CsaV3_3G022780 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview


Name	CsaV3_3G022780
Type	gene
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
Description	Unknown protein
Location	chr3: 20274951 .. 20287462 (-)
RNA-Seq Expression	CsaV3_3G022780
Synteny	CsaV3_3G022780

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

AAAATATTAAACTTAATCCCCCTTTATCCTTCTCTTTTCCCATTTATTCCCCCACTTTCTCCACTTAATCCTTCCATTTTTCAACACAATCATTCTCTTTCTTCTTTTCCATCTTCTCTTTCCTCATTTATTTCTTCATTTTCTTCTTCTCACGGTCGAACAATTAACCCTTTCTCTCTTCCTCTTCTCTCAGCTAAACAATTAACCCTTCTCTCTTCCTCTTCTCACAGCTGAAGGAATTCCTCTCTTCTTCTTCTCACAGCCGAACAAATCTATTCTCCACTCTTCTTCTTCACTCTTTGTACATTCGCTTCGTCTTCTACATCCGACCAGCCAGTGGTTCTATCTTCTTCTTCACATTTTTCCTCTCACTATTTTGCCCAAATCTATTTACCCAAAATCGATATATCTCTTAACCTACTTCTCTAGATCTGATGATATTTTTACCATCTTCGACACTCACTGATTTTTCTCCATCGTTCAACACCATCTTCTTCACAGTATTTTGATCTCATTGATTTTCTAAACCACATTTTCCCCTGTTGTTTGTCGGTCTTCGATGTCCCCATGGATGTGGGTGTTGTTGACATGCCACATTTAGAAATAAACAAAGGTCTTCGATGCCTTATCTTCGGTCGGGCGTTCGTTGACTAGGTGGCTGCTTTCCTGCATAGCTTGTTCTACGAACTTGTCGCTCTCGGATGTCATTCATTGTATTTTTCTTGTCGTTCGGTTAACCTCTGTGTCCGCGACGACCTTTCATCCTCTAATGAGTGACGGATACTAACTGAGGGTTGTGGTTTCGAGCAAGGTAGGGTCGAGGTAATATTTCTTACTTTTATTCGACTGCCGATGATGAGTTAGTTTCCTGAATATGCATATTGTTTTGATTGAAATGATCATTCACATGTTCTCTTTGATATTCATTATTACTAGTTTTATTTTGTTCTACCATTTCTTTTTTTGTTCCATGTTCATTCTTGAAGTGGTTACAGTCATTTCTCTTTGTAGATGGTCATTTTTTTTCTTCATTTGTTTGGCAGTGGCTTATATTTTTTGCATTCACTTACTGTGTGTAGAAAATGGAAAAGAAGTTATTCTTATGTATACGTTTGTTGCACTGTGTCTCTAGATTAGTCTCTCTTTTTTTGTTTTCCTTTTGTTGTGCATTGTATTTGTATTTTCGACTTCTTGTTTGCCTCTAGTTTAATGAATCTATTTTCCTCCTTTGGCTGTGTATTTGTTTACTGTTTTTTCACGTCTGTTGTGTAGAAAATAATGAGTATAAGCATGGTATGAAACACAAAATAGATAGATAACTATGGGTCAAATATTTCCCCATCATTTACTAAGGAAGGGGAAGGGGAAGAGTTACGAAGAGTAAAAGATTTGTTAGGAAAATTACGAAGAAAAGGAGACATTTGTTCAATTTTGGACTAAGTAATTTTTTATTAGAAAATTTTCTAACGACATAAAAATTATATTGTTAATTGACGACGCAAAAATTGTGTTAAGAAAAATTTTGGTTTTTTATTTTTAATGATAGATTTTACTCCATCCCACCCCCTTTTCCTTGATTTTAAGTGTTATCAAAGCCCAAATTTCTAGTAATGTTTGAATATATGGTAGGTTAAAGTTTGACCTTTCAAAGTCAAAAGTCAACATTTTGACTTTTTAACATTTTGTTTCCTTTGACTAATTTAACCTCCTGAGTATGAATTCACATTCATTTTTCTGAAATTCAAATCACATTTGAGTATATAGTAGGTTAAAGTTTGACTTTTTAAAGTTAAAAGTAAACATTTTGACTTTTTTCAACTTTAACTATTTTTATTATTTATGAGTGTTCGAATATGAATCTACATTCATAATTTTTATATTTATATCACATTTAAACATAAAGCTCCATTACTAATCTAAAACCGACAACAATAACACATATACTTGTTGGTTTCTCTCTCCTCATCTAATTCAAACAATTCGAATAATTTCATCATACTGTTCTAAGTTTATTCCATATGAGCTAGTAGGGGAACCTAATGAACCTATAGATCATGGTCTCCAACAATTTGAGATTAATTGGTTAAACCCTTTTTAGACCAAGTTAATCAACATTCAATAACTAATGGGTCATTCCACTAAAGTTTTGTAGTTGTACTCCCTTCACTATAGATATATTTGTGTCCATCTGATATAAATATGATCAATAAGTTAATCTTTCATGGATTATTCGTAACCTCGGTTAAAATATTGTTTTATCCCCGAGACTACATCTCGCTTCTTAAGTCTCATTGATCCACTATTAAATAATTGGTTTAAGGTTCAATCTATAAACTGAATCCCTCTTAGGCCGATGAGAGTGCAGGGCTCGTTGTTCAAGACTTGGATTTAGTCCTTAAGGAAATGAACTATCTATCAATCTTATGCCCCAGCTACCTATTTGGTCTTACCTTTGAAATGAGAGGCTTATTGAGCCAATGTTGATGAGCTGCCATCACCTTTGCAGATTTAAAGATAATTTTGTATGAATAGTTTGCTCAAGATTAATTAAGATTAAGTTACCTAGGTCATCAATAATTGAAATAGTCAGTTTTAAACAATAAACAATGTTATAACGTAAAAATGACTATTTAATAGTTCAGTCTTATGTAAACTCTTTACATAGGATGCCTCCACTTTAATGTCTCTACATGAACAATTCAGGATTACATCATTTATACTAATTACAAATCGGGCTGCATTCATAATGTCATCATAATAAGGTGCCAAACCTTTATTCACATACTATAGATTGTTTATAGTATATACTCGAACTTGATCCATGTTGATGTCTCTACATAAAATTCAAGTTTACTCAAGATAGCCTTGAGACATTGGTTTATTGGATTCAAAATTATAGTATTAATTTTACTAACAAAATATCAATAACAACCTTATTGAATAAAATATGGTTTTAAATTACAAACTACGAGTTTTATGACATAAATTCCAACAGTCAGAGGAATGCGTACTTGTCATAATGGATGTGTTTGCATCATCTGTAACAATACATCTATCTTTAGTGCATTGAACATTTAAGTCTTGATCATATAGTTGGCTAAAGCTGATTACATTAGCATTATGACCTTCTACTACATAACATCCTTAAAAGAAGGCAAACCGAGAAAGTTTAAAGTTTCCTTTCCAACAATGTTAGCACAAACATCATAACCAAATGTTACTTTACCTAAGCTAACTGATTTCACATTAGTGATATATATTTTCTCACCAATCATACGACAGAAGCTACCATTGTTGAAGTACCAATCTCCTTTAATAGAGGACCTAAAAAAGAACAACCTTGCATTTGCTCTGAACTTCTTCGACTCTCTACATCTATTTTACATAGCTTTGGTGGCTAGGAGATGTATAGTTCATCATTCTTCCTAAGGACATATGAGGATAACCATGCAATTGATAACAAAATGGTCTTTTGTGATTAGGTTTCCCATAAAAATTATAAATTTACCTCATTCTATGAGTGTGGGCATGATATGATTTTTGCCTTTGATTAAAAGGTTTAACAATCCCATAAGATTCAGGTTGTTAAGCTCGAGCAAATTCATTTTTCTGATTTCCTTTGACTTGTTGGGATTTATTGTTTTGTCTTTTGAGGCATTACCTTCTTAGAAAATTCTTTCAAGAGTATCTATTCGAGGATTAAGCATAGATTGACTTGCACATTTCATCTTTTTTAGCTGTAACATAGTGTAACTCATGCTTAAATATGAAAAAGTTGACATCAATATATGATTATGTGATAGTAAGGTCTCTATCCATTCTTTCTGAACATTTAACACTTTCCAGTCTTCTTGCAATTGATCAAACAACATTTTGTAAGATGGATATGAGGAATCTTTTTTAGATGAATTGCTTGCAAATCCCTAAAATGCTTCATAATCAAGATTCTCATATAACGAAGTGTCATACGAGATGTTACTAACAAGAGCTTTATAACCATGTAAGTATCACTACTATCATCAAAATCCATATCAGACCAAGTATGCACATAACTTTTATTCTGTCTCATCAAAATGTTCAATACTAAGCCTGAAAATGTCTGAAACTCTCACATTCTCTACATTTAAAGGATTTTCTTTCTTTGATAAGCTAGTGGAACCAAATTTCTCATTGTCTTTACAACTTTGAACTTTAAGTGGTTGTGCATAAATACTTCCATAGGCTTTGGATGTTTGGAGCGTGAGTTTTTCAATCTTCTGTCAAGGCATTTCATCATATGACGAAATTGCTAACATAACAAAGCAGTTGATTATGAGCCTCATCTAAGTTTTTGTGAACATTCACTCATATCATCATAGATAGATTGAAGGGCAATTCTCTTATTCTTTTTATCCTGCTTTACATCAAAAGACTATTCAAATGTTAGTACATAGTCAATTACTTTATCCACTTTCATGGATGTTATATTATATCTTCCTTAATCGCTCTAACTTTCATGTCAAACCATTTGGGTAATGAACACAACACTTTTTTTATAAGCTTTTATTCTAACATCTTTTATATAAATGAAAAAGACTTATTAGCTGAATCCAGAAAACAAACATTAAATTCAACAATTGTTTCATCCTCTTGCATTATGAGGTTCTCAAACTTTGTGGACAACAACTACAATCTAGATTGTTTAACTTTGGTTGTTCCTTCATGAGCCATATATAAAATATCCCAAACAAGTTTTTCTGAGGCACATGTATTAATCAATTGATCAACTTCGTTAAATATAATGCTCAATGTTTTAGAGTTTCTCAGAGAAGTGTTGTCTTCAGCAATAGTCTACTCTACCTCAAGTTTAGGAGAAACTTTCTCATCCTCTTATGACAGTTGGAGGAGTCCATCATGTGATAATAGATTTCCAAGATATATTGTTGAGTGACTTCAAAAAGGTTGTCATATTAGCCTCCAATATGCATAGTTAGTTCCATCTAGAACAAGGGCCGGCATAT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mRNA sequence

ATGTCAATGTTCTTGATGCGATATAGATCATTTAACCATCTTATATTTAAGGAGAGCAACCTCTCGGCGGCTGAACACAAACTTGTTCTCCTTTCGGGAACCAAATGGACACAAATGATTAGAGGCAAAACTCCAGAACAAAGTTTGTTTTCAAACTCTTTTTTGTGCGCGTTTAGCAAGGGAGCAAGAGACTTTGAGGAGCACCTTAACAAAGTAGAAGAGAATAAAGAAGAAGAGGAAGAACAAAAAGACCAAGATGACGAACTAAACTTGGAATCAAGCAATCCAAAAATGCTTAGAAAAAAATGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCAATGTTCTTGATGCGATATAGATCATTTAACCATCTTATATTTAAGGAGAGCAACCTCTCGGCGGCTGAACACAAACTTGTTCTCCTTTCGGGAACCAAATGGACACAAATGATTAGAGGCAAAACTCCAGAACAAAGTTTGTTTTCAAACTCTTTTTTGTGCGCGTTTAGCAAGGGAGCAAGAGACTTTGAGGAGCACCTTAACAAAGTAGAAGAGAATAAAGAAGAAGAGGAAGAACAAAAAGACCAAGATGACGAACTAAACTTGGAATCAAGCAATCCAAAAATGCTTAGAAAAAAATGA

Protein sequence

MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSKGARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK*

Homology

[Close]

BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match: KAE8650680.1 (hypothetical protein Csa_011068 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 194.5 bits (493), Expect = 4.5e-46
Identity = 102/102 (100.00%), Postives = 102/102 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1   MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK 60
           MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK
Sbjct: 1   MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK 60

Query: 61  GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK 103
           GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK
Sbjct: 61  GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK 102

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAE8650680.1	4.5e-46	100.00	hypothetical protein Csa_011068 [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (Chinese Long) v3
Date Performed: 2021-10-25

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 62..92
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 88..102
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 72..102

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CsaV3_3G022780.1	CsaV3_3G022780.1	mRNA