
Clc06G10090 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAAAAAAAAAAAACCCTCAAAAACCCTGAATGGGGTGGCACCTGTCCAGGGGCATCGTATTTCAATCTCCTAAAACCCTACTTTCTCTGTAACCCTTTAACCACTCCCAAACGCACCAATCGATCTTCTTCGATTACAGGCATGGCGACGAAATCCGTAGCCGAATCAGATGTTGGCATACTCAGTTACATTTCTTCTCTCCCTGGCTTTCGCGGCATTCTTAAGCAAAGGTCTCAGCTTCTTTCCCACATGGCATGCCCTTTACTTCAGGGATGCTATGCTTCCCAAACAAATTTCGTACTATCTGCTTGATTGTATTGAAGATAAGGGGCAACTTTTAGAATGTGAAACGAAATGTTGAGAGTAAATTTAAGTTATGGAAAATTGATACTCTTCTTGTGAATCGATAACAGAATCAGAATGAATGATAACAAAGGGTAACTTCGGCGACTAATTATTGTTATGAATTAGTCGAGATAACTGGCACCGTGGAAATGTTCTTATGCTCTAGTTGGCAGAGATTTTCTGTGGCTGTTATCTGTTCGGGGGAGTGTTTTTTCTATCAATGAAATTTCTGATTCCTCAGAAAAAATGGTACAATAGAAATGTGTCCATTGTACAGCACCTGTTGTTTGTTCCCTTTCTATTCTTTGAGTTGGAAATAAACCAATGAGCTTTTAGGTTGCTGTAGGAATGCTATTAGCAAATAGTATCATTCAACCATATCCTCACAAGGTTTGAATGAAGGGACACTTTTTGTTTATTTTTAATTTTTGAAAAAACTTTTTACTCAATGATCCAGTTGTATGATTATTTCTTAAAGCTTTTAGAACCCTATCATTGTACACTTTTGATACAGGTATTCTGACTTCATTGTGAATGAAGTTGACACTGATGGAAATGTTGTTCATTTGACGTCATTGGATGCTCCTCCAGAGGTGTTGAAGTTCAATTTCTCACTGTTTCTATTGCATGCCTTAGATGTTGATTTTTCCCCTTTTGCGTGAACATGTATGATAATTTCAATTCTTTTGAGGTTCAGATTGTTTCGGAAAGCAGACCAACGATAGTCCAGAGTACAAGCGAGAGTTATGCTTCTGAAATTGAATTGTTTAGATCTCTTGCTGGTGATTCTGATGCTGAGATTTTGGAGGCTTTTCTTAAGCAAATCAATTCTGGTGTGGATGACGGCATTTCACCTATTGTATTCTCCCCAGATACAGACAAAACTCATCGAACGGTTAGCTCTAAGACCTTGTTTGTTATTCGCTCATTTATTTTTGAGTTTATCTTGACATTTTTGATTTGAGTAACAACCAGTGCAAGTCATCTTTTTTCTTTATTCTTTTAGCTGATATGTAGATTATTCCTTTAGTTTATGGTAAAAACTGACAATAGTTGGGTAGACATATATTTTTAATGCTGAAGTTTATTTTTTTTGCTCAAAGTGTAACTTCTCATCATTCTGTCAAGTTGAACGAATAAATAAAAGTATATCTTTGTTTATTTTTCATCACCATATGATTTACTGTTTAAATTTGAGGTTTTCAGGCAGTCCACAATTTCTTTAAGAAATTTAAGTTCCTTGTGACCGATACTATTGATGGACCAGATTCTTCATCAAAATGTGTCCGTGTGAGGGTGGATTCAGGGGTGCAGAATAACCGAGGTCGGTTCTCTAAGAAACGAAAAGAAAGGGGTGATAAACCCTTTGATAGTAGAGGTTCGGACAACTGGCCTGAACATGTTGGCAAGTTTCTCAGGTAAAGGATTTTCTACTTTTTAGTAGTTCTGCTTGTTTTGTGGATGCCTAAAGCTTCTTGCCTTCTTATTCATCATTTTACCTTCCCTTTATATAAGGAAATATTTATATTTCTGCTTGCGTCTTAACTTCTAGACCTGAATTGAATAGAGGTACTAAATATGAACTGACTTCCAAAAATTTGTATCTTTCACGATGAAGATTTTGTTACCAGCAAAACAGCTACTTTGTGCCCTTGCTTTATTTTGATGCTTGATGTAAATGCTTAATGGCTTTTTCTAACAAGATCAAATGATCTTTTTGCTACCGGGAAGTTCTTTCTGTAATCCTCAGCTTTAGTGGACATTTCTCTCTCTTTTTTTCTTCTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTGGTTTTTGTATATTTTATCTGTTCATTGAATTATTTTTATATCATTTCCTATCCCCCTAAAAAGAGAAGTTGTACCGTCACATTGTGTCAATCCAAAAAGGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTACCTTGTAATTTTAATTTTTAATTGTTTTTCATATTATTGAGTGTCATTGATTGGAAAGTTGTCCAAACTAATTTGTTTTAAGAACTGGTCTCTTTCTTTTTGTTCCAAGTAATTATTAACATAGTCTAACAAATTTCCTAATTTATGGTTCTATCTATCTGAATGTTGGATTCTTAATCAACTTTAAGATGTCACTTAAAAACATTTTAGGTTTCATCTTTACAAGGAGAACAAGGATACGCAGGAGGCATTAGGACTTATAGGAAAAATGCTTGGCATCCAGGTTTGCGTACTTGTAGTCTTGGCTTATTTCTCTGTCTAATAGTTGTTTGGCTGATTCTCTACGAGGGACTTTTGATTTTTTTCATTTTTCTATTGACAAATTGGATAAACTGTTCGTGAGCTCCTTGTTCTTCATCACCTTTTGGAGTGGACACTTAATCCTGTGTAATTTTGTTCATTTATACCAGCCCTTGTAATTTGTAATCTCCTTGTTCATTTATACCAGCTCTTGACTAACCCTTGTTCCTTGTTCGAACTAGGGGTAATTGGCAATTTGTTTTGGCTTACTGAAATCTTGTTAGTCTGGTCAAAATGTAAAGTTGCGGCCGTACAGTTGCATTTAGATTAAAATATTAGTCATTTGTCCCGTTTTATATCTTTTCCTTTTATCCCTTTTGATCATCATTTCATATTTGAGAAGGTCAATAATAACATAGTGGAACTAAACTAGGTTCCATCTCGCCAAAAAATTGGTGACATTCTCACGATCATTCCCGAGGACAAGTTTTGGTGAATTCAACTCTAAGCTTGGCACTTCTATATACAAACCTAACTTGAGAGGGAGTGTAGATTTGTTTATAGTATAGTTGCATTTAGATAACAATAGTAGTCATTTACCCCTTTTATGTCCTTTCCTTTTATAATTTGTTTCCTTAGTTGGGATTTCCCTGGTATTGAATTCACCCATTATTGTACTAGGAATAAACTTGAATTATGACTAAATAACCACCCTTGTAGATAAGAGGTTGCCACTTGTCAAAAAAGAAACAAAAAATAGTGGAATGTGTTGGTTCTTCTGGTTCATCATTTGTTTTCAATGGAGATAAATGGTTGAACATTTACTTAATTCAGAAATATACTTTATGCTAGCCTTGGGTATAGTAATTATTGTTCTTCCTCACACTAGTTTTCTTGGGCAGACGAGGTCCTTTGGTTTTGCTGGCACTAAGGATAAGCGCTCCATCTCAACTCAAAGGGTAATTAATTGTTTCTCACCATTTTTCTAGCTTGCTTCTGTATTGTGTTTGCTTTATGAACCACCTACCCCAACCCTCGATTGTTTGCCCTTCCTTCATTTTATTTTTTATTTTTTATTTTTTTTGATAAAAATCAAATTTCATTGGCGGATGAAATTTACAAAAGATGGGCAAGATGCCCAAACCAATGGAGTTATAGAAGACTTCTCCAATTGGTCAAAAGAGATGTAAGATCATAAGATTTAAAGAAAGATGTACATTTGCACCAAGTCATAGCAAGGTAGTTAATATGTTCAAAAAGGGTGTCAAAAGAGCTTCCTTTATCATCGAAGAGTCGACTGTTTCTCTCCTTCCATATTAACCATACAAAAGCACAAAAAAATGTGACCACATATTCTGCTTGTGTGAGCTGAAAGGATTGCCAGTGAGAGTATATGTGAGAAGGTTCAATATATCACTAGGATGTGGAGTAGACCATTCAAAGGAGAGGGTGATCTCCTTCCAAAAAAGCTTGGCAAATGAGCAATGAATTAATGGGTGACTCGGGGTCTTGTAAGTGGCGTGGCAAAGGTGGCAGCATTGTGGAGAGAGTGCCATGTGTGGGAGACGTCTCTGTAATTTGTCATTCGTATTGATGGCATTGTGGCTAATTTCCCATAGGAGAAATTTTTGGGTAGAAATCTATCCATTTAGCGTCAAAAGGGAGGGTTTTGGAGCAGCCCCCTCCCCCAAATCAATAGCCAAAGATTTAGTGGAGAAAAACTTTTTTGTCAGGATTCCAAACCCATTTATCTCTTGTGGAGGCCAGCCGAACTCCATCAAGAATGTTCATGAGAGCCATCCAACCTTCAAATTCATCTTCTTTAAAGTTCCTTTTGTATGTGATGGTCCATCCTTGTTGTTCATCCCAACAATTGTTAACGGTGGACAGCTTGTGAGTGGCCAATGTGTAGGAGTAGAGCTGAGGAAAAAGGATTGATAAAGGGGCAGTATTGAGCCAATGATCATGCCAAAAGAGGTGTTGTTTCCATTCCCAACTTTGATAGAAGCTCTCTCCTTGATTAGATTTAAATGAGACAAGATGGATCTCCATGGGCCTTTAATACGCTCTGGGAAAAAAGTATTGGGCTATGAAGAATCAGTACTCGCACTATATTTTGCACCAATAATTTGTCTCCATAATGCACCTTCTTCATGGTAGTATCTTCATATACATTTAGCGAGAAGAGCCCTGTTTTTATCTCCAATGCCTTGTATGCCACATTTTATTTGAGTTTCTACGAGATCCTTTTGGAAAAATTGATTGGTGCTCTCTTTTTGTTAGTTTGGTTGGAGAGGAAAATTCTGAAGCCAGTTTTCTAGCTTTTCCTTGGACTTAGGATCCTTATTTTATTTTATTATTTTTTTTAAAGGAAATGACGGTTATCATTGAAATAATAAAAAGAGACTAATGCT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ATGGCGACGAAATCCGTAGCCGAATCAGATGTTGGCATACTCAGTTACATTTCTTCTCTCCCTGGCTTTCGCGGCATTCTTAAGCAAAGGTATTCTGACTTCATTGTGAATGAAGTTGACACTGATGGAAATGTTGTTCATTTGACGTCATTGGATGCTCCTCCAGAGATTGTTTCGGAAAGCAGACCAACGATAGTCCAGAGTACAAGCGAGAGTTATGCTTCTGAAATTGAATTGTTTAGATCTCTTGCTGGTGATTCTGATGCTGAGATTTTGGAGGCTTTTCTTAAGCAAATCAATTCTGGTGTGGATGACGGCATTTCACCTATTGTATTCTCCCCAGATACAGACAAAACTCATCGAACGGCAGTCCACAATTTCTTTAAGAAATTTAAGTTCCTTGTGACCGATACTATTGATGGACCAGATTCTTCATCAAAATGTGTCCGTGTGAGGGTGGATTCAGGGGTGCAGAATAACCGAGGTCGGTTCTCTAAGAAACGAAAAGAAAGGGGTGATAAACCCTTTGATAGTAGAGGTTCGGACAACTGGCCTGAACATGTTGGCAAGTTTCTCAGGTTTCATCTTTACAAGGAGAACAAGGATACGCAGGAGGCATTAGGACTTATAGGAAAAATGCTTGGCATCCAGACGAGGTCCTTTGGTTTTGCTGGCACTAAGGATAAGCGCTCCATCTCAACTCAAAGGGTCACTGTATTTAAGCAACAAGCAAGTAGATTAGCTGCTCTTAACGATCGGTTAATTGGAATCAAGTTGGGTAATTTTAGCTATATCCAGCAAGGGCTTCTTCTTGGGCAGCTCCTGGGTAACAGGTTTACCATCACCTTACGAGGAGTTGTAGCTACTAGTGAAGACGCCATCAAAGCATCTGCAGAAGCTTTAGGAATGCATGGTTTTATTAATTACTTTGGCTTACAGCGTTTTGGCAGTGGTTCTGTACCAACTCATCTTGTTGGAGCTTCACTTCTCAGAGGAGAGTGGAAGGGTGCTGTTAATATGATTCTTGATCCAAGAGAAGGGGAAACCAATGCAATTGCAAAGGCAAGAGAATACTACAAGGGAAGTGATGATATTGATGGAACGCTGAAGCAATTACCTCGATATTTAGTGGCTGAAAGGGCAATACTACAGTGTTTGAAAAAATGTCCTGGGAACTATTTGCAGGCTCTCAAAGCTATACCTAGAACTTTGAGAATGATGTACGTGCACAGTTACCAAAGCTATTTATGGAATCATGCAGCAAGTATGAGAGTGCAAAAATACGGGATTGACAAAGTGGTTGTTGGAGACTTGGTATACTGTAAAGAAAACGATACTGACACAGCTGCGGTTCAAAATTTTGAAGAATATGAAAATGAGGATTGTGGCGATGCTAATTCATATGATTCTTGTCATTTAGAGGAAATGTGTAAGCTAGATCCTCCTACAGAAAGAAATAAGCTAGTGAAGGCTGTAACTGCAGAAGATGTCCTAAGTGGAAACTTTACTATCGATGATGTTGTTCTTCCATTGCCTGGGTCAAGAGTAATCTATCCCACAAATGATATTGCTGAAGTGTATAATGATTTAGCAACTAAGGATTCAATTAGCTTAGTGGAGACTGTTCATAATGTAAAGGAATTTTCGATTACCAATGTGACTGGCAGCTACCGGAGAGTTTTTCAAAGACCAAAGGACTATGAGTGGGAATTGATCTCATATGTTGATCGTAATTTACCCCTGGCTCAGAGCGATTTACATAACCTTTTAAAGTCTCAAAGTGTTGAAATTAGTAAGGAAGAAAAGATAGCCGATAAATCTAAAAATGAAGATCTATTGGATTCCACAGAAGAATCAGGGTGCTGTAAAAAGAATGTTCAACTTGAAGCAGGTGAAAATGAAAATGAAAACGAAAATGAAAGTGGGCAAGGCACTCAGGATCCTCAGATGGCTCTCAAGTTGAGCTTTACTCTCCCCGCGTCTTCTTATGCTACTATGGCAATTAGAGAATTGCTGAAAACATCAACTTCTGTGAGATCCGTTTTGTCCCTTTTTCATTACTAG MATKSVAESDVGILSYISSLPGFRGILKQRYSDFIVNEVDTDGNVVHLTSLDAPPEIVSESRPTIVQSTSESYASEIELFRSLAGDSDAEILEAFLKQINSGVDDGISPIVFSPDTDKTHRTAVHNFFKKFKFLVTDTIDGPDSSSKCVRVRVDSGVQNNRGRFSKKRKERGDKPFDSRGSDNWPEHVGKFLRFHLYKENKDTQEALGLIGKMLGIQTRSFGFAGTKDKRSISTQRVTVFKQQASRLAALNDRLIGIKLGNFSYIQQGLLLGQLLGNRFTITLRGVVATSEDAIKASAEALGMHGFINYFGLQRFGSGSVPTHLVGASLLRGEWKGAVNMILDPREGETNAIAKAREYYKGSDDIDGTLKQLPRYLVAERAILQCLKKCPGNYLQALKAIPRTLRMMYVHSYQSYLWNHAASMRVQKYGIDKVVVGDLVYCKENDTDTAAVQNFEEYENEDCGDANSYDSCHLEEMCKLDPPTERNKLVKAVTAEDVLSGNFTIDDVVLPLPGSRVIYPTNDIAEVYNDLATKDSISLVETVHNVKEFSITNVTGSYRRVFQRPKDYEWELISYVDRNLPLAQSDLHNLLKSQSVEISKEEKIADKSKNEDLLDSTEESGCCKKNVQLEAGENENENENESGQGTQDPQMALKLSFTLPASSYATMAIRELLKTSTSVRSVLSLFHY Homology
BLAST of Clc06G10090 vs. NCBI nr
Match: XP_038878530.1 (pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1295.0 bits (3350), Expect = 0.0e+00 Identity = 660/687 (96.07%), Postives = 674/687 (98.11%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. NCBI nr
Match: XP_038878531.1 (pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1278.5 bits (3307), Expect = 0.0e+00 Identity = 652/678 (96.17%), Postives = 665/678 (98.08%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. NCBI nr
Match: XP_011660284.1 (LOW QUALITY PROTEIN: pseudouridylate synthase 7 homolog [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1237.2 bits (3200), Expect = 0.0e+00 Identity = 633/678 (93.36%), Postives = 649/678 (95.72%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. NCBI nr
Match: XP_008462718.1 (PREDICTED: pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1228.4 bits (3177), Expect = 0.0e+00 Identity = 629/678 (92.77%), Postives = 645/678 (95.13%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. NCBI nr
Match: XP_008462716.1 (PREDICTED: pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1228.4 bits (3177), Expect = 0.0e+00 Identity = 629/678 (92.77%), Postives = 645/678 (95.13%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O74343 (Multisubstrate pseudouridine synthase 7 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=pus7 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 326.6 bits (836), Expect = 6.6e-88 Identity = 232/706 (32.86%), Postives = 360/706 (50.99%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q08DI8 (Pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Bos taurus OX=9913 GN=PUS7 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 323.9 bits (829), Expect = 4.3e-87 Identity = 227/689 (32.95%), Postives = 333/689 (48.33%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96PZ0 (Pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=PUS7 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 323.6 bits (828), Expect = 5.6e-87 Identity = 224/689 (32.51%), Postives = 332/689 (48.19%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q91VU7 (Pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Mus musculus OX=10090 GN=Pus7 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 320.1 bits (819), Expect = 6.2e-86 Identity = 222/689 (32.22%), Postives = 326/689 (47.31%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q08647 (Multisubstrate pseudouridine synthase 7 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) OX=559292 GN=PUS7 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 315.1 bits (806), Expect = 2.0e-84 Identity = 229/701 (32.67%), Postives = 359/701 (51.21%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CHJ1 (pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103501017 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1228.4 bits (3177), Expect = 0.0e+00 Identity = 629/678 (92.77%), Postives = 645/678 (95.13%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CI40 (pseudouridylate synthase 7 homolog isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103501017 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1228.4 bits (3177), Expect = 0.0e+00 Identity = 629/678 (92.77%), Postives = 645/678 (95.13%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V3D9 (Pseudouridylate synthase 7-like protein isoform X1 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold79G00610 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1214.9 bits (3142), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/678 (91.74%), Postives = 641/678 (94.54%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F560 (multisubstrate pseudouridine synthase 7 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111440943 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1182.5 bits (3058), Expect = 0.0e+00 Identity = 605/678 (89.23%), Postives = 634/678 (93.51%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DY30 (pseudouridylate synthase 7 homolog OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025594 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1172.1 bits (3031), Expect = 0.0e+00 Identity = 598/679 (88.07%), Postives = 633/679 (93.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc06G10090 vs. TAIR 10
Match: AT3G04820.1 (Pseudouridine synthase family protein ) HSP 1 Score: 837.8 bits (2163), Expect = 6.3e-243 Identity = 436/679 (64.21%), Postives = 530/679 (78.06%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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