Carg20229 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg20229
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr11: 510517 .. 517656 (+)
RNA-Seq ExpressionCarg20229
SyntenyCarg20229
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
TGGAAGGAAGCTTAGTTGGGAAGAATGATAACCTTTATACTCCCAAGGAAGAGCTTTTCCGGTGCATATTGACGCTCCATTCACTTTTGGAAAATCCTCCTGGTGACTTCCCAGATAGTATTAGGCAAGAAATTGTAAATGGAATTGCTAAGATTTCTCCCTCGTGAGGTATGGAAAAATACTTGCATTTAACTCAATGTTACCATTTCTGATTCTTTTGCGTCTTCTATTACTTGTGGACCTGATCTTGGTGTTTCCGTCTGGGTCTCTTTTAGTGAAAGAATGAACTTTTTTCTTTTATTGGTCAGGGATGAAGGTAAAGTATCACGAAAACTTATTGAGTGTGTAAATACATACTTGTTAAAGGATGGTCCTAATCTAGGAAGTAACTTATTGGAGATCCACAACTCTGTGTGCAACAATTCGTGTTTCGGTGTTGGATGGTGACTCATGATCGAGCTCTAAAGGTACGAAATAAATTGGACGAACTTAACTCATATTTCATTCCATTTATTATTTTTTAAAGCATTTTCCTGACTTGTTACGTTTGCAGGACGCTCTCTTGTCCTCTATGGAAGGTTACAAATAAGTCTAACAAGAGCTGATGATGAGAGATTTTTTGTAGAACAGCTACTTGATGTACTTTATAAGGATCTAGATCAAAGCAGCATCTCTAGTGTTGGGGTTCCTTGGTTTGTATTTTTAGATTTTTCTCTTGATTTTATCCTTTTCCTTACATCTCATTTAGGTTGAATCTTATTTATAATCTGATGATGTATGGCTACTGGAAATATATGATTTTTTCAGGTCTGATACAAATAAAGATGATAAATTTGGAACTTTGAGTAGCTCACATTGTGGGTTGGTAGAACTTGCCGCAGCTGTACTCTATCGGGTACTCTAAACATACTGTACTTCTTTACTAATTTACCATGCTGCATTGACGGGAAGTTGTTTTGACTCATCACCTAATACACTAGAAGAAGGTATTGCTCTAATGAGATACCAAATAAGTATCCAAACGATTTTTTTGATAGGTAACTAAAATCTACCAAAATTTGCGTATTGAGTTCAAAATAACACACTAGCATTGAATTAGCTTGGAAACGTAAGATCAAATCAAACCCTGTATCCCCTGCTGTTTCTCTTTCCTCTAGCCCTCTCAAACTTCCTACCCTTGAACCTCACATATGGTTTGGTATGGCTGTGCGGTAGGTACAGGATCAAAATACTTTGTGGCCTCCCGGGAGTTCTTAGGACCTCTAAGAAGAACCGTGTTCTGACCCAGTGGAGCCCTCAAAGCAAGCTGGTCAAATGTCAAACACTCCCCACCAGCATTTGGGAAATTTTTTCCCCTACTTTCCATTAATCTATTTTCTTTGAACTAGAAACAAAACTTTTCATTGATGAAATGAAAAGAGACTAAGGCTTAAAAGTTACAAATTCCACAAGGTAGTGAATAACAAGAATAAAAAAAGAAGATTACAACGAAAAAAATTACAGTATGCCAAATGAGACATGAATCTTGGATAGAACGTCCAACAAAGAGGATGGTGAGAGCACACAAAGAAGAGACCTTCACCTAAGCCTAAACAAATTGATCTGACCACTTGTTGGAAATCCTTTGGTTTCTTCCAAAACAAACTATTCAATACAAAAATTCTAACCACATTGATGCAAATGATGAATAAGACACTTCGCTCCTTGAATATGACAAATGAAGATAAGGGAATCTAAGGAATCATAATTATGTAGTTGGATTCTTTGAGAAATTCAAAAGACTAACCTTAATTGATCTAATAAGACGAAGAACCATGCAAAGAAACACCAATAGTGGACTTTAATCACCATATTCCATCGTGACAAAATTAAATGAATCAGCTTCCAAGAACCCCACTGTTGATGCATTAAATGTTTCTTAACCACCGATTACTATTGAACTCCCGCTAAGAATTCTTCAAACAAGGCAACAATTGAAACTATTCCTCAACTCCAACGACAATGAAGATAATGAAGGGTCAATGAAGTCGAGAGAAAATCTGCCGGTTCCAAGGGTCAAAATTAATACTATCATGAAACAAAAGCAAGAATAATATGCCTTGAAAACACAAGAAAATCTCAATAAATGCTGTCTTGGAAACAATATCAAATCCCCAATAGTGAATGCAACTGGAATAACTTCTTGAAAAAAGATTAAGGCCAGTGACTTCTTGAAAAAAGATTGAAGCCAAAAAGTCTTAATAAAGTTGCAGCTGAACATCTTCACCAAATATTTCAATGAAAAAACTAAAACTATTTTGAGACAATGCGTGAAATTAATGCTATCAAATAACCCTCAATAATTAATTCTGCTAAAGAGCTTCTTAGAAAACGAAAACAATCAATTAACCCCAATAATAAAGGTAGTGGTAATATCAAGAGATGCAGGAACCGAAAATGCTTTGCTAGATGAGGGAAACCTTGAGTATTCCAAGACAAAATCTTCATTTAAGCATTGAAAGTATTCCTTGTGAATCTTTTTAGCATTTTCCTTAGGCATTTATCGAAGGATTTTTTTTTTTCACATTTGTGATCCACAAACTCAATTAAAGATGAAAACTTGCGAGGAATAAAAGGTGAAAAAAGACATCAAGACTCTGAGATGTGATTGTTGACTCTTTAACATTTTTGATCTTCGAATTTTGCTGATTTGGTGGCTGAAATAAGGAAATAAAGGTCTCTGCATAGGATACTTCCGTATTCTTATTATTCAAAGAATTAGCCTGAGAATCCAACTTCACATTCTCAAACTAACCTGTGATTCATTATCTGATTCATTATAAGGGACTGAGGTGGGAGCTGAATGAACATTAGAAGATCGTAAAATACTTTTGAGAAAATGTTAATCCAGCTAAACACATGTTGCTTACGATGTACTTGCAAGAATTCGTTTCCTTTGGTCCAAGTTCATGATTGGATTTTCTATTAATCTGTTAGATTTTCTTATATTCCATTTTAACTCTACTTTTATATAACTTTTTATCTTTTATTTTTATTTTTTTTTTGATTTAGAAACCTAACTTTCATTGAACAAATGGAAAAAGTATAAGGGTGTATTGAGTTCTTGAAACCCCGTTGCTTGTGGTATTTTTATATTGCAGAGATCTTATAATTATAATTTAGTTGTTTGAATAGTTGTTTATGGCACTAGAAATTGGTCTGACTGGTTGCACATGGATTATTTATTTAGGCATGTGTTACCTCTACAAAAGCAATATCAACTGAAAAGCGGGTTAAAAGGGACCCAGCTAGTGTTCATCTTAAAGAGGAGCTTGCTAAAGGGAAATGGCTATGGTAAATTTTAAGCTACGTGATTATGAAAACAGGAACATGCATTCCCTGGTTCATTTGTTAATTTGGCATGGGGCATTATTTTGTGCGACTTGATTGATTATCTTGTAGGAATGCGGCCTTCTGTTGTCTTGTCAGAAATTACCATTCCCGCATCAGTAAGGATCTTTTCACCTACTGGTTTGAGGCAATTTGCTCAGGTTTCGAGAGGTATTTAGGACTTCGTTGTACATCTTTCATTCTGTGTTATTAAATTGTTTCTTTGTCTTATTGTTATCGTTACTTTGATAATTTTTTTAAACATAATTGTTGTTTCCACTTTAAATTTCATCAAATGCTGCAAGGGTCGGCTTAAGATACAAATGAGACAATAGCCTTTGGCCTCTTAACTTTAGAGGAGTTTATTTTCTTCCAAAGCTACAAATTACCTTAGGCCATACCAACATATAATAAAATCGACAAAGATTTCATAATGAAACTCAATACAAATGTAAATAGATATTGAAGTGAATGATTCAATATACAAAATTGAAGGTCAAGGTATAAATTTTGCTTAAAAAATTCACCAAGTCAACTTAGGCCGGCCAGGCAAACTTTATATTATGTCTTATAGTTTCTACAGTAATATATGTTCCAATAGTATCCTGTTAAAATTTGATTTGCACCTCATCTAGTTCGATATGACTCATGAGAGATAGTATCCAGATTAGATGACTTTTGCATACGGTCATTGTCTTTCATAAAAGAATTCGTAAACTGTTAGTATCTTTTGAGATTTATTCTATTTGTGTTTGACATGAAAATACTAGCTTCACGTCTTTTCTTCATGCGCGTACAACATGATACATGTTATGAAAGCTACAAAACACAGTCATAATTGTTCATGCTAACCAAAACTGCAAAGAATACACGTGAAAAAAAGCATCAGACCCAGAGTTTCAGTTGATTTAATTTTTTTGAGCGTGTTGCAGAATATTGAAAGATGCAAATGTGGGACATTCATATGATGGATTGTTGTGGACATTACGGTAAGCTAATATAACTTTTCATGTCTCTTTAAACTTACAGAATATACAAATCCAAGTTGATTTAATTCCACATTTAAGCTGCTTGGTTCATTTATATGACTTTTTATATATATTTCAAGTGAAAGTATATACTTCGGTTCCCTGTCCCATTGAGCTCATATGTGTATATCACATGATTTTGAAGGAGTCTGCAAGAACTTTCTTCAGTGTTAATAGATTCTACTGAACGGTCAGAAAGCTCGTCCGAGGAAAAGGTATGTTCCTCTTTTCATTGTATTCTTATTCTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGTATGGGAAAGCAAAAGAAGTGCCAAGCTAAAAGAGGGGATTGAAAACTTACAAAAGAGATTTCCAACTTTTGGTAATAAAAAATAATAGATAATTTGAAAATAAAATAGAATTAAGAGTACAGAGAAAGTTCGAACATCTTCCTGAACTATTTACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCATATTTCTTTCCAACAAAATAAAGCACATTATGATGAAGAAACCTGTCTGACAGAGAATACGTGGTTTCTTCTCAAAGGAGGGTCTAGAACAACTTCCTCCTAGATATCAAGAAAACTTGCCTTTTGTACAACAGATAGTGTAAATCTCTATCACTAGCGGATCCAAATTTTGAAACTAAATGGCGGAACCTTAAAACATGGTTAGGGTTTTCTACCCTTACATAAAGCATATGGGCCTAAAACAAGGGAGGTGACTGTTTGAAGGATATCGTCCATGGTGTCGATCCTTCTTGAGATAATGAGCCGAGCCAAGTATAATGATGTTTTTGGAATGAACCAAAATATAAACAAGCGTCTTTAGTTTGGCTCCTTTTTGGTTGATTTTTTTGTATGCCTCTTGTATAAAAGAGCGTCAACTGGAAAAAGGGGTCACTGCCATGGTTTAGTCTAGTAGTCAACAAGGGACAATGTAAATAAAAGGTTTAGAGCAAGTGAGATCATGCTATGATGGAACCTACCTGGGATTTATTATCCTATGAGTGACAAAATGTAGTAGGGTCAGAAGGTTGTCTCATGAGAATAGTTGAGATATCATAACTTGGCGTGACCGAGTACTCATTAAGGACCATGTAATAATGAACAGCTAAAGGGAATGCTTTCAAGCCATGATGGCCACCTACCTAAAATTTCATATTCTACAAATTACCCGAACAACCAAATGTAGTAAGGTCAAGTGGTTGTCTGGTGAGAAACTGGCCCGAACACTCATGAATATAAAAAATATACTGTTCCAAGTCTAAATTAGGCTGCTGTTTTTCTTATTAATTTCTAGAGAATTACATATCCCTTAAAATCTAAATCACTACATATTCTAAATGATCTAAATAATCTAAATACGCTAGATACTAGTTAAAAGTAAATCTAAATAATAATCCCTAGATACTAGGCAACTAGATCTAAATAATAATCCCTATGATAAATTAGGGAGGTCAACTACTTCCCTTATTTAATGGAATTACACAAATATCCTTCGACACTCCTCCTCACTCAGTAATAGGCATCGTTTAATCTTAGCTTGGATACTAACTCATGAATTATACAAATATCTCCTAACTGAAGGCTAATCTTTCGACAAATACTTTTTACTTTCTTTATTTTGATGTAAATTTCAATAATGCTTCTAAATTTTGAAAAGCTTCATTTTAATTCTTGAACTTTGAAATTGTTGTAGGAAAAAAATTAAGAGGTTTTTCGTTAATATGATTATTAACAATGGACATCATGGATGCTGATACATGACATCATTTATGATATTCATGCAAATTGACGTGGTAGCCGATGTGTAGAATTGATTATTTGAATGATGTTTTTCTTGCAAGTCTAAATTGTCTTGCTACACTTATTATTTCAGAGAGGTACATGTCCTTCTATAATACAAAAAGCTAACTAAATCTCTAGATTCTAGGTACAATATTTAAATAAATCCCTAGATATTACTTCTCTCATAAATATTTCTTAAATCAAGGTCATTCCTTCAACCGTTGTAAATGATGTCAAGATAATTTTGAGTTGAAATGGATGGTACAATCATTTTACTATTCATTGCAATTGAATTGTAAATGATGTCAAATATGACTCCCAACTTTTACCTATCGACAGTCATGTTAAATTCCAACTATCAGTTTTTAAAAAAAGTTCTCCCACGTATTTTCCAGAACTATTATACAGTTCATGGGATAAAATGAATATTTTCAAAATTATAGAAACTTGCCTGAACTTCAGGGATATATATATATATATATATATTTAATTTAGTTTAAAATAAATTGCATTGAGTGCGTTAATTGGACACATTTTTTTCTCCTTTTCTGCTTGGAGCAAGGATGGCCCTATTAAAAATTGATTGAATTTATTTGATTGAAATTGCAGTTGTATCAAGGCTGGCAATCGATATGGAGTTGTTTGATGCATGGACTGCCCATGTTTAGTCATGTGTTTGTGGTGGTAAGTTCATGTTTTTTGTTGTGGCTTTTGAAGAGGAAACGATATATTTAATAGCTACTCTGAAAGGATATCATAGACAATTGGTTTTTGTTTTTGTGTTTGTTTTATTTATGGAAAGTTTGTTATGCAATGAGGGTATCTGCTTTATGCTTCTAATTGATGCTTTTCCTTAGGAGTTTGTAACGTCCTCGCCATCCATCAATTAAAAGTTTGTTTCTTGTTAAAAAAGCTTGTTTCTTTTATATACAAATGAACTCAATGATAGTGAAAAGCCGAAAGAG

mRNA sequence

TGGAAGGAAGCTTAGTTGGGAAGAATGATAACCTTTATACTCCCAAGGAAGAGCTTTTCCGGTGCATATTGACGCTCCATTCACTTTTGGAAAATCCTCCTGGTGACTTCCCAGATAGTATTAGGCAAGAAATTGTAAATGGAATTGCTAAGATTTCTCCCTCGTGAGGGATGAAGGTAAAGTATCACGAAAACTTATTGAGTGTGTAAATACATACTTGTTAAAGGATGGTCCTAATCTAGGAAGTAACTTATTGGAGATCCACAACTCTGTGTGCAACAATTCGTGTTTCGGTGTTGGATGGTGACTCATGATCGAGCTCTAAAGGACGCTCTCTTGTCCTCTATGGAAGGTTACAAATAAGTCTAACAAGAGCTGATGATGAGAGATTTTTTGTAGAACAGCTACTTGATGTACTTTATAAGGATCTAGATCAAAGCAGCATCTCTAGTGTTGGGGTTCCTTGGTCTGATACAAATAAAGATGATAAATTTGGAACTTTGAGTAGCTCACATTGTGGGTTGGTAGAACTTGCCGCAGCTGTACTCTATCGGGCATGTGTTACCTCTACAAAAGCAATATCAACTGAAAAGCGGGTTAAAAGGGACCCAGCTAGTGTTCATCTTAAAGAGGAGCTTGCTAAAGGGAAATGGCTATGGAATGCGGCCTTCTGTTGTCTTGTCAGAAATTACCATTCCCGCATCAGTAAGGATCTTTTCACCTACTGGTTTGAGGCAATTTGCTCAGGTTTCGAGAGAATATTGAAAGATGCAAATGTGGGACATTCATATGATGGATTGTTGTGGACATTACGGAGTCTGCAAGAACTTTCTTCAGTGTTAATAGATTCTACTGAACGGTCAGAAAGCTCGTCCGAGGAAAAGTTGTATCAAGGCTGGCAATCGATATGGAGTTGTTTGATGCATGGACTGCCCATGTTTAGTCATGTGTTTGTGGTGGTAAGTTCATGTTTTTTGTTGTGGCTTTTGAAGACTACTCTGAAAGGATATCATAGACAATTGGTTTTTGTTTTTGTGTTTGTTTTATTTATGGAAAGTTTGTTATGCAATGAGGGTATCTGCTTTATGCTTCTAATTGATGCTTTTCCTTAGGAGTTTGTAACGTCCTCGCCATCCATCAATTAAAAGTTTGTTTCTTGTTAAAAAAGCTTGTTTCTTTTATATACAAATGAACTCAATGATAGTGAAAAGCCGAAAGAG

Coding sequence (CDS)

ATGCATGGACTGCCCATGTTTAGTCATGTGTTTGTGGTGGTAAGTTCATGTTTTTTGTTGTGGCTTTTGAAGACTACTCTGAAAGGATATCATAGACAATTGGTTTTTGTTTTTGTGTTTGTTTTATTTATGGAAAGTTTGTTATGCAATGAGGGTATCTGCTTTATGCTTCTAATTGATGCTTTTCCTTAG

Protein sequence

MHGLPMFSHVFVVVSSCFLLWLLKTTLKGYHRQLVFVFVFVLFMESLLCNEGICFMLLIDAFP
Homology
[Close]
BLAST of Carg20229 vs. NCBI nr
Match: KAG7021455.1 (hypothetical protein SDJN02_15180 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 2.4e-26
Identity = 63/63 (100.00%), Postives = 63/63 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MHGLPMFSHVFVVVSSCFLLWLLKTTLKGYHRQLVFVFVFVLFMESLLCNEGICFMLLID 60
          MHGLPMFSHVFVVVSSCFLLWLLKTTLKGYHRQLVFVFVFVLFMESLLCNEGICFMLLID
Sbjct: 1  MHGLPMFSHVFVVVSSCFLLWLLKTTLKGYHRQLVFVFVFVLFMESLLCNEGICFMLLID 60

Query: 61 AFP 64
          AFP
Sbjct: 61 AFP 63

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg20229 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7021455.12.4e-26100.00hypothetical protein SDJN02_15180 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma][more]
BLAST of Carg20229 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg20229 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg20229 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg20229-RACarg20229-RAmRNA