CcUC03G045240 (gene) Watermelon (PI 537277) v1

Overview
NameCcUC03G045240
Typegene
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCicolChr03: 3350120 .. 3359761 (-)
RNA-Seq ExpressionCcUC03G045240
SyntenyCcUC03G045240
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGACGACGATGTGTAGCAGTCGCCATAGTCGTGCTGTTGGCATTGATTATGAACACTTTCTTTCCTGTTGATGGAAGACATTTTAAGTTGCAAGATGAAAGGCAAGAGAAGAATCCAACTGGTGAGAATCAAATGTTAAGAGGTAGAAAAGAATATGAAACTAGTGATTATAATCACCATGGATGCTATAGAAGTGACTATAATTGTTGGAGTAACAAGGAGACCAAGGAATAGGGGATTTTGTCTAAATAAATACCTACATATATAGAGAGTGGTGTATAATTTGGGTGAGTTTTTGTGTTTTTTATAAGTTGAATATTCATTTTCCTAGCTAGGGTCAGCTAGAAAGATGGTACCAAATGAGGATCTTTTGTATGTAATATTGTATGTAATATTATGTAGGTTAATTATGAAGGATGCATGCAGCATGTGTAATCATGTTATGGTATAATAATAAATGTGTATGGAATTTGAATAATAAAGTAGCTTACTTAGAATTTATAAAAGTCTACATGTTGAATCTATATAATCGATGTCAACCAATTAAAACATAAGTTCTCCGACCAATAGGTCAAAATTTGAATTCTTTGTTCGAGAAGAAAAAGAAAAAAAAAAATCTTCTTTTGTGGTTGACAGATTGTGCATGTTACGAGAATTAAGTATTAAAAATATTACTTACAAAAAACAAATGTCACTATGAGGTTTCCTTTTTCTTCAAAGGAGTAAAAGGTGTTTGGTCCAAAGAGTTGGAGAGAATGGAATTGTAAAGTCCACTCCTTAATTATCTGGTCCAAAGAGATCATGAGCTCCACGTCTAAAAAACATCAATTTTATACTTTATTAACTCCGGACATTATGGGCTTCCAGACTTTACTACTTCTCAAACTTTCCAACTTCACTTCCTTGGCACAAACACTTGAGATTTTAAAAAATTTTCATACCTGGCCGGTTGAAAATGAGAACAAAGTAGAAACGATTTTGAGTAATAATAATTTTTTTTTTTGTCTTAATAAAAGACTTTTTTATGAAACATGCATACAAGAAAATATACGCAAATTTATTATGTCCAAAATGGATAACATATATTGTACTATGGAAATATGGAAAGACTCGTGTCTTTTAATAATAAAATTATGTAGATTCTTTTTAAGAAAAAAGAACAATCTACTCTTTTGGCAACCTAGGTTTAATTAACCTCCTTAGTTTTGTTGTTTTCTAGTTTTCTTTTTGTTTATTCTCTCTAAAATCTATTATTTAAACAAAATTGAGTCCTCAAATTAAACAAATAAATAAATAAGGTGTAGTAACGTACAATTGTTATCCCATTAATGTGACATGCAACTTTAAAACTTTAACAAAACGATTAGTTTTACGGTAAGTTTACGATGTCGAGCGTTAATATAGAAATAGAGTTAAGAGTATTGTCCATTAGGATTGTTTTTCTACTCCAATTGAAAACAACAGATACTGACACTAACTTTATGTTGAAAATCTAAAAGATAAATTGAACTAAACCTGAAACTAATATTAACCTAAGATATGTGAAGATAATTAGAAGATGAATATTATAGGTAATTGATGTTACATATTAGACCACCAATTCAATTAACCAAGCAACCAAGATTGATCAAGCATTTATTTCATAAGCCAAGTAGACCAAGTTAAAAATTCGACTCGTCGTCATAACTCAATTAAATATCTTGCAATGTTATAAAACCAACATCTCTGTCTTGTTTCAATTAACAACATGCAAGGCCATAATAATTCTTATTTTTAAAACCTGTAATAGGACCCTCATCATTCCCATTTCAAAATGCCCTTTAGTTTGCAATTATGTTATAGTATAAACACCTTCTCTAACTAATGTGGGCCTTGTGGGACTTTATTTGCACTCTTAACAATCTTCTCCTCGTACAAAGTACCATTTTGAGTTTTCCCTCGAACAAATCGATCCACTCCTAGCGATGAGAGCCTAATCTAAATTTCAAGGCACCTCTAGTTCATTCCAGGTCACTTGCTCTTCATCTCGAGACACACCAATTCATCCCGAGTCAACTTGCTCTTCTATCTCGAGGCACATCTCATTCATCTTGGGTCAACATCCAAATAGAGCACACAAGCACGAGCATGAGCATGTGGATCACACTTGCTCTTATCAAGATAGGGAAAACCATAAGGCTACCAAAATAGAACATAAACGAGGCTCACTAAATCTTTTTGTTTGGAATTTGAGAATTTCACCCACACAGTAAGGTTTAGACCAAAGCTCTGATACCACTTGTTAGGTACAACGGCCCTCCAAATATTTCCACAATATGGTATGATATTATCCACTTTTAGCATAAACCCTCATGACTTTACTTTTGGTTTCACCCCAAAAGCCTCGTACCAAAGAAGATAATTGTCCTCACTTATATACTCATGATCATTCTCTTCCCTAACCAATGTGAGACTTGTAGGACTTTGTTTGCACTCCTAACAAACTATCTTCTCAATATATATATATTTTGTAGTACCTATGCACTTATTAGTAGACTTGAAAGAAAAGAAAGACTAGACTGACTCAAAAGAAATAAGAAAAAGATAATTTATGAATAATAGAATTTCTACGGGGCGAAGCAGGCAAAGCCTTTTCCCCTTCAAACCAACAAAGTGTAAACATACAATCCTAAATGCTTAGAGAAACTGAGAGCGTAACGATCTAACTCCCTAGGACTTGAACTAGGTCGTCACTTTAAGCATGCACACAATTCAAACGACTCATTTTTCATAATATTAACTAAGAATCAAGGAGTTTTATTAAGGTAGATAAAATAGGCAGAAATTCGATGACCAAAAATCTTTGTTCGGAGTACCCCTAAAACATTAATGTAAGAAAATAGGAAATTCGATATAAGATCTCTAGTAGCGATAAAAAAATAAATAAAAGAAAACGTAGTTTTTATTTCAAATGACAAATCTCAAATACTAAAACGAAAAATATGAAAACTCATGTGAAAGCATCAGTCTAGTCCCAATGGCACAATCAAGTTTTTTTTCATCATTCGCCAATGTGTCTTTTCCCTTACCTGAAAAAAAAAACATATAATGAAAATGATGAGTACAAAATACTCAGTAAGTAACCCCACTACCGGGGTCAAACTAAACACTTAGATCCAATAAGTGCAACATGCTAATAGGACTTCTAGTGAGCGATTTAACCCCCCCCCCTAACACGCAACTGGTAACCCGAAGGTTCTCAATCATAGTAGGGCACCCCTCGGCATTCGATTACATAGTAGACAACCCGTTGGTTTCCAGGAACATAACAGGAAACCCATAGACCTCCGAAACATGTAAGCTTCCGGTAACAGAGTAGTGTTAGGAGGGCAATCGTTATTTCTTAATTAAGACATAACATGCTTTCAGTAAATTTGCAATGTAAATTACAGTACATGCCCCATAGTCCCACACATAATCACATCAATCAAGAATTAGTATCATCATGCTCACAAACAGTTCTAATCGTGTAAGGGCTATGGCGTTGACCCTGGCTATACATTGTCCCACATCGGTTAGGAAGGAGAACGAAGCCTTCCTTATAAAGGGGGTGGATACCTTTCTATGTATGAGGCCTTTTGGTAGGCGCAACCCTACCAAGAACAAAACCGTGAGGGGTAACCCAAAGCGGAAAATACCGTATAGCGGGTGGTCTGGGCTGTTACAGTTGGTATCAAAGCCAGTGCCCGAATCGATGTTAAAACCTCAGGTAGGTCAAGCGGGGACGCTTTACTCGTTAGCGAGGGAGATTGTAAGGGCTATGGCATTAACCCTGGCTATACATTGTCCCACATCGGTTAGGAAGGAGAACGAAGCCTTCCTTATAAAGGGGGTGGATACCTTTCTATGTATGAGGGCTATTTAATTCAATCACTAATTAAATCGCCTGGCACCTGGGGCGTTCTAATAATGAGATTACTTATCTTAATTTAAGTCCAATTCACAACCAATTAGTCCTCTTGGCTTAAACCGAACACAACACCCAACTGACTAGCTCCGAAGCTTACCCAAATTGAGGCTTGAACCACGATCGTCATGCTCAAACTTCCATCAGTGATACAAATCTAAGCACAAAAATGGGCAATCGACGACTAACTAATGCGACCGGACAGCGAAACGAGCAAGCAATGAGGCAGCGAGCAAAATAAAACAGCCTAAAAATGTGCTATCTGGTTCTGTTAATTAATGAAATTAATATTTTATAAGATGATCATGTGCAACCCAATCTTAATCCTAAGTGACTTATGAACTCCTATCTGTGAGGTTGGTTCTTTGATTTCATGAGTGAGAGTGGCTCGAGTTGTCGACTCAATAAGCTTACTATTTTGGGGATTTGACTAAATGAGGAGCTGGGAACATAACTTCATAATATGAAATTTACTTATTTCCAGATAGGGTAAGTAGATGAGTAGTTTCCCTTAAGTGTTGATTTCGGGTTTTGAACAAGGGGCCCCACCCTCTCACTAGCCCAAAAGGGACTTAGTTTATGGTTAGACTATAAACAAATTATGCATTGGAGAGATCAGTGACACTTAAGGAAAAGTGGTAATTACAGGGGTAAAACAAATATTTGACCGCTGTAATTATGAACCAATCGTGAATGATCGACTTGCTTATATTAATTATATCCATGGACACAACTTGTCCTACAATGCATAAGAGTTCAACTATGGGTCTATAGTGGTTTTCCCTATAGTTAATGAATGAATATTAATTTAATTAAAAAGTTTAATTAATTAATCTTGGATCATTGAAGTTTATAAATAAAGTCCTCTTGCTAGCTCACCATAAACCAACAAGGATCAACTGTGTTGAAAGAAAAATTTTAAATATTCAAATTTATGAGAGAAAATATTAATTGTATTGCATACAATTAATTACATGATTTATTATAAAGTTTATTTGAATAAGAAACAAACTATAACTTTATAATATGGAGGATTAATTTATTTGAATAT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mRNA sequence

