CmoCh19G004870 (gene) Cucurbita moschata (Rifu) v1

Overview
NameCmoCh19G004870
Typegene
OrganismCucurbita moschata (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCmo_Chr19: 5799277 .. 5802606 (-)
RNA-Seq ExpressionCmoCh19G004870
SyntenyCmoCh19G004870
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGAAGATTCGTGTAGGGCAAAAGATGATGATTTGAAACGTCCGTTGTTTTTTATAGACCTTTTAAGTCTATGATTTCTATTGAAATAAATGTGAGTAAACTATTTTTATTCGATGTCTTCCGTCAATAAACAAAAAGTTCTAAACAATAGTCCATCACTCGAACTCCACACGATCTCAAATCTAAGCATTCACAACCGAACCACTTTAAAAATGTGACGTTCTAACATTTTCGAATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTGTGTAAGAAATCGAGTTGTTTTGGTAAGTTTCAAATGTGTAACGTTGCTTTAAACCTTACACGCTTTGTTTATGCGATATAGTTTATATTATAATTCTTAAAACTTTTCAATGTACTATTATGAACCGATCGATTAAATTTTCAAGTTTGACTTTTGGTAAAAGGAACATTTTGGGTTGAACTAAGACCTTCGTAGTCGAGGAAAAATGGTTTGTTTTAGGTTGCTTTTAAAGTAAGTGACTTTACTACGAGAATGTTTTTGTGAGACTCGAGTAGAGGAGGAGAATATGAATGAACTGAGACTATATTTATATATTGTTTAAAATTTTTTCTCATACCATCTTCGGGTCCATAGCTCAGTGGTAGAGCATTTGATTGCAGATCAAGAGGTCACCGGTTGGGCCCTTTTTATTTTTAAATTTTAGTCATGTTATTTTTTAACGTGCTTTATTAGCTTAGGTAATAACTTTCAACTAATGGTCACATTCATTCGAATATGGTTTAAGTTTATTCATGTACCCCTCCTTTATTCGAGTGTCACATGCCCACCGTTCCTCGTCATACCACATCTTATTAGGAAAGATACCACTCTAATAGCATTTGTAACGCTCCATGTCTAGGATTCAAAATCCTGATTCGACATTTGATAGCCTCAAATCTTTGTTTTATCCTCAAGATCACTCTCATTTGGATATGGTCTCGGTTTCTTAATATTCCTAACGGTTTGTAATTTAAAATACATGAAAAGAGGCTAATAGAAGACATAAAAATTATGGACCTCCATGACCGGCTTTTCTACCTTGTCATCACTATCATGCCACGACTTTCTTAGAGGGTTCCATGTTCACCCCTTCTATTCTTGCGTGTTTAATAAAATTGGAAGAAATAAAAGAGTATGTAGAACAAGAATCAAACAACATCTATAAAAAGTGTCAAACGATAAACAACGTATCTATGACTGCAATGTTTGAGGCCTCGACCTCCTATTGAGTATTGGCATAAATTTGACCCTATTGTTGGGCCAAATCCGGAGGTGGGGCTTGATCACTATTTGCTAGTTGACTAGTACCCACAATCATCTGTTTCTAAGTGCATCACGAGGCTATAGTATCGGCCATATGGCAGTTGAAGCACACTTTATTCTTAAACCTACATTGTCCCGAGTGGCGTCATCTACAGTTAGTACAAAGTGTCTTCTCACGACAACGTTCGTGTGAGGACCACGACGACAGGTCCTAACCAAGAGTGCAAAGCATAACATGAATTTCTTATTATAGGTTGTTAAGGGCGCTTAATGTCTCTGATTCCCATGCATGCTAACTCTTTGGTCGGAAGTTTAGTTTAAGGAGAACAAGGACAGCACTACTTTGTTGGCTGCGCTGTTCGAGGAGTCTAAGGATGATTAAAATTGGGTTGGGCCACTGAAGTAATCGAACTCAGGTTGGGACTTGGGCCCACGCGAGTTGGGCCTAGTCTCAACTCATTCGGTCCTTTATCCATTGAACTCGTACTCAACCCGAACGGGATCCAATTCAAAAAATACAACTCAATGGACCCTGAAATGCTATCTAATCCAACCCAATCCTTATAATTCGGTTGGGTCGGTTTGGATTATCAAATTCTCGTGTTTTCTTTTGCTCTACCTTTTATAGTCTCTTTCTTTAATGGTTAATTCTCGGACTATGAACTTATTTAGGTTAGGTTGAATTTAATTCAAATAAATAAAATTTTTACAAGTTGGGTTAGGTTCAAATAACTTAAAGTTTTATGGGTTGGATTGGTTAATGGGTTTCGGTGATACTCGACTGAGTTAAACCAAACCACGCCGCCATCATCTATGATCTTCGTCACGACGTCACGCCGCCGCCGTTATCTGTACATGAATATCTTACCTTTACGTGAAATGTAAGAGTAGTACATGACTGGAGTATTTAATCCAAATATTGGAGTTTAAAAATGCATACACATGCAACATGGTGAGACTTATCCTTTTAACATAACCTTAAGTAGACAAGATTTGATATATAGTATTTCTCTACACATGACTCACGCATACGAGTTTGGGGTCACTAGGCAGGCTCGCACACATCTTAGGTCTAACTCGTTGGGCTAGCACTCGCTAACGAGCTCTATGTAGAGCACCATGGAGGGAAAAGATCCACATAACATCTGATAAATAGAATGTCAGAAATCATAATGTGTGTATCCATACTCATCATAGTAAAGAAGTATTTCGATGCACATGTAACACAAATATGCATGGACGTTCCCTAATATATGTCAACGGGTTGTTAAAATACTTTTAAAATAAATAATATTTTTTTTTTGGAAAGTTTGGAAGATATTTTTATTTATATATCAGCAAAATTTTAAAATAAAAAATGTAAGAAAAATAGAAAAGGAAGGGGTAAAAGGGTCATTTAGAGGAGTGCGTAATGTTGACTTGACATCCTTTATCAGTCTTGGATCTCTGGACATTAAGCGTGCATTTCGTCTTCCCATTCTCCACTGTTCTTCTACAGTTCCCTCTCCTCTCCTCTCTGCCTTCCATTTCCTTTATCTCTAACCTTTTCAATCTCTTTTTCCCATTCCCCTCTCGATCTTTCCACGATTCGGCTAAAAGGTGAGCGCCTGCTTGATTCTTCGGTTTCTTCTCCAATTCCCCTTTTAATTCTGCTTTTTCATTTCATTGCTTTTCTTTCTTTTCTATCTGTTTCCTTCTTTTGCTCGTTGGATTCTTTGAATTTTTCTGCTATTGGAAAAGAATGGTTGAATTCCCCTTTTAAGACTGGCGGCATTAATGGGTTTGATTTGTCTTTTGCGATCTTTGAATATATCGATGTAATTCTGTGTTTTCGTTTCTAGTTTGATTGTGGAAGTAACGATCGCTTTTCGGCTGAGAAAATTTAAATAGTTCAAAATTGAAAATATGCTTTCGTTGATGCTCCCTGTTGGGAATCGGGATTGTAGCATTTCTTCTGTAGTTCGTAGTTCTAGTACTCAGTGATTTGGTGGTGGAGGCTTTAATGATGAACACTCGATTGCTATCTTGCTGTTTTGCAGGTAA

mRNA sequence

ATGGAAGATTCGTGTAGGGCAAAAGATGATGATTTGAAACTCTTGGATCTCTGGACATTAAGCGTGCATTTCGTCTTCCCATTCTCCACTGTTCTTCTACAGTTCCCTCTCCTCTCCTCTCTGCCTTCCATTTCCTTTATCTCTAACCTTTTCAATCTCTTTTTCCCATTCCCCTCTCGATCTTTCCACGATTCGGCTAAAAGGTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGAAGATTCGTGTAGGGCAAAAGATGATGATTTGAAACTCTTGGATCTCTGGACATTAAGCGTGCATTTCGTCTTCCCATTCTCCACTGTTCTTCTACAGTTCCCTCTCCTCTCCTCTCTGCCTTCCATTTCCTTTATCTCTAACCTTTTCAATCTCTTTTTCCCATTCCCCTCTCGATCTTTCCACGATTCGGCTAAAAGGTAA

Protein sequence

MEDSCRAKDDDLKLLDLWTLSVHFVFPFSTVLLQFPLLSSLPSISFISNLFNLFFPFPSRSFHDSAKR
Homology
[Close]
BLAST of CmoCh19G004870 vs. NCBI nr
Match: KAG6571858.1 (hypothetical protein SDJN03_28586, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 2.6e-26
Identity = 66/70 (94.29%), Postives = 67/70 (95.71%), Query Frame = 0 

Query: 1  MED--SCRAKDDDLKLLDLWTLSVHFVFPFSTVLLQFPLLSSLPSISFISNLFNLFFPFP 60
          MED  SCRAKD+DLKLLDLWT SVHFVFPFSTVLLQFPLLSSLPSISFISNLFNLFFPFP
Sbjct: 1  MEDAISCRAKDEDLKLLDLWTSSVHFVFPFSTVLLQFPLLSSLPSISFISNLFNLFFPFP 60

Query: 61 SRSFHDSAKR 69
          SRSFHDSAKR
Sbjct: 61 SRSFHDSAKR 70

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmoCh19G004870 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmoCh19G004870 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmoCh19G004870 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6571858.12.6e-2694.29hypothetical protein SDJN03_28586, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmoCh19G004870 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmoCh19G004870.1CmoCh19G004870.1mRNA