Clc09G17850 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc09G17850
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionMADS-box protein JOINTLESS-like isoform X2
LocationClcChr09: 29631176 .. 29673971 (-)
RNA-Seq ExpressionClc09G17850
SyntenyClc09G17850
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
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ATGACAAGGAAGAAAATTCAGATCAAGAAGATTGACAACATAGCTGCAAGACAAGTTGCATTTTCAAAGAGAAGAAAAGGGCTTTTCAAGAAGGCTAAAGAGCTTGCAATTCTTTGTGATGCTGAGATTGGCCTTCTTGTTTTTTCTGCTTCTGGGAAGCTCTTTGACTATGCAAGTTCAAGCATCCAGGGGATACTTGAGAGGCATAATAGTGTCCATCCACAGAACCTTCCCAATTTGAATGAACCTTCAGTTGAGTTGCAGCTCGAGAGTAATATTCAAGCCAAGTTGAATGAAGAAGTTGAGAAAAAGAGGCATGAACTGAGGCAAATGAAGGGAGAGGAGCTTCAAGGATTAGGGCTGGAAGAGCTTAAGAAATTAGAAAAATCACTTCAAGGAGGACTCAGCCGAGTTGCAGAAATTATGGATGGAAGAAATACTGAATTGATCAATGAAATTGGAAGGAAGGTTGATTTGCTGAAAGAGGAAAATCAGATATTGAGCCAGCTCGAGGCAGAGGAAATGACAGAGCAAATGCACAACATACAAGGCAATTCTCCTGAGTCTATAGTCAATAACTCCTCCTCATCAAACCCTTCTCAAGATTATGATAGCTCTGACACTTCTCTCAAATTGGGATTGACATTGCTTGAGTATTAA

Protein sequence

MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASSSIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLGLEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMHNIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY
Homology
[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match: XP_038886862.1 (MADS-box protein SVP-like isoform X1 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 357.5 bits (916), Expect = 8.5e-95
Identity = 197/219 (89.95%), Postives = 208/219 (94.98%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           SIQ ILERHNSV+ +NLPNLNEPSVELQLESNI+AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SIQSILERHNSVNSENLPNLNEPSVELQLESNIRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           ++ELKKLEKSLQG LSRVAEIMDGRNT+LI++IGRKVDLL EEN+ L+QLE E MTEQM 
Sbjct: 121 MDELKKLEKSLQGALSRVAEIMDGRNTDLISDIGRKVDLLIEENKRLNQLELETMTEQMQ 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           NIQGNS ESIVNNS+SSNPSQDYDSSDTSLKLGL LLEY
Sbjct: 181 NIQGNSSESIVNNSTSSNPSQDYDSSDTSLKLGLPLLEY 219

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match: XP_022141962.1 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X2 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 349.4 bits (895), Expect = 2.3e-92
Identity = 189/219 (86.30%), Postives = 206/219 (94.06%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGL VFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLFVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+QG+LERHNSVH +NLPNLNEPSVELQLESN++AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SMQGLLERHNSVHSENLPNLNEPSVELQLESNMRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           +EELKKLEKSLQGGL+RV+E+MDGRN +LI++I RKVD+L EENQ L+QLE E+MT+QM 
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLNRVSEMMDGRNIDLIHDIERKVDMLVEENQRLNQLEVEKMTDQMQ 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           N+QGNS ESIVNN SSSNPSQDYDSSDTSLKLGL  LEY
Sbjct: 181 NMQGNSSESIVNNCSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLPSLEY 219

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match: XP_038886863.1 (MADS-box protein SVP-like isoform X2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 349.0 bits (894), Expect = 3.0e-92
Identity = 192/216 (88.89%), Postives = 205/216 (94.91%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           SIQ ILERHNSV+ +NLPNLNEPSVELQLESNI+AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SIQSILERHNSVNSENLPNLNEPSVELQLESNIRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           ++ELKKLEKSLQG LSRVAEIMDGRNT+LI++IGRKVDLL EEN+ L+QLE E MTEQM 
Sbjct: 121 MDELKKLEKSLQGALSRVAEIMDGRNTDLISDIGRKVDLLIEENKRLNQLELETMTEQMQ 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTL 217
           NIQGNS ESIVNNS+SSNPSQDYDSSDTSLKLG ++
Sbjct: 181 NIQGNSSESIVNNSTSSNPSQDYDSSDTSLKLGYSV 216

