MELO.jh033058.1 (gene) Melon (Harukei-3) v1.41

Overview
NameMELO.jh033058.1
Typegene
OrganismCucumis melo var. reticulatus cv. Harukei-3 (Melon (Harukei-3) v1.41)
DescriptionReverse transcriptase domain-containing protein
Locationchr01: 15982106 .. 16022173 (+)
RNA-Seq ExpressionMELO.jh033058.1
SyntenyMELO.jh033058.1
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonstart_codonCDSpolypeptidestop_codon
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GAATTGAAGATGCAGTTACAAGAACTAGTTAACAAGGGATACATCAGGCCTAGTGTTTCGCCATGGGGAGCACCAGAGCTATTTGTGAAAAAGAAAGATGGTACCCTCAGATTATGTATTGACTATAGACAGTTAAATAAGGTTACAATACATAACAAGTATCCTTTACCACGTATCGATGACTTATTTGATCAACTAAGGGAAGCAGCGTTGTTCTCTAAGATTGACTTAAGGTCAGGATACCACAAGTTGAAGGTTAGAGAATTAGATATTGCTAAGACAACATTTAGAACGAGGTATGGGCATTATGAGTTTCGAGTTATGCCATTCGGTTTAACGAATGCGCCAGCGGTTTTCATGGATCTCATGAACAGGATCTTCCATCAATATTTAGATCAGTTTGTGATTGTGTTCATTGATGATATATTAGTTTACTCGGTTGACAGAGAATCCCATGAGGAACATCTGAGGAGTGTTCTACAGACTCTACGTGATAAACAGTTGTACGCTAAGTTTAGCAAATGTGATTTCTGGTTGGAACATGTAGTATTTTTGGGGCATGTAGTTTCAGCAAAAGAAGTTAGTGTCGATCCACAAAAAGTAGAAGCGATTGTTAATTGGGAAAGACCAACTAGTGCGACAGAAGTACGTAGTTTCCTCGATTTGGCAGGATATTATAGGCGTTTAATTGAGGATTTCTCGATTGGCATTGCCTTTGATCGCTTTGACAAGGAAGAATGCTAAGTTTGAGTGGTCAGATAAATGCGAGCAAAGTTTTCAGGAATCGAAGAAAAGACCAGTTCCAGCACCTATTTTGGCACTTCCTATAACATGGAAGGACTATGTGATTTATTGTGATGCTTCAAGGCTAGGATTAGGTTGTGTGCTTATGCAAGATGGGAATGTAATAGCTTATGCTTCAAGGCAGTTGAAGGAGCATTAGTGTAATTACCCTACCCATGATCTTGAGCTAGCAGCAGTTTTTTTAGCACTAAAAATCTGGAGACACTATTTGTTCGGGGAAAAGTGCCATATTTTCACAGATCATAAAAGTCTGAAGTATATTTTTGATCAGAAAGAGCTAAATCTGAGACAAAGGCGATGGCTAGAATTGATTAAAGATTATGATTGTACAATAGAGTATCATCCAGGTAAGGCCAACGTAGTAGCGAATGCATTGAGTAGGAAGTCAAGACTTCCGAAGAGTGCCTTGTGTGGTATTCAAGTAACTTTGTTGATTGAGTAAAGAGGTTCCAAGGCTGTAGTAACTACAGAGGATTCAGGAAGTCTCTTAGCTCAATTTCAGGTTCGGTCTTCTCTAGTAACTGAGATTCTAAGAAGACAGTAATTTACAGAAGAAGCTTGAGAAATCCAAGAAAGGCTTAAAGGTGGAGTTTTAGCTGAGAACAAATGGAGCCATTGTTAGACAGGGAAAATTATGTGTTCCGAATATCAGTGAGCTTAAGAATGCTATTCTAGAAGAAGCTCACAGTTTAGCTTACGCTATGCATCCAGGTAGCACCAAGATGTACAGAACTTTAAAGAAGACTTATTGGTGGCATGGAATGAAGTAAGAGATAGCTGAATATGTTGATAGATGTTTGATTTGTCAACAGGTTAAACCAGTAAGACAGATGCCAGGAGGATTTCTTAATCCTTCGCCAGTGCCAGAGTGGAAATAGGAGCATATTACTATGGATTTTCTATTTGGATTACCTCGTACATCCAGTGGACATGATGGTATATGGGCAATAGTAGACAGACTCACCAAGACGGTACAATTTATACCCATTAAAGCGACATCTATGTTAGACCAGCTAGCTAGATTATATATTGATAAGATTGTGAGTCAGTATGGAGTACCAGTGTCCATAGTTTCAGATAGGGATCCGAGGTTTACTTCTAAATTTTGGCTTAGTTTACAGAAAGCAATTGGCTAAAGTTTAGTACAACATTTCATCCCCAAACAGATGGTCAGTCCGAGAGGACCATCCAAACTTTAGAGGACATGTTGAGAGCATGTGTCCTTCAACTTAAAGGAAGTTGGGATACTCACTTACCATTTATGGAGTTTGCTTATAATAATAGTTATCAGTTTAGTATCGGTATGGCACCATATGAGGCCTTATACGGGAGACCATGCAGAACTCCTGTTTGCTGGAATGAAGTGGGAGAGTGAAAGTTAGTAGGTCCTGAGTTGGTTCAGATTACGACAAACAATATTAATTTGATCAGAGAAAATCTAAGGATAGCCCAAGATCGATAGAAAAGTTATGCGGATAAGTGACGAAGGAACCTAGAATTCCAAGTTGGAGATCAAGTTTTCTTGAAATTATCTCCATGGCAAGGTGTTATTTGTTTCGGAAGAAAGGGTAAGTTAAGTCCTAGATATATTGGGTCATATCAGATAACGGAACGAGTGGGACCAGCAGCGTATAGACTTGAGTTGCCAATAGAACTTGCACGAATACATGATGTTTTCCATGTATCCATGTTAAGAAAATATATACCAGATCCATCACATGTGTTGCAAGAGCAACCCGTTGAATTAAAAAAAGATTTGAGTTATGTTGAATAACCAGTTCAGACTCTCGACATCAAGGAACAAGTTTTGAGAAACAAGACGATTTCACTCATAAAGGTTTTGTGGAGACATCATGGAGTGGAGGAGGAAACTTGGGAACCGGAAGATCAAATGAAAAAGAAATACCCGATACTTTTCAGTTAAGGACATTCTAAATTTCGAGGATGAAATTTTCTAAGGGGAAGGTAAGTTGTAAACCTGATATTTTCTTGGTTTAATTTCTTTAAATGTAAAAAAAAAAAGATAATGGAAATTAAGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATTAAATGGTTTTATTAAATAAACTAAAGAAAAGAAAGGATAAAAAGAAAAAAAAGAGAAGAAAAATTCATTTTTTCTTTTCTTCTTCTTCTTCTCTTCCCTTCACCACCAAGCATTTTGAAGAAAATTTCTCATCCAACTTCCATTCTTTTCCTTCTTCAATTTGAAGAGAACATTTAAGAGAGAGTTTGGAAGAAGAAGAGGAATTTTACTAGAATTTTGAGGTTCAAGAAGAGGAGGAGAACTCAAGCAAAGTGTATCCATGGCTGAATTTTTGTTCATTCTGCATATTACTGGTTTTTAATTCAGTTTGAACTCTTCAAAAGGAATTAAGAGGTAAGGTTTACATTTACTGAAAGTTAACTCATTTTCAAACAAACTTTATGAAGAAAGTTGGAGCAAATTCGGATATTCATTGGGTGCTTTTTGATGAAGAAAATAGGGCAGTTGGTTTTCAATCGAAATCATAAGGTCTCTGGTTTTTCTTGTATTTCAGAGTGTACCGGTAGAGTTAGGATCTCTATTTGATATGGTTGGAGAGATCATGAAATTTACTATAACTTTCATGAAGAAATCATGAACAAAAAACGATAAAAAATCAGTTAAATTGTAGGGACAGTTTAAAGAGGTCGTGTGCGCGCGATTCTGGAAGTGGTTCTGTTTCGAGGGTTATCTGAGTTTATGCAGGGGGAATCAGATTTACATGTCTTCAGGTAAGTTTTAGAGGATCTCAAAATGAAGATTTTGATATAAAAAACACTCATTGTGGTTAAGTATTGAGAAAGTTATAGTCATTTGAAGTTTATGTTAGAAATCTGGAAATTTCAGAGAGTCGTTGAAATAGGATTTTATTTCTTAAGCTTTGTTTTCGTGAGCGTCATCTTTGGTGCGACATGTTATGTATATCTTTAGAAAACCAGAATGTTTAGAGTTCTAATACTCGGTTGGGTTGTTGGCAGGCCGAGAAAAATTAAACCGAGCTTATAGATCAAGGATCTAGCCCAAGACGGTGAGTGACAAAACCAACTTTGAAATATTTTCCATAACTGTTATTATGATTGAATGCGATAAATGTTTACTTACGAAGCTATCAAAGGTATTTGAATTTCATGACTATTGTCAAGTATACATTTGGAGACTAGATTTTTTAAAGAAATTTATGCTAGCACGTAGATATTAAATGTTTGGAAAGTATTTAAACCACAATGTTTAAAGCAAAGCATGAATTAGTAAGTAGTTTTATTTTAAGAACTACAGTTTTCCACGTAAGAGCTAAGTAAAGTTCGAGCTTTGTGTAAAATGTATAAGCAGGCATGTTTTAATATTTTTAGATGATTTATGAAATTTTCATTAACTACATGACTGAGATCTTGAGCCTGAGGCTAGAGATTACCGTGTGCACAGTGGTTAGATTCCCTTGTTGACGTTGAGTGTACTCCGTAACAACGATGCTGTTGTGAGTGCTGGGCGGGTCCCACTACGACAAAGATGATGTAAGTGCTGGGTGGGCTCCACTACATCGTAGAGCTTGTAAACGTTGTTGTACTGGGTGTACCCTACACAACGTAGATTTGTCATGTTAGTTAAAATGTTTCGATATACTTGATATGCCTTGCTAGATTTTAATGATGAACATGCTGAGTATTTAAGGAAGCTATTCTTAATACAACACGTTTACATTTACGACTTGTATCTTTAAATTCATAGTCTTAAACTGAGTCACTCACTGAGCTTCATAACTCACATTTTCCAAAATGTTTTACCCATTTTCCAGGTAGAGATCGAGTTTCCGGTGCTTGATAAACTGATTTAGTTTACTGAAGCTCCGTTATCGATTGCCAGTACGTGTTTTGAGTTGGGCATAGAGTCTGTTGTGTTATGATGTATATACCTTGTATGTTATAGATACTTCACAGTTTGTATAAGCTTTAGGAACTGTAGTTGTGTAAATTTTTGTTGGTTATATTTTGATTAAGGTGTCTTTAGGTTTACCCATGAAATCGATAAATTTTGAGGTACACTTCATGTATGTGTTTGACTAGCCTATGATCCGCTGTGTTTTGTTGCATGTATAATACTTTATATACTAGATTGACAAGTTCATCACATGAAAGTTTTAAGCAGAGTCGACAGATACAGGTACAGAAAAGCGTTGTTCGTCGGTTTCACGCCATCTTTTGGTCTAAGGTAG

