Cla97C09G179165 (gene) Watermelon (97103) v2.5

Overview
NameCla97C09G179165
Typegene
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. 97103 (Watermelon (97103) v2.5)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase subunit beta
LocationCla97Chr09: 32723025 .. 32741060 (+)
RNA-Seq ExpressionCla97C09G179165
SyntenyCla97C09G179165
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGGGAAACAACTTACGCCGTCGTCTCTTGGCCGCCGCCTTGGGTTCCAGTACTAACAAAGAATCCGGCAGGAATTCCGGCCAGCCTCTGATCCTCCCAAAGATCAATCGTCGAATCAAAAAACGACTTCATCTGCGCCGCCATGGATCCATACCTCGTCGGAAATCCAAACAAGAATCCGTCCGCCTCCACCATCTCCTCCACGGAAATCACCGGCACGCCGTCGTCCTTCGGCGGAACTCTCATCTGCTCCAGCGTCTCCAACGGCAGCGTCTCCGGCACCTTAAACAGAACACCTTCGACGCCGTCTACAGAATCGACTCCTTTCTTCATCATCTTCGCCAAGAGATGGACGTGACCGTACATGGAGTAATAGACGATGAAGATCCTGAGATTTCCGGAGATTTCTCCGGCAGTGGATTTTGGTTGATCGGGAGTTGGATGTGGATCGGAGACGGCTACGGATGCTCTGTTCTTGCTAGTGAATAA

Protein sequence

MGNNLRRRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHLLHGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVIDDEDPEISGDFSGSGFWLIGSWMWIGDGYGCSVLASE
Homology
[Close]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. NCBI nr
Match: GER56671.1 (DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [Striga asiatica])

HSP 1 Score: 63.5 bits (153), Expect = 1.9e-06
Identity = 47/135 (34.81%), Postives = 72/135 (53.33%), Query Frame = 0 

Query: 7   RRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHL 66
           + ++   L    +KE  R + + L+LP++   IK+ LHLR H S+PRR+ +QE +R   +
Sbjct: 11  KAVILGLLTPRADKEPRRLARELLLLPQLPCGIKEGLHLRSHTSVPRREPEQEPIRTSQV 70

Query: 67  L-HGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVI 126
               +H   +VL R  HL++ + R+RLRH  Q   D V+ + S LH   Q + V VH   
Sbjct: 71  PGRPDHGDRIVLGRRPHLVEDIVRKRLRHPVQYGLDTVHAVGSHLHPAGQALHVAVH--- 130

Query: 127 DDEDPEISGDFSGSG 141
                 +S  F GSG
Sbjct: 131 ----RSLSFRFVGSG 138

[Close]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. NCBI nr
Match: ETO80384.1 (hypothetical protein F444_05107, partial [Phytophthora parasitica P1976])

HSP 1 Score: 55.1 bits (131), Expect = 6.7e-04
Identity = 45/123 (36.59%), Postives = 66/123 (53.66%), Query Frame = 0 

Query: 7   RRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHL 66
           RRLLAAAL +   K++GR + Q    P+   R+++ L LR   +  R +++Q++VRL   
Sbjct: 26  RRLLAAALSTRAEKDAGRLAHQSTSSPQATGRVEEGLDLRWQRAEARGEAEQDAVRLLQG 85

Query: 67  LHGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVID 126
           +H      V+L    HL Q L  +RL HL      AV   D+ L  L +  DV + GV+D
Sbjct: 86  VHSGD-GVVLLGGGVHLAQDLVGERLLHLVDLGSHAVDGFDALLGSLGELGDVAIGGVVD 145

Query: 127 DED 130
           D D
Sbjct: 146 DSD 147

[Close]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7RHP5 (DNA-directed RNA polymerase subunit beta OS=Striga asiatica OX=4170 GN=STAS_34403 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 63.5 bits (153), Expect = 9.1e-07
Identity = 47/135 (34.81%), Postives = 72/135 (53.33%), Query Frame = 0 

