Clc02G06980 (gene) Watermelon (cordophanus) v2

Overview
NameClc02G06980
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus cv. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationClcChr02: 7052987 .. 7059970 (+)
RNA-Seq ExpressionClc02G06980
SyntenyClc02G06980
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAAGTCTCAATCTCTCCTTTTGGCTCTCAATCTCATTGCCATCTTCATCTTCTTCCTCTTGCTCTCCTCCATCCAAGTCCACTCCTCACGACCTCTCAAACATCATCCTCCTTCTTCGGTTTCTCCGGCGATGAAACTTCACGTATACAAAGATTATTCGGGGCCGAGCCGCAGAGGCGCTGGCCATTGATGACTCATCGAAAGGATATTATCATCTCTCTCGCTAAACATGTTCGATTGCATGTCAAAGTTCTTCATTTTTAAGCATTCTTCGTTTTGTAATTTTTTTTTCCAGAAATGTTAAATGTGTTATATATAATCAATATTTAATTTGTACTTTTTTTGTTCATTTATTAGATTTTTTTACTTAGATTCAAGTGTATCCTATAGTTGAAGATATAGATAGTTATATATCTAAGAATCGGAAGATAGTTGAAGAGTTGTTTTGATTATTTTGTAAGAGTGTGATGAATATTGAAAAAAATATTTCAACACAAAATTAATAATACATATATTTAGACATATGATGATGTAAAAGTTTTCATCTTTTATCTTAAAATGTATGAAATGAATTGTGTCTGTTGGATGAATTATGTTTCATGATTATTATTATTATTATTTTTTTACTGGTTTTCATAGTTCTTAAGAATATGTGTTGACATTTATGTTTTCACCAAAAGATATTGGAATATTTGTCAACTTTTTCAACTACTCAACTTGGAAACTTTATTTTTATTCAAATATTAGGATAATCTATTATATTATTTATTTTATGGGTTTGAACTTGTATGACTATTTTATTTTAAAGTATTTGGCTAAAATAACATGCATGATCTAGTTTTTTTTAAGTTTAAAATCGAAGTAAGAGGTTAATTGAATTCCCTATATCCAAAAGACCATTTTATTCCAAATTATAAAATAAAATAAAATAAATCATGTGCTTCCATACCATTTTACCTTTCAGTTTTCAATATAACTTGTTAAAAAATAAAAAATATATATATTATTTAGATAGGAAAATTACCAATTTGGCTCAACTGGAATTGATTTAATTTGGCTGTGATTTATTTATTTATTTATTTAAATATAATATCTGTACACAAATCTTTTTTTTGAAAATAGGGAGTTGCATGTTTTACTATACTTGAATGTGGCTTGTTTTCTATGCCATAAATATATAACTCATGCCCTGCTAAAGTAATTATTTTTAGAGAAATTATTATAAATAGAAAAAATATCAAATTATTTATAAACACAAGGCTTTTCGTCATGTGCCGGGGTGCTTTGTTCTTCGGGAGTCGCTTTGCGTACATTTGTGACAGAGATTTATTCTGTTATGCATCTTGAGAGTATTTAGTGTATAGTATGACGGAGTTGCTCTGATATGTATACCTGGAGATTTCTTGGAACATAGTATGATAGAGATTTGCTTTGTTGTGTGCTAGAAAATTTTTTGATGCATAGTATGACAAGAGATTGCTCAGTTGTGCATATTGAGTTACTCTATGCCAGTATGATAGAGATGTGAATATAGAATTAGTGATGACTTTTGTCAATTTATGATTATATTTTCAAGAACTACTTTTAATAAAATTTATGTGTTTTAATTATTGTGAGTTTTTGAAACTGCTCAAGGTTCATATTGTTTTATAGAGTTTTAAATTTATACAAAAATGTGAAAAGTTTTATGTAAAACTATTTTCTTATGAACTTCCACTACACCACTAGACTTTTTTAACTTTACTTTTCTTAAATTTTTTTACATGATTTTACGCAATTGATGTTCCGCCTATTAATCCCTCGATCTCAGGTATCTTGTTCAAAATAATAATAATAAATTTGTTATATTGTTTTTTTTAAAATTTTTATTCTATTTTGATATTTGAACTTTGAAAATGTATATTTTAAAATTACTTTTAAAAAGAGTTCATTATTAAAACAAATTTCAAAGTTGAAAAATTAAAATGAAAGGAAATTAGAGATATGATCTTTAAAATAAAAGATAACAAAAAAAAAAAAAGGTGTTTATGATTTGAATTATATATTATTTTAAGAAAGATTTAAACAATCAACCAACTTTACCAACAATATTTCATAAATAGTCTAAATTTGAACAATATTTCATAAGTAGATTTCTGTAGATTTTCTGGGAAAGATTTAACTCTATAGTATATTCTCTCTTATTTAATTTTTGTAGTATTTTATTATTAAAATATTAAAGGAACAGAATGAATTTAATATTAATTATTTAGAGATTTTTTATTTTTATCAATCATTAATTATGAAATATATCATCATGAATGAGTGTTTTCCATTTAATTGTTTATTATTTTATTTGTTAACACATATGTTATATATCCCTAAATCTTAAAAATATGTTATAGTGGTTATTTTTCGAAAATTATTCACTTACTATAAAACTTTTTCAAACAAAGTATCTAACTCCAAGTGAAAATCGCAACAACTACCATACTTTAAACAATATGTATTTTGCAATTTTCTTTAGCATTTTTTTTAAAGGAGTTTGCCTTAGCATTATTATTATATAATATGGGGGATATTCTAAATATACATGAATGGATGTGACAACGTAAGTGGAATAATATATATGTTAATAAAAATAAGACCAAAATTATAATATAGGATATATATTATATAACAACTTTAAATCAGTAATTGTTCTAAATATATTTGAAATAAAAATTGTATATATATTTAAAACAATGTTGAATATATTTGAAATAAACATGGTATATATATATATATAAAACGAAACGTAGATGAAAACCAAGATTCAGTACTATAATTATGTATTAAATGCAATCCACCGAGTTTGGAGATTTTGAATTTTAAATCAAAATTCAAAATTTGTAAAAAGAAAAAATTGTAAGACAAATTGGGGAAGAAATAAAAATTTCCGAAATAGAAAATTCCTTTTGTGATGTGTTATGAAAATTTTGGAAAAACTACTTAGCCACAAGATTTCCATATTTTTTTCTCCATATTTGTTCTTTTTTAATTTTTTAATAAAATGACTATTATATGATATTATGAATTTTTGGCTTGATTTTTATGTAATAGTGAAAGATATTAGGCTATTCATACAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGAGTAATTTAATTATTTAATTAGGCTATTAATGTAAAAACCGCATCCACATCCTACTACAATCCTAGAATAATTCAAAAAAGGGTTTTGCAGTGTAATGTGGGTATTTTCATAAATTGATAGTTTTGGAATATTAATAATTTGAAAAATCATTTTGGCGATTTTTAAACTATGAATTTGTATTTTACGATTCTTTAGATAAAGTAAAGATATAAATATAAAAATTTAAGAGAAAGGGTAGAATTGTAAAAATGCAGTGGTGTGGTGATTTATGAAAATATGGTAGTTTTGAGATGGGATGGTTTAAAATAATGAGGTTTGGCTTTGGTCGAGAGTTTTTAATTTTTGAGATGCCATGGTTGAACTCTCGAACAATCTTGTCTTTTATTATTATTTTTTTTATATATATATTTTTTAAAAAAAATTATTTTTAACATAACTTTTTTTCTTCAAATAAAATTACATTTTTTTCAATAATAAAAAAGATGTTGAACACTTAACCAACCTTTTTTTAAGAACATAACCCATTTCCTTTTTTTTATTTTTATTTTTTTTATAACATAACCTTTTCGTTTCTTTTTTTAAATAGAAAAAACATGCTTTATAAAAATTAATCGTTCTATTTTTTAATAATAAAAAAATTATATTTTATTAATAATTAATAAGATAGAAATAATAGTCGGTTCGATTTTATCTATTTTGGGGCCAATCAAAATCAAATCAAACCAATGATTTTACAAAGAAAAAAATCCAAAACAATGTCCAATAAATAACATAAAGCTTCAATAAAACTATGGTTCATAATGAGAAAATAATAAAATGTAAATTAAAATGTCAATATTAATACAATAATTTAATGTTTTCCATTCATTTAAAAAAAATAAATAAAAACTCAATGCGTCCCACCAGCCGGACGTCGTCAATTTCGAACGGGTTGTCGCCGTCGACTTTGAACTCTAAATATTTTTAGTTTACGTTAAAATGTTAAGTTTTGAAATTAAAAAGAGATTATGACGAAATAAAAAAATGTATACTTTGGTTTAAATTAAAGTTTTAAATTGACAAGATAATCAAATAATCCAAATTAAAATAAGATTTTTTTTTCTGAACTAATAGGGATTATCAAAATAAAAAAACATAAAATTGTTTATATATTTTTGTTATCACAAGTAATTAATTTTTTTTTTTTAATTATCTCATTTTTTAAGTTTAGATTTCGTATTCATATCTTGATTATCAACCATAATATCAAAATCAAATATTAGTTTTGAATTATTAACATACTTGAATAAAAATTTTGGGAGTTTAGTTTAACCAATTTATAAAAAAAATTAGATTCAAATGGATTTAATATTGAAGCGAATGATAAAATTTTTGTTTTTTAATGATAAATTTTGGATCTTAAATCAAATATTATAATTAACCAAATTTTAAACCAAATTAAATTTAGGGAATTATAAACATCAACTGTAAGAGGGGAAATCAAATGTTTCTCCCATAGCCCTTTTAGGTAGTATAGACGTAAAAATGACATTGGCATGTGAAACTATAGTAGAATTGTGTGTAATCAGGACCATAAAATGGAAAATCTTGAACTGACATATTATGTTCGCACGAACAAGAAGAAAATGATTTATGTACTTTGACGAGATTTACAAATAAATATAGGTCCTTCACAATTATATGAATGATTATACTGAAAACTCAATTGCATGAAAATTATTATTATTATTTAACTAATTTCGTTGGAAGTATGGATGTTAACTTTGATGAGATTACAAGTTAAGATATATTCGTAGTTACATTCAAAACTTAATTTTTAAATTTTATGTCTCCT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mRNA sequence

ATGAAGTCTCAATCTCTCCTTTTGGCTCTCAATCTCATTGCCATCTTCATCTTCTTCCTCTTGCTCTCCTCCATCCAAGTCCACTCCTCACGACCTCTCAAACATCATCCTCCTTCTTCGGTTTCTCCGGCGATGAAACTTCACGAAGAAAGAGGGGATGAAAATGGTGGGTCCGGTACTCCGTTGGCTCTGTTCATCATCTTGGTCCGGAATCGGAATTTCGTGTGCCGCCCATTCTCAGCAGCCACCCCTGCACCTGAACTTGAAGAATCTACCCGACTCACCGACCACCACGCCAAGGGATTCATGAGTGAAGCACAAGCAGAATGTTGTGAGGATTGGGAGTCGTTCAAGTCATGGATGGGGGATCACGAAAAGAGGTTTGAGAAGTGTAACATCCTCTCAATGATAATGGCTGCACCTACGGGTTGAATGCCTTTTAATTCGGA

Coding sequence (CDS)

ATGAAGTCTCAATCTCTCCTTTTGGCTCTCAATCTCATTGCCATCTTCATCTTCTTCCTCTTGCTCTCCTCCATCCAAGTCCACTCCTCACGACCTCTCAAACATCATCCTCCTTCTTCGGTTTCTCCGGCGATGAAACTTCACGAAGAAAGAGGGGATGAAAATGGTGGGTCCGGTACTCCGTTGGCTCTGTTCATCATCTTGGTCCGGAATCGGAATTTCGTGTGCCGCCCATTCTCAGCAGCCACCCCTGCACCTGAACTTGAAGAATCTACCCGACTCACCGACCACCACGCCAAGGGATTCATGAGTGAAGCACAAGCAGAATGTTGTGAGGATTGGGAGTCGTTCAAGTCATGGATGGGGGATCACGAAAAGAGGTTTGAGAAGTGTAACATCCTCTCAATGATAATGGCTGCACCTACGGGTTGA

Protein sequence

MKSQSLLLALNLIAIFIFFLLLSSIQVHSSRPLKHHPPSSVSPAMKLHEERGDENGGSGTPLALFIILVRNRNFVCRPFSAATPAPELEESTRLTDHHAKGFMSEAQAECCEDWESFKSWMGDHEKRFEKCNILSMIMAAPTG
Homology
[Close]
BLAST of Clc02G06980 vs. NCBI nr
Match: XP_038878031.1 (uncharacterized protein LOC120070224 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 59.3 bits (142), Expect = 3.1e-05
Identity = 37/76 (48.68%), Postives = 51/76 (67.11%), Query Frame = 0 

Query: 58  SGTPLALFIILVRNRN----FVCRPFSAATPAPELEESTRLTDHHAKGFMSEAQAECCED 117
           S +PLAL   L+RNRN     +C  FSA+T APELEESTRLT+ +    +   QA+  E+
Sbjct: 15  SSSPLAL---LIRNRNGNRILLCGAFSASTLAPELEESTRLTNIN----LETQQAK--EN 74

Query: 118 WESFKSWMGDHEKRFE 130
           WESFKSW+  ++K ++
Sbjct: 75  WESFKSWVLKYDKSYK 81

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Clc02G06980 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_038878031.13.1e-0548.68uncharacterized protein LOC120070224 [Benincasa hispida][more]
BLAST of Clc02G06980 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc02G06980 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Clc02G06980 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Clc02G06980.1Clc02G06980.1mRNA