
CsaV3_3G039620 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CCAAACCCTATGATTTATAGGGTTTTTGTTAATTTGATCAAAGATTTTGATTTTCCATTTTTGGTCAACATTTTTTCTCGATATTTTGACGAACTCTACAAACCAGCTTTTTTGAGCTTCCTCCACTTATCACCCTTCTTCTAAACCATCTTTTTTGCTGGTGAATTAGGGAATCTCCTGCCCACTCTGAAAAGCCCCCAACTTTCCCACTCTTTCTTGCTTTCAATCTCCTTCTATTTTTCTTCAATCTTCTTCTTCTTCTCTGTTTCATCATCCCCTTGTTGCGAAGCAACACAGAGAGCCAGAAAGAATCTGCGACATATCAGCAATCTTCTTCTCCATTGTTCAAATTTGTCCTCCCCGAGGTTTCGTTCGGGAAAGAAAATCGTTAAGAGTGGTGTTCCTTAATCAATATATGCCAGGTATTCGAAATTTCTAATGGGGTTTTTTCTTTTTCTTCAAATCTAGATCCATCCTCTACATAGCGACGGGGAATAGCTGACCGGGATGTGGAACCCTAACGTTGTTATATCGTAAATTCTTGAACTGGGTATCGGGTGAAATTGTTTTTTTCTTTTTGTTGACAATGATAGTCATGCCTGCTAATATTGGGAAGGCAGCTTCAATGAAAATTCGTTTTTGTTTACAATTTAAATTCTTAGTATTTTTAGAGCTTACGTAACTACAATGAACTGCAATTTTTTTTTTGAACTCTCTTGCAGGGTAATGTAACAAAATTATCGCTACGGGATGAACAACGAGGTTTTTGAAGCACAGGTATTGGCTGAGAAGTTATCCAAGCTCAACAATTCTCAGCAGAGCATCGAGTGTATCCTTTCTCTAATTATTATCTTTTATTTATTTCCTTTTTTTTAAAAAAATAATGCATTGCACGTTCTATAACACACCTGCCATTTACAGTTTTTGTTTGGATACCTTTTCCGCCTATGTTACTGTGTTTATAATCATGGATGTCAAAAAGCAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAAAAAGCAATGTAATGGTTTTTATCATTTACTAATCATGTATGTACAAATTCTCTCATTGTGCCACTTATTACCTTGGAAGTAACTAGATATGTTACGAGGGTGGTGATTATCTATCAATACTCGATTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACATTAATCATTTATATTAATTGAGGTATTGGGGTCTCACTCCTTGCTCATGGCTTATCCCACTGATCCTTGGGAGGCTTGCCCACCCCAATGGTTGCTTCAAGAGGCAAGGGGGGACCTTGGGAGGTGGCTTAGTAGAACCCTGACAAGTCAGCATTGATGATCAGAGTTGGTCACAGCTTACGTTTTAGGATTCTTTATTGCCTTGGAACACCTATGGATTAGGTTTTAACATGGGCTACAAGCCTACAAACCTCTAGAAAGCTGGTGATAACACAAACGCCCAAGTCCAATTTACCTTTCACAATTTGTTGTGTTCAAACTTTTCTCGACTATTATGGTTTTGGTAGGTACTCTATTTACCCAAATCAGTCAATCTCCTAGATTCATTCAACTGCTTGCAACTCAAGAGCATGCTACATACATACAAATTTTGGTAGGCGTCGCTTTTGCACACTAATTGATACTAACAATAAGGACTGTAGTAAGTATAATTCATAGTTTAGATAATTGCATCAGTTCAAATAGTGGACCAGTACGGATTTAGGGAGAGTGGACAAGTATGGCCTTATTTTTCTTCATTCTTTTCTCAATGAAAGTTGTTTCAATAAAAAATCAGGCATAGAGATTAATTAAAGTTCCATCCTATATATCCACTCACTAAACATCACTAACTTTCATACATTGTTTTATTCCAAAGAGTGTTGATCGATTCAAATAAGCTTGCCTCAAGGTTTCCTGTTTTTTTTCCTAAGCCTTTTGTTGATTTTTCATAACGAGATACGCGTCTAATTGAAATGCACTAATTTACCTTTTGTAATTTTAATTTATGTATTAGCACTTTTTATTGTTTTTTTGTTTTTACTTCCTTGTGGAGTTTGCATCCTTTGAGTGTTAGCCTTTTTCCAATACATCCATGAAAATTTCCATTTATTGTTAAAGAAAAGAGTTGATGCTTGAAGGGTGGCTCTAGGTCATGAAGCAGCCTTATGCATTGTCTTTGTAGCATCGACGGATGTAGTATAGGTCTGGGGTTCAACCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAACTTTATGCTCTTTATAATATATATATAAAACTGAAGTAATACCAATATCCGAAGCCAGCCTAGTGGTGAAATTGTCTCTCAGCCTTCTTAGACCTAGGGCATGCACAGAATACAAGGGATGAGGACCAGAGGTCTTTGCGCCATGTGTGCAACTAGGTTGAGTAATTTCAATTAAGCACTTGCCCTGCTGTGCCTTTGATTGCCTCCGCCAAGGTGTGTGCGTTATTAAATAACCCTTAATAGTTTTTTAAATAAATATGCTTATAACGTTATAACCCACCGTCTAAAGCCACGAAAAAGGCCCATCAAAGCCACACAACCTAAACATTTGTTTCTTTAGTCTATTGTGATCATGCAAATCAAACTAACTACGTGGAAAAGTTTCAATGTGAAAAATATTAGGTGCACTATGAGAGTTAAATAAGAAGTCAAATTTATCTAATGTCATGTTCAAAGCATAAATGGAGAAGTCTTTTGCAATGCCTTTGGATATAGCGTATAGGGGGAAAGGTGACAAGCTCTTTGATCACAATCGATCAAATTCTTTCAGAGCCAAATTAAAGGTTTCGATGCGGGGGAATGAAGATCCTCATATTTGTCCCATGTTGATGACTGTATTCTGATTTCTTCCCATCAGAAAAATGATGTTGAGAATCTATTTAAGTATATTCAACTTATGGAGGAAGCATCTAGATTAAATATTGACTGATACAAGTCTGAAATTGGGTATTAATTGTGACAACAACTGAGTATCTCACTTAGCAAATCACTTTAGATGCAAGGGGAGCTCAAGGGCTGCAATCTGCTTGGGTTTTCTCATAAACAATAACCCATCCTCCTTATATTTTTTGCAACTTATTATGGAAAAGACAGACAAAAATCTTCAATCATGGCAAAGCAACTTCTATCCAAGGGAGGTAGCTTACCTTTGACAAATGCCACCCTAACCAATCTTCCTGCCTACATTTCCCCCTTCATTTGCCTTCCAAAGTGGTTGCTCTCATTCAACTCTTGCAATTTCGTATAGTGTAGGAATAGGAGCATGAAGCTCTTATATCTTCTGAAGTGGAACAAGTTAAAAAAAGAAACTGGAAAGGGGGACTTGACATTATTGATTTGAAGCTTCAGAACAACGCTGTCATCTGGAATATGTGTTCCACTTGAGCTATGTGTTCAATTGGAGTGTCTTTAATTCTTATTCAGAATTTAGTCTTTCTGATGTAATTTGATTCTAGCCTTGTATTGGCAAGTTTGATATTTTTATTTTGTTTCCTTTCATGTAATTTGAGCTTTAGACTCTTTCATTATATCAATGAATGATCTTGTTTCTGTTTAAAAAAAACATTTAGAACAAAGCTCTCTTAACCAAATGGATTTGGAGCTTCTCATGTGAAAAAATGCTTTATGGAGAAAAGTGTCCATTGCTAAATTTAGCACCACCTCTTTCAATTTAAAATTGGGAAACCTTTTTAGGGTATTCCCCAAAAGTTCATGGAAGTTTATCCATAGGCATTGAGATCTTGTTTAGAAAAGCGTTGTGATCTTTAAAGCCTTTACATGTTATTGTTTGCTTTTGGGAAGATAATTGGGTAGGAGACAACCCTTTAGGTGTTTGTTTTCTAGAATAATATGTAGTCTCCTTAAAGAAAAAATCAGCTGTTGTAGATTGTTGGGACAATGTTAATCAGACATGAAATTTAGGCCTTGGAAGAGGGATATTTGATTGGGAACTTTAGCATCAAGTGAGTTTATTAGAAGAATTGGTTTCTTTAGAACGAGAGATGGAGCAAATGAAATCAAATGGAACCTAAACCTGTTCGCTCTAGCAAATTTACTTTCCTCCACACTTTGAAAACAAAGTATAAATAACAGCCCCTTGACCAATTTTATTAGGAATTAGAGCTCCCAAGGACCATTTGCTTTGGACATTTTCCCAATATTGGCCTCTCTTCACCTAGGTGTGCATCTTAGTTTAAGGACCTAAGAGTCCCTTGACCAATCATTTTTGTAACTATACTCTTAGTCTTCTTTTACTTGATTGAAATTTGAAGCTCTTTTACTGGTTCCTTTTTGTAATCTCGTGTATTCTTTCATTTTTCTCTCAATGAAAGTGTGAATTTTTTTTATTACAATTATTTTAATATCAACATATGTACACACACATCTCCTCGGTGATGTTCAAACCCGAATATATTCTTTTGTAATTATAGCCTTTACATAATAAATGAGTGGTTGGTTGTTGAAGCTCGAATTTGTTGAGGCTGGTCGAGGCTATTGATTGTATGGATTGAAACCTCCTTGAAGAAGTGCTTTGGTTTAAAGGCTTTCATTGGCAATGGATTCGATGGATTATGGGTTGAATTTGAAGCTTTAAATATTTAGTTTTTATTAATGGGCATCCTTGTGGAGAAACCTTGGCTACATGGTGGTTGAGGCAAGTTGATCCACTTCATTCATTTCTTTTTCTAATTGAAAGTGAGGTTTTTGGTTTTTTACTGGATATTGTTTATTTCAAAAGGGCTGATAAACAATTTAGCTTTGGAAAAGAAAAAATATGTTTCTGTCCTTCAATTATCTGATGGTACATTGGCCGAAGGAGTTTATTGTCAAAGAAGTTGAAATGGAGAAGGGAGATTGGGTTTGCCCGCAATGTACACTCATGAACTTTGCAAGTAACAAGAAATGTTTGCACTGTAGAGAACTTCGTCCAAAGAGAGAATTGAATCAAGGAGAATGAATGGGAATGCCCTCGTGTGCTTTTGAATTTC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ATGAACAACGAGGTTTTTGAAGCACAGGTATTGGCTGAGAAGTTATCCAAGCTCAACAATTCTCAGCAGAGCATCGAGTCTTTATCAAAATGGTGCATTTCCCACCGGAAAAAGGCCAAGCAGATTGTCGAAACATGGGATAAATTATTCAACTCATCGCAGAAAGAGCAGCGTGTTTCATTTCTGTATTTGGCAAATGATATTTTGCAAAACAGCAGGCGCAAGGGAAGTGAATTTGTGAACGAATTCTGGAAAGTTCTTCCTGGTGCCCTCAAGTATGTATACGATCATGGCGACGAAAGTGGAAAGAAAGCAGTTGCCAGACTTGTCAATATTTGGGAAGAAAGGAAGGTTTTTGGTTCTCGGGGGCAGAGTCTTAAGGATGAAATGCTTGGTAAAAATCCACCTCCAACTCCGTTACCCAGCAGCAATGGAAAGAGTTCAAATCCTATAAAAATAGTGAAGAGGGATGCTCACTCTGTGAGAATTAAACTGGCTGTTGGAGGTGTTCCAGAGAAGATTCTTACTGCATTTCAATCTGTCCTTGATGAGCATCTGAATGAAGATGCTGCTCTGATCAACTGTAGCTCTGCTACTCATCATCTGAATCAAATTGAGGAGGACTTGAATGTCTCCTTAGCTCAAGGAACTCAACCAAGATCTGCATTGCTGGACGACCTTCAAGATCAGGAAACTGTAATTCAAGAATGTATTAGGCAACTTGAAGGTGTTGAGGCAACTAGGGCTTCTTTGGTTTCCTTACTTGTAGAAGCGCTTCAGGACCAAGAATCCAAGCTGGAACTAGTTCGCAATCAGTTGCAGGTGGCTCGATCTCAAATTGAGCTAGCAAGTAATGTTCGGAAAAGATTTACTTCGACAACGGTTCCTGGTCCTTCAGCTACTACTGTTGATCTTCTGACAGAGATGACCCATGCGACGGATTCTAAGTTATCTTCTGTTCAACAAAACATAATCTCTTCTCAGTCCCCTCTTATCCAGGCTATGGGGTCGTTTCCTGGTCCTAAAACCAGTGAAGAGGAAAACAAGAGAGCTGCTGCCGCTGCTGTTGCTGCAAAGTTGGCTGCTTCTACATCATCGGCACAGATGCTTACCTCTGTTCTTTCATCACTCGTTGCAGAAGAAGCTGCTTCCATGAATGGTGGCCTAAAATCATCTGGGTTCTCTTCATTGTCCCTATTCTCTCCTGAAAAACGACAGAAACTTGAGAAGCCCATGCCTATTTCTGATGTCAGCAGTTCAGATGGCGCTGGCGCATCATTTGTTGCACCTATGCAACAACAAATGACGAGTATGCCACTTGCACAATCAGCAAATGGGCAACCTGTATCCCAGGCAAACCCGAGTCAAGCTTCATTTGCGCCACCACCTCCGCCAGTGCCACCATCTCTATCCTCAACTCCACCAGTGAATCAATATGCACAGTCTGGTGGATTAATGGGTGTATTACCATATAATTTCGGAGCATATTCTCTACCACCTCCACCTCCTTTGCCTCCACATATTGCGATGGGTTTGAGTAGGCCGACATCTCAGCCACCTCCGCAACAGCTGCAGCAGCCACAGCAGTCACAGCCAGCTTCATCAGGATTTTATCGACCACCAGGTATAGGCTTTTATGGGCAAGGCCAGCAGTCGACGCCACCCCCGGTCCCTAGGCAGTAA MNNEVFEAQVLAEKLSKLNNSQQSIESLSKWCISHRKKAKQIVETWDKLFNSSQKEQRVSFLYLANDILQNSRRKGSEFVNEFWKVLPGALKYVYDHGDESGKKAVARLVNIWEERKVFGSRGQSLKDEMLGKNPPPTPLPSSNGKSSNPIKIVKRDAHSVRIKLAVGGVPEKILTAFQSVLDEHLNEDAALINCSSATHHLNQIEEDLNVSLAQGTQPRSALLDDLQDQETVIQECIRQLEGVEATRASLVSLLVEALQDQESKLELVRNQLQVARSQIELASNVRKRFTSTTVPGPSATTVDLLTEMTHATDSKLSSVQQNIISSQSPLIQAMGSFPGPKTSEEENKRAAAAAVAAKLAASTSSAQMLTSVLSSLVAEEAASMNGGLKSSGFSSLSLFSPEKRQKLEKPMPISDVSSSDGAGASFVAPMQQQMTSMPLAQSANGQPVSQANPSQASFAPPPPPVPPSLSSTPPVNQYAQSGGLMGVLPYNFGAYSLPPPPPLPPHIAMGLSRPTSQPPPQQLQQPQQSQPASSGFYRPPGIGFYGQGQQSTPPPVPRQ* Homology
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. NCBI nr
Match: XP_004136608.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B [Cucumis sativus] >XP_031739391.1 regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B [Cucumis sativus] >KAE8651160.1 hypothetical protein Csa_001803 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1048.5 bits (2710), Expect = 2.0e-302 Identity = 560/560 (100.00%), Postives = 560/560 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. NCBI nr
Match: XP_008443180.1 (PREDICTED: regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1022.3 bits (2642), Expect = 1.6e-294 Identity = 546/560 (97.50%), Postives = 550/560 (98.21%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. NCBI nr
Match: XP_038904543.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 978.8 bits (2529), Expect = 2.0e-281 Identity = 523/561 (93.23%), Postives = 535/561 (95.37%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. NCBI nr
Match: XP_022152017.1 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Momordica charantia] >XP_022152018.1 regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 917.1 bits (2369), Expect = 7.1e-263 Identity = 495/560 (88.39%), Postives = 517/560 (92.32%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. NCBI nr
Match: XP_023526660.1 (UPF0400 protein C337.03-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 915.2 bits (2364), Expect = 2.7e-262 Identity = 496/563 (88.10%), Postives = 519/563 (92.18%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9CSU0 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B OS=Mus musculus OX=10090 GN=Rprd1b PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 121.7 bits (304), Expect = 2.6e-26 Identity = 101/305 (33.11%), Postives = 151/305 (49.51%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9NQG5 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1B PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 120.9 bits (302), Expect = 4.5e-26 Identity = 97/298 (32.55%), Postives = 153/298 (51.34%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0P5J9 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Bos taurus OX=9913 GN=RPRD1A PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 108.2 bits (269), Expect = 3.0e-22 Identity = 92/316 (29.11%), Postives = 158/316 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96P16 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RPRD1A PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 108.2 bits (269), Expect = 3.0e-22 Identity = 92/316 (29.11%), Postives = 158/316 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5R8Y3 (Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A OS=Pongo abelii OX=9601 GN=RPRD1A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 108.2 bits (269), Expect = 3.0e-22 Identity = 92/316 (29.11%), Postives = 158/316 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B7H0 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103486842 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1022.3 bits (2642), Expect = 7.6e-295 Identity = 546/560 (97.50%), Postives = 550/560 (98.21%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DF20 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111019832 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 917.1 bits (2369), Expect = 3.4e-263 Identity = 495/560 (88.39%), Postives = 517/560 (92.32%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F335 (UPF0400 protein C337.03-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111441698 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 912.1 bits (2356), Expect = 1.1e-261 Identity = 494/563 (87.74%), Postives = 518/563 (92.01%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FGC3 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111445436 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 905.2 bits (2338), Expect = 1.4e-259 Identity = 495/561 (88.24%), Postives = 517/561 (92.16%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I2G4 (regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470291 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 904.8 bits (2337), Expect = 1.8e-259 Identity = 497/563 (88.28%), Postives = 520/563 (92.36%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. TAIR 10
Match: AT5G10060.1 (ENTH/VHS family protein ) HSP 1 Score: 277.3 bits (708), Expect = 2.7e-74 Identity = 212/557 (38.06%), Postives = 299/557 (53.68%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. TAIR 10
Match: AT3G26990.1 (ENTH/VHS family protein ) HSP 1 Score: 272.7 bits (696), Expect = 6.6e-73 Identity = 212/567 (37.39%), Postives = 301/567 (53.09%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. TAIR 10
Match: AT5G65180.1 (ENTH/VHS family protein ) HSP 1 Score: 257.7 bits (657), Expect = 2.2e-68 Identity = 184/467 (39.40%), Postives = 263/467 (56.32%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G039620 vs. TAIR 10
Match: AT5G65180.2 (ENTH/VHS family protein ) HSP 1 Score: 98.6 bits (244), Expect = 1.7e-20 Identity = 107/343 (31.20%), Postives = 162/343 (47.23%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (Chinese Long) v3
Date Performed: 2021-10-25 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
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