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match: XP_022141961.1 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 344.7 bits (883), Expect = 5.7e-91
Identity = 189/220 (85.91%), Postives = 206/220 (93.64%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGL VFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLFVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+QG+LERHNSVH +NLPNLNEPSVELQLESN++AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SMQGLLERHNSVHSENLPNLNEPSVELQLESNMRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQL-EAEEMTEQM 180
           +EELKKLEKSLQGGL+RV+E+MDGRN +LI++I RKVD+L EENQ L+QL E E+MT+QM
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLNRVSEMMDGRNIDLIHDIERKVDMLVEENQRLNQLQEVEKMTDQM 180

Query: 181 HNIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
            N+QGNS ESIVNN SSSNPSQDYDSSDTSLKLGL  LEY
Sbjct: 181 QNMQGNSSESIVNNCSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLPSLEY 220

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match: XP_004136891.2 (MADS-box protein SVP isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_011658821.1 MADS-box protein SVP isoform X1 [Cucumis sativus] >KAE8645819.1 hypothetical protein Csa_017269 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 340.5 bits (872), Expect = 1.1e-89
Identity = 191/221 (86.43%), Postives = 208/221 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           SIQ ILERHNSVH +NLPNLNEPSVELQLESNI+AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SIQEILERHNSVHSENLPNLNEPSVELQLESNIRAKLNEEVEKKSHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQ-M 180
           +EELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDG+NT+L+++IGRKVDLL EEN+ L+QLE +++ EQ M
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGKNTDLLSDIGRKVDLLIEENKRLNQLEVDKLGEQIM 180

Query: 181 HNIQGNSPESIVNNS-SSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
            NIQG+S ESI NNS SS+NPSQDYDSSDTSLKLGL LL++
Sbjct: 181 QNIQGHSSESIGNNSTSSNNPSQDYDSSDTSLKLGLPLLDF 221

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FUY6 (MADS-box protein JOINTLESS OS=Solanum lycopersicum OX=4081 GN=J PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 186.0 bits (471), Expect = 4.4e-46
Identity = 120/242 (49.59%), Postives = 163/242 (67.36%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KIQIKKIDN  ARQV FSKRR+GLFKKA+EL++LCDA++ L++FS++GKLFDY+SS
Sbjct: 1   MAREKIQIKKIDNSTARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALIIFSSTGKLFDYSSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQL-ESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
           S++ ILER + +H +NL  L++PS+ELQL E++  ++L++E+ +K H LRQM+GEELQGL
Sbjct: 61  SMKQILERRD-LHSKNLEKLDQPSLELQLVENSNYSRLSKEISEKSHRLRQMRGEELQGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQ---------- 180
            +EEL++LE+SL+ GLSRV E    +    IN++ +K   L EEN+ L Q          
Sbjct: 121 NIEELQQLERSLETGLSRVIERKGDKIMREINQLQQKGMHLMEENEKLRQQVMEISNNNN 180

Query: 181 -------------LEAEEMTEQMHNIQGNSPESIVNNSSSSN-PSQDYDSSDTSLKLGLT 218
                         E E      +N  G S ES+ N  +S + P QD DSSDTSLKLGL 
Sbjct: 181 NNNNGYREAGVVIFEPENGFNNNNNEDGQSSESVTNPCNSIDPPPQDDDSSDTSLKLGLA 240

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FVC1 (MADS-box protein SVP OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SVP PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 178.3 bits (451), Expect = 9.2e-44
Identity = 110/238 (46.22%), Postives = 162/238 (68.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KIQI+KIDN  ARQV FSKRR+GLFKKA+EL++LCDA++ L++FS++GKLF++ SS
Sbjct: 1   MAREKIQIRKIDNATARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALIIFSSTGKLFEFCSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQL-ESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
           S++ +LERHN +  +NL  L++PS+ELQL E++  A++++E+  K H LRQM+GEELQGL
Sbjct: 61  SMKEVLERHN-LQSKNLEKLDQPSLELQLVENSDHARMSKEIADKSHRLRQMRGEELQGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQM 180
            +EEL++LEK+L+ GL+RV E    +    I+E+ +K   L +EN+ L Q +  ++TE+ 
Sbjct: 121 DIEELQQLEKALETGLTRVIETKSDKIMSEISELQKKGMQLMDENKRLRQ-QGTQLTEEN 180

