CaUC09G177780.1 (mRNA) Watermelon (USVL246-FR2) v1

Overview


Name	CaUC09G177780.1
Type	mRNA
Organism	Citrullus amarus (Watermelon (USVL246-FR2) v1)
Description	Unknown protein
Location	Ciama_Chr09: 37000913 .. 37005841 (-)
Sequence length	402
RNA-Seq Expression	CaUC09G177780.1
Synteny	CaUC09G177780.1

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTGTGTAAAATATTCACTCTCAAGCTCCTCACAAGCCACCAAAGTGAGCTTGGTTCAGTGGTTCTAGCATGTGGTTCGTCCCAAGCGGTTGGAGGTTCAATTCCCCACCCCACAATTGTTGCACTCAAACTCCTCACAAGCCAATGCATCGAGTAGTGCCAACACATCAGACAGAATACAAAAGAGGTTAGTGTTCCTTCATTATCGGCTGAAAACAAGCTGAATGAATGTCTCCAAATCAATTATTTGTTGTTATCTGCTTTCTAATTATTAAATCGTTTCTTTTCTTGATTTTCTTTGTACTAAAGCTTTTGAGAATTTTTTCTTAAGTTTTGATATGAGTTTATTGGTTGATTGGTCAATCTTGAAAATATCCTTCAATTTATTCTAATGATACTTTTGTCTCTTGGAGAAAGAGAACTGTTAAATTGATTAAGCTGAGTGATGAAAGTAAATTTTATATTATATTAACAATTTAACACTCGCTCTCACTCGTGGGTTTGAAATATGTAGAAGACCCAACAAAATCAATATTAATTGGGAAGAAAATAACATTGTAGGGGTGTGAACACAAGACTTCTTGCTCTAATACCATGTTAAATCACTAATTGACCCAAAAACTTAAGCCGATGGTTGAAGGTAAATTTAATATTATGTTAACACTTAACAAGAATCTTGTTCAAGCCAAGAAAGTTAGGTTGCAATAGAAAGATGACCACCCACACTGGGATATGCTCCCCCAGTGCGCTCAAACATTCTCTTGTGCGAGAAACCATTTTTAGAGAAGGATTGTAGTGTCTATCTTCTTATGTAATGTAATGTATTAATTTAAAAGATGGGGAGAGTTAGGCATATTTGATTAAGGTTGTTTTATTGTTTAGTTGCACTTTCAATTTGATGTTTCCTTTTGATAAGGACAGATCACAGAAGTTAGGGTATTCAGCATAGGAATACAAAAATGTGGTCCTCGCTTATTTGTACTCTGATTTGTAAAATGAATATTTTTTCGTAGAATTGAGGGAAGTATATTCAATTTGATTGAAATTTTGAACCATCTATCAAAGTCCATTATCGCTTTGCTATTTTTTTAACTTGTTTTTTGCTGACGAGCACTGCCACAACTGCCACTTTCAAATTGTTTTTGTTTGTCGATGTTTTTACCTAGGATCTTCTTTTATTTTTAATGTAATAGCTTAATAGGTACATTTTTGCTACGTATTTACTTGTTGTGGTTGCCGTTTTGGTGAAGAAGTCTAATATACCTGAAAAAATGCTTAGAAGAATCTACAATAAGACAATTAATGCTTACAACAGTTTCCTTGACCTTTAATTGAAATAGGGTTGAACTGTAGCCATTTGAAAATGAAAAATTGAGGAAGTTTTTGTGAACTAAAAGAAACTGCTACTGATGATGAATGCTGAAGCAGACTTCCTGATGTTGATGGAATGGAATTGATCTTATGATAATGTTGACTTGTGCTTCTTTTTCTTCTGTTCCTTTAGCTTTTTGATCGATGCACCTTTGAAGAAAATTTCCATTTTTTGAGAAAACTCTATCTCCGTTCTTGACACTGTCTCATGCCGAACTTGACTTTCTTTTCAGTCTTCTTTTGGAAGCTTATTTTTGTTGTTGACATCTACAGTTACGCTGTTGTATGATTCAGATGCATTAAGATTTTGCAAAAATATCTAAGCAAAGACACTGAAAAAGCTATACATGAATTTGGAGCCAAGATCTTTCTAATTACTGATATATTTTCAGGGAGCTTTTCTATTTAGTGAGGGGCAACCTACAATTGAGGAGAGTAAAACACATGGATAATGTGTAAATGGAGTAATTGAGGTGAACTGCAGGTTAAAGCTTGACAGTATTTAGCACACAATCAAAACCTCTAATAGAAGGCCCTAATGCATGAACATATGCATAATCTTCGAGGTTTATCTCAAACATTGTGCTTGAATTCTCCATCTTCAAGGCTTTTCTATAAGCATGGACCATGACATACAAGTCTGAAGAGCCCCTAACAACTAGCAAAAGAGTATGTTGTTTTTCTTGCCGGTCGTGTTTTATTGTAACTTATGTTTACACCAGACTCTTGCCTCTTGCCTCATATCCTCAATAATTGACAAGGTTTATATACATGACCACACTTGTGCACTTGTCTTTGATTATCTGTCCAATAAACATAGCACTTGCTTGCCTGTGGTCATGGTTTAAAATTCCAATGGAACATGGGTGCATATCTAGATATCTTGTGATCTTGAATATATTACAACTTTTACGGCTTCTGCATGAAGGCTCCACTTACAAATCTCTCCAACACATTTGAAGGTGAACAAAGCTTTGCTTGAATTCTTGACCTTAAATTCAAAATCCTTGTGGATGGATAGAACATATGATCCATTTTCAAGTCCTTTTTGCAAAAGAGAAGTTGAATTAACTTCAACATTCGCACCTAGTGAAAAATGCCCATGCAAAATCAAGTCTCCCTATGAATTGCGATCAATAGGGACTGGCGGTCCAACCTTTGAAGAACCACCTTATGTTGACTTTGGAGTCGGTTGTATTTCATACTCAATCATAGTTTGGTTAACCTCATGATTTGTCTCAGTCTCAAATTTACATTTACATTTCCATAAGTTGCTTTGTGTGAGTCTCATGAATCATTTCAACTCCCCTGATGTTCAAGATCGTGTTGTCTAACATAGGATTCCTATGGGTTGGTGTTGCCATTGTCTAGAGATAACTTTGATGGTAAAGTACTCTCATACAATGGAATCTCATCCTTTTGTCGATCCATTTGAAATTATTTGTTGTATTATATGACCACACCTGCATGCTCATCACTCACATTGTTGAACAACAAAGAGAGCGTGAGATGGGCAATAGATTAATTGGAACATTCCATGAGATCAGCATATCGTTAATGGTCATTATTTTTGAAAAGGGGCAAACATCATTTTGGGCCCAAAAATTGGGTCATCTGTACAATTTTTCCTTGAACTTGTGGAGCTTAAACATGGTTCAGGGCAAATGGGAGAAACGATTAGTTTAACCTTTATTGGATATTTTAGCGTTTTTTAAATTAATTTGTAATTCATATTCCAACTTATCGAAGGGAATTAACATGTCATCAATATAATTAGCTTCTATGTCAGAAAATAACATTCTAATAAGCATTTTGTTAACTTAATATTATATTAGGGATCATTTAAACATTTCGCGAATATGAGAGACTAAAGTGTCTGTATTGAAGCTCTAATGACCAAATGACATGAATCATGTACCTCAACAACCGAAAATGCACTTTGCCCTTTTATTTTTTAGAAGCACTTGTAAAATTTGATGTTGTTTGCTAGTAATTTTTAGGAGTTAAGCAAAAGAATGGGATTTGGAGTTCAATAGAGTGAAAATGGTCCATTTTTGCCTAAGAAAGACAAGAATAGGTTAATTCTCCAAAATAAAGGGAAAAAAAATGAGCTAAAAGTGCCCAAAAAGGGGCACCTTGACACTCCCCGATGCTACATGCGATGCCCAAACTTGAGAGCACCAATTTGGACAGTACCACGACGTTACTATAAAAAGAAGTTTCCATCAATAGTGTCGTGGCGACTGTATGTTTGGAAAAATTTTCCTACAAGATTTGAAGTTTTCAACCATCTTTTCTGTCAAATTTTGGAGTCCTAAAGAGTGTTTTGGCTGCAAAGAAGAGGTTAGAAAATGATTAGAGTGCTTGGAGGTCGTTTGTTGATTCTGCAAATCAAGGAGTTGTTGACATTCTTCATTGATGGGGCTTTCTTCGATAGTAGTTTTCCCTTATTCTTTTTGACAATGATGAGTGACTAGACCTTTTTGTTCTTGGGCTCTTTTCAAATATAGCAAAAGAAACCAAAATATTTATAAATATAGAAAAATTTCATTGTCTATTTGCGATAGATGACGATAGACTATTATCTGTGTCATGATAGACAAAGTAGTCTATTGCGGTCTATCACAGATAGACTGTGTATTTTGCTATTAGTTGTAAATATTTTTTGCAGTTTTGCCATTTAAGATAATTTCCCTTTGTTTTTTAAGGTGTTGATGAACATTTTTATGGATTTGAGTATGGTTTAGAATTTTTATAGATATTGTGGAATTGATTGTTTTTCAATGTTATTGTATTTTCTCTTATGTTGATTGGCCATCAATGCATGCTAAGTTAAATATTTAATTTGATAGATTGTGTGTTAATTGGACCTATAACGTTGGATCAATGTTAATCTCTATGGTTAGGTTTATAATGAAACTTGACTATGACTTTGCTTAATGTCATGCCTCTTAAATTGGTTTCAAGAGATTAGTAGTCAATTAGGATTGCATGGGAAATGATTGTTTTCGAGAGTTAATAATCCAAACTTTAGTTTCTACATTTAAACACATCAGGACACAAGATTTCATAGAACCCATGTATGACTTAATGAATTGAACAATAAAATAAATACCGTGGAATGCTTTTATTCTTTGAGATTCGATCTTTGTCTTTAGTTTTCTTATTAGTTTGTAATTATCACACATCTTGTTTTCATTTCTTAAATAAAGTCGATACAATTCTAAAATAGCTAAATAAATCTATGTATTTGATCTCCTGCGGATAATAGTCGGTCTCTCAAGGTCGTTTTACTATATTACAACTTGACATGTGCACTTGCACATATCAAATTTTCTCTTTCATTCTTCTTTTCCTCTTCTTCTTAGTTTCTTTATTTTCTTCTTCTTCGATAGGCACTCCCTCCTCCTCCTAGGGTTATCGCTAGCCACGTTCTTATTGTCGTTGAAGTTGCCACCTCCATTGTCCATGTTCTTGTTGTCAAATTTGCTCTCTATCAACTCTTCTTCTATATCCTCCAAATTTTCCGCAAGGCCATTGCTCACCATGATCATTAG

