Clc03G15810 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc03G15810
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr03: 28046181 .. 28054859 (-)
RNA-Seq ExpressionClc03G15810
SyntenyClc03G15810
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATTGGTGTTCTCACTGTCTCGACTTTTGTATAATCCAAATCGATGGCGATTTCAGGTACCTTTAACTTCTCGTTCTTTCTTCTTTTTTCCTCTTTCGTTGATAAAACTCTCTGTTGTATCTGAATTTGTTATGGCGTCTGGTTTGGCTGCTCGTGTTCTGATGATTGTTTCCTTAGGTTTTAATAGATGAAAAGAAGAATTTCATTCGAGAATAGTAACAGTTTTGATGAACTTGAGAGGCGTGCATTTGATTGTTTTGAATTTGATAGTCGCTTTTTGTTTGATATTCTGAATCGAGATTTAAATGTTGTTAGAATCTCAATTTTGAAGCAATTTGTTTTTCAGTGATTTTAGGTTTCGTCATTTGCTTTTGGAATTCTTTCTTTGGTTTTAAGCTTTAAGAACTCAATTACATTTCCAGATTACACTGACTATGGTTTTTTGGTGCTCTAGTTTCCATTTCAAAATCTTACAACTTCTTTTAGTTTATTCTTTTCAATAATTTACTCTGTTTGATCCTTATATTTTCACATTTGACTTTTGAATTTTGTTTTTCATTTTTTAAGCTTTCAGTCATGACTAGTCTATTAATTAATTAATTTAAGACAATTAAATTAGTTTTCAATAAGTTTCTATCACTATTAATATTAATTGAAAATTTTTACATCATAATTTTTTAAAATTAAGTAAGCTAAAAACCATGTATACTAGTAAAAACTAAAAATATAAAATAGTGAATTTTAGAAATCAAATGAAAGTTAACCTAAAAACTTTTGGATAAAAAATATAACGTTGCAAATTTAAGGATCCAATGGATATTAAAATTAAAACTTTGAGTAATAGTGTAACATTTTGTAACTTAGAGAACAAATGAAAATTGAACACAAAATTATATATATTTTTTTTCCACTTAAATGTATGATTGTTATAGAAATCAAATGTGAAATTTAAGTAAAAGAAACTATCTTGAACAATTTTACCTATAGAGGAATGCTAGAGCTAGATGAATAAAGACCGATTGAAATTAAGAAAGTGCAAGAATTGATTTTAAAGTTTAATTTTGATTTCTTTATCTTCATTAGAATTGTAAGTAAGTTATGATTTTAAGTAATTTATCTCAAAAGTGAATAAGATCGGGTAGAATGTTCTAGTGCCAAACAAAAAAGTGATAAGAATAACCGATAAAAATGTCTTAAAATACAATTTGAAAGTATTACAAAAGCTATTTTAGGTAGATGTCAAATACATCAATTTCTTTCTAGAATGACTTATTTTCAAAATTGAACACTTAAAAAGTTAAACCAAACACTTTAGGAATCATGGTCTGATGTGAGGTTGAACTCCATCAAATAAGCAATGTGCTTTGATGAAAGAGGAGTTGACCTCGATAAGAGTTAGGCAAATGGGTAGCTATTTGAGGGGAGGCTCGGTGGTCTTTTGTTCGAGGGGAGAATTGTCAGGAATGAGATTTAAGTCCCACGTTAGCTAAATAAAGGGAATATCATGAGTATATAAATGAGACAACTATCTCCTTTGGTGAAACAAAAAACAAAGCCACGAGAGTTTGGGGGCTTGTGCTTAAATTGGACAATACCATTGTGGAGATATTTGGGAGGTCGTCGTCTCTAACACTCACTTTTTTTTTTCACAAAATATAAACGTCTTGAATGCTAAATTATGGGTTGTGCTCGAGTTTGACAATATTTAAAGTTGTTTATCACATCTTGACAAGTAGTTGTTAATTTGCTCTTAAAAGTGTGTATATATATGTATATATCCTTTTCCCTTTTCTTTTTAAAAGTTATTTTTCTTATGTACGCAAACAAAAAGTTCATATTTGATGTTGTTTTTTAATGAACAATTTGCAAATCTTGATTGTAGATGTTGCTCAACATGTGGAAAAGTGCTTTCACAAATTTCCACTGCTAAATCAGTGAGCTTAAAGCTCATCAAAAGAAGCTTTAAAAGAAGCATCATTTTAAGTCAGAAGAAAAGGAAGGGACTTCTTAGATTAACACAACTCCATAATTGGACATAGAATTTCATTTTCATTTCCATTTCCATTTCCATTTCCATAACATTATTTATTTGTTTGTTTATACTTTTTAATGGAAGTAGTATATAATGTAAATATCATCCTTAAGAAATTCATTGAAAAAAGGAGAATGGAAAAGTTAGAAAATAAAAATTAGTGTTATGAATGTGTAGTCAGATGGCCAAAATTGGGCTTTTCAGAGGAAGGTAAATATTAATTGAAATTCAAAGTTGAAACTCTTTTTTTTCAGAATTTATGTATAACTTTGTCCTTTTAACCATTAAGGGTATTTTTGGGGGATAGAGTTGAATGGTTAAGTCTAAAGAAAGGCTGTTATGGTATATTCGTTTAAGAAATTTTGATGACATGTGCTACGAAATTTTGATCTGATCTTTCAAAGAGAGTTAAAAATAAATAAATAAATAAAATAAAATAAATAATTAATGGCGAAGTGAGAGATGTGTTATTGTACAAACAAAATCTCGTATTGGTTTAATTAAAGAGAGATCCATTGTATGTGTAATGGGGACACTTGTGTTTATTAGTACAATACTTTTTTGGTGTATCTAAATGTAAAGTCTTATCAAAATTGAGAGAGGAAGAAAAGGGGAAAAGAAGAAATGTAACTCAAATTTAAGGACTTCTAAGAAACTATTTATGAAAAGTTAGAGACAAAAGTGTCTTTGTTTGACATTTAGAGATCAAATACAATTTACTCTTAAATTCAAGTGCATAAAATATATTTAATCAACTTCTCATTCTCATTGTAATGAATAACACTCTTAAGTTTAGGTACAAAAAAAATATATTTAAGCATTGTTTAGTGTTAAATTTTTTGAAAATATGAGTATAGTTGGAAATTTAGAAAAAAAAAACTTTACTGGATACTCGACTCAACTTTGCATACCAAACCTAGAGTTTCTGACTCAACTCAATTCAACACCTCAAACGCAATTAACTCAACTCTCCAACCCAAATGCACAAGAGACATTCAAACTCAACTCAATTTTGCATGCCAAACGCCGTCTTAGGGTTAATAATTAAGTGCTTAGTAACATTTTTTGTAAATATAGCAAAATCTATCAATGACAAACTCTATTGCTGATTGACTCTTATTAGTAATACTATCTATTAGGATTGGAAACGGGGGCGAGGCAGGGCGGGTGGAGGTGCAAATGGGTGGTCGGGGATACCCTCCCCATCCCCACCTCATCCCCATACAGGTACTTGGAGAATGTCCCCAGTTTGATCTACATCCCCGATCAAACGGGGGATTCTTTGACCCAATCGAGGCGGGACCCACAGATTTTTTTGCCAACCCTACTATCTATCACTAATAAACTCTGAGAGCTGAATATAAATTTTGTTATATCTACAGATTCTTTCATATTATGTTATATTGTTAATACTTTGAACTTGATAATTATATTTGCAACTGTTCTCCTAGAAGGCAAACAATTAGGGGAAAATCTTATAAGCAATGTATACATAGTTGCTTCACCCATTTTTTTTTTTTTTAAAATATCACTTTATTCACATTCAATCGCTCTATATGTTGGCATTCTTTTTTTGCCAAATGAATAAGACATTTTTATTAAAACAAAAATGTCAGTAATTCCTATCATAATATTGACAAATTTCCCAATTGTTATTCTGATAAGCCTTTTTTAAGTAATTCCTAAAATGTATGTTTATATATTCATTCAGTAGTCAAATCAACAATCTAATTATTGGGATGATTAAGATTTTTTTAAAGAGAAAAAAAAATGCTTTCTGCCATGAAAGGAACTATTAAATGTCAATAGAAAATGATTGTCATGGTGACATTAAATGATGAAATAGATATTACATTATTGATAAATGGATTAGGTAACAAGGCAAATCCCTATCATATTGTCTATCCTCCACTTTTCTTTTCCTTTTATTTATTCTACTTTGACCTTCTACATACCTACTAAGGGTCACTTCTAAGTTCACACAAATAAAATAAAATAAAATAAACTTGTTATATTAATTAGAGGAAAAAATTTCGAATAACTATCTCTTGTACAGTCAGGCTAGCACTCAATTCTTTTTTGGAAAGAAAAGGAAAATGTGGGATTAGGTGCAACTTAATTGCTCTTAATTGTATCATTTTAAACTCCAAACATTTGTAAGTATATCAACTTATACCCTCCATTAAGTTTCATTTGGAAAAATCTTGTGTGAAACTTATGATTGTATCAAATCTCTAAAATTTTATAAATAAATCAGTTTAGAATCTTAGTCAAAATTTTCTTTCAGAATCGTTTATGTATTTACTCTAATCGTCTATTTTGTAAAATCAGTATTTGAAGAAGTCTACACATTTGAGAACTAATGCATAAATGATTTTCAAAGTTAATAGTAATAAAAAGTATAAATTGATTGGCTTATGAAATCTATGAGCCTAATTGACTCAAATTATAAGTCTTGCACAATCGTGGTTGAACGAAATCTAAAAGAAAGTGTAAATTAATACACTTGCAAAAGTTCAAAGTTTAAATTTATAAAATTATTAGTAATTGATACATCTCAAAATTTAAAAGGATGGGTTGATATTTGTTCTATAATATTAAACATGATTTATCTTTAATCCTATGCTAGCACCAAGGGATAAGGTCTTAATTTTACCAAAATTTCGATGGAAAATGTCAATTTCGATGGATATTTATGGAAAAATTCTAAAAACAAAAAATTTAAAATTTAAAATTGAATTAGTAAAAAAAACTTTTATGATTTTGAAACAAGTTAACATATCTATCATTTATATTATGCTTACATTAGTGATATTTTGTTTTGTGAATTTTTGTATAATATAAAGGAAATATCGATTCACTCTTGATTTCAATGTTGAACCCATGGAAACATGAAAATATTGATGGAAATATCGACATGTCAATGAAAATTCAATACTATAACTAACACTTGATCAAATAATAA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mRNA sequence