Query: 181 HNI-----------------------QGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
             +                       +G S ESI N  +S+    D +SSDTSL+LGL
Sbjct: 181 ERLGMQICNNVHAHGGAESENAAVYEEGQSSESITNAGNSTGAPVDSESSDTSLRLGL 236

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9XJ66 (MADS-box transcription factor 22 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=MADS22 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 159.1 bits (401), Expect = 5.8e-38
Identity = 104/223 (46.64%), Postives = 151/223 (67.71%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R++ +IK+I++ AARQV FSKRR+GLFKKA+EL++LCDA++ L+VFS++GKL  +ASS
Sbjct: 1   MARERREIKRIESAAARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALIVFSSTGKLSHFASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+  I++++N+ H  NL    +PS++L LE +  A LNE++ +    LRQM+GEEL+GL 
Sbjct: 61  SMNEIIDKYNT-HSNNLGKAEQPSLDLNLEHSKYAHLNEQLAEASLRLRQMRGEELEGLS 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQIL----SQLE-AEEM 180
           ++EL++LEK+L+ GL RV    D +  E I+E+ RK   L EEN  L    SQ+  AE+ 
Sbjct: 121 IDELQQLEKNLEAGLHRVMLTKDQQFMEQISELQRKSSQLAEENMQLRNQVSQISPAEKQ 180

Query: 181 TEQMHNI--QGNSPESIVN--NSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
                N   +G S ES++   +S SS    + D SD SLKLGL
Sbjct: 181 VVDTENFVTEGQSSESVMTALHSGSSQSQDNDDGSDVSLKLGL 222

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O82794 (MADS-box protein AGL24 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=AGL24 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 155.2 bits (391), Expect = 8.4e-37
Identity = 103/226 (45.58%), Postives = 152/226 (67.26%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KI+IKKIDNI ARQV FSKRR+G+FKKA EL++LCDA++ L++FSA+GKLF+++SS
Sbjct: 1   MAREKIRIKKIDNITARQVTFSKRRRGIFKKADELSVLCDADVALIIFSATGKLFEFSSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNL-NEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
            ++ IL R+ S+H  N+  L + PS  L+LE+   ++L++EVE K  +LR+++GE+L GL
Sbjct: 61  RMRDILGRY-SLHASNINKLMDPPSTHLRLENCNLSRLSKEVEDKTKQLRKLRGEDLDGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAE-----------IMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILS 180
            LEEL++LEK L+ GLSRV+E            ++ R +EL++E  R  D L+       
Sbjct: 121 NLEELQRLEKLLESGLSRVSEKKGECVMSQIFSLEKRGSELVDENKRLRDKLE------- 180

Query: 181 QLEAEEMTEQMHNIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
            LE  ++T     ++  S  + V++  S  P +  D SDTSLKLGL
Sbjct: 181 TLERAKLTTLKEALETESVTTNVSSYDSGTPLE--DDSDTSLKLGL 216

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5K4R0 (MADS-box transcription factor 47 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=MADS47 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 152.5 bits (384), Expect = 5.4e-36
Identity = 103/227 (45.37%), Postives = 152/227 (66.96%), Query Frame = 0 

Query: 3   RKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASSSI 62
           R++I I++IDN+AARQV FSKRR+GLFKKA+EL+ILCDAE+GL+VFSA+GKLF +AS+S+
Sbjct: 22  RERIAIRRIDNLAARQVTFSKRRRGLFKKAEELSILCDAEVGLVVFSATGKLFQFASTSM 81

Query: 63  QGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLE-SNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLGL 122
           + I++R+NS H + L       ++LQ E S+  A+L EE+ +    LRQM+GEEL  L +
Sbjct: 82  EQIIDRYNS-HSKTLQRAEPSQLDLQGEDSSTCARLKEELAETSLRLRQMRGEELHRLNV 141

Query: 123 EELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRK-VDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 182
           E+L++LEKSL+ GL  V +    +  + I+ + RK + L++E  ++  QL+   M+ +M 
Sbjct: 142 EQLQELEKSLESGLGSVLKTKSKKILDEIDGLERKRMQLIEENLRLKEQLQVSRMS-RME 201

Query: 183 NIQ-----------GNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTL 217
            +Q           G S ES+ N S    P  +  SSDTSL+LGL+L
Sbjct: 202 EMQPGPDSEIVYEEGQSSESVTNASYPRPPPDNDYSSDTSLRLGLSL 246

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CLA0 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111012209 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 349.4 bits (895), Expect = 1.1e-92
Identity = 189/219 (86.30%), Postives = 206/219 (94.06%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGL VFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLFVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+QG+LERHNSVH +NLPNLNEPSVELQLESN++AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SMQGLLERHNSVHSENLPNLNEPSVELQLESNMRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           +EELKKLEKSLQGGL+RV+E+MDGRN +LI++I RKVD+L EENQ L+QLE E+MT+QM 
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLNRVSEMMDGRNIDLIHDIERKVDMLVEENQRLNQLEVEKMTDQMQ 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           N+QGNS ESIVNN SSSNPSQDYDSSDTSLKLGL  LEY
Sbjct: 181 NMQGNSSESIVNNCSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLPSLEY 219

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CKS2 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111012209 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 344.7 bits (883), Expect = 2.8e-91
Identity = 189/220 (85.91%), Postives = 206/220 (93.64%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGL VFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLFVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+QG+LERHNSVH +NLPNLNEPSVELQLESN++AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SMQGLLERHNSVHSENLPNLNEPSVELQLESNMRAKLNEEVEKKTHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQL-EAEEMTEQM 180
           +EELKKLEKSLQGGL+RV+E+MDGRN +LI++I RKVD+L EENQ L+QL E E+MT+QM
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLNRVSEMMDGRNIDLIHDIERKVDMLVEENQRLNQLQEVEKMTDQM 180

Query: 181 HNIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
            N+QGNS ESIVNN SSSNPSQDYDSSDTSLKLGL  LEY
Sbjct: 181 QNMQGNSSESIVNNCSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLPSLEY 220

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C1G2 (MADS-box protein SVP-like isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103495384 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 340.5 bits (872), Expect = 5.2e-90
Identity = 192/222 (86.49%), Postives = 206/222 (92.79%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           SIQ ILERHN+VH  NLPNLNEPSVELQLESNI+AKLNEEVEKK HELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SIQEILERHNNVHSDNLPNLNEPSVELQLESNIRAKLNEEVEKKSHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQ-- 180
           +EELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDG+N+EL++ IGRKVDLL EEN+ L++LE E+M EQ  
Sbjct: 121 MEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGKNSELLSVIGRKVDLLIEENKRLNELEVEKMGEQII 180

Query: 181 MHNIQGNSPESIVNNS-SSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           M NIQGNS ES+ NNS SS+NPSQDYDSSDTSLKLGL LL+Y
Sbjct: 181 MQNIQGNSSESVGNNSTSSNNPSQDYDSSDTSLKLGLPLLDY 222

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I8F3 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470617 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 333.6 bits (854), Expect = 6.4e-88
Identity = 185/219 (84.47%), Postives = 200/219 (91.32%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+QG+LE+H+SVH +NLPNLNEPSVE QLESNI+AKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SVQGLLEKHSSVHSENLPNLNEPSVEFQLESNIRAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           LEELKKLEKSL GGLSRVAE+MDGRN ELI +IGRKVDLL EENQ L+QL+ E+M  Q H
Sbjct: 121 LEELKKLEKSLLGGLSRVAEMMDGRNAELICDIGRKVDLLIEENQRLNQLKVEKMAYQTH 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           N+QG+S ESIVNN      SQDYDSSDTSLKLGL+ LE+
Sbjct: 181 NMQGHSSESIVNN------SQDYDSSDTSLKLGLSFLEH 213

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GJY0 (MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111454957 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 329.7 bits (844), Expect = 9.2e-87
Identity = 183/219 (83.56%), Postives = 199/219 (90.87%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS
Sbjct: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S+Q +LE+H+SVH +NLPNLNEPSVE QLESNI+AKLN+EVEKKRHELRQMKGEELQGLG
Sbjct: 61  SMQALLEKHSSVHSENLPNLNEPSVEFQLESNIRAKLNDEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           LEELKKLEKSL GGL+RVAE+MDGRN ELI +IGRKVDLL EENQ L+QLE E+M  Q H
Sbjct: 121 LEELKKLEKSLLGGLTRVAEMMDGRNAELICDIGRKVDLLIEENQRLNQLEVEKMAYQTH 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
           N+QG+S ESIVNN      SQDYDSSDTSLKLGL+ LE+
Sbjct: 181 NMQGHSSESIVNN------SQDYDSSDTSLKLGLSFLEH 213

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match: AT2G22540.1 (K-box region and MADS-box transcription factor family protein )

HSP 1 Score: 178.3 bits (451), Expect = 6.6e-45
Identity = 110/238 (46.22%), Postives = 162/238 (68.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KIQI+KIDN  ARQV FSKRR+GLFKKA+EL++LCDA++ L++FS++GKLF++ SS
Sbjct: 1   MAREKIQIRKIDNATARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALIIFSSTGKLFEFCSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQL-ESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
           S++ +LERHN +  +NL  L++PS+ELQL E++  A++++E+  K H LRQM+GEELQGL
Sbjct: 61  SMKEVLERHN-LQSKNLEKLDQPSLELQLVENSDHARMSKEIADKSHRLRQMRGEELQGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQM 180
            +EEL++LEK+L+ GL+RV E    +    I+E+ +K   L +EN+ L Q +  ++TE+ 
Sbjct: 121 DIEELQQLEKALETGLTRVIETKSDKIMSEISELQKKGMQLMDENKRLRQ-QGTQLTEEN 180

Query: 181 HNI-----------------------QGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
             +                       +G S ESI N  +S+    D +SSDTSL+LGL
Sbjct: 181 ERLGMQICNNVHAHGGAESENAAVYEEGQSSESITNAGNSTGAPVDSESSDTSLRLGL 236

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match: AT2G22540.2 (K-box region and MADS-box transcription factor family protein )

HSP 1 Score: 167.9 bits (424), Expect = 8.9e-42
Identity = 108/238 (45.38%), Postives = 158/238 (66.39%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KIQI+KIDN  ARQV FSKRR+GLFKKA+EL++LCDA++ L++FS++GKLFD    
Sbjct: 1   MAREKIQIRKIDNATARQVTFSKRRRGLFKKAEELSVLCDADVALIIFSSTGKLFD---- 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQL-ESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
            ++ +LERHN +  +NL  L++PS+ELQL E++  A++++E+  K H LRQM+GEELQGL
Sbjct: 61  -MKEVLERHN-LQSKNLEKLDQPSLELQLVENSDHARMSKEIADKSHRLRQMRGEELQGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQM 180
            +EEL++LEK+L+ GL+RV E    +    I+E+ +K   L +EN+ L Q +  ++TE+ 
Sbjct: 121 DIEELQQLEKALETGLTRVIETKSDKIMSEISELQKKGMQLMDENKRLRQ-QGTQLTEEN 180

Query: 181 HNI-----------------------QGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
             +                       +G S ESI N  +S+    D +SSDTSL+LGL
Sbjct: 181 ERLGMQICNNVHAHGGAESENAAVYEEGQSSESITNAGNSTGAPVDSESSDTSLRLGL 231

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match: AT4G24540.1 (AGAMOUS-like 24 )

HSP 1 Score: 155.2 bits (391), Expect = 6.0e-38
Identity = 103/226 (45.58%), Postives = 152/226 (67.26%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R+KI+IKKIDNI ARQV FSKRR+G+FKKA EL++LCDA++ L++FSA+GKLF+++SS
Sbjct: 1   MAREKIRIKKIDNITARQVTFSKRRRGIFKKADELSVLCDADVALIIFSATGKLFEFSSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNL-NEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGL 120
            ++ IL R+ S+H  N+  L + PS  L+LE+   ++L++EVE K  +LR+++GE+L GL
Sbjct: 61  RMRDILGRY-SLHASNINKLMDPPSTHLRLENCNLSRLSKEVEDKTKQLRKLRGEDLDGL 120

Query: 121 GLEELKKLEKSLQGGLSRVAE-----------IMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILS 180
            LEEL++LEK L+ GLSRV+E            ++ R +EL++E  R  D L+       
Sbjct: 121 NLEELQRLEKLLESGLSRVSEKKGECVMSQIFSLEKRGSELVDENKRLRDKLE------- 180

Query: 181 QLEAEEMTEQMHNIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGL 215
            LE  ++T     ++  S  + V++  S  P +  D SDTSLKLGL
Sbjct: 181 TLERAKLTTLKEALETESVTTNVSSYDSGTPLE--DDSDTSLKLGL 216

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match: AT4G37940.1 (AGAMOUS-like 21 )

HSP 1 Score: 117.5 bits (293), Expect = 1.4e-26
Identity = 81/219 (36.99%), Postives = 132/219 (60.27%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R KI I++ID+  +RQV FSKRRKGL KKAKELAILCDAE+GL++FS++GKL+D+ASS
Sbjct: 1   MGRGKIVIQRIDDSTSRQVTFSKRRKGLIKKAKELAILCDAEVGLIIFSSTGKLYDFASS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S++ +++R+N    +    LN P+ E++      A L +E+   +   RQM GE+L GL 
Sbjct: 61  SMKSVIDRYNKSKIEQQQLLN-PASEVKFWQREAAVLRQELHALQENHRQMMGEQLNGLS 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQILSQLEAEEMTEQMH 180
           + EL  LE  ++  L  +    +   T+ I E+ +K +L+ +EN  LS+ + + + ++  
Sbjct: 121 VNELNSLENQIEISLRGIRMRKEQLLTQEIQELSQKRNLIHQENLDLSR-KVQRIHQENV 180

Query: 181 NIQGNSPESIVNNSSSSNPSQDYDSSDTSLKLGLTLLEY 220
            +   +  +  N  +    +   D S T ++L L+  E+
Sbjct: 181 ELYKKAYMANTNGFTHREVAVADDESHTQIRLQLSQPEH 217

[Close]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match: AT3G57230.1 (AGAMOUS-like 16 )

HSP 1 Score: 112.8 bits (281), Expect = 3.4e-25
Identity = 80/234 (34.19%), Postives = 129/234 (55.13%), Query Frame = 0 

Query: 1   MTRKKIQIKKIDNIAARQVAFSKRRKGLFKKAKELAILCDAEIGLLVFSASGKLFDYASS 60
           M R KI IK+I+N  +RQV FSKRR GL KKAKELAILCDAE+G+++FS++G+L+D++SS
Sbjct: 1   MGRGKIAIKRINNSTSRQVTFSKRRNGLLKKAKELAILCDAEVGVIIFSSTGRLYDFSSS 60

Query: 61  SIQGILERHNSVHPQNLPNLNEPSVELQLESNIQAKLNEEVEKKRHELRQMKGEELQGLG 120
           S++ ++ER++    +   + N+P+ E+Q      A L  ++   +   RQM GEEL GL 
Sbjct: 61  SMKSVIERYSDAKGET-SSENDPASEIQFWQKEAAILKRQLHNLQENHRQMMGEELSGLS 120

Query: 121 LEELKKLEKSLQGGLSRVAEIMDGRNTELINEIGRKVDLLKEENQIL---------SQLE 180
           +E L+ LE  L+  L  V    D    E I  + R+ +L+ +EN  L           +E
Sbjct: 121 VEALQNLENQLELSLRGVRMKKDQMLIEEIQVLNREGNLVHQENLDLHKKVNLMHQQNME 180

