CsaV3_4G024880 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview


Name	CsaV3_4G024880
Type	gene
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
Description	Unknown protein
Location	chr4: 14594640 .. 14598635 (-)
RNA-Seq Expression	CsaV3_4G024880
Synteny	CsaV3_4G024880

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGAAGAATTATCCTCCCAAAAACCTTTTGCGCCTACACAACCCCTCCCCCACCCTTTTCCCTCGTTTTCCCCTTTTCTTCACCGGAAGCAATAGTCGCCGCACGCACGCTTGTCGCTGGAAGCAATCGTCCCCGCTCGTTGCACCACTCGTCTCCCCATTTGCCGTTGCCCTTCCCCCAAGTAAGTTTAACTTTATTTATTATTTTTCTTCCGTAATCTAGTGAAAAATTAAATGTTACATAAAATAATAATAATAATAAACATAATAAACATAAACATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAACAACAACAACAACAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTGACTAGAAGATCTTACCCATAGTCATAATAAGAAGAATAATGGATCCCACTCGAGTCAATTTCGAAGGAAAACCAACTCAAACCAACCTAATCTAGGCCAATCACAATCCTCATGAAACTTACATCGGAAAAATCTTCAATTAGCATTTTTCTATTGGGGGCTTTTTTTTGCTTGTGTTGCAAGGTCACTGCTCGTTAGTGCAATTAAATATTTTTCATTATTATTATTATTTTAGGTATTAAACATCAAAGTTTTGACTAGGTTGATTTAATTTTTTTTTTCAAATATACCAAAAAATCTATTTATGACATATTCTTCAAATTTCATTTAATTTTTTTAAAGTTAGATTGCTATACTTAGGATGATGATGAGGATGATTATTACTGTTGTTATTTTTGAAAATGAGATAACAACACATTAGACTTAACAAAGACCCTATATTACAACTATTCCTTTGAAATTGGAAGGACCAAAATATCAAATATCAAATATCAATAGGCAGCCGAGCCCAAATGTGTGAGGAGCAGCCCAAGCCCAAAATGAAGTGCTCTCCACTCCTCAGCTAGGCGCACTGCGTATTACCATTTCTCCAAACTCTCTTGGAACTTGGAAGCCATAGCCTGTAGCTCACACCTTTTCCCGTTCTCTCTCTCTCTAAAACGCTCCTCCCTTTAAAGCTCCTAATCTCTACTTTACAGAGACAAATCATATTTCTTTTCTTTGGGCAATCGTATTCTGGCCTTAAGAGCTTCGGTTAAGCTATATTTGATCAGAGTCTGGTGCATAACGGAGTACCTCATTTTCTGACTCCGTCGGATTTCAGACTTTAGAGGTTTGCTTCATTTTGTAATGAGTTTCTTCTTATCTGATCAGAATCTGGTTAATTATGGTGTTCTTCTGATAGTTTATTCAATGAATAAACTTCATACTGCCCTGTTTTCTTATTGAGTTGGATGTTTGAATACATTTTCTAGCATTGTCAGAGATATCTTGGTACTAGTTTCAGAAAACGCGTAATTTCTGAGGATTTTTTAAAAAATTATTTTTAAGCACTTGGAGAAGCTTCAATTAATTGTTTCTTGTATGTCCGATCAACGATTTTTAATCTTGTTTCTAAATTTTTCAAAAATTGAGAACCTTCCTAACAAGGGTTTCCCCGTTTCTTTTGCTTCTTTTCTCTTTTGGTTTCTTATCTTCACGCTAATATCTTCATTCTCAAGGTAATTTTCTTTCTTCAGTCAGTCTCTCTTGTGCTCGCTTAACGCTTGAGCCCATGGTTCCCTCTTTTATGGATGCATCTTCTCTATTGCTGTTGTTTGTTGTTTATATCTTTCTCTATTGGTGCTCTGGAATTAATTTGGAGATAAACTTGCAGATGTATTATGAACTAATTTGGTTGTTTTGGGTATATAATTTTAGGGGGGAACTAGATGAGTTTAGTGTCAAAAGAGATGGGTTTAGTGTCATGAAAGATGGGTTTACTTGATTTGGCCACATTAAGATTGCTGATTTTGTGTTTTTCATTGCGATTTGAAGCTTCTGAATTTGTTGGTTTCTCGAGATGGTGATGTTAAGATTGCTGATTTTGGGATTGCAAAAGTGATTAGAAGAATAAATCTCTCTCCAATGTAATAAAAGTTCTTAATGAAATTGCATGACCTAACTTCAGAAATAATCCAATTTCCAGCATCCCGAATACTTCTTTTCATCTACTTTGAATTATAAATGGTTAAGAGTCTAGACTTTTAGTTGGACTTCGTTTCTATTAACATTCCATTTCTTCACCGTTTGACTGAAGAAACTATTGTTGGTTTGCATCTTTTAATGTCTTTAAAGAAGATATCTAATCTTCTGTTTCTTCATACTCTTTTTTCATGATATTAGACTTCAGTTTTCTGTTAAAGGAAACTGAGGAAGGATACACAAGTACTAGAAGTGGTGTGTAAATATGAAGCTGTTGGTGTGGATTCTAACCTTTCATGGAACCGATATTTATTTTGGAAGCTGTCATTCTCAATCTTGGGAAACTTGAAAACTTAAGACAACGATACTGAAAAAATGGTCAGTTGGAGAAATGAAGATAGTGGAGCTAATCTCACTAGGTTAGTGACGCAGCTTACCGTAAAGCTTAGGAAATTTATGAATAATTCTTATGATATCTTTATTAATGAGAGGAGAAGCCTTTTGTAGGCTGAAGTTTACAAGAGTTTGTTGAAGTTAGTTATTTTAGAACTAACTTTGAATTGAGTTAAGATATATGAGAATTAACTAAACAGTAACTAATCATAAGATACAAGAATAGTAATTCAAGATACTCAAGAATTAGTTAAAGAAATACTAAAGAACTTAAAGAAACATCAAGGTAACTTTTATGCTTAATTAACCCTAGTTTCAAGGTGTAAGAATTAGTTTCCTACGTTAATAGATGGAATCACCTAGTATTTCATAGATGACTATTTTGTTTGGATGAAAAGAAGAGGAGAGGAAAGGATTGCAAGAATCTTTTTTAACACTTCAACAGACTAGTTAATATATACGCTTACAAACTTAGAACTAAACTTAGTTATGAAGGGGATTGATGTGATTTGGAGACATTATAGTTCAAAGAAGCATTGTATGGAGGTTTTCTTTACAAATAGAATCTCGAGCTGTTTTCCTTACTGGCCTACTCAAGTCTAAGGTTTAAGATAAGGATAGGCAATGAAAGAAAAAAAACAAGTAACAAAAACACACAAATTTTACAAAAAGAAACCCTTTATCTTCTTTTTGTGTATGTTCAATTTTGTCGGTTTCTTATCTTTAACTCTTGCATTGCTTTTCGAAGTTTATGTCCTGATCTCAACTGGTGGTGTCAATTCATTTGGATTGGAGTACTTAATCACAATCACTTGCTGTACATTTTGTTTAAAAGAAGCTTTAGTAAGTTGAAAAATATACAGAGTTTGAGATATTTAAAGTGGATTAATTAAAATATTTAGATTTCCAAATTTTTGGATTAATGTTGGAGTTGGATATTGGATTAATTTTTGAGAAATTGGATTTTAGTTGGAAAATTAGAAAAAATATAGAGAAATGTCCTATTTATGAGATCATAATAAAAAGGAAAATGAAAAAGAAAAAGAAAAGAGATTAGGAGACAAAAACCTGAGTCGTGTTCTTCTTCCTCCAGCAGCTGCCCATACTGTTGATTATTTTAGGAATTGTTTGTAATATATTGCTTCTGCTGAATAAAACATGATGTAGTTTCTGATTATTTTTTTAGTGCAATTTCTGATTATTATGTGCTACATTATTGCTAGAATATTTGTTTTGGAATTCTGTTTTTGTTACTAGTTCTAAAAAATAGGTAAAAAATGAGTTTGCGTACATTCGATGCTTTGGGGGTTCTGCCCATCCTCTTGATACTTGAAATTGCAAAATTCACACTAGTTATGATGGCTTAAGTATTCACTCATGTTCTTATTTACATTTTTTAATCATTTTTTTTAATATTCTATTTCAGAGTGTACTGATTCATCTGGGCCATCAAGTATCCCTACATTTGTAAGTTTGGCTTTTCTTGGAAAGTAA

mRNA sequence

ATGAAGAATTATCCTCCCAAAAACCTTTTGCGCCTACACAACCCCTCCCCCACCCTTTTCCCTCGTTTTCCCCTTTTCTTCACCGGAAGCAATAGTCGCCGCACGCACGCTTGTCGCTGGAAGCAATCGTCCCCGCTCGTTGCACCACTCGTCTCCCCATTTGCCGTTGCCCTTCCCCCAAACTTTAGAGAGTGTACTGATTCATCTGGGCCATCAAGTATCCCTACATTTGTAAGTTTGGCTTTTCTTGGAAAGTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAAGAATTATCCTCCCAAAAACCTTTTGCGCCTACACAACCCCTCCCCCACCCTTTTCCCTCGTTTTCCCCTTTTCTTCACCGGAAGCAATAGTCGCCGCACGCACGCTTGTCGCTGGAAGCAATCGTCCCCGCTCGTTGCACCACTCGTCTCCCCATTTGCCGTTGCCCTTCCCCCAAACTTTAGAGAGTGTACTGATTCATCTGGGCCATCAAGTATCCCTACATTTGTAAGTTTGGCTTTTCTTGGAAAGTAA

Protein sequence

MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPPNFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK*

Homology

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. NCBI nr
Match: KGN54243.1 (hypothetical protein Csa_018167 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 182.6 bits (462), Expect = 1.5e-42
Identity = 85/85 (100.00%), Postives = 85/85 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP 60
          MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP
Sbjct: 1  MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP 60

Query: 61 NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK 86
          NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK
Sbjct: 61 NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK 85

[Close]

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KXG7 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G295475 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 182.6 bits (462), Expect = 7.1e-43
Identity = 85/85 (100.00%), Postives = 85/85 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP 60
          MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP
Sbjct: 1  MKNYPPKNLLRLHNPSPTLFPRFPLFFTGSNSRRTHACRWKQSSPLVAPLVSPFAVALPP 60

Query: 61 NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK 86
          NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK
Sbjct: 61 NFRECTDSSGPSSIPTFVSLAFLGK 85

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KGN54243.1	1.5e-42	100.00	hypothetical protein Csa_018167 [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0A0KXG7	7.1e-43	100.00	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G295475 PE=4 SV=1	[more]

BLAST of CsaV3_4G024880 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_4G024880.1	CsaV3_4G024880.1	mRNA