Csor.00g015080 (gene) Silver-seed gourd (wild; sororia) v1

Overview


Name	Csor.00g015080
Type	gene
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. sororia (Silver-seed gourd (wild; sororia) v1)
Description	Unknown protein
Location	Csor_Chr01: 6223312 .. 6226437 (+)
RNA-Seq Expression	Csor.00g015080
Synteny	Csor.00g015080

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSstart_codoninitialpolypeptideintroninternalterminalstop_codon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGCCTCACAGGCGTGGCCGAAGCGATGGATTTAGGCCTCGGGTTGGGCTAGTTTTAGGCTGTAGTGCACGTGGGCTAGATCGTCTGGGCAAGAGTGGATCTCGAGTTGTAAGGTTCAGTTCGTGGGCTGCAAACGATTATGGGTCATTGGTTGTAGAGCGTACCCTACCCGGATTCGGATCCAATGCATCCTTTCTTCTTCACCCAACAAACGAAAACATTTCGAATTTCACTTCTCTCTCTTCTCGAGGTATCATACCGCCGTCCTCTTTCGTTTCTTAGCTTGAATCTGTCCTCACGTCTTTAATAACATATGCGATCATTTAAATAAAACCACTTATACGTTTTTAAAATAAGAAATAGAAATAAGGTCATCAAAATAAAACTTTAACTAAAAAGCCACCGATAAAACTATTAATAGAAAACAATGCATACTACTATTCTATCTTTCAGGACCATTTCAGCATTAGAGGTAACTAATCTCATTGTTGATTAGGTAATGCTAACACACATACAGGCCAATGAAACCTACTCTTTAAAACCATAATGGTTGGAGTTGTAAATTTTTTCAACTCAAACCGTTCTTATTAAATAATGAACTTAATCCTAATTTTTTTTAGTTGGGTTGGTTGGTTGCTGGAGTCATATATTATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGTTTTAAATAAAAAAAAATATTAATTTATATATTTTTAAATATTTAATTAAAACTATAAATTATTTTAATAAATTACGGTTAAATATTTTTAACAATCATTAGAGAATAAATAATATATATATATAATTGTATTTAAAGTTATTAAAAGAAAACAATCAAATAATAAAACTTTTATTTATTTGGGTTAATTCTCCACGCTCCTCTCTTTCTGCACTGATTATCAATTTCCTTCCCATTCTACTCTCTCATTCTACAGAAGAGCCAGCAAAGTTGTGTTTACTATCTCCTCTCAGCAGCACCAAATCTAGGGTTTTCTCGCCCCTTCTCTTTCGGTACTCTTATCATTTCTTTTTCTTTCTTTCATTTCAATTTCTTTGTCTTCTGATTTGACTGCTGGTAATCTATGTTCACGTTTTTCATAATTGAAGTACCGATAGGCGTTGTATCGTCCCACTTGGTGTTAATCTCTTCAATCTTCCAATTTTCGCTGCGGATTGCTTGTAATTGGGAAATTTGTTTTCCTTTATATTTTTGTTTCATTGAGATACATAATTTGTTTTTGGATGGAGTATTCTGAGGCGAACTTTGTTCCAGCTTTCATTCAGCTTCTGCGTTGCCTAAAGGCGAGCGACGAAAGAGGATAACAAATTAGGAATGCTGCTTGCTAATTCGTGTAAATGTTATCTCATTATGTTGTCACTGATATCCTGAACGTTTAAAAAAAGGTAAAGATCGGACTATAGGGATAAAAACTTATGAATTGTTAGAAATACAAGGGCAACGTACATTGGAATCAAATAAGCTGGGGATAAAGTATGAGGGAAGGAATGAATTTAGTAGTTTCCAAAACAAGATCGTACTTTCTTTTTAGTTCCTTGTTTGGTAATTTTTGTTTAACTTGCTTGAGTGTTTGGTTTCCTTGTCATGATCTTCAGTTTTTATTATAACCTCAGTTTATTACTTGCTCCTTTCAACTTTGTTTAGTATTTTGCTTTTGATATGATGAGGAAAAGGGGACTTTGAGCCCTTTTCCATTTGAAGTTTGGAAAAATCAATTTTCTTCAATCCTATTATTCTGTTCTAGATTAGTGTCTGAGCCCGTTTATGCAAGAAAAACTCGGAGAATATTAAATCTTTGGTTGGTGGCTACTATGGCTTGAATCCATTTTCTCTTATTCCTTTAGGATCTACAACATCCCTTATTGACCACTAAACCAACCCTATTATTCTCTAACTCGTATGAATCCAAACAAAATGATACAATAAAAACTGTTGGTAAAATGCCCAAATGTAAATCAGCAGTTAAACTACACCTTTGTCATATATTCCCTACTTCAAAATAACTACATATTATATTTGTAGAATATAATTTGCTTTCCAGACACCTTGTTAGTGAAATGGTAGACACATGAGACTCAACAATATCTGATAGAACTCAATTTTTATTGATAAATGTAATTGGAGTGGTACATTGTCAAGGGAGAGCTTTCAATCTCTCCTAATACTGTCCCTAAACCAGAGCCAAAAAGTTACCTACCCCTCTCACGCTAAGCTTTATATACCTATTACACACTAACCATGTTGCATTACAACTAACTACATGGGTCCCATCCCACACTACCAATATTCATTAACAATTAGGGGCTATAAGGCTTGCGCTAAAAAGCCTGGAGATTCAAGTTCCCTTCCTCTTCTCTTTTGTTCAGCTGTTGCCTCTGTTTCCCCTATTAACTGAATTTCTCTCTCTCTTTGCTCCTTCCATGTGTCCTTTTTCAACTGCCATATACTCGTCTTTTGGGTCCTTGGTGCAATTTCTATTTTTTGCGTTGATGTGTTAGATTAGAAGGAAATATGTGTATGTAGGAATGGGCTTGATGCTGCAATGAACTGAGAATAAGTAAACGTAAATGGAAATGGACTTAGAAATGGTCATTGTGATACGTGGAGAGGAAACCTTGTTGTGTTTATATTATCTAGAATTTTGATATCTCTTTTTTACTGATTTGTTTTTTCCCATGACTGGATGTGAGATTAGATTTGTTCTATGATTAGATGAAAGTATCAAATATGACATTAAATAAGTCGGACAAACTCTGATGGCTACTAGCTTTCTAAGACATTATGTTCAAAGTTTTTATTATGGAGTACTTGATGAATTACTTTTTTCATGTCCTTGTGTTTTTGATTAACAACTTGAATAAAAGTTGCACTTTGGTTTGGCCAGAGGCTCAGAGGAGCCTTTTGCCTTTTACTGCAGTGGCTCACACTAATTTCTACCTGAATGCGTCGCTTTGTCTTTGAAGATCACAGTGATAAACTGACTGTGGTTACATTAAATGTTTTGAACTAAAGAAAAACCATGTAAATATATAATTTTCTCCTTTTTTTCAGGTCTTCTCCATGGATCCAGAGGCTGCACGAACTGCTCGGGAATCGCTAG

mRNA sequence

ATGCCTCACAGGCGTGGCCGAAGCGATGGATTTAGGCCTCGGGTTGGGCTAGTTTTAGGCTGTAGTGCACGTGGGCTAGATCGTCTGGGCAAGAGTGGATCTCGAGTTGTAAGGTTCAAAGAGCCAGCAAAGTTGTGTTTACTATCTCCTCTCAGCAGCACCAAATCTAGGGTTTTCTCGCCCCTTCTCTTTCGGTCTTCTCCATGGATCCAGAGGCTGCACGAACTGCTCGGGAATCGCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGCCTCACAGGCGTGGCCGAAGCGATGGATTTAGGCCTCGGGTTGGGCTAGTTTTAGGCTGTAGTGCACGTGGGCTAGATCGTCTGGGCAAGAGTGGATCTCGAGTTGTAAGGTTCAAAGAGCCAGCAAAGTTGTGTTTACTATCTCCTCTCAGCAGCACCAAATCTAGGGTTTTCTCGCCCCTTCTCTTTCGGTCTTCTCCATGGATCCAGAGGCTGCACGAACTGCTCGGGAATCGCTAG

Protein sequence

MPHRRGRSDGFRPRVGLVLGCSARGLDRLGKSGSRVVRFKEPAKLCLLSPLSSTKSRVFSPLLFRSSPWIQRLHELLGNR

Homology

[Close]

BLAST of Csor.00g015080 vs. NCBI nr
Match: KAG6607577.1 (hypothetical protein SDJN03_00919, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 164 bits (414), Expect = 7.47e-51
Identity = 80/80 (100.00%), Postives = 80/80 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MPHRRGRSDGFRPRVGLVLGCSARGLDRLGKSGSRVVRFKEPAKLCLLSPLSSTKSRVFS 60
          MPHRRGRSDGFRPRVGLVLGCSARGLDRLGKSGSRVVRFKEPAKLCLLSPLSSTKSRVFS
Sbjct: 1  MPHRRGRSDGFRPRVGLVLGCSARGLDRLGKSGSRVVRFKEPAKLCLLSPLSSTKSRVFS 60

Query: 61 PLLFRSSPWIQRLHELLGNR 80
          PLLFRSSPWIQRLHELLGNR
Sbjct: 61 PLLFRSSPWIQRLHELLGNR 80

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Csor.00g015080 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Csor.00g015080 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG6607577.1	7.47e-51	100.00	hypothetical protein SDJN03_00919, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori...	[more]

BLAST of Csor.00g015080 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Csor.00g015080 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Csor.00g015080.m01	Csor.00g015080.m01	mRNA