ATGGATTGGTGTTCTCACTGTCTCGACTTTTGTATAATCCAAATCGATGGCGATTTCAGATGTTGCTCAACATGTGGAAAAGTGCTTTCACAAATTTCCACTGCTAAATCAGGCGGGTGGAGGTGCAAATGGGTGGTCGGGGATACCCTCCCCATCCCCACCTCATCCCCATACAGGAAAGCTAGCGCCGCGGCGCTAGGGCTGCATCAGAAAAGTTTGCTTTCAGGTTTTAGCGTCGCGGCAATGCCGTCTAAGCGCAGGTTGCGTCGAAGCAGCGCCATCTCGGCGCCGCGGTGCTACTATGCGTCCAGAACGATGCGTTTATGTTTCAGCGCCGTGGCAGCACCGTCTCAGCGCCGCGGCGCTATCCCAAAATTTGCCCTTTTGAGTTTTTCAGCTCTTTTTCGCCTTATTCTTGCTCGGTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGATTGGTGTTCTCACTGTCTCGACTTTTGTATAATCCAAATCGATGGCGATTTCAGATGTTGCTCAACATGTGGAAAAGTGCTTTCACAAATTTCCACTGCTAAATCAGGCGGGTGGAGGTGCAAATGGGTGGTCGGGGATACCCTCCCCATCCCCACCTCATCCCCATACAGGAAAGCTAGCGCCGCGGCGCTAGGGCTGCATCAGAAAAGTTTGCTTTCAGGTTTTAGCGTCGCGGCAATGCCGTCTAAGCGCAGGTTGCGTCGAAGCAGCGCCATCTCGGCGCCGCGGTGCTACTATGCGTCCAGAACGATGCGTTTATGTTTCAGCGCCGTGGCAGCACCGTCTCAGCGCCGCGGCGCTATCCCAAAATTTGCCCTTTTGAGTTTTTCAGCTCTTTTTCGCCTTATTCTTGCTCGGTTTTGA

