Cp4.1LG19g08400 (gene) Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1

Overview
NameCp4.1LG19g08400
Typegene
OrganismCucurbita pepo (Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCp4.1LG19: 6591558 .. 6600591 (+)
RNA-Seq ExpressionCp4.1LG19g08400
SyntenyCp4.1LG19g08400
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CCGTATCTTTTGGTCTCCTCCTTGACTTCTGCGGATGATTCTGGATCTGGATATGCTTACTACCGAGTAATGTGTTTGTGATTTTGTTCATTCGTTGAGGGTTTCGTCGTTGGTTGATTTTGCTGTGGTGGGTTGTTTATGGTGTTTTTTTCTTTTTTTTTTTGGTTTTGCAGATCGAGAAGTGGTTTTGGTGTTTGAGATGCTTGTGGAGCTTCTTTTTGAAGAATGGTGAACTGAATTTTTGACTTTGGATTTCCATTCCTATGAGGTGGAGTAGCTGTCGGGGACTCTTGGAATCAATATGATGGATCAGTTCATCAATTTTGTTATTCGGCCTCCTAGGTACTTTTTTTTTTCCTGGTATGCCTTGTTGCTTTGCCGAGTTTTCGCTCTTTTTTTTTTTTCACTTCTTGCCAATTTCTTGAGCAATTTATCGAGCTGCTACTCAATTACATGGCTTTAGTGTAGCCTCTAGTGAGCACAATTCTTCCGTTGAGATCTTTGTTTGTTTCTGAGGTTTGTGAGCAGCGGAATTACTCCGATTAGTCAACTTTTGTCTTCATTTTTTCTTGATTGAGCCTCATATTTTTGCTGTACAGGGCGGATTATAACCCTGATCAATATTTATGGGAGAAAAATTTCACTCTTGCGGGTAGAGCATACCAACGACAGGATTTGGAGGCAAGTATGGATGGAAAAATTCTTCCGTAAATTTTCCACTTTATTCTTGTTGCTGCCTATGTAACACTTTTTTTCCCATTTATTTTATGATTTCTATTCCTTATGTATTAATAATTTTTACCAAACATGCAGCTAAGAAATTCAAGGGGCCATGCCTTGCAATGCAGTCATTATTTGCCTTCACCTATTCCTGAAGATACCCCTCTGCCATGTGTCATATATTGCCATGGTAACAGGTATTAACTCCTTCCAGAATAATCTACTGTTGATAAACGTCCCTGAATCCTGATCATTCTCTGCATTGGAAGATCTCCCTGTTCAGTTTCTTTTTCCTTGTAAAATTTATTGTTGGACATGATTTGACAACTTGTTCTGTTTTTACTCTTTTTGCGGTAATTGTATATGATTTGGACATTCTACGTTAGAAAATTCGTAACTGAGTTTGTTCTTGGGACAATGCTTCAGTGGATGTAGAGCAGATGCTAATGAGGCTGCTGTCATCCTACTTCCATCAAATATTACTGTTTTTACGCTTGATTTTTCGGGTTCAGGCTTATCTGATGGAGATTATGTCAGCCTTGGTTGGCATGAGGTATGTATCTATTAACTATACATCTTGGTTTCAGTTAATTGAGGGTCTGAATCATCTTGGTTTCAGTTAATTGAGGGTCTGAATCTGAAATATCTTAAACTATGACTTCAATGATGCAAGAGAGATGACCTCAAGGTTGTGGTGACATACTTAAGAAGCAACAAACAAACATCCCGTATAGGTCTCTGGGGAAGATCCATGGGTGCTGTAACTAGGTATGTTGAGTCATATTCTTTAGCATGCTGTCATCACTATATTGTAGACCTTGATGCTTTAATTTGTCATGGAGTTGGTCTTAGAGCAAGGCTATGAAGTGTAATTTTTTAGGTGTATTGAGTTTAGTTTGTTCTCCATGTCCTTAATCTGTTCTGCCCTTATCTTTTGACCGATCGATGTACTGTACTCCTTTGCTGCTGCGCACTAGTGGCTCAAACTTGTAGGTGAGGTCGGAGGGGAGTTAGATATGTGTAGGAATTCTGCAACTTCTCTCAAGTTTAATATAATTTAATTCCCGTAATGTTGTTTATTTTTAAATTGAAACCTTCAATGTGTAATACATACTCATACTATTGATGAAGTTTCTACCCACTAACAACCTTACTTTAGCAGATGCCCCCTCCCCCCATAGTAATGGAAAGTTTACTTGGTCTGATTAGAGAAAATGTTATACATACTCATATCTATGGTTTTCTTGTTGCTAATAAGTTGTTCGATATTTAGACATTCATGGGAGTTGAGACTCTGGGGTAGAGCTTTCAAACCACTGGGACCTTGCTTCTTTCAGCATCAATTTTAAGACAGAAGAAAGGCTAGCCAAGTCACTCAAGCTCCCCGGCTAAACTGTCCCATTTGAGACCTTGGTTATCTGGTCCCAAGTATATGGGCTCTACTAGGCTCTTGACAAGGGCCCAGCCATTGCCCTGGGCAAGGAACTCTTGTCCTTCTAGAGGAAACCCTTCTTTTTAAGGGAGATTTTTGGGTACCGATTTCTCAGTAGCAAAGTGTAGTCTTCTGATAGAGTGAGATTAAGTGGGTCACAATTCTGTTTTTTATTGGAGTGTAGGATTGATGTTGGCCGTTTGTGGAGATAGTAAATGTTGGCTTCTTTTCATCAAACAAATATTTCCTCATTTTCTAAGGATATGGTTCAATTTACTGATAGAAACCATTCAAAATCTGCCTTAAGTATGAAGTTTTAGCTATTCTGTTGATGCTACTAGCGGCGGGGATGGTTGGGGTGTCTTGTTTTGGGAGGATGACGGAAGGGCGTCCCTTTAAATAAATGGATCTAGATGCCCAATTGGCAAGTACTTTTGATATTATTGTGGTATAGAGTTGTGTCAGACATGGAGAAACTTCCATGGCTGTCAACTTCCTGTTCTTCGTGGAGTTTCAGACATGGAGACCTTTTTTGTAACTATTTTAGTTTGGTGACTCTTAGTTATTTCATTTTATTAGTGGAATTTGTTTCCTAGGTAAAAAAAAAGTACATAAAATCTTGCCGTTTCACTTCTTTAGAATAATTTTCAGGTGCTGCCTTTTCTTTTACTTCGGTGAAAAAAGATGTTCAGTGAATGTTAAAAGATTCAACAGTGGTTTTGTTTATTTATTTTTTACTTGACTGGAATTTATGATATTTTAAATTTTCTAGGATGTATTCAGTTACCTGAAGCCTTCTGTGCTACAATGCAGCCTTCTATACGGAGCTGAAGATCCTTCCATAGCTGGAATGGTGCTTGACAGTGCCTTTTCTAACCTTTACAATCTAATGATGGAACTAGTTGATGTTTACAAGATCCGACTACCTAAATTCACGGTACAAGATCTACCTTCTTCCACCTTTCACAAACTAGTTTCATCCATCTGCATACTTCATTGGATGCTGCTTATTGTCTCAATACCGTATGCGTCTGATTCAATGCTTCATTTCTCACAGTCAATCTCTCACAACAATGATCACAACTAACAAGAATTTTTTTTTTTTTTGTATGACTTAATATGGCATTGAGTGGTAGTATGCATGACTTAGAGCCAGGCTGTGACATAAGTGTTAACAAAAAAGGAAAAGTCTTCCTCGGTATAGAGGAGTGTAGAACATCAAACAGAGGGCTCTTTCCCCTCTCTTATAAGTTCTATTTTGGTTTATAGCTTCTCTTGGCTAGATGGTTTAGTTTGGGGAGAGATTGAGCTTCAAAAAAATGATAAATGGTTTTCTCAATCCAAAAATATGTAGCTCCTCAGTAATAATATTCCAAATTCTATCCTCACAGCATTCCTATCACTTTCCCTAACCCTTTCCATCAATAGACAGTTGACGTACAAAGACTGCAGTTTACTTAAAAGCATTTACTTCAATACTATCTATTTCTCGTATGTTTAGAATTTTCAAAATTTCATGGACATGTAGACGAGAAGGACGAGATCCACAATTCATATAAATGATTTATAAAGCTTTGTTTTTTCTTCTCCAACTAGTAAAAGATTAGCGTCTTTAAACTCCCTATAACATCTCTCGAAGAGACTGGTTATTTGTTTTCTTATTGACCTTACTTCCCCTACTTCATCTTAAGCGTTTAACCCTACAAAATGATGGGCGCTTCCAGGTAGAGTATTATTGACAATTATTTTTTGTAATTACTCGGCCATTAATTTGGATTGGGAGTGCGTTCTTTAGTTCTTGATAAGGGATATATCTTATTTTCCACCTTTGTTTTGGCTTATCCCATGTTACCTCTTTTCTTTCTTCTTTTTTATTTTTTTATTTTTTATCATTAATGAATGGTGACATAATGTAAACTTGATATGCCAGGTGAAGGTGGCTGTTCAATACATGCGGAGGGTAATTGAGAAGAAGGCAAAGTTTGATATCATGAATCTTAATTGCTTACAGGTTTGTCTGATCTAATATTATATTAGAGCTTGCTAGATTGGCTTCTTCATCTTTGTTTTGTGACTGTCTTCAAAAGTTTGCCATGGTCTCTACTTGAACTTGAATCAGTGATTCTTTCACTGCAGTGCAGTACGTTTATATATGAACCATTTTTTGAAATGCCACCAGGTGACCCCAAAAACTTTCATTCCTGCTTTATTTGGGCATGCTAACTGTGACAAGTTCGTTCAACCTCATCACTCCGAACTCATCTATAATTCATATGCGGTAATGTACACTTTCGAAAGAATTGTACTTCCTAGATATAAGTTCGAAAATTTCTCAGTTNTAGTTGATGTTTACAAGATCCGACTACCTAAATTCACGGTACAAGATCTACCTTCTTCCACCTTTCACAAACTAGTTTCATCCATCTGCATACTTCATTGGATGCTGCTTATTGTCTCAATACCGTATGCGTCTGATTCAATGCTTCATTTCTCACAGTCAATCTCTCACAACAATGATCACAACTAACAAGAATTTTTTTTTTTTTTGTATGACTTAATATGGCATTGAGTGGTAGTATGCATGACTTAGAGCCAGGCTGTGACATAAGTGTTAACAAAAAAGGAAAAGTCTTCCTCGGTATAGAGGAGTGTAGAACATCAAACAGAGGGCTCTTTCCCCTCTCTTATAAGTTCTATTTTGGTTTATAGCTTCTCTTGGCTAGATGGTTTAGTTTGGGGAGAGATTGAGCTTCAAAAAAATGATAAATGGTTTTCTCAATCCAAAAATATGTAGCTCCTCAGTAATAATATTCCAAATTCTATCCTCACAGCATTCCTATCACTTTCC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mRNA sequence

CCGTATCTTTTGGTCTCCTCCTTGACTTCTGCGGATGATTCTGGATCTGGATATGCTTACTACCGAGTAATGTATCGAGAAGTGGTTTTGGTGTTTGAGATGCTTGTGGAGCTTCTTTTTGAAGAATGGTGAACTGAATTTTTGACTTTGGATTTCCATTCCTATGAGGTGGAGTAGCTGTCGGGGACTCTTGGAATCAATATGATGGATCAGTTCATCAATTTTGTTATTCGGCCTCCTAGGGCGGATTATAACCCTGATCAATATTTATGGGAGAAAAATTTCACTCTTGCGGGTAGAGCATACCAACGACAGGATTTGGAGCTAAGAAATTCAAGGGGCCATGCCTTGCAATGCAGTCATTATTTGCCTTCACCTATTCCTGAAGATACCCCTCTGCCATGTGTCATATATTGCCATGGTAACAGTGGATGTAGAGCAGATGCTAATGAGGCTGCTGTCATCCTACTTCCATCAAATATTACTGTTTTTACGCTTGATTTTTCGGGTTCAGGCTTATCTGATGGAGATTATGTCAGCCTTGGTTGGCATGAGAGAGATGACCTCAAGGTTGTGGTGACATACTTAAGAAGCAACAAACAAACATCCCGTATAGGTCTCTGGGGAAGATCCATGGGTGCTGTAACTAGCCTTCTATACGGAGCTGAAGATCCTTCCATAGCTGGAATGGTGCTTGACAGTGCCTTTTCTAACCTTTACAATCTAATGATGGAACTAGTTGATGTTTACAAGATCCGACTACCTAAATTCACGGTGAAGGTGGCTGTTCAATACATGCGGAGGGTAATTGAGAAGAAGGCAAAGTTTGATATCATGAATCTTAATTGCTTACAGGTGACCCCAAAAACTTTCATTCCTGCTTTATTTGGGCATGCTAACTGTGACAAGTTCGTTCAACCTCATCACTCCGAACTCATCTATAATTCATATGCGGGGGATAAAAATATTATAAAGTTTGACGGGGATCATAACTCGTCAAGACCACAGTTCTATTATGACTCAGTTTCTATTTTCTTCTATAATGTTCTTCATCCACCTCAGTTACCTTCTGCTCATGCAAGTAAGCTTGAGAAATATTATGATTTAGGGGATTTGAAGATTGGGCCTGATATGGATGAGAATCTAATATATGACATAATATCGAGTCTTCGTTCTACTGGAAATGATGTTGCTGGTTCATCTTCTGCTCCTAGTGTTCCAACCACGAAATCTGTTGGTGACCTTATTTCTGAAATTCCTTCAGTGATCACAGAAATTGATACCATGCCTAATGACTATAGTTCAATCAACAGCGACGAGCCATCACATCTGCAGGACCAGCTAAATGATGAAACTGAAGAATGTTGCTCGTATACGAGTTCGAATAGAGAAAGCTGGGGTAGATGCTCTTCTCTAGGGGGCAGTGATGAAGAATCTTCTGCTGGCGTGGTTTCTAAGAATAAATTTAAGGAGACTCTAGAAGTATTTCCAACACCTCTTCGAGGCACCGAAGGTAAACCATCAGATTCGTCGAGAGATGACCAAAAGAAAAACAAAAAGAAGAAAGTTGCAACGTCCCAAAAGCCGAAGAAATCAAAAACTGAGAAACTAGAAGCCCTTAGTAGACACATTCGGCTTTGCATTTTAAGGCGAGTACATCGTTGAAGATGCTCCTTTATGACGTACCTTGTACCGTACCCACAACAATGTAAAATTCCGGCCATCGTCCCTTTAGATTTTAGCTGTAGCTTCCCCAACCCAACACAACAACAAAAAGAACAAAGTTGGCAGTAACAATTTGAATTCTTGTTAGTTAATTGTCATGTGCGGCTTTTATATCACTTTGTTGCATTGATTACTTTATGTAGGAGTTTTTGCTAATGTTGAGAAGTGCAGAATAGTACATCTTGATTGGAAAGGAAGTAAAATTCAAAGTTTTGGCTTGCTTGGATGCTCTAAAGATCTATTTGGTACTATACGACTCCCTACCTGCATTCGAGTTTGGACCAAACATGTTAGATTTTTCTTTAGAATTCTTATCAAGGGACGTGCAACTCTGCACAAGCTTCAACATCAATTTTCCTTTGAAGGTTTGGCTGTCAACTTAATTCAGTCAACTAGAACAGAAAGGAACATACATTGGATTCAAACAAGAAGTTGCTAGGATGGAAGAGGAAGGTCGATGACAATTCTCTAAGAATAGACATCAGTCCTACTCTGATGATATAATGGTTTGCCAAATATTGGTCCTCAGGAAAGTATTTATGTGCTGAAATATGGCACACGACAGTATATAAAACTATCAAAACTACAGCTAGAGTGAACTGTGGAAGATAACTTGTAAAAACATGGAACACTTGGACTAAATTGAACCTTGTGGTTTAGTCCAACCGATCATCATCACCTATTGACATTCCAGACAAAGGATCGATCGTTTCCCTGGCTAGAGAAACGGGGCGTGATTCCTTGGGAGTGGAGTTCAGACTTGACTCTAGTATTTGCTGTGCAAGCATCATCTCTGATTTGGCACATGCACCATCCCTGTACTGCCTTGGCTTCTTCACTGGCCTTGGGCTGTCATCTAGGGAGCCATGGCAACCGGAATCTGGTGTCAATGGTTCGTGATGAGACGGGAAAGAATCATCAATAGAGATACTCTTGGCTCGGGCAGATTCCTTTGATGCTTTCTCTTGGCGAGGAGACTCAGATGTGGGCACAGGTGTTGACGGGTCGTTTTTATCAGTTTCTGGGCAGTTGTCACCAGAAACAGGAGCTGATAAGGGAGAAGCAACTGGAGCTGCTGAAAGAACCCCACTAAGTTTTTGTTGCTCTTCAATTATCTTCTTTAGGTACTTGCCTTGAGCTTCAATCCGTAACTGTAGCTGTCTCTGTACCTGTATAGATATGCATACGATGAAACAGTCGTTTTTGAGCCTGTCCTACATCAGTCAATGGCATCTCATATGCCTTGGAATAAAAAGTTGGACCAATTCACATGCAATCATGACTTTTTGTGAATGATTGTTTGAGGCACCAAATTATGAGTTAAGCTGAGTG

