CsaV3_4G025600.1 (mRNA) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview


Name	CsaV3_4G025600.1
Type	mRNA
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
Description	Unknown protein
Location	chr4: 15065989 .. 15074484 (+)
Sequence length	243
RNA-Seq Expression	CsaV3_4G025600.1
Synteny	CsaV3_4G025600.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

CCCACTTCCTTCCCTCTTTTACAATAATAACAACACACCACATTATATTCATCTACCTCATTCTTCCTTTTAAGTTTCCTTCTTACTTACTTAAGTTTAAAGCTATTTCCTTTTTTTAGGTCTTATTCAGATGGGTTTTGTGAATTTCAAGTGTTTGTTTCTGGGTTTTCTTCTAACCTTTGTTCCTTTTAGAAATGGAGTTATTGTAGTGGAAGGTAGCAGTAGGCCCTTTTCAATTTCCCCAATACTCAAGCTTCAAAAAGGTACACACACAAATATATAACTTATCTACAACTTAATTAAATATAAGTTTTCTCTTGTGATTTATATATAAATTTGATTATGGGTTTTTTTTTTTTTTATGACAGGTTTTAAGGGATATTATGATTCACAAATTTTTGCAACAATGGGAATTGAATGCAAGTGTTGTGATGAGATTGGAGGTAAATGCTCTACTGAGTTTACTACTTCTTGCTCTAATCTCCATTGTTCTCCTTGGAAACAATATTAATATTAAATCCAATAATCCCTCAGTTCTTTCCTTAAGTTATAGCAAACATCATTATTTTGAATACAAGAGTACTTTAACTTTGGTCATGACTTTGGATACTATTTGGGTGTAGCTCATTCAATCTCTCAACAGAAAAAGCTCAATAATGTTTTTAATTAACAAGAAAAAGAAGAAGAATAAAAGTTTGTTGTCATGTTACAAATTATTATAGTTGGACAACACTAAACTGAACTATTAAATATAGGTGCACAGTTCATGATATTTGTAAGTATTTTCTTGGTATTGTATATCGTTATGTATATTATTTTTGTTAACTTTAACCAATTATACAAATGAGTTAACTTTGGTTAGGCATATATATAACATCAAGACATATAGATAGAAGTTCAAAATTTCAATTTTTTTTTTTAAAGTCAAGAGGGTATATTTAATTTACTTCAACTGTATAAGGCATATATGGACAATTATAGTATTTGAATGCCTTGAAATTAGATATGTAACACTTTAAAGGATCGACTATGGGTTCTAGGAGAAGCTCCTCAAACTGTATAGTTGTGTTTATGTTTATGTTATTTGCTCTATTTACTATTTTGATTCGAAAGTTTAACAAAAATTAAAGGAAAAGATAAAAAAAAAGAGAGATTTTGAAGAATGAAAAAATAGGTGTGTTTTTTCAATGTACAAGTTCATGATTTGTTTTCCTATTTTTAATGAATGCCCTACATTTGGAATGAGGTGGTAGAATGAAAGGTGTTGATGTTGATCAATTGATGCAAAACTAGAATAAATGTAATTTTGTTATACTAATCACTGTTAAGAACAATATATATATATATATAATATATATATATATATATTAGGATTTTTTTTTTCTTTTTTGATTGACAATTTAGATAAAATGAAATATATATATTTGGAAACTAATAAATATTGAAAATGATTAGTAATTAAAACAAATTTTTAGGATAATTAATTCTGTGTAAAACGAAAAATGAAACGAGAATGTTTACTCAATAATCAAAATACGGTATGCAAAAGTAATCCTAACACGACTTTTATTTTTAGAAGTTAAATACTAAATCTTTCACGGGGAGTTATATTATTAAAGAAGTTAGTAGAAAAACATAACATGGTATTACCAATTTTTCTGTAGGTTCACTATGTTCTGCCTATTTAAGAGAGTTACTTGATTTAATCAAATTAATTTATTATTGGAAGTTTATTTCTAATCCAACCATTTAATGGGTATTTTAAAAATGATTCTTTTTTAATTTGTGTTAGTAACATAAGACTTGGGCTGGAAAATGAATATGGGCTTTAGTGATTCAAACCCAATGACATAAGTTGGGATTTCATTTGCCAATAACCTTCACATATATAAACAATATTTTCAATACAATAATATCATTAAAATAATTTCACAACAATGTAATATTTTATTAGTAATCATTGTTGATATGATAGGGACAAAGTTTGTATTTGTTTTGTTATATCCTAACAATAATATAAAAAAAGTATTAGGTCAAATAAACTTTTGGTCTGTGAGGTAAGAAAATGGTAAGGGAAGTGAGAAAATTAAATGAATGAATAATGAAAACACACACACATCACCAATGCCACATCACCCAAAGAACATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAATATAGTAAAAATTTAAACTATATCAATAGAGTTTGATAGATATTGATAAAATCTAAAATTTTGTTCTATTTAATGTAGTTCATTTCGCAACATTTGAAAATGCTCGAAATTGTAATTACTCTATTTCATTTTCTTACATTTTAAGAAAATTTAATTGTAAATATATATGTTCTGATTGTTTGAATTTAAATTTATATATAATTAAACTTCATTTTTTAAAATATTTGTGTGTTAAAGAAAATTGATAGAACATTTGATAAATCTTAGGTAGGTGGTAATTGATAACCATTTTATTGAATATATGATCTTGTCCTTTACTATGGTAGTTTCATTCTATTTAGCACTATACCAACCTGTGACAGTTAATTAAATTGATATTATCATTTTATCAATATAACATTAAATCTACACACATGTAAGAATTGAATGCTTGTGTGGGTTGAGCTATGCATATTATTATTATTTATTTTACTATAGAATGAACACATAAATTAAAGTCGATCTTATATTATATATTCCAATGTAATATAAATAAAAGATAAAGACGATTGAGGATGTTCCTTGTGACCCTATTGGCATCCCATGCAGAAGGGTCATTTAGATGTATATATCCAATGCTAGAAAAGGGCATATCCCATCAATTTCATCGGCCAAAATAAGAAATTGGGATCCCTTTTGCTTTTCTTTTTATGGAAAGCCATTCGTTATAAATGGATACAAATTTAAGTTGCCCATCCCATTAATTCTTATCACTTAAAATGGACTATTATTTTCTTCCCTCAACATATATCTTAACTTTTCCAATATTCTAAATTTTGGAAACATCATCAATTTTTAACTTCGGTATGGTTAGATACCCATCTTTATTTTAAAGTTATTAACATTATTATGCCCACATTTATTGAGTTTTAACAACTTATATAATGATATATATAAAATTTAGTGTGTAATTGTTGTTAAAAGTATGTTAAATTTACGCACACAATCTAAAAGTTTTGTATTTATATATAAAACATCTACTGGCTAAACGCTATAAAGATTTAGATCAAGATCATACACATATGATATACTTTAGAGGATCAAATTTAAAATTCAATGTATTATTAATTGTTTTCAAAAGTCAAACCCTACCTATTCCATCTCATTTACGTCTTATGGACTAATTTCAAGCCAACGTCTATAAAGTCTCATGAGATTAAATCAATTATAAGTTTAGAAGATAAAATAGGGCAAAGTAACCAAATAAACACGATTGAAAATTGGGACTAAAGGGAGAAAGAAAGTTTCATATAAAAAAATAGTGTTGAAAAGAACATATATAAATTAAAATAATAAAAAGAAAGAAATATTTTTTTGTTTCAATCTTAAACATAGTTTAAATATTGCTTTGTAAACTACATTTTGGATCTTCCCAAGTTGATTTATCTTTTTGGTATATCAAATTCAAGAATATTCTTCCTATCAATATGTATATTGAATCCACCACTCAATATTAATTATATAATATGATTTGTTTATTTATAGATTATGTTATTCTTTTTTCTGTATTATAAAACAAAATCAATATTAGATCATCTAAATTTTTACTTTATATATTTTAATCTCTCTCTCTCTCTCTTGTTCTACTTAAAACCCAAATAAAAATGGTATCTTTTAAAATTTTCAATCAAATAATCAATCAAAATATTGAAGTACGAAATATATATGCACGTGGACTCGAAATGTTGTAATACATTCATAATAAAAATGTAACCTTTTTTCTTTTAATCAAATTCATTGTTCTTATTTTGATTTTAAAAAAATCACTATTCCTCTGCTATACATTGGGGTAAAATTGACAGATTATAGGTACGTTAATATATTATATCTTTAAAAATCTTATTGCTAATGACTCATGTCTCTCCTAGTTTATATTTAGATAGACTAGTGTAAATATTTCAATTACATTTTAAGTATATTGATGTGTATATAATTTTTTTTTAAAATTGCAAATATATACTAAAGTTTGTTAGAGTCTATCAATTGTAGACTCGATGACTATATCATATTGCAAATATTGATCTATCATTAATAGATCGTACAGGAGTCTATTAACAATAAAAAGAAATTGTCGATAGATTTTGTTGTATTTGCATTTCTTTTTACGAGAAAATTGTTACTATGCTTTTTGATTATTATCCATAAAATTGTTACTTATTAAATTACACATAAGACATGGATCTAAATATTTGTTATATATAGGCCATTTTTTTCTTTTACATTGTACCATATTGATTAATACTTTAAATATTATTATTAATATATTTGTTAATACTCTAATTCTGATTGACATAATTGTAGAAAAAGAGTAATTTTATTCCGATGATTTTGAGAAAGAGTAATTTTATTCAGATGATTTTGAGTTAGAATTTAATTATAATGACGTAAAATATATAGTTATGAATTGATCATCTAATGATGAATTATATATATATATATATATATATTTAAGATTTTTTTAGTACAACCCATGGTTTCAAATTCAAACTCAAATAAAATAGAACATACCAAGATTATTTAATTATGTATGCTTCATTTGATTCAAAATTTAAATTCAAATTATTAAAATGACTTTGTTGTTTTATTATATATAAACACACATGTACTCACCACTTCAAACTTTAGAAATATAAGACCTTATGCATTTCTTGAAAAACAACAAAAGTGACAATATAAACAACACATGCAAACAAATAGCGGACCACAAAATTACAAGCACGATTACACATAATAGCAAAAGGAAAAAAAAAAGACCCGCTTGACATGCAAGCTCCAACTAAGCATCAACTATTCAACTACTTTTGTTTTTTCTTTTATTTTTTAGATAGTTGAACGTTGTTTTTATACGATCAGTAATTGTAAAAAGTGGTAAAATGAACAAACTATTTATATTTTATGATAAAATGATCAAGTGTAATGAGTTTTTATGTTTGTTACTATTTTTCTTTTGTCATAAATGGTTAAAAGTTTGTAGTTTTTTATTATTCTTGTAACGAAAACGGTTTTATGAATATAGATAATAATATTGAACGTGGCAGAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGTTGAAAAGAAAGTGTAGAAGAATCCTTTCTTTACAAGTTACATTGATAATTGGATAAGCAAAGAGAAAAGTAGGAAAAAGAAAAGGGGATTAAGCTCTCACTACTTCCACTTCTACCCCAAGTTGGAAACCCCAAATTTTGTATTTTCTAAAGATAAAATAAAATCGATTCTAAGTTCATAAATATATCTATCATGTTTTGCAATGTGTATTTGAATAAAAGTTACAAGTAGTTAATGAACCATATTTTAACAAAAATAAAATGGATAAACACTTTAGTCCAATCAATCACTTCGACAAAAAATCACCCATAATTAATAATTCTTTGAAGATCAATTTAAAATGATTAATTTCTCTCTTTTTTCTTTTAAAAAAAAATCAAGTTTATTGAATGTGATGAAAGGAAAGTAATGATAAGCAAAATTTGAGTGTTTAAAAAATCATTCTCAAAATGATAAACTTGGAATGTAATGTTTGATTTGAATCACTTGGGAAGAAGGATAAACAAAAAGAAGTTGGGTGTTAGAAGGCATATTGTCATTGGCATCAATGGGATGAGCCTTCAACTAAGTGGGTCCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTGTTTTGGTTTTGGGCCCTCTTGAGTCACACAGCAGATTCAACTTACACAAATTCAATATATATATATGTAACAACATATAGCTAAATTTTCTTTCTTTCCTTAATAAAATAATTCACAAACAAACGACTTTTTATATCTTCTTAAATGTTAATATACTCTCTTTACTCGTTTTATTTAAAAGTATATATCTTGTTACAATCTATCAACTTAAATTCTAAATTAATAATTGTATCCATTTTTAATTTTGTAAGTGTATCTACCCTATACTCTTCATAGGCAAAACTTTGTGTAAAACTTGTATCAATTGGAGCCTTAAACATTAATTTTATAAATGAATTAATTGAGAGTAATATTAATGAATTTTTTTCTTCTAAAATTGTTTGTGCAAATTATACTGTCATTTTGTAAAACTAGCATTTAAAAAAGTTTACTACAAAGGTAAGAATAATTGTATAAAATGATTTTCAAAGCTAATTGTAAAAACAAGCTGCCTAAATTAATTGCTTTATAAGAATTTAAGAGTTTAATTTGACTCACATTATATTAATTAATAGGGTGAGATATATATAAAATGTGAGGGAATTTTGTATAGAAAGAAAGGGTAGAAATATCCCAACTCTAGAAGTTACCTTGATATAATTTTGATAAGCTAAAGAAAGTAAGAAAAAGAAATTAAAGGGAATCTTTGGCACATGGTTTGTGCAGCCTAAAGTAGCCATGCAACCCAAATTTAAATTGCACACACACACACACACCAAAAAAAGATGGAACTACAAAAGGTTAAATCGGTAGGGTCGTTTCTAATTTCTAATCTGTATGTGTATTCTCTAAACTTTCCAATGCATTCATTCTTTTTTTAGTTGAATGTATACCTTATATATTTCAAACCTTTTTTAAATAATTACTCACTAGTCTTCCGTACTATCTTAACCAAATAATCTAGATTTGTGGTTATCCACATATCAATAACTATTGATTTGAAGTTTACAATTCAACCACACTCTACTGTGTAAAATAAATAAAGCAAAAAATATAGTAAAACCAATTGATTTGGACTAAAATAAATGCGATAGGAAGGGTCGGTAAACAAAAAGAAAAGAGAAAGAAAGTGAAATATGTGCTTAAGAAGCAATTTAGTTGTCAAAATAAAATTGTATTAGGTACTAAAATGAAATCAATTTTCAAACATAAAGATGGCCAAATAAAATTCTATCACTTCCTTAACATTTGATATAGGAGCTCAAACTAGATTGTTGTGAAGAGTGTAGAATCTATAATTAGAAAGTGATAGAGTTATGTAGTAAGTAAAGTGTTATGATAATTAGATGTAATTGAAGTAGAAAGTTAAAAAAAAGGTGTTGAAGTATTTTCTTAAGGTTGAAGGTTAAAATTGATAGAAAGTGGAATTTGATGGTTAGAAGTGATATAAGGTAGGAGTGAGTGTGATAGGGGATGTAAAGTGGGAAAGTTGGATATCTTTTTGGCGAAGGGTATATGATAAGAATATGTGGAAAGGCGGGAAAGGATGTGGCAAAACATCACTCACATACCCACACCATGCGGCGACCCTCACTCCCAAAATCCAACGCCCTCTGCGGGCCCTCCCTTCTTCCTCCCAACTTCTTTTTCTTTTTATTTCTCACTCTAATTTCTTTTTAACTTTCATCTATCTTATCCTACTTTTAATCTCATTCACAATATATATATATATACTTACAAATATGTATGTACATTCATGTATATCTGTACATAGTTCGAGTCTTATTATGGTATTGATTTTGAAATGTATCTTTTCTAAGTTTGTAAACACTTGATAATACTTTTCTTAAAAGCTAAAAAATTAATTGGTTTCAAAATTAAAGTATAATTTAAATCCCTAATAGAAATCAAATTTAAAACTAAAATAGTAAAAACGCCACATTTCAAAATTTATAGTAAAAGCTAGATGTAAAATTGGAATTATTTTAGTTCATAGTTATTTTTTTTTTACAGGAAAGAAAAAGAGAGAGAAGAAAAAAAGAAAGTAGTGGTTTGGGAATTTGGATGCATTGGAAATGGTCAAAGAGAGAAGATTAAAGAAAGGGTGAAGGTTGAAAATGAAATGTGGCGTTTTCCATTAGAACTCTTCAATCCTTTAACTTGTAGTCTCTGCAACTTCAACTTTTTTGCTGTTCTCTCACATGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACAAATGATATTATTGTTTCATTGATATGAGAGACATTGGAGAAGACGATGAACAAAAAAATACTTCAACTTTTTTGTGCCCGACAAGATCATAAAGATAACCTCATCAGTCGTCACACACACATGTACGTTCTTTTCTTTTTTTAGGTTCGACTTCGAACTACTTATCTCTTTAATCTCACCACCCATTCATGTCTTGGTTAAATCAAGTTATTATCAAACCCATCTAACTATGTTGTTGAGGTAATTCATACTTAAAAGGTTGATTGTTGATCACCTTCTATATTTGTACACAACTTCTTTGAATGCCTTTTTAAGTATAATTAAGGACATTCATTCAACCCAACACTTCTAGCTAAAACAATCAAATAGAAAATTCATAAAGTAAAAATAGAGATATTGCACCC

mRNA sequence

ATGGGTTTTGTGAATTTCAAGTGTTTGTTTCTGGGTTTTCTTCTAACCTTTGTTCCTTTTAGAAATGGAGTTATTGTAGTGGAAGGTAGCAGTAGGCCCTTTTCAATTTCCCCAATACTCAAGCTTCAAAAAGGTTTTAAGGGATATTATGATTCACAAATTTTTGCAACAATGGGAATTGAATGCAAGTGTTGTGATGAGATTGGAGGAAAGAAAAAGAGAGAGAAGAAAAAAAGAAAGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGGTTTTGTGAATTTCAAGTGTTTGTTTCTGGGTTTTCTTCTAACCTTTGTTCCTTTTAGAAATGGAGTTATTGTAGTGGAAGGTAGCAGTAGGCCCTTTTCAATTTCCCCAATACTCAAGCTTCAAAAAGGTTTTAAGGGATATTATGATTCACAAATTTTTGCAACAATGGGAATTGAATGCAAGTGTTGTGATGAGATTGGAGGAAAGAAAAAGAGAGAGAAGAAAAAAAGAAAGTAG

Protein sequence

MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGIECKCCDEIGGKKKREKKKRK*

Homology

[Close]

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. NCBI nr
Match: KAE8649554.1 (hypothetical protein Csa_018195 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 166.4 bits (420), Expect = 1.0e-37
Identity = 80/80 (100.00%), Postives = 80/80 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI 60
          MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI
Sbjct: 1  MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI 60

Query: 61 ECKCCDEIGGKKKREKKKRK 81
          ECKCCDEIGGKKKREKKKRK
Sbjct: 61 ECKCCDEIGGKKKREKKKRK 80

[Close]

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. NCBI nr
Match: KAG6595355.1 (hypothetical protein SDJN03_11908, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 2.1e-06
Identity = 38/72 (52.78%), Postives = 45/72 (62.50%), Query Frame = 0


Query: 1  MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI 60
          M    +K   +G +L    F NGV VVEGSSR   + P+ KL KG    YDS + AT+GI
Sbjct: 6  MDLREWKWALVGLVLVGACFSNGV-VVEGSSRRSWMLPV-KLHKGGFEAYDSNMIATLGI 65

Query: 61 ECKCC-DEIGGK 72
          ECKCC DEIGGK
Sbjct: 66 ECKCCDDEIGGK 75

[Close]

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KXD1 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G303090 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 151.4 bits (381), Expect = 1.7e-33
Identity = 72/75 (96.00%), Postives = 72/75 (96.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI 60
          MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI
Sbjct: 1  MGFVNFKCLFLGFLLTFVPFRNGVIVVEGSSRPFSISPILKLQKGFKGYYDSQIFATMGI 60

Query: 61 ECKCCDEIGGKKKRE 76
          ECKCCDEIGGK   E
Sbjct: 61 ECKCCDEIGGKCSTE 75

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAE8649554.1	1.0e-37	100.00	hypothetical protein Csa_018195 [Cucumis sativus]	[more]
KAG6595355.1	2.1e-06	52.78	hypothetical protein SDJN03_11908, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori...	[more]

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0A0KXD1	1.7e-33	96.00	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G303090 PE=4 SV=1	[more]

BLAST of CsaV3_4G025600.1 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G025600	CsaV3_4G025600	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G025600.1.exon1	CsaV3_4G025600.1.exon1	exon
CsaV3_4G025600.1.exon2	CsaV3_4G025600.1.exon2	exon
CsaV3_4G025600.1.exon3	CsaV3_4G025600.1.exon3	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G025600.1.cds1	CsaV3_4G025600.1.cds1	CDS
CsaV3_4G025600.1.cds2	CsaV3_4G025600.1.cds2	CDS
CsaV3_4G025600.1.cds3	CsaV3_4G025600.1.cds3	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G025600.1	CsaV3_4G025600.1-protein	polypeptide