAATCCCGAGCAGGAGGCAAATTTGAGGCAAACAGGGAAGCAAAAGCAAAGCAACAAAAAAACAAAAGAACGATCAAATGATCACACGGTCAAAAGGGGGCTAGAACGCGGACTGACAGCTGAATTCTTCTGGCAAAACTCAAAATCATCAAGTTCATCTCGGGATAGAACTTGTAAAAAGGTAAAATCTAGGGGAAAATGGATGCTAAACGGAGAAGAAACTTTGAGGAGGAAGAACAGTTGGGCTTTAATGGCGGGATTCAAAAGTAACAGAAAGAGCAAGTTTCAGAGTTGGGGCACGCAAGATCTTTGTTTCTCAACCAGACATCTCGCCGATCTGCTATTCAGGCTGTTATCGTTAGCAATAAAGCTTTCAAATAGCTTCTCTATCTTCTGGCTCCCCAAAAGCTGGAACAACAGCTGTTTTGACGAAGGAATGAAATTTGCATAG

Protein sequence

MKTTEKLALSLSSEIQTVIEPDLNPEQEANLRQTGKQKQSNKKTKERSNDHTVKRGLERGLTAEFFWQNSKSSSSSRDRTCKKVKSRGKWMLNGEETLRRKNSWALMAGFKSNRKSKFQSWGTQDLCFSTRHLADLLFRLLSLAIKLSNSFSIFWLPKSWNNSCFDEGMKFA

Homology

[Close]

BLAST of CmaCh20G004400 vs. NCBI nr
Match: KAG7010582.1 (hypothetical protein SDJN02_27376, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 77.0 bits (188), Expect = 1.7e-10
Identity = 37/41 (90.24%), Postives = 39/41 (95.12%), Query Frame = 0


Query: 119 QSWGTQDLCFSTRHLADLLFRLLSLAIKLSNSFSIFWLPKS 160
           Q  GTQDLCFSTRHLADLLFRLLSLAI+LSNSFSIFWLPK+
Sbjct: 31  QKHGTQDLCFSTRHLADLLFRLLSLAIRLSNSFSIFWLPKA 71

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CmaCh20G004400 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CmaCh20G004400 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CmaCh20G004400 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG7010582.1	1.7e-10	90.24	hypothetical protein SDJN02_27376, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro...	[more]

BLAST of CmaCh20G004400 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 18..54
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 39..54

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CmaCh20G004400.1	CmaCh20G004400.1	mRNA