Sed0018855.1 (mRNA) Chayote v1

Overview


Name	Sed0018855.1
Type	mRNA
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like
Location	LG12: 10079909 .. 10095397 (+)
Sequence length	612
RNA-Seq Expression	Sed0018855.1
Synteny	Sed0018855.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGGCGTTGGAGTTTTGGACAATGATTTACGCTTTCGATTGGCTTAAAAATGAGTTTTGGAAAGTGGGTTTTCCTTTTGAGGAATCGGAGTATGCTCGAGATGTGTTTTTCCTTTGCCTTGCCATTGCCGGCGGGGAGGTGGTGATGATGGCGTCCACCTACGACGAGGCATTAACGCAAACACATTGTGTGCAAGTTCTGTGGCAGCGGCAACTCGACAGAGTCTTTTTTGGTTATCAAGAATCTCCCATTGTAGAACAAAGAAGACAATGTCATCTTGGACATGATCCTCATGTGATTCATAGAGATCTCAGCTCCACTCGTTTCAATTTCTCTGATGACCCACTAGAGATCCCGCGCGCCGGTAAGCTTTCCTTGGAAGAGATTCAGTTCGCCGCCGCCCACTTCGCCAACAAATCCGACCCGTCTCCCTTGTTGGAATGCACCCCACACGCCGCCGATTCCCCGTCGCCATCAGTGGTTTCCAACTTGAAGACTGTCGTGTGTGATGAAATATCGTCGTTTTTGGATCTTCACACTGCCATTGGACCCGAGAGTGATTTCAAGTCGGATTTCAGAAGTTATTCGAAAAGGGCTATTGGTGGAAAGTGA

Protein sequence

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Homology

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr
Match: KAG6588104.1 (Ethylene-responsive transcription factor, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia] >KAG7021989.1 Ethylene-responsive transcription factor, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 86.3 bits (212), Expect = 3.4e-13
Identity = 54/95 (56.84%), Postives = 63/95 (66.32%), Query Frame = 0


Query: 105 SSTRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNL 164
           SS RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP  E +    DSPSPSV S L
Sbjct: 68  SSARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTEYSQPIVDSPSPSVASEL 127

Query: 165 KTVV--CDEISSFLDLHT--AIGPESDFKSDFRSY 196
            T V  CDEISSFLD HT   +GPE ++ S+F S+
Sbjct: 128 TTAVTECDEISSFLDFHTNMGLGPE-NYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022927093.1 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 84.3 bits (207), Expect = 1.3e-12
Identity = 53/95 (55.79%), Postives = 62/95 (65.26%), Query Frame = 0


Query: 105 SSTRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNL 164
           SS RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP  E +    DSPSPSV S L
Sbjct: 68  SSARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTEYSQPIVDSPSPSVASEL 127

Query: 165 KTVV--CDEISSFLDLHT--AIGPESDFKSDFRSY 196
            T V  CDEISSFLD H    +GPE ++ S+F S+
Sbjct: 128 TTAVTECDEISSFLDFHANMGLGPE-NYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr
Match: XP_023529879.1 (ethylene-responsive transcription factor ERF017 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 83.2 bits (204), Expect = 2.9e-12
Identity = 51/95 (53.68%), Postives = 63/95 (66.32%), Query Frame = 0


Query: 105 SSTRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNL 164
           SS RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP  E +    DSPSPS+ S L
Sbjct: 68  SSARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTEYSQPIVDSPSPSIASEL 127

Query: 165 KTVV--CDEISSFLDLHT--AIGPESDFKSDFRSY 196
            T V  C+EISSFLD HT   +GP+ ++ S+F S+
Sbjct: 128 TTAVTECEEISSFLDFHTNMGLGPD-NYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr
Match: XP_022968316.1 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 81.6 bits (200), Expect = 8.3e-12
Identity = 51/93 (54.84%), Postives = 60/93 (64.52%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNLK 165
           S RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP    +    DSPSPSV S L 
Sbjct: 69  SARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTAYSQPIVDSPSPSVASELT 128

Query: 166 TVV--CDEISSFLDLHTAIGPE-SDFKSDFRSY 196
           T V  CDEISSFLD HT +G E  ++ S+F S+
Sbjct: 129 TSVTECDEISSFLDFHTNMGLEPENYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0055753.1 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 80.5 bits (197), Expect = 1.9e-11
Identity = 50/90 (55.56%), Postives = 57/90 (63.33%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLEC-TPHAADSPSPSVVSNL 165
           S RFNF D+P +IP A  LS  EIQ AAA FAN     P  E   P  ADSPSPSVVS +
Sbjct: 67  SARFNFPDNPPDIPGASLLSRSEIQSAAAQFANSDPTIPSSEFHRPTTADSPSPSVVSEM 126

Query: 166 KTVV--CDEISSFLDLHTAIGPESDFKSDF 193
            T V  CDE S F DLHTA+G E ++ +DF
Sbjct: 127 TTSVIECDERSPFFDLHTAMGSE-NYVTDF 155

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EK17 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434026 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 84.3 bits (207), Expect = 6.2e-13
Identity = 53/95 (55.79%), Postives = 62/95 (65.26%), Query Frame = 0


Query: 105 SSTRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNL 164
           SS RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP  E +    DSPSPSV S L
Sbjct: 68  SSARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTEYSQPIVDSPSPSVASEL 127

Query: 165 KTVV--CDEISSFLDLHT--AIGPESDFKSDFRSY 196
            T V  CDEISSFLD H    +GPE ++ S+F S+
Sbjct: 128 TTAVTECDEISSFLDFHANMGLGPE-NYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HUJ1 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111467580 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 81.6 bits (200), Expect = 4.0e-12
Identity = 51/93 (54.84%), Postives = 60/93 (64.52%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLECTPHAADSPSPSVVSNLK 165
           S RFNF ++P +IP A  LS  EIQ  AA FAN SDPSP    +    DSPSPSV S L 
Sbjct: 69  SARFNFPNNPPDIPGATLLSRAEIQTVAAQFAN-SDPSPSTAYSQPIVDSPSPSVASELT 128

Query: 166 TVV--CDEISSFLDLHTAIGPE-SDFKSDFRSY 196
           T V  CDEISSFLD HT +G E  ++ S+F S+
Sbjct: 129 TSVTECDEISSFLDFHTNMGLEPENYGSEFGSF 160

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UIM3 (Ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold181G001390 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 80.5 bits (197), Expect = 9.0e-12
Identity = 50/90 (55.56%), Postives = 57/90 (63.33%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLEC-TPHAADSPSPSVVSNL 165
           S RFNF D+P +IP A  LS  EIQ AAA FAN     P  E   P  ADSPSPSVVS +
Sbjct: 67  SARFNFPDNPPDIPGASLLSRSEIQSAAAQFANSDPTIPSSEFHRPTTADSPSPSVVSEM 126

Query: 166 KTVV--CDEISSFLDLHTAIGPESDFKSDF 193
            T V  CDE S F DLHTA+G E ++ +DF
Sbjct: 127 TTSVIECDERSPFFDLHTAMGSE-NYVTDF 155

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BRH5 (ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103492391 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 80.5 bits (197), Expect = 9.0e-12
Identity = 50/90 (55.56%), Postives = 57/90 (63.33%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLEC-TPHAADSPSPSVVSNL 165
           S RFNF D+P +IP A  LS  EIQ AAA FAN     P  E   P  ADSPSPSVVS +
Sbjct: 70  SARFNFPDNPPDIPGASLLSRSEIQSAAAQFANSDPTIPSSEFHRPTTADSPSPSVVSEM 129

Query: 166 KTVV--CDEISSFLDLHTAIGPESDFKSDF 193
            T V  CDE S F DLHTA+G E ++ +DF
Sbjct: 130 TTSVIECDERSPFFDLHTAMGSE-NYVTDF 158

[Close]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CEP6 (Ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold16G001360 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 2.6e-11
Identity = 49/90 (54.44%), Postives = 56/90 (62.22%), Query Frame = 0


Query: 106 STRFNFSDDPLEIPRAGKLSLEEIQFAAAHFANKSDPSPLLEC-TPHAADSPSPSVVSNL 165
           S RFNF D+P +IP A  LS  EIQ AAA FAN     P  E   P   DSPSPSVVS +
Sbjct: 67  SARFNFPDNPPDIPGASLLSRSEIQSAAAQFANSDPTIPSSEFHRPTTTDSPSPSVVSEM 126

Query: 166 KTVV--CDEISSFLDLHTAIGPESDFKSDF 193
            T V  CDE S F DLHTA+G E ++ +DF
Sbjct: 127 TTSVIECDERSPFFDLHTAMGSE-NYVTDF 155

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG6588104.1	3.4e-13	56.84	Ethylene-responsive transcription factor, partial [Cucurbita argyrosperma subsp....	[more]
XP_022927093.1	1.3e-12	55.79	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like [Cucurbita moschata]	[more]
XP_023529879.1	2.9e-12	53.68	ethylene-responsive transcription factor ERF017 [Cucurbita pepo subsp. pepo]	[more]
XP_022968316.1	8.3e-12	54.84	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like [Cucurbita maxima]	[more]
KAA0055753.1	1.9e-11	55.56	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein [Cucumis melo var. ...	[more]

BLAST of Sed0018855.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1EK17	6.2e-13	55.79	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucurbita moschata OX=36...	[more]
A0A6J1HUJ1	4.0e-12	54.84	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucurbita maxima OX=3661...	[more]
A0A5A7UIM3	9.0e-12	55.56	Ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein OS=Cucumis melo var...	[more]
A0A1S3BRH5	9.0e-12	55.56	ethylene-responsive transcription factor ERF017-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=...	[more]
A0A5D3CEP6	2.6e-11	54.44	Ethylene-responsive transcription factor ERF017-like protein OS=Cucumis melo var...	[more]

BLAST of Sed0018855.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Sed0018855	Sed0018855	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Sed0018855.1-exon	Sed0018855.1-exon-LG12:10079909..10080076	exon
Sed0018855.1-exon	Sed0018855.1-exon-LG12:10080158..10080229	exon
Sed0018855.1-exon	Sed0018855.1-exon-LG12:10081563..10081636	exon
Sed0018855.1-exon	Sed0018855.1-exon-LG12:10093102..10093365	exon
Sed0018855.1-exon	Sed0018855.1-exon-LG12:10095364..10095397	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Sed0018855.1-cds	Sed0018855.1-cds-LG12:10079909..10080076	CDS
Sed0018855.1-cds	Sed0018855.1-cds-LG12:10080158..10080229	CDS
Sed0018855.1-cds	Sed0018855.1-cds-LG12:10081563..10081636	CDS
Sed0018855.1-cds	Sed0018855.1-cds-LG12:10093102..10093365	CDS
Sed0018855.1-cds	Sed0018855.1-cds-LG12:10095364..10095397	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Sed0018855.1	Sed0018855.1-protein	polypeptide