Carg18127 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview


Name	Carg18127
Type	gene
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	Unknown protein
Location	Carg_Chr11: 11523325 .. 11527335 (+)
RNA-Seq Expression	Carg18127
Synteny	Carg18127

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

CAGATTTCCTTAGAAGGCTGTACGGATGAGAAACTAGTTGCGCGGTTATCTGAGAGAAAGCAGCTATCTTCAGTTTCTACTGCCCTATTGTTGGCAGTCGGATATTGGGACTTATTGAGGCCTTTAGCGTGGTACTTTTGGATCTGGAGTGATTTCTTAACATCATGGGCATTTCTTCAGTAAAGTAAAATTGGAAAGCCAGGCTGATTTTACCATTTACGTTTAACGTTTACCGTATGCTCACTTATGTTACTAGACATATTGCTTGGAGATGATTAGAAGGGTCAACATTATAATAAAGATTCCTTTATCTCTATGATTTTATGAGTATTGGTTGGTTTACCTTCTTGTGTAAACAGGAGCTCGTCTCTGACGGCCATTACCCTCCACAACAATTTACTCTCTACCCACTTCGTGCCCTTTGGTGCTCCTGCTGTCGTCTTTATTCTAACCCTTCAAGGAGTTTTTCGGGGTTACCTCAAGAGATAACCCTAAAAACTCTGTTCTTTGTCTAGGCACGCAATCGTAGATCATGAAACCCTGAGAATTTATGTTAATGGTGGAATTTATTTCTAAAGCGCATTTTCTCTATTTATGTTCTTTCTTTGTTACTTCATTCTTCCTGGCTAATGTTTTGTTCTTTGATTCCAGGAATTGGAAATTTGCTAGCTGCTCTTGTTCTTTTCCCTCTTGATTTAATTTCATTTATTTTCCTATTTGGGTTGCAACTTTTGCAAAGGCCCAGCAATTTCTACACGTTGTGTCTCCCAGTATGTTCCCCTTCTAATAAACTCTCTTCCTGCTATTCTTTATCCCATGAGGCCTCCAAACTTATCCAGTGTTTGTTCAGATATGTTTATTGCCTTTTTAGCAATGTTTATGGTTTCTCAATAACAGACTGTCCACTATTGGACCGCCGACAACTCGGTTGