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MS017810 (gene) Bitter gourd (TR) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGCTTTGCAGCTTATAGAATGATGCACTGGCCTACGGGCATCGAGAACTGCGATTCAGGCTTCATCACCCATTCTCGCGCCGACTTCGCACCCGGTGTCACATCTCATAGCGACGAACTCGACTCTGACTGGCCGGCCCGCCAACAAATTGGTCCAGTTCCGAACCTTGTTGTCACCGCTGGTAATATCCTCGAGGTTTATGTTGTTAGAGTTCAAGAAGAGGGTGGCAGAGAATCGAGAAGCTCAGGAGAAGTCAAGCGCGGTGGCATTATGGACGGTGTTTCTGGGGCGTCGCTCGAGCTTGTTTGCCACTATAGGTATGCTCCTCAATTATGGGTCCTTTTGCCTCCCATTTTGTACTTTTCATCATATCAGTAATAAGCTTGTTTCTCATAGAAAGAAAAATGTGTTACTAGCTAACTATCTCGAATATTTGCAAAGGAGGCTCCTTGATATAATCATTAACTGTCCGCAAAAATCATATACACCAACATCATTTACATATTGCTTGTAGAACCCTAATATTATGGAAGACGAAGAACATATAAATGCCCTTTACTTGTTTTTGAGTGTATATCCATGCTACAACTCTCTTAGGTCGTAGTCTTCTTCTATCCATCTCTGTTGATTAAGATAAGTTATGGTAGTAGTCTGTCATTAATCCTTCTTTTTAAAGAGGGAGGGACAATTCAAAGTCTCACCTTGGAAAGAAAATAGAAGCTTCATCTTTATATAAATTAGAGTTCTAGAAATGGTTGGATATTATTTTTTGATACTGTAGCTTTCACGACTTTTCCTAGGGGAGCGATTTAATTCTTTGACAGGATCCCATAAAACTGTAGACAACATTGCTAAAGTACCCTGCATCCAAGTCAGCAGATCAATTACCATATGCTGTTTAGTTTGTTTATCAGTGGTGGATGGAGTAAGGTGGGCTCATCAAGACGAGTTATATGATATGGTTGGAAGCGTATCTGAATCAAGTTATGAATGCAAATAATGCCCAGGTCTTTGTGAATTAATTCTAAACTGCTTTTTTAAAATATAAAACCAACTATTATTAAGAAGAATAGAACTACAAAAAAGAAAGTCATACAAAAAGGCAGGTCAAAACAAAGAAAAAGGAGATACAATGAAAGGAAGAAGTTACAAGACGGAACTGCAATTGTTGGTAATAAAGAACAAAGGAGTATCAAAATAAAACTTGGTCAAATAGACACAAAGGGGGAAGCATTTAAGTGCACAAAACTCCAAATCTCTCCTCAAGATCTCTCACCCCTATAAGCACCCTTGTTTTCCTTTCTAGCAAGACGATCCATGAAATAGCAAAGGAACTAAATTCCCAAAGAAATCTTTCTTTGTATGGGAAATAAGGATGTATGAGGACTTCCTCCACGTAGCATGACAACCTCAACTTGGCACCACCTCCCCAAAAGATTACAAGATCTTCATCATTTTCGTTGTGAATGGGCACCTTAAAGAATGTGATTTAGATCCCTTGATGCTGGTTTGCAAGTAATGCACAACACTAGTGTAGAACTAGAGTGGAAGAAGTCAGATTTATTTTTAGTAAGCTCTTTGCTATTTTTGTTGAGTGATAATTTTATTTTCTCGCATCTTGCATTGCAGGTTGCATGGTAATGTTGAATCTATGGCAATTTTGTCTAGCAGAGGAGGTGATGGTTCTAAGAAAAGAGATTCGATTATATTAGTCTTTCAAGAAGCAAAAATTTCAGTGCTCGAGTTTGATGATTCTATTCATTGTCTCCGTACAAGGTGGGTGGAGGTGTTAAAGGAACAAGATATTTGTTTGCTTTTTTGATTGGTCTCTACAATAATTTAATCATTGACTAATTCTCACGTGTAAGTTTATGAACTTTCAAACAAAGATAATGTGCATAATAAAAAATATGTACATTGACATGGGATGTGCAAATCTTTAACTTTTGGTGTTTTATGTGTGTCTACTAGAACTCTTTATCCTTGTCTGATCCATGATTAACATAATTGGGGACTGGGTAAGACAAGTCCTTAATTGTTGAATTCATATTTACCACAATTCTAATGATTTTTTCCCTTTATTTTTTATACAGAAAAACATAATTGGTGCAGGCAGAAAATTCACGTATTTCTAGATTTAATATCTCTAACAAGTTTTATTTCTTCTAATATTTTTTTCTAAAGAGGAGACATGAAAGGAACACAACTGTATGTTGGCACTGTCCATACATTGGTACAGCCTTTTGGTTTGTTAAGATTTCCATAGAGTCCGTGACTACTTGCATTTAGTACGAAGTATGGTTCTCTGATCAGATGTGTTATGCAACATTCATGTTTTTCTATCGTCTTCCATGATAATGTTTGTGTTTGATTATTGGAAACCATCTCCAAAAATTTAATCTTTTTAGTTATCTTGTTTATTTTCTCAGAATGGTTCAACATTATTAGTGAACTTGATCATCTTATATTTAAAATTATATATATATATATATATTATATATATATTTTTTGATATGAAACAAATATTTCATTGATGGTATGCAATATACAAAAGGCCGCAAGGGCAATTACAAGAAAACCTTCCAACTTGTAATAAGGTCATTAAGAGAGTAGTTGTTAAAGAGGGAGTAGAAGCTTTTACACCAACCAAGAGCTAATAGCAAAACTCTATCAAAAAAACTATCAAAAGAGTGTGATTTATTGTTGAAGACCCTATCATTTCTTTCCAACCATAAACTCCATAGGTAAGCCCGAATTATCAGAACCCAAAGGGTAGCTTTGGCCTTTCGGAAAGGGTGTCCAGTTAGGAGGCAGTCAAGGAAAATGGAAGGTCTAGTGTGTAGAGCTGTTTTCCAACCAAATTCCATAAGAATACGGTTCCAAAAACGAGTGGCATATGCAAAGTGGATGAAAAGGTGGCCTTGTGTCTCTGATGCCCCAAAACATAGGTGACTGCAATTTGGGGAAAGCGCCATGTGGGGGTGTTTCCTCTGAACTCTATCATGCGTATTTAGGGCCCCATGACTAAGCTCCCAGCAGAAGATTTTGACTTTCTTAGGGCATTTTCCTTGCCAAAGACTTGGGTAGAGGGTGGGGGCCAGGGGGGAGGTGTGCGAAACAATGAGGTTGAAGACAGATTTTGTGGAATAGAATCTGTTTTTTCCAGGGGGCCATAACCATAAGTCCTCAAGGGGGGGAGGACAATCGGGTTTATCATTTGTGATAGGTGCAGCCAATCATCGATTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGCGGAAGTTGTAGTTCTAGGAGGAGGTGGATCTAGACCAGTGGTCTGCAATAGTGGCCTTCTTATACTCAGTTAGAGCAAATAGGGTCGGAAAAAGGCTAGCCAAAGATCCCCGTGCAATCCATCTGTCATTCCAGAAGCTGAGTTGGCTATTCTCCCCCACACGGCAGATGGCTACATCCTTAATGAGGTGCAAATGTTGATAGATTGCTGACCATGGTCCTTTGTATCTTGAGTATCGGATGGAACCTAAAAAATATCAGGAAGTAACTAGAATCAAACAAACAAAAAGGTTAATGTATTTGTAATTGTTAGATTAGTTCATCTCTTGGTAGCTTTACTGGTAATTTTATTTGACTTCAAGTTTATTATGTGACTTATATATTAAGGCAACATACATATTTGTTATGCATGACCATAATGTAGTTATTCTAGGTTTCTTGTAGCTCTTACTTCTGTCGTTTGTGTGATCCTCCCCCTTTGAGTGCCCTTATTTTTCCTTAACGTGGAATGTCAAAATTTCAAAGGAGGTTAAATTCTTTGGGTGGTACGTTTTGCTTGGGAGGGTGAACATCATAGGCCGTATTGTGAATTTATGAGACATTCTTCTTTTGTGGTGGGGCTGCAGTGGTGTTGTCTCTATAGGAATGCGACTGAGGATCTAGTCGTCCCTTTGGAGTTGTCTTGCTTAGTTTGGAATAATTTTTTTTTCAAGCATTTGGTGTTTGTTTGGCTCGAATCAGGTAGTGCAGGTCTATGATGGAGGAGATCCTAGTGCCTCTGCCATATAGAGACAAGGGTCGGGTTTTTGGCAAGTTGGTCCTTTGGGGTTTTTGGCTAGAAAAGAACACTATAATTGTTAAAGATATGGATAAATCTTGGGAGGAGATGTGATTGTTGGCTAGGGTTAATGCCTTATGCCTCTACATAAGTGTTGGCTTCTGAGGACTTTTGTAATTATTGATCAGATCTCATTATTTTGGATTGAAGCCCCTTTTTGTAGAGCTAGGTGTGAGGCTCCCTGGTTTGGGTTGTTCTAGCTTTTGTATGCCCTTTGGCGTGTTCTTTTGTTTTCTTCCATTCTTTTCTCAATGAAAGCTTGGTTTCTCATTGAAAAAATAATGTAGTTATTCTATCCCTCCTAATTATTTCCATCATGTACCAGATAGATCTACAAATATATTATGCTTGGAAAGGCTATTGCGCTGGTTATTTTATTATTTTAGTCGTCTAATTTTCTTTGGCATTTGACAATTACTATTGAGTGGAATTTTTCATTTGTAGCTCAATGCATTGCTTTGAGGGTCCACAATGGCTTCATTTGAAAAGAGGTCGAGAATCATTTGCAAGAGGTCCTGTGGTAAAGGTTGATCCTCAAGGCAGGTGTGGAGGAGTTCTTGTTTATGGTTTGCAAATGATAATACTTAAGGCTTCGCAGGTGTCTTTTGCCTTCCGAACTTTTTACTTGGCTAGGGGTGGTAACTTTATGCCATGCTTTGTTGACTTCTAGTTCCTACTATCTGTGTATTGTATAGAAAGAGAAACTATGTTGGACTATAAGTAATTCTATCCACTGGCTTATGTTCTATAGCACCATTCTTCATTTAAGCTTCTTGGTTTACATTGAAATATGCTAAAATTGACTTATCATTCACAATATTTGCACATTGAGCAAGACGGCATATGACTAACATGTTTAGCATATTTAGGTGATGAACCAAAACTGG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Homology
BLAST of MS017810 vs. NCBI nr
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BLAST of MS017810 vs. NCBI nr
Match: XP_022973592.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita maxima] >XP_022973593.1 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 2733.7 bits (7085), Expect = 0.0e+00 Identity = 1372/1453 (94.43%), Postives = 1410/1453 (97.04%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. NCBI nr
Match: XP_023520837.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023520838.1 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023520839.1 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 2730.3 bits (7076), Expect = 0.0e+00 Identity = 1371/1453 (94.36%), Postives = 1411/1453 (97.11%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. NCBI nr
Match: KAG7011474.1 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 2723.0 bits (7057), Expect = 0.0e+00 Identity = 1367/1453 (94.08%), Postives = 1409/1453 (96.97%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. NCBI nr
Match: KAG6571759.1 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 2722.6 bits (7056), Expect = 0.0e+00 Identity = 1367/1453 (94.08%), Postives = 1409/1453 (96.97%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FGR0 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=CPSF160 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 2167.9 bits (5616), Expect = 0.0e+00 Identity = 1074/1463 (73.41%), Postives = 1250/1463 (85.44%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7XWP1 (Probable cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=Os04g0252200 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 1871.7 bits (4847), Expect = 0.0e+00 Identity = 965/1468 (65.74%), Postives = 1154/1468 (78.61%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q10570 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CPSF1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 651.0 bits (1678), Expect = 3.2e-185 Identity = 487/1498 (32.51%), Postives = 735/1498 (49.07%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9EPU4 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Cpsf1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 643.7 bits (1659), Expect = 5.2e-183 Identity = 480/1497 (32.06%), Postives = 730/1497 (48.76%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q10569 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Bos taurus OX=9913 GN=CPSF1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 643.3 bits (1658), Expect = 6.7e-183 Identity = 481/1492 (32.24%), Postives = 735/1492 (49.26%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I7X9 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111472174 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2733.7 bits (7085), Expect = 0.0e+00 Identity = 1372/1453 (94.43%), Postives = 1410/1453 (97.04%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EY93 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111439584 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2719.1 bits (7047), Expect = 0.0e+00 Identity = 1366/1453 (94.01%), Postives = 1408/1453 (96.90%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B4E8 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485885 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2717.2 bits (7042), Expect = 0.0e+00 Identity = 1370/1453 (94.29%), Postives = 1402/1453 (96.49%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LKI9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G074280 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2697.5 bits (6991), Expect = 0.0e+00 Identity = 1359/1453 (93.53%), Postives = 1398/1453 (96.21%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DTM4 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111023895 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2694.5 bits (6983), Expect = 0.0e+00 Identity = 1359/1362 (99.78%), Postives = 1360/1362 (99.85%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. TAIR 10
Match: AT5G51660.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor 160 ) HSP 1 Score: 2167.9 bits (5616), Expect = 0.0e+00 Identity = 1074/1463 (73.41%), Postives = 1250/1463 (85.44%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. TAIR 10
Match: AT4G05420.1 (damaged DNA binding protein 1A ) HSP 1 Score: 90.1 bits (222), Expect = 1.6e-17 Identity = 86/329 (26.14%), Postives = 152/329 (46.20%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. TAIR 10
Match: AT4G05420.2 (damaged DNA binding protein 1A ) HSP 1 Score: 90.1 bits (222), Expect = 1.6e-17 Identity = 86/329 (26.14%), Postives = 152/329 (46.20%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. TAIR 10
Match: AT4G21100.1 (damaged DNA binding protein 1B ) HSP 1 Score: 86.7 bits (213), Expect = 1.7e-16 Identity = 80/278 (28.78%), Postives = 127/278 (45.68%), Query Frame = 0
BLAST of MS017810 vs. TAIR 10
Match: AT3G55220.1 (Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) A subunit protein ) HSP 1 Score: 48.1 bits (113), Expect = 6.8e-05 Identity = 36/133 (27.07%), Postives = 59/133 (44.36%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bitter gourd (TR) v1
Date Performed: 2021-10-25 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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