Protein sequence

MDWCSHCLDFCIIQIDGDFRCCSTCGKVLSQISTAKSGGWRCKWVVGDTLPIPTSSPYRKASAAALGLHQKSLLSGFSVAAMPSKRRLRRSSAISAPRCYYASRTMRLCFSAVAAPSQRRGAIPKFALLSFSALFRLILARF
Homology
[Close]
BLAST of Clc03G15810 vs. NCBI nr
Match: EOY33154.1 (Uncharacterized protein TCM_041138 [Theobroma cacao])

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 7.6e-04
Identity = 21/31 (67.74%), Postives = 25/31 (80.65%), Query Frame = 0 

Query: 3  WCSHCLDFCIIQIDGDFRCCSTCGKVLSQIS 34
          WCSHCL+FC + +DG F  CSTCGKVL Q+S
Sbjct: 5  WCSHCLNFCRLALDGGFISCSTCGKVLGQVS 35

[Close]
BLAST of Clc03G15810 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A061GZJ7 (Uncharacterized protein OS=Theobroma cacao OX=3641 GN=TCM_041138 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 3.7e-04
Identity = 21/31 (67.74%), Postives = 25/31 (80.65%), Query Frame = 0 

Query: 3  WCSHCLDFCIIQIDGDFRCCSTCGKVLSQIS 34
          WCSHCL+FC + +DG F  CSTCGKVL Q+S
Sbjct: 5  WCSHCLNFCRLALDGGFISCSTCGKVLGQVS 35

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc03G15810 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
EOY33154.17.6e-0467.74Uncharacterized protein TCM_041138 [Theobroma cacao][more]
BLAST of Clc03G15810 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc03G15810 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A061GZJ73.7e-0467.74Uncharacterized protein OS=Theobroma cacao OX=3641 GN=TCM_041138 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Clc03G15810 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc03G15810.1Clc03G15810.1mRNA