Query: 181 AEEMTEQMHNIQGNSPESIVNNS-------------SSSNPSQDYDSSDTSLKL 213
             E   ++  ++  +  S++ N                S P  D+++   +++L
Sbjct: 181 LHEKVSEVEGVKIANKNSLLTNGLDMRDTSNEHVHLQLSQPQHDHETHSKAIQL 233

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc09G17850 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_038886862.18.5e-9589.95MADS-box protein SVP-like isoform X1 [Benincasa hispida][more]
XP_022141962.12.3e-9286.30MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X2 [Momordica charantia][more]
XP_038886863.13.0e-9288.89MADS-box protein SVP-like isoform X2 [Benincasa hispida][more]
XP_022141961.15.7e-9185.91MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 [Momordica charantia][more]
XP_004136891.21.1e-8986.43MADS-box protein SVP isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_011658821.1 MADS-box prote... [more]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
Q9FUY64.4e-4649.59MADS-box protein JOINTLESS OS=Solanum lycopersicum OX=4081 GN=J PE=1 SV=1[more]
Q9FVC19.2e-4446.22MADS-box protein SVP OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SVP PE=1 SV=1[more]
Q9XJ665.8e-3846.64MADS-box transcription factor 22 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=MAD... [more]
O827948.4e-3745.58MADS-box protein AGL24 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=AGL24 PE=1 SV=1[more]
Q5K4R05.4e-3645.37MADS-box transcription factor 47 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=MAD... [more]
BLAST of Clc09G17850 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1CLA01.1e-9286.30MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC... [more]
A0A6J1CKS22.8e-9185.91MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC... [more]
A0A1S3C1G25.2e-9086.49MADS-box protein SVP-like isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103495384 PE=... [more]
A0A6J1I8F36.4e-8884.47MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111... [more]
A0A6J1GJY09.2e-8783.56MADS-box protein JOINTLESS-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC1... [more]
BLAST of Clc09G17850 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT2G22540.16.6e-4546.22K-box region and MADS-box transcription factor family protein [more]
AT2G22540.28.9e-4245.38K-box region and MADS-box transcription factor family protein [more]
AT4G24540.16.0e-3845.58AGAMOUS-like 24 [more]
AT4G37940.11.4e-2636.99AGAMOUS-like 21 [more]
AT3G57230.13.4e-2534.19AGAMOUS-like 16 [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableCOILSCoilCoilcoord: 94..114
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 184..207
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR48019SERUM RESPONSE FACTOR HOMOLOGcoord: 1..215
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR48019:SF57SUBFAMILY NOT NAMEDcoord: 1..215
IPR002100Transcription factor, MADS-boxPRINTSPR00404MADSDOMAINcoord: 3..23
score: 53.82
coord: 38..59
score: 54.81
coord: 23..38
score: 66.87
IPR002100Transcription factor, MADS-boxSMARTSM00432madsneu2coord: 1..60
e-value: 1.0E-34
score: 131.3
IPR002100Transcription factor, MADS-boxPFAMPF00319SRF-TFcoord: 10..57
e-value: 4.6E-22
score: 77.3
IPR002100Transcription factor, MADS-boxPROSITEPS50066MADS_BOX_2coord: 1..61
score: 28.118374
IPR036879Transcription factor, MADS-box superfamilyGENE3D3.40.1810.10coord: 15..76
e-value: 2.4E-24
score: 86.9
IPR036879Transcription factor, MADS-box superfamilySUPERFAMILY55455SRF-likecoord: 2..79
IPR002487Transcription factor, K-boxPFAMPF01486K-boxcoord: 95..169
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score: 35.1
IPR002487Transcription factor, K-boxPROSITEPS51297K_BOXcoord: 87..178
score: 11.194658
IPR033896MADS MEF2-likeCDDcd00265MADS_MEF2_likecoord: 3..69
e-value: 1.01214E-35
score: 119.194

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc09G17850.1Clc09G17850.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
biological_process GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated
cellular_component GO:0005634 nucleus
molecular_function GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
molecular_function GO:0046983 protein dimerization activity
molecular_function GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
molecular_function GO:0003677 DNA binding
molecular_function GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity
molecular_function GO:0000977 RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding