Carg05038 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg05038
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr08: 1199436 .. 1204287 (+)
RNA-Seq ExpressionCarg05038
SyntenyCarg05038
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGTCGCATAGTCCCCCATTTTCAACTCCATCGAACCAACCTCGACGTTGGAGACTCAGTGTGACGGAAATTAGGGACAAATAGGGTTTCTCAACGATGCTTCATGGCTGACATTTGCAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTGATTATTGTGTTTCTTGTTGCTTCCCGGTTCAATTTGTGAAACCCTAGAATTTTAAATTTGGGGATTTTCCTGGGGTGCAATGATTCTGTGTTATTCTACCTTAGGGGTTTTAATGGCCGCATGATTGTGTTTCGTATGTGTCATGCATTGTTATTGTGTGCATCGAGGTTAGTGTTGCAACCTTGTTGATTCATGATTAATAGCCATGGGCACGAAAATTTATCGTGCTTTGATGCATATGAATAGAAAATTTCGTCGAGTTTGTTCGAATGGTAGGTTTATTGTTTCTGAAGCTTCATTTTATCCGTCGTGGACACGCTCGTTTGGGAATTTACAAGACAATCAGTTGCAGCTGCCATGCTGTAGCGGGCACTGTAGCTGGTTTTCATATTTCACGTAACTCATGTCTTGCCTCCTAATAATTAATTTAATCTATTTAGTTAATTCACTTATTGTCTTTTAGTTGGTTCTTCTAATTCTTGTTTCTTAGAATTCTACCTTCGCCCAAATCATTTTGTGTTTGTGCATGCTCAGTACTGATATATTTTTACTTTTAGCTATTTAAATCCATGGTGTTGCGCTTAGAACAGCTCAGTCGTGTTTTGTTCTTTTGCTATGTGTGCGTTTCCTGTTAGAGGGTAGATATCTTAAGGTTCTGCCCAAATTAGACTTGGTAAAAGGATGGGACACATTGTTTTTTTTTTTGATAAGAAGAACGAGACACATTATAAATCTTGGAACTCAAATCTAAGTTGGTTAAGTACCCTTCTCTCTTCCATGGATTGACCTAGTGATCTTTAAGGCCAATTAAAAAGTGTAAATGGTTTAGGGGATGGGTTCAAACCTTGATTGGTACCTATCTCGGATTTATATTTTTCAAGTTTCCTTGGCAACTAAATGTAGAAAGTTAGGTGGTTGTCCTTTGACATTAGTTGAAGTGTGCTTAAGTTGGCATCGACACTTGTTGATATCTAGAATAGAGAAAAGGTACCTATTGGCTCTTTGAAGTTTTTGTGAAATCTATTTGATAATTTCGAGGGTGAAGTAGATTGCCAAAAACATATAGATGTCAGAGCACTTGGTCTAACATTACGAGCTTCAGCTTTAGAATATCTTTCAGTTCATTGATTGTCTGTATAGTGGATTGGAATTGAGTTTTTGGGATCAGAAGAAACTTTTTCAAGCAGAGTTTTATGTGATGGAAAATGAAGATGTTCTTCATAAGATGGTTGAGATCTTAAGAGACTAGTTATTTGTACAAGAATACAGTTCTTCGGCACTTGAAGATTTTCTTTGAATTGTGACTCAGCCAATATACCACTATGCATATGTTGCAGTGGTTGTTGGCATTTTTGTTCTTGGGCTGTTTCTGATAACCCGAGTAAGTGAAAAAGTTGTTAGAAAAGTTGAAAGTCTTTAGAGGCTTTTCTTTTGAGGATGGACAGAGGGAAGAAAGCAATCGTTTAATCCATTCCTTGCCTTGGTTAGCTGACAGGCTTGGAGAGGTCATTGCTGGTGCTATTATTCTTCTTCCCAACAGCATGCAAGCTTTTCCTGTGTTTGAGTCAAGCAAGAAAGCCACAGGTTTTTTGTTGAATTTTTTTTGCCCAGATTCTTCCTTAAAGCTATTTTTGACGCTTAATTCTGTGATGGGAGGTACATTGGAATTTTATAGCTGTTTGTTTGGTTGTAGATTGGAGTGTGCTTCTATATTAGTGTCTGGTGGTGGGGATTTTCTCTACCTTGGACCCTAAGTTTTTATTGTTGATATTTTTCTCTTTATACATCTCTTTCTAAAAATTGTTGGTTAACTTACCATTTTGGTCCATATACTTTGAATTTCAATCTATTTCAGTTTCTGTACTTTCAAATGTCCAAATTAAGTCACGTACTTTCAATAAAGCTTAAAATTGATCCCTATTGTTTGTTATTTGTTACTTTTCTAAAAAACTAGTCTCTGTTTACCTTCTCTCTATAAATTTTGGTAGTATGTTCACATTTTTGTCTTTTCCTACATAAAAATTATTATTATTATTTAACTGATTTTGGGTAACAATTAACTTCAAACTTATGATAGAGACTAGTTTTAAGATTTAATGAAAGTACAAAGACTACCGGAAGTTCGTAGACCAAAATGGTATTTTAACCAAAAATGTTGCATTATTTTCTTTCCGTAGAAAAAGATATTGGATTCTTTATGTCAATGTTCTACCACTTGTATGGAGGGAATGATACCTATAGGTTTTCTTTGTACAAGATGTGAAGATCTTCTTTGTTGGGATATGTAGTTTTGACTTTAACCACCAGTAGCGAAAGGAGCAAGCTGCAGATTGGGTTGGCCACTCATCTAGAATTTAAAGTATATAATATTCTTCTAATTTTTAGACAGTTGTTGTGGAATGAATTAGGTGATTGTCTCATGAGAACTATTGAATGTGTGCACTCACAAAGTGGTTTGGCACTCAGTCATAAACAAAAGAGTAGCTTTGTATGTATCAAGGATTGTAGTGTTACTTTTGTTAGGTGCTAAAATATCTTATTTGTTTTGTTTTAGTATAGGACACAAATGAATATTTTAGGTTGTTTTAGATCCCTTAAAGACACATGATAGATATTTTCTAATATTGAAAGATATGGTATTAATTTAAGGTGTTATAGGTTTTTCTTTCTTAGGAGCTTTGGATAGTTTTTGTACCAGCCATACATGATGTGGGTGTATAAACTATATTCCCTAGGCTGATTATATAACTCAGTCCCTAATGCTTGTTTCATTTTTTTAGTTTTGTTGCTAATCTTTTATAATTTCAATTTGATTTTTCATATCCTTGAAAATTTTCAAGCAAGTCCTGAACATTCCTTGTTTTAGTTGCTTTATTTTCTATAACAACGAGCAATTTTGTTTTCAAGCTGGATAAGTTACTGTTCCAGGTTACAAGGAGTGAGTAGGGTTCTGATATTACGGGCAAGTATAGTAGCATTTCTTTTGAGAAAGAAATGTAATTAATTTCAGTCACCAGTGGTGGGTTACAAAAAGGATCTTTAAATAGTGATTAGAGTAGAAAGGTGCATAATACAAGGTGCATAATACAATACCATTTTAATGGGCCCATTTGCTATAACAGCATGCAATTTCATGTTAGGTAAGTTACTATGTTCCAAGTAGTATGAAATGAGTAGGTTTACATTTTGGGAGAAAGTGGTAGGCTTATTTCATCAAATTTAGATAATTTTTTAAATTCAATTAAGGCAAAATATATGCTTTAGTATAAATTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTTTAAATTAATCCCTATTGTTATTGAAGTTTCAATTTAGTATATTATGTTTTAACATTTTTCGATTCTATCCTTCCTATCAATGATTGTTAAGCTTTCATGACATGATACTTAGTGAATGGGCAAAAAGTTATACGAGTTCGGCTACTTTAGAATTCCTGCTTTAAATATATAACAAGTTGACATAATTTTGAATTAACTTCACTTTGCGGGTCTAATTCCTACTCTAAGTTTCTACCAACTCACTATGTACCATGCATGGGTTTATCATCCGCCAGTTTTAACATTCATTTATGACGAAGTTCTATGAAAAACTGTTGAACGTAAGGGACTAGATTGGAACTTTTTAGACAATGGGGACTAAATTTTAAAATATGCTTAAAACTTTGGGACTGATACAGATATTTAGCTAATTAATTCAATGTCATAAAATTAAATGTACTATGACGGCATATTTTCATTTTATCTGTGTATTTTAACGTTGTGTGTTAGTAAAAATTTGATTGAAAAAATCTATATATTGAACAATAAAATTGAATTTTTTAAAAGATTTGGTACTAAATTGAAAATAAGACCATCATAAGAGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTCTTTTATTTTATTCTTTTAGCCTACTTATTTAGCAATCCTAGAAGTGATAGTGTGTCTTTTCCTATTTTTAGATGATGCTTCTGTGGTTTTATTTGCCTATGATTCTTCTTATTTACTCAAGGGAAAACAAGGAGGAGCTGTTGCATCGATTTTTGGGACAATTTGAGTTTAGTCCGATCTACACAACAGACATCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCCCTTGAATTCTACTGGTTTACAGGCTGAGATGATGTGGTGCTAGGAATGCTTGAGTACCTATATCATGAGCTGTATTTTTCATCCCAGGCTAATTGACAATGGTTTGCTCCACTGTATGTTGTGTGCTTTCATTTATATTGGAAGTATAGTTCAAGTTACAATGTGCCTGGATTTGAATAGTTTCATATGGTGGTTGATGTTGAACTTAGGAATATAACCATTTGAAACTTTAATTAGTTTCTGATTTTTGATTGTATTCTATTATGATTTTTGAAGTTTTTGTGTTTTACTGGTTTCGATGGATAATATTGATGAGAGGAAACTATTGTAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

mRNA sequence

ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

Coding sequence (CDS)

ATGGATACCCATATTTTCAAAGGCCCCTTCTTCATCGTCTTCTTCATGTCCAGCCCACTACTCGCAGAGGGACGTGCTGTGTTTTTGCCCAATTTTCATTCCATTTTAATTCACCCAACCATTTCCCTCGCACAAAACCCTAGGGCACACCAAGCTGAGGGAATCAACTCTCCGGGTTCTCCAATAATAGCCCTACTACCTTCCAATTTCATCACTCTCTTCGAAATTCAGGTAATGATGCAGGAATGCATGGATGCTGCTGAAGCGCTGCTTTCATAG

Protein sequence

MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPTISLAQNPRAHQAEGINSPGSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS
Homology
[Close]
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match: KAG7025407.1 (hypothetical protein SDJN02_11902, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 185.7 bits (470), Expect = 1.9e-43
Identity = 92/92 (100.00%), Postives = 92/92 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPTISLAQNPRAHQAEGINSPGS 60
          MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPTISLAQNPRAHQAEGINSPGS
Sbjct: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPTISLAQNPRAHQAEGINSPGS 60

Query: 61 PIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 93
          PIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS
Sbjct: 61 PIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 92

[Close]
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match: KGN44606.1 (hypothetical protein Csa_016766 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 1.1e-16
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 60/94 (63.83%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPT--ISLAQNPRAHQAEGINSP 60
          M+THIFKGP       + P    G    L  F S   + T   SLAQNPRAHQAEG NS 
Sbjct: 1  MNTHIFKGPLLRRLLHAQPTTRRGTCCVLGQF-SFHFNSTNFFSLAQNPRAHQAEGTNSL 60

Query: 61 GSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 93
           SPIIA   SNF TL EIQVMMQECMDAAEALLS
Sbjct: 61 SSPIIAFPASNFFTLLEIQVMMQECMDAAEALLS 93

[Close]
BLAST of Carg05038 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K9W9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G342000 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 5.5e-17
Identity = 57/94 (60.64%), Postives = 60/94 (63.83%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDTHIFKGPFFIVFFMSSPLLAEGRAVFLPNFHSILIHPT--ISLAQNPRAHQAEGINSP 60
          M+THIFKGP       + P    G    L  F S   + T   SLAQNPRAHQAEG NS 
Sbjct: 1  MNTHIFKGPLLRRLLHAQPTTRRGTCCVLGQF-SFHFNSTNFFSLAQNPRAHQAEGTNSL 60

Query: 61 GSPIIALLPSNFITLFEIQVMMQECMDAAEALLS 93
           SPIIA   SNF TL EIQVMMQECMDAAEALLS
Sbjct: 61 SSPIIAFPASNFFTLLEIQVMMQECMDAAEALLS 93

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7025407.11.9e-43100.00hypothetical protein SDJN02_11902, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
KGN44606.11.1e-1660.64hypothetical protein Csa_016766 [Cucumis sativus][more]
BLAST of Carg05038 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg05038 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0K9W95.5e-1760.64Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G342000 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Carg05038 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg05038-RACarg05038-RAmRNA