Lag0028746 (gene) Sponge gourd (AG‐4) v1

Overview
NameLag0028746
Typegene
OrganismLuffa acutangula (Sponge gourd (AG‐4) v1)
DescriptionRegulator of chromosome condensation (RCC1) family protein
Locationchr8: 29785537 .. 29790931 (+)
RNA-Seq ExpressionLag0028746
SyntenyLag0028746
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATATTGGCTACATATCACCAGACATACTGGAGACTTTCATTGTGTACAATGAGCGAAGAAGGGTCACATCTTCAGCTAAAAGGAAAAGAAAGCATGTCGGTGTGTCCTTACACAAGGTAATATTTTCTAGTTGGTTGTTTATGTAATGATTTTTCAGTTTAAAAATTTCTTGTTAGATGATTATATTTCTTCATGGTAATAGTGTACACCTGGACAACTATTGATATCTTAATCTGTACAACAAAGTTCTGGATATTTTGATTCTTGACCACTGTATCTCATCCTTCTCCATCATGCACTTGGCCCACTTTGGGAGGTTGCTAGACTGAAGGTAGAGTTCCAGTATCTAATTATTGCAAATATCATAGTTGTGGAATGAGCCCCAATCGGCCAATTCTCTCTGCCTCTGCATCTCTCTGAAATAATATTGCCTACATATACTTTGTCCTCTTGTGTAATGTTGGGGTTTGCTTGCAATTCTAAAAGTAGTTTTGTCTTTTTGAAATAACAGCACTAATGAGATATATAAATGATCTGACTTGGTTTGAGTAGGTATAGTTTTTCAGTTGCATATTTCATTGGTAATTGTAACTATGTGATACATTATCATGTCTCAGTGAATTAATGAAGCTGATCTAATTCCTCTGATTCCAACTTGATGGAAGTTTAATTATATTGGCTGAAAATGTCATGGGCTCATTGAAGACTGATGATAATAGTGAATCATTAATTCACTATGGGCAAAGATATTTATAATTTTGTCATTGGAATTCTTTTGTTGAGAATTAGTGTTCTGGTTCTAAGTGTGTTATTCTGGATAGGTGTGGAAGATGTAAATTAGAGAATGTGAAGGTGCGGAATAAAGGAATTGGCTGGAATGCTTAAGACAATATTTACTAGAAGCTTGAGGTGCAGTCACGATTGTTGTTTTACAGGTTTGTTTATATATAAATACAATATTCAATTGTTTTAAACTTTAGGACTGACACATTTACTCATTGGAGTAACTGGGCATTGATTAAGACCTGATTGCAAACCCATACAAGATTTACCGATAACTTTCTCTAGATTGAAGGATTATGATAGACCAACAATCATCTTTAGTGAGTGCCAACAATAAATATCTGATCATTTAAAATAAACCATAGTGGAATTTTTGCAGACGTTGAAGTTGACGTTGACATTGTAAAATAAACCATAAGGGAGAAGACACAAAACCATTAGTAGTTATTAGCTTCTAGTGATTCAAGAAAAAGTTGATCATTTTTTTCTCAATAGTAAGAAATGTGAAGAATGTGGAAGTTGTGCAAAATTTGCAAAACAATTTATTCTTAGTTATCAGCCTTTCTTAATAACCAGAGAAAATCTCTCCCTTATTAGAAGTTATCAACTACTTCTGTCTGGTTTGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTCCAGATTTTCTTTTAGGTTGTATAAGTAAAACTAAATTGTATTAATCTTTTATAAAATGAAAATTATGTTCACTATTGGAACTGAACTTTTTTAGGCATAAGGTACTTAAATACTTTGCAACTAAAAAGCTTAAGATCTTAGATTTTAGATTAAGCCAGGGTTGCAAAATTTAGACTCAGTAATTGTATAGTATTTGAGGAATTTAAACGAATGATGAAAAGGTTATTAGCCCGTAATCCCACTTTTGGTAACGACAAAGAACCTGTTGTAAAATATTTTTTAAACTTCAATTTGTTTTGAACTTCATAAACAAACTTTTCTTTTTTATTTTGTTGAACATGTTTTGAATTAAGAATTTGGAATGATTATTAACTTGTTTGGGAAAATACTTGCTTTTTGCATTATGCTCTTACTTTTATATATCATTATGATCATTTCTTTAAACATGTCTCTAAAAGACGCTGATGAGTTGCTTTTGGATTGTGAAAGCTGAGGGCAAATTGTACATGTGGGGAAATGCTAAGGATTCTCAATTGGGTATTCCTAGCCTGCCAGATCAAGATCTGCTACCTTCAAAATGTGGACTGATGTGAGTTTTGCTTTTTCATACATGTGCTTTCTTTTACATATGGTGATACAATAATATTATACAGTGAGTATGAATGGGGTTGGGTATATTAATTTTCTCTAATATATGGTTATTCTAGCTTCTATTTTCCTTGAGTTTCAATATTACTCTTATCTTCTTTAGTTATTGATTCAAGGTCTGATGGTTGGTTCTAGCTCCTGACAAAGGTTGTTGAGTTTAGTTGTTGAGTCCAAAGAAATGTTCTGCTATCTAGTGGAAGAACTTTTTGTTTAGAATGATTGCAAGACTTTCTTTCTTGTTTTAGTATTATTGGTTTTTTTTTCTTTTGTGTATTTGAAGGAGGGGTCAATGATGTTTTCTATGTATACGGTAAACTTGTTGAAATTTGGTTAGAAATGATTACAAGACTTGCATTCGGGCGGGGGGGGGGGGTGCTCATATGCATATTGTATACTTATTGGAATTTGATTGACTTGAACCTGTATTCCATTTTTTCTCTGGATTGGGGGCAATTTTTCCTTGTTGTCGTATAGAAGTTGTTGAAAAAGCAATGTAAGGAGTCTGCCTTTTTGAGTTTCTCTTAAATCATTTCATCACACTTTAATATGCATATATGACTTACCTAATTCTTTATTGTATGTTGATGTCCAAGAGGAAACAAAACTAAAAGGAACATTGCTTTAGAGAGAAAGAAAGTTAGACAACTTATTATGTGCATATGGCTTTCTTACTTTTGTTTGTCTGAGTTGGGACGACAAAGTTAACTATTCTTGGTATTATCTGACTCTCTTCTGTGGATATTGATATGAGTTTTTCCTTTTCATATATGTGCTTTCTTTTAGGTGTATAGACATGTCAAAATGTGTAAGATAAAAGCAATGTGAAGCATGTTTTGCAATGTAAAATATGCATTTAAAAGGATAGAAGTCAAATTAAGCTAATATGTTTCTTATTCTCTAATTTATTTAGTTGGTGTGTCATAAAGGGTTGGTAATTGATAGATGATGGTGCAAGTTTTAAATTTCATTTTGAACTTTTATATCCATAATAGAATCAACTATGGCATATAGGAGTTTCAAAAGAATTTGTATATATAATTTTTTTTTGTAATTGTTTTTGTAGGTGGATAAAATGCGGCTTTACATATGGATGAAGATAACGACATCACTTGGTTCTTGAAGTTTGTTCTCCATATTACTTTGAATGTGAACATTTGGTGCATTTTCTATTTTGTTACTCACTTTTTAGAAATAACTTTGTGAATTTCCTTCTTTGTGTTGGGCACTGACTAAATATGTTATTTTGTGATGTAATGAATTACAAAATTTCAATTATGAGATGGAAGTTATGATATTTTAATTTTCATATAATAGTCTCGGTATGTTTATTTAGCCACAAAAAAGTTTTGTTAAGACTTATATCATTTGACGTGATACTTGATCACAATGGTGAAACATATTATAACACCACTATATAATAGAACATGTTCATTAGGAAAATTTGTAATATATCCTAAATGAAAAGAAACAGCAATGAAAAGTGTAATAAAGTGAAAAAAGCTACAATATCTCAAAATAATATAAAAAATGCTATTAAAGATCAATCATAACGTTTTTTGTTAATGTTTTCCATAGCATTAAAATTATGCAATCAAAAATAAATTTTTTATAGCATTTTCTATAGCTTTGAAAAAACGCTATGAAAAGTTGGAGACTTTTAATAACATTGGCTACAACAACGTGGCAAAAAATGCTATGAAATGTCTTTTATAGCATTGTTTTGTGGCTATAAAAAACGCTATGAAAGAGAAATCATAGCGTTTTTTCAACGCTATGAAATGTTTCCACAACATTAAAATAACGCAATAAACATAGACTTTATACAGCGATTTCGATAGAGCGGGAAAAAAACGCTATTAAAAGTCTCAGACTTTCAATAACATGGGCTACGACAGCGTTTCATAAAACGCTATCGTAGCCTTACGATAGCGTTTTTTCAATGCTATCGTATGTGATTTTTCCGGTAGTGTAAGCTCATGCATGTACTATCTTTTATCGGTAGTGTTTTAATGCTACCAAGACTACATGTCATGCGCTAACTTGCTCTACTCAGAGATTTCCACATGTGTTACCTGTCAGGGATTTAGCACGCTGCTAGCGCATCCGGCTGGCCAAGCGGGAGTTAGTAATGAAAAGATTATCGCATCTAAGTAGAAAGCAACCAATGTTTCATTCAACTCAAAATATGCGATTACAAGATATACTTATCGCCGCATGAGGTGCGTGCGCTAAGCCTTGAAGAAGAAATTAGCTCATACGAGCAAAACAAGACATTCTGGAAGAAAACATTACAAGCATAAGTTGCTCCTAATCACAACTCTTTCTGTAATTCCTCTTTTGATATTCCTTCTTCTCCCTCTTGAGCAAAAGAGAAAAGGAATCAAGAATGCCCTCCCATATTTGATTTATGGCTTCTATTTATAGGTGAGGGAAGATGACTTCTTCAAGTAATTATCCACTTGCATTAATCATCATTAGGCAGCTTGTAACTTTTTCAGCCCGTTTTCCGCCCACTTGCGCTTGCTTTTTCATTATCTTATATGTTTCTTGATCATCTTGGAATGTGTGCCTGTGCTGAAAAGAAACTTAAAAGAAACAACTTAATTAGTTGCGTTACCGCCCTATATTTTATAATTTCACACCGCATACATGAATACATCTCGCAGCATAAAATTATCACATTTTTCCCTCTTTATGCACTGAAACAACGCATCTTTGTTTCTTAAGGCCTTGTTTTAGTCCAAGTTTAGAGGACAAGTAACTTGTTTTTTGCAAGTTATCAGTAGACTCTGGAGGGCTTCACCAATTCTTCTCTAGATCAAGATCTCTCTACAAATTATACAGGGACACCACCACCAATGTTGCACTAGTATTCTCACAGGGTAATTCTTGAGGCCAAAAGAAGTGGGTGTTGGGTTTTATGTCCTAAAACTCAAAGTTTGTAATCTTTTTGCAATAAAGATGTTATTCAGTGAATTGTTTGTTTATATACTTTAAATCCAATAAGATAAACATCCATGGTTATAATATGAAATACTCGAACTATATCATGGATATGGACAGGGATCAAGTTCTAGTATATAACCTAAATGGTCTAAAGTATAGGGATAAGGTCGGGTACCTTATCCCTGGTGACACTATGGATGCGACCTACTTTGCGAACAAGGGAAATGATGTGATCCTTGATCGTTCATGTAGAGACATGCGAGTAGGGGCATCCTATGTAAAAGATGTTTACACAAGACCGGACCAAGAAATAAGTCACTCTTACTTTATACCATCGTTTACTGTTAAGACTGACTATTTCATGCGATGA

mRNA sequence

ATGATATTGGCTACATATCACCAGACATACTGGAGACTTTCATTGTGTACAATGAGCGAAGAAGGGTCACATCTTCAGCTAAAAGGAAAAGAAAGCATGTCGGTGTGTCCTTACACAAGGTGTGGAAGATGTAAATTAGAGAATGTGAAGACGCTGATGAGTTGCTTTTGGATTGTGAAAGCTGAGGGCAAATTGTACATGTGGGGAAATGCTAAGGATTCTCAATTGGGTATTCCTAGCCTGCCAGATCAAGATCTGCTACCTTCAAAATGTGGACTGATGGATCAAGTTCTAGTATATAACCTAAATGGTCTAAAGTATAGGGATAAGGTCGGGTACCTTATCCCTGGTGACACTATGGATGCGACCTACTTTGCGAACAAGGGAAATGATGTGATCCTTGATCGTTCATGTAGAGACATGCGAGTAGGGGCATCCTATGTAAAAGATGTTTACACAAGACCGGACCAAGAAATAAGTCACTCTTACTTTATACCATCGTTTACTGTTAAGACTGACTATTTCATGCGATGA

Coding sequence (CDS)

ATGATATTGGCTACATATCACCAGACATACTGGAGACTTTCATTGTGTACAATGAGCGAAGAAGGGTCACATCTTCAGCTAAAAGGAAAAGAAAGCATGTCGGTGTGTCCTTACACAAGGTGTGGAAGATGTAAATTAGAGAATGTGAAGACGCTGATGAGTTGCTTTTGGATTGTGAAAGCTGAGGGCAAATTGTACATGTGGGGAAATGCTAAGGATTCTCAATTGGGTATTCCTAGCCTGCCAGATCAAGATCTGCTACCTTCAAAATGTGGACTGATGGATCAAGTTCTAGTATATAACCTAAATGGTCTAAAGTATAGGGATAAGGTCGGGTACCTTATCCCTGGTGACACTATGGATGCGACCTACTTTGCGAACAAGGGAAATGATGTGATCCTTGATCGTTCATGTAGAGACATGCGAGTAGGGGCATCCTATGTAAAAGATGTTTACACAAGACCGGACCAAGAAATAAGTCACTCTTACTTTATACCATCGTTTACTGTTAAGACTGACTATTTCATGCGATGA

Protein sequence

MILATYHQTYWRLSLCTMSEEGSHLQLKGKESMSVCPYTRCGRCKLENVKTLMSCFWIVKAEGKLYMWGNAKDSQLGIPSLPDQDLLPSKCGLMDQVLVYNLNGLKYRDKVGYLIPGDTMDATYFANKGNDVILDRSCRDMRVGASYVKDVYTRPDQEISHSYFIPSFTVKTDYFMR
Homology
[Close]
BLAST of Lag0028746 vs. NCBI nr
Match: XP_022133945.1 (probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 55.1 bits (131), Expect = 7.3e-04
Identity = 22/38 (57.89%), Postives = 28/38 (73.68%), Query Frame = 0 

Query: 59  VKAEGKLYMWGNAKDSQLGIPSLPDQDLLPSKCGLMDQ 97
           + AEGKLYMWGNAKDSQLG+P LP+    P +   +D+
Sbjct: 397 ITAEGKLYMWGNAKDSQLGVPGLPEAQPCPVEVKFLDE 434

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lag0028746 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022133945.17.3e-0457.89probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 [Momordica charantia][more]
BLAST of Lag0028746 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lag0028746.1Lag0028746.1mRNA