mRNA sequence

ATGTGTCATGTGGTTCGTCCCAAGCGGTTGGAGGTTCAATTCCCCACCCCACAATTGTTGCACTCAAACTCCTCACAAGCCAATGCATCGAGTAGTGCCAACACATCAGACAGAATACAAAAGAGTTGCACTTTCAATTTGATGTTTCCTTTTGATAAGGACAGATCACAGAAGTTAGGGGAGCTTTTCTATTTAGTGAGGGGCAACCTACAATTGAGGAGAGTAAAACACATGGATAATGCACTCCCTCCTCCTCCTAGGGTTATCGCTAGCCACGTTCTTATTGTCGTTGAAGTTGCCACCTCCATTGTCCATGTTCTTGTTGTCAAATTTGCTCTCTATCAACTCTTCTTCTATATCCTCCAAATTTTCCGCAAGGCCATTGCTCACCATGATCATTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTGTCATGTGGTTCGTCCCAAGCGGTTGGAGGTTCAATTCCCCACCCCACAATTGTTGCACTCAAACTCCTCACAAGCCAATGCATCGAGTAGTGCCAACACATCAGACAGAATACAAAAGAGTTGCACTTTCAATTTGATGTTTCCTTTTGATAAGGACAGATCACAGAAGTTAGGGGAGCTTTTCTATTTAGTGAGGGGCAACCTACAATTGAGGAGAGTAAAACACATGGATAATGCACTCCCTCCTCCTCCTAGGGTTATCGCTAGCCACGTTCTTATTGTCGTTGAAGTTGCCACCTCCATTGTCCATGTTCTTGTTGTCAAATTTGCTCTCTATCAACTCTTCTTCTATATCCTCCAAATTTTCCGCAAGGCCATTGCTCACCATGATCATTAG

Protein sequence

MCHVVRPKRLEVQFPTPQLLHSNSSQANASSSANTSDRIQKSCTFNLMFPFDKDRSQKLGELFYLVRGNLQLRRVKHMDNALPPPPRVIASHVLIVVEVATSIVHVLVVKFALYQLFFYILQIFRKAIAHHDH

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CaUC09G177780.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CaUC09G177780.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CaUC09G177780.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CaUC09G177780.1 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
CaUC09G177780	CaUC09G177780	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CaUC09G177780.1-exon	CaUC09G177780.1-exon-Ciama_Chr09:37000913..37001074	exon
CaUC09G177780.1-exon	CaUC09G177780.1-exon-Ciama_Chr09:37004017..37004077	exon
CaUC09G177780.1-exon	CaUC09G177780.1-exon-Ciama_Chr09:37004905..37004958	exon
CaUC09G177780.1-exon	CaUC09G177780.1-exon-Ciama_Chr09:37005654..37005772	exon
CaUC09G177780.1-exon	CaUC09G177780.1-exon-Ciama_Chr09:37005836..37005841	exon

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CaUC09G177780.1-cds	CaUC09G177780.1-cds-Ciama_Chr09:37000913..37001074	CDS
CaUC09G177780.1-cds	CaUC09G177780.1-cds-Ciama_Chr09:37004017..37004077	CDS
CaUC09G177780.1-cds	CaUC09G177780.1-cds-Ciama_Chr09:37004905..37004958	CDS
CaUC09G177780.1-cds	CaUC09G177780.1-cds-Ciama_Chr09:37005654..37005772	CDS
CaUC09G177780.1-cds	CaUC09G177780.1-cds-Ciama_Chr09:37005836..37005841	CDS

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
CaUC09G177780.1	CaUC09G177780.1-protein	polypeptide