Query: 7   RRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHL 66
           + ++   L    +KE  R + + L+LP++   IK+ LHLR H S+PRR+ +QE +R   +
Sbjct: 11  KAVILGLLTPRADKEPRRLARELLLLPQLPCGIKEGLHLRSHTSVPRREPEQEPIRTSQV 70

Query: 67  L-HGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVI 126
               +H   +VL R  HL++ + R+RLRH  Q   D V+ + S LH   Q + V VH   
Sbjct: 71  PGRPDHGDRIVLGRRPHLVEDIVRKRLRHPVQYGLDTVHAVGSHLHPAGQALHVAVH--- 130

Query: 127 DDEDPEISGDFSGSG 141
                 +S  F GSG
Sbjct: 131 ----RSLSFRFVGSG 138

[Close]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A081ANC3 (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Phytophthora parasitica P1976 OX=1317066 GN=F444_05107 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 55.1 bits (131), Expect = 3.2e-04
Identity = 45/123 (36.59%), Postives = 66/123 (53.66%), Query Frame = 0 

Query: 7   RRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHL 66
           RRLLAAAL +   K++GR + Q    P+   R+++ L LR   +  R +++Q++VRL   
Sbjct: 26  RRLLAAALSTRAEKDAGRLAHQSTSSPQATGRVEEGLDLRWQRAEARGEAEQDAVRLLQG 85

Query: 67  LHGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVID 126
           +H      V+L    HL Q L  +RL HL      AV   D+ L  L +  DV + GV+D
Sbjct: 86  VHSGD-GVVLLGGGVHLAQDLVGERLLHLVDLGSHAVDGFDALLGSLGELGDVAIGGVVD 145

Query: 127 DED 130
           D D
Sbjct: 146 DSD 147

[Close]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. ExPASy TrEMBL
Match: W2ZPM5 (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Phytophthora parasitica P10297 OX=1317064 GN=F442_05125 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 53.5 bits (127), Expect = 9.4e-04
Identity = 44/123 (35.77%), Postives = 65/123 (52.85%), Query Frame = 0 

Query: 7   RRLLAAALGSSTNKESGRNSGQPLILPKINRRIKKRLHLRRHGSIPRRKSKQESVRLHHL 66
           RRLLAAAL +   K++GR + Q    P+   R+++ L LR   +  R +++Q++VRL   
Sbjct: 32  RRLLAAALSTRAEKDAGRLAHQSTSSPQATGRVEEGLDLRWQRAEARGEAEQDAVRLLQG 91

Query: 67  LHGNHRHAVVLRRNSHLLQRLQRQRLRHLKQNTFDAVYRIDSFLHHLRQEMDVTVHGVID 126
           +H      V+L    HL Q L  +R  HL      AV   D+ L  L +  DV + GV+D
Sbjct: 92  VHSGD-GVVLLGGGVHLAQDLVGERFLHLVDLGSHAVDGFDALLGSLGELGDVAIGGVVD 151

Query: 127 DED 130
           D D
Sbjct: 152 DSD 153

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cla97C09G179165 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
GER56671.11.9e-0634.81DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [Striga asiatica][more]
ETO80384.16.7e-0436.59hypothetical protein F444_05107, partial [Phytophthora parasitica P1976][more]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cla97C09G179165 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7RHP59.1e-0734.81DNA-directed RNA polymerase subunit beta OS=Striga asiatica OX=4170 GN=STAS_3440... [more]
A0A081ANC33.2e-0436.59Uncharacterized protein (Fragment) OS=Phytophthora parasitica P1976 OX=1317066 G... [more]
W2ZPM59.4e-0435.77Uncharacterized protein (Fragment) OS=Phytophthora parasitica P10297 OX=1317064 ... [more]
BLAST of Cla97C09G179165 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cla97C09G179165.1Cla97C09G179165.1mRNA