mRNA sequence

TGGATCAAATTCGGATATTCATTTGGTGCTTTTTGATGAAGAAAACAGGGCAGTTGGTTTTCACTCGAAATCAGAAGGTCTCTGGTGTTTCTTGTATTTCAGAGTGTATCAGTGGAGTTAGAATCTCTATTTGGTATGGTTGGAAAGCTTATTCAATTTACTACAACTTTCATGAAGAAATTGTAAACCAAAAACGACTAAAAATCAGTTAAATTGTAGGGACAAGTTAAAGAGGTCGTGTGCGCGCGATTCTGGAAGTGGTTCTGTTTTGAGGGTTATATGTGTTTATGCACGGGGAATCAGATTTATATGTCTTCAGATGATTTATGAAATTTTCATTAACTACATGACTGAGATCTTGAGCCTGAGGCTAGAGATTACCGTGTGCACACTGGTTAGATTCCGTTGTTGACGTTGAGTGTACTCCGTAACAACGATGCTGTCGTGAGTGCTGGGCGGGCCCCACTACGACAAAGATGATGGGAGTGTTGGGCGGGCCCCACTACATCGTAGTGCTTGTAAATGTTGTTGTACTAGGTGTACCCTACACAACGTAGATTCGTCATGTGTCTTTAGGTTTACCCGTGAAATCGATTGACAAGTTCATCACATGAAAGTTTTAAGCAGAGTCGACAGATACAGGTACAGAAAAGCGTTGTTCGTCGGTTTCACGCCATCTTTTGGTCTAAGGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGAAGAAAACAGGGCAGTTGGTTTTCACTCGAAATCAGAAGGTCTCTGGTGTTTCTTGTATTTCAGAGTGTATCAGTGGAGTTAGAATCTCTATTTGGTATGGTTGGAAAGCTTATTCAATTTACTACAACTTTCATGAAGAAATTGTAAACCAAAAACGACTAAAAATCAGTTAA

Protein sequence

MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIWYGWKAYSIYYNFHEEIVNQKRLKIS
Homology
BLAST of MELO.jh033058.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0056684.1 (DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 1.62e-10
Identity = 30/33 (90.91%), Postives = 31/33 (93.94%), Query Frame = 0

Query: 1   MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           MKKTGQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 104 MKKTGQLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 136

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0042134.1 (DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 2.21e-10
Identity = 30/33 (90.91%), Postives = 31/33 (93.94%), Query Frame = 0

Query: 1  MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
          MKKTGQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 1  MKKTGQLVFTRNQEVSGSSCISECIGGVRISIW 33

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0032946.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold269G00200 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 2.33e-09
Identity = 28/31 (90.32%), Postives = 30/31 (96.77%), Query Frame = 0

Query: 3   KTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           KTGQLVFTRNQ+VSG +CISECISGVRISIW
Sbjct: 235 KTGQLVFTRNQEVSGFACISECISGVRISIW 265

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0043123.1 (transposase [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 58.5 bits (140), Expect = 4.48e-08
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 29/33 (87.88%), Query Frame = 0

Query: 1   MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           ++  GQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 613 LQTAGQLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 645

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. NCBI nr
Match: KAA0035073.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold57G001380 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 55.5 bits (132), Expect = 5.47e-07
Identity = 25/28 (89.29%), Postives = 26/28 (92.86%), Query Frame = 0

Query: 6  QLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
          QLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 67 QLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 94

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UNA3 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold73G00100 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 7.85e-11
Identity = 30/33 (90.91%), Postives = 31/33 (93.94%), Query Frame = 0

Query: 1   MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           MKKTGQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 104 MKKTGQLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 136

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TFC5 (Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold67G006220 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 1.07e-10
Identity = 30/33 (90.91%), Postives = 31/33 (93.94%), Query Frame = 0

Query: 1  MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
          MKKTGQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 1  MKKTGQLVFTRNQEVSGSSCISECIGGVRISIW 33

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SSI1 (Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold269G00200 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 1.13e-09
Identity = 28/31 (90.32%), Postives = 30/31 (96.77%), Query Frame = 0

Query: 3   KTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           KTGQLVFTRNQ+VSG +CISECISGVRISIW
Sbjct: 235 KTGQLVFTRNQEVSGFACISECISGVRISIW 265

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TIE3 (Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold332G00080 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 58.5 bits (140), Expect = 2.17e-08
Identity = 26/33 (78.79%), Postives = 29/33 (87.88%), Query Frame = 0

Query: 1   MKKTGQLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
           ++  GQLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 613 LQTAGQLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 645

BLAST of MELO.jh033058.1 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SX02 (CCHC-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold57G001380 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 55.5 bits (132), Expect = 2.65e-07
Identity = 25/28 (89.29%), Postives = 26/28 (92.86%), Query Frame = 0

Query: 6  QLVFTRNQKVSGVSCISECISGVRISIW 33
          QLVFTRNQ+VSG SCISECI GVRISIW
Sbjct: 67 QLVFTRNQEVSGFSCISECIGGVRISIW 94

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0056684.11.62e-1090.91DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0042134.12.21e-1090.91DNA/RNA polymerases superfamily protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0032946.12.33e-0990.32uncharacterized protein E6C27_scaffold269G00200 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0043123.14.48e-0878.79transposase [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0035073.15.47e-0789.29uncharacterized protein E6C27_scaffold57G001380 [Cucumis melo var. makuwa][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7UNA37.85e-1190.91Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold73... [more]
A0A5A7TFC51.07e-1090.91Reverse transcriptase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold67... [more]
A0A5A7SSI11.13e-0990.32Reverse transcriptase domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1... [more]
A0A5A7TIE32.17e-0878.79Transposase OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold332G00080 PE... [more]
A0A5A7SX022.65e-0789.29CCHC-type domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
MELO.jh033058.1.t1MELO.jh033058.1.t1mRNA