Coding sequence (CDS)

CCGTATCTTTTGGTCTCCTCCTTGACTTCTGCGGATGATTCTGGATCTGGATATGCTTACTACCGAGTAATGTATCGAGAAGTGGTTTTGGTGTTTGAGATGCTTGTGGAGCTTCTTTTTGAAGAATGGTGA

Protein sequence

PYLLVSSLTSADDSGSGYAYYRVMYREVVLVFEMLVELLFEEW
Homology
[Close]
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs. NCBI nr
Match: KAG7026692.1 (hypothetical protein SDJN02_10695, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 48.5 bits (114), Expect = 3.81e-05
Identity = 24/35 (68.57%), Postives = 27/35 (77.14%), Query Frame = 0 

Query: 1   PYLLVSSLTSADDSGSGYAYYRVMYREVVLVFEML 35
           PYLLVSSLT ADDSGSGYAYYRV +    L  +M+
Sbjct: 82  PYLLVSSLTYADDSGSGYAYYRVEWLSGTLGIDMM 116

[Close]
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs. NCBI nr
Match: KAG6594724.1 (putative protein, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 47.0 bits (110), Expect = 2.66e-04
Identity = 21/23 (91.30%), Postives = 22/23 (95.65%), Query Frame = 0 

Query: 1   PYLLVSSLTSADDSGSGYAYYRV 23
           PYLLVSSLT ADDSGSGYAYYR+
Sbjct: 227 PYLLVSSLTYADDSGSGYAYYRI 249

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7026692.13.81e-0568.57hypothetical protein SDJN02_10695, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
KAG6594724.12.66e-0491.30putative protein, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG19g08400 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG19g08400.1Cp4.1LG19g08400.1mRNA