ATGAGACGACGATGTGTAGCAGTCGCCATAGTCGTGCTGTTGGCATTGATTATGAACACTTTCTTTCCTGTTGATGGAAGACATTTTAAGTTGCAAGATGAAAGGCAAGAGAAGAATCCAACTGGTGAGAATCAAATGTTAAGAGTTGATGCAAAGAGAATGGAGGCCATGGAAGCTGAGAAGAAGCAATTGAATGAAGATGGGAAGCCCTATGTTATTGGACATCGTTATCCAGAAGAAAGTGGTTCAAAGAACCATCACTTTATCCCAAGAGAAGCTTTCAACAACTATGGTGGGAGTGATAATGGTGGTGACTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAGACGACGATGTGTAGCAGTCGCCATAGTCGTGCTGTTGGCATTGATTATGAACACTTTCTTTCCTGTTGATGGAAGACATTTTAAGTTGCAAGATGAAAGGCAAGAGAAGAATCCAACTGGTGAGAATCAAATGTTAAGAGTTGATGCAAAGAGAATGGAGGCCATGGAAGCTGAGAAGAAGCAATTGAATGAAGATGGGAAGCCCTATGTTATTGGACATCGTTATCCAGAAGAAAGTGGTTCAAAGAACCATCACTTTATCCCAAGAGAAGCTTTCAACAACTATGGTGGGAGTGATAATGGTGGTGACTAA

Protein sequence

MRRRCVAVAIVVLLALIMNTFFPVDGRHFKLQDERQEKNPTGENQMLRVDAKRMEAMEAEKKQLNEDGKPYVIGHRYPEESGSKNHHFIPREAFNNYGGSDNGGD
Homology
BLAST of CcUC03G045240 vs. NCBI nr
Match: KAA0051747.1 (hypothetical protein E6C27_scaffold60G001390 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK11551.1 hypothetical protein E5676_scaffold952G00100 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 55.5 bits (132), Expect = 3.3e-04
Identity = 32/47 (68.09%), Postives = 38/47 (80.85%), Query Frame = 0

Query: 3  RRCVAVAIVVLLAL-IMNTFFPVDGRHFKLQDERQEKNPTGENQMLR 49
          R+ VAVA+V++LAL IMNTFF VDGRH +LQDE  EKNP  E+Q LR
Sbjct: 2  RQHVAVAVVIMLALMIMNTFFLVDGRHLELQDEEHEKNPI-ESQKLR 47

BLAST of CcUC03G045240 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CI92 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold952G00100 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 55.5 bits (132), Expect = 1.6e-04
Identity = 32/47 (68.09%), Postives = 38/47 (80.85%), Query Frame = 0

Query: 3  RRCVAVAIVVLLAL-IMNTFFPVDGRHFKLQDERQEKNPTGENQMLR 49
          R+ VAVA+V++LAL IMNTFF VDGRH +LQDE  EKNP  E+Q LR
Sbjct: 2  RQHVAVAVVIMLALMIMNTFFLVDGRHLELQDEEHEKNPI-ESQKLR 47

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0051747.13.3e-0468.09hypothetical protein E6C27_scaffold60G001390 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK1155... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5D3CI921.6e-0468.09Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (PI 537277) v1
Date Performed: 2022-01-31
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableCOILSCoilCoilcoord: 47..67
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 67..87
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 67..105

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CcUC03G045240.1CcUC03G045240.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane