CsaV3_6G001500 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview
NameCsaV3_6G001500
Typegene
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
DescriptionUnknown protein
Locationchr6: 968800 .. 973614 (+)
RNA-Seq ExpressionCsaV3_6G001500
SyntenyCsaV3_6G001500
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGCTCTCTCTCCGTCGCCGTCGTACACCTACACCCACCCAGCCTCTTACTTACTCTCAGTCGCCACCCCCCTTGGTCGCCGGAGTCGATAGATCGGCTCTCGCTCTCGCTCTCTCTCTCTCGATCGCTCACCATCTGCCTCTCTGGTTATCCATCACCGTGCGGCACTCCATCTTTTTATTGCCGGTAATATGCCAATCGACTTTTGTTTTTTCCTTTCTTTGATTTCATACTCTAGGAGTTTTATTATATTTGTAAATATCCGGGAATTTGTGGAGCTAAAAATATCACATTCATTCCTTCTTCGACTGTTTTTTTTCCTTCCTCCCAGGCTAACTGAAAAGTTATTTGAGGTCAGTCCCGTTGATCTAAAGTTTTGGATTGGTTAAAATTTGCAAAGAAAATGAATAAATTGATTTGAAAAATTGAATTTATATATGGATTATGAACCCAATTTACAAGATTGATATGAAATTTTAAATTTTGTTAAAGTTTGTAAACGAAGGGATTGAAGTGATAAGAAAAGTGTAATTTATGTATGGATCACGTACCAAATTGAATAAGTTGTTCTGGATGGCAGTATTAATAAGATGCGCTCCTTAAAATTTTACGATGCCTTTGAAGATTAGGATTAGATTCTGTGACTATCCATTAAGTTATGATAGGCATAGCCTTTCATTAATTCAAATGTAGAAAGGTATTGATTTACTTGTTTATGTTGGTTTCACCAAATGCTGGTGTGATGAGTTAAATTATTTTTAATTGACTTGTTCTGATAAATTTAGTTGTTGAAGGATATTTCTATAGAGCTCCCTCCTTTTTCCCATTTCTTCTGTTGTGTGGTAGGAGAGGGCAAGGAAACATATTTATAGGAAGATTACTGGTTAGGGGATAGACCTTTCTGCTCCACATTTCCCCATCTTTGTCATTTGTTGCTCTTTAAAAAGCATTTAGTTTCTGACTTTATGATTTGGTCAGGGAGTTCAGTTTTTTTTCTTTTGGGTTTAGTTACTCTTTGACCAGTAGAGAAGCAACTGTTGTCATCCCTTTGTTGTTTTGGGGGAGTTTGACTTTAAGCAGGAGATAGGATTTGTGCGCCAGGAATCCTGGCAATTTGTAAGGATTCTCATGTATTTCATTTTCCATTGTCTGTTGGATCCTTCTCGTTCTCCTTCTTGTAAGTCCATTTTTTCAGCCTTTTGGAGGATTAAGATTTCTTAGAAAGTGAAATTCTTTACTTGGCAAGTTCACATGGACAAGTGAACACTTCGAATCGGCCCTAAAGGAGGATATCATTGTTAGTGGGCCGGTTTTTTTTCTTTTTTTTTTGTTGGAAGTTGGAGGAAGACTTGGATCACATCTTTTAGAGATGCGAGTTTGCAGATTTTATCTTGAATTTGTTCTTTCAAAGTTTTGGTTCTGTGCTTGCCCGTCAAAGGGACATTAGTGTTCTATTCAGGAAGTTCTTCCTCCATCCACCACTTCTTGAGAAGGGTTGTTTCTTGTGGTTGGGAAGGTTTTATGCTATTATCTTCTTCTTCTTTTAAATATGAAAGTGTATGCTATCATGTGGAATTGTGTAGGAGAAAGGAAAAAAGTGTTTAGAGGGTTGGAAAAGGAGCCCTATGATGTTGGGGTTCTTATTAGGTTTCATGTTTCTCTTTAGGATTCGACTTCAAAGTGGTTTTTACTTTTATTTATTTATTTATTTTTGTAATTACTCTATAGGCACTATTTTGCTTAATTGGATCCCTCTTCTTTGGAAGGGTTCTCTTTTTTGCGGGATTGGTTCATCTTTTTCATTAATGAAAGTCATTTGTTTTTAAAGAATGTTTTGTTCATAAGTGTCAATTAGTTAGTGTACGGGCCAACTTACACATACCTTGACTAATCTCATGGGACAACCCGCCTGAACTACAACATTTAGGTGTCAAGAAAACCCATAAAATATAAATTCTAGGTAGGTGGCCACCCTGGATTGAACCTATGACCTATTGGCTCTTTGACCTTTCTTTTTATATATATATATTCCCATTACCACTAAGCCAACCCATGATGTTTATGTTATGTTATGTTCATGTTTCTTTTAATTTTGTTTGTTTAAATTTTACAAGTTTACCATTTTTACGATAAGCTCGTTTAGTTCTTGTTTTTGTTTTTGTTTTAATTTGACAATTAAGTATTTATTTTCATGATTAAGTTTTTAAATTTGTTTTAGGTTTATTATTATGTTAATGTTTTGATAAATTTGGCTGTTTGTGTCAATTTGATTTTTTTTCTACAATATTTGTATTCATGATACTTGGAGTTTTTGTTGTGTTCATCAGTTTTTATTAATTTAAATTTTACGTTCACCAGTTTTGAAAAGCTAGTTAAATTTAGTAGTTATGTTTAGAACTTTTGATAAGTTAATTTGGATGTCATGCTCATCACTATTGAAAAGTTAGTTAAATCTAGGAGTTATGTTTATAAGTTTTAATTGGTTAAGTTTGATGTTATGCTTACAAGTTTTAATAAGTTTAGTTGTTTGTCTTGATTTAATGAGTTATTTTCCATTTTTATGATGAGTTAGTTACCTTTTGATGTTATGTTTGTCTTGATTTATGGGCAACATCTTACTTAGTTGAAACCTCTTTCTTTTAGTTGTGGGTTTGGCTTGTATTCTTTCATTTATTTTCAATGAAAGTAATTGTTTCTATTAAAAAAAACGAAAAACGTTATTTATGTTCTTTCTTAGCTGGTGTGTAAATTACATTGGCAGGGACTGTAGAATGTATGTTCTGGTTTCTACTTGCTGCTGCAGCTACATTCACATCTGTTAGTGGTTTAGTCTAATTTTTTTTGCCTTCTGCCTCTGCCTTGTTTGTTCTGGTTTTTGCTATTTGTTTATCTCTCTAGCATTCTACATACTCCTATTTTGAGCTAATTTTCTGAAGTTTCAAGAATTATGTAGCTGTAGCACTCATGGAATATTGAGGGAGCTTTTTGCATTTGAAAGTTTCAAAACTGGTCCTGTGGAAAATGTAAATGAAAGTTAGCTCTAAAAGTGATATTTTAAATTTGTAATCTAATTATCCAGTCAACCTATGAGCTTAGTTTGCATTCAGTCAAAGTCTGTCTGGATTCAGGTAGGTAATTTGGTGAACCAAAAACTGTAGTTACTTCTGATGATTACTTGTACCAACATTACCTAACCGTTGAAAGGGGATGAAAATAAGCTTGCTTAATCTTTGCCTAAGGGTACCACCAAGATCGTATCATTTGTGGAGAAAGAAAAGGATTACAACATCATTCAGAACTCATAGAAAACCATGCAAAATTATAATGAGCAGAAAGAAATTGAAGTAACTACTGTAAATTTTTGGTATGGTGATGCCAAAACCTCTCGGGGGATGTGTGAAGCCCTGAGTTGGTTATTATAGCCTATTGGTTAAAATAATTAATTTGTAGACTAATAGTCTATGTTTAGGATCCAGTACGTGAAACATACTAGTCGGAGGGATTTGGACTGGTAATACTATATTAATCTTAGGTTATAATAGTTGAAAACACCAATTATTATAATTGAAACCCCAGATAGTCCACTCCACCCACTTGAAGTTAGGAGCTCAAACACCTTAATTATAATGTCACTTAGGGGCGTTTGGGGCAATGAGTTGGTTATTATAGTTGGGTTATAGAAGTTTGGTTTGTAGTATAGATTATTTTAGTTTGATTTATAATAGTATGTTTTTGAGGTGCATTGTGTGGATTGGATGACTCTTCGGTAACTTGGAGATTGATGAATTTAAACATCATCTCAAAGAGTTCTGTGAACTGAAAACCACTACAAGTACCTAATTGATAGAGGCTTCTGTGCGCTGCAATGAGAATTAGTCCGATTCTAAATGGTTTAATCGTAGAACTGAAGGCTTCTTTCGGCCTCTGTGAATCAAACAAATTGTTAGTGGTTGATCACAGAACTGGAGGCTTCTTCGTGCCTCAATGTGAACTAAACAAATTGCAAGTGATCTAATCTTAGAGCTGGAGGCATCTTCCATCGTTTATCGATAACATTAGAGGAGAGCCATGAGGGGAAGGGGGAACAGATTTCCAAATTTAATTTGGAAGCATTACAACAAGTTCAACGTTCATTGTCTACAGCCAGGTAAGTATAGTAGCAACATAGGCATAAAGTGGTTTGGTAGTAGATTAATATGGACAAAGAACATTAAGCAAACTGTTTCAGCTGGATACCACATGGGGATGGGTATTAGAAGAGTAGTTGGTGCCTAGTCGTTCAGCCTTGAGCTTATTTATTCTAACTCGAGAGAAATGAGATTTTTCATTGATGAGCTAAAAGATTAGAAGTAATACTAAACATGCCTCGACCAGATAGTCAGATCTGTCCGAAATCTTACGATGTGCTTATAACAGGTTTGATGACCAATAAAATGAAAAGCTAAGGATTGGGTATAACATACTTATGTACATACGTACATGTATACACACACACACACTATCTGATATATTTTCAGATTTTGTAATTGAAAGATTCTGATATTTTGTTTTTTATTCTTCTTTTTCGCAGTGATAATTGGTAAATTACATGTTTATGTTAATTACAGTAGCATTTGCGTTATAATAAAATTGATTTTTTATTCTGACCTTCTTGCCCTGTTTGAAGTTTGTTTCATTTGAGCTCATAGGCAAGTTTGTCTCATGCTAGAATTTCATCCTATTTAACCCTTGTTTCTAGCATTCTTAACACAATCCTTATCTTGTATGACCAAAAAACAGCAAAGAGCAGACAAGAACGTGTTCTGTACAAAGTAG

mRNA sequence

ATGCTCTCTCTCCGTCGCCGTCGTACACCTACACCCACCCAGCCTCTTACTTACTCTCAGTCGCCACCCCCCTTGGTCGCCGGAGTCGATAGATCGGCTCTCGCTCTCGCTCTCTCTCTCTCGATCGCTCACCATCTGCCTCTCTGGTTATCCATCACCGTGCGGCACTCCATCTTTTTATTGCCGCAAAGAGCAGACAAGAACGTGTTCTGTACAAAGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGCTCTCTCTCCGTCGCCGTCGTACACCTACACCCACCCAGCCTCTTACTTACTCTCAGTCGCCACCCCCCTTGGTCGCCGGAGTCGATAGATCGGCTCTCGCTCTCGCTCTCTCTCTCTCGATCGCTCACCATCTGCCTCTCTGGTTATCCATCACCGTGCGGCACTCCATCTTTTTATTGCCGCAAAGAGCAGACAAGAACGTGTTCTGTACAAAGTAG

Protein sequence

MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFLLPQRADKNVFCTK*
Homology
[Close]
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. NCBI nr
Match: KGN45756.1 (hypothetical protein Csa_005272 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 146.4 bits (368), Expect = 1.0e-31
Identity = 73/73 (100.00%), Postives = 73/73 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL 60
          MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL
Sbjct: 1  MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL 60

Query: 61 LPQRADKNVFCTK 74
          LPQRADKNVFCTK
Sbjct: 61 LPQRADKNVFCTK 73

[Close]
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KD95 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G009110 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 146.4 bits (368), Expect = 4.9e-32
Identity = 73/73 (100.00%), Postives = 73/73 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL 60
          MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL
Sbjct: 1  MLSLRRRRTPTPTQPLTYSQSPPPLVAGVDRSALALALSLSIAHHLPLWLSITVRHSIFL 60

Query: 61 LPQRADKNVFCTK 74
          LPQRADKNVFCTK
Sbjct: 61 LPQRADKNVFCTK 73

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN45756.11.0e-31100.00hypothetical protein Csa_005272 [Cucumis sativus][more]
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0KD954.9e-32100.00Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G009110 PE=4 SV=1[more]
BLAST of CsaV3_6G001500 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (Chinese Long) v3
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..15
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 1..22

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CsaV3_6G001500.1CsaV3_6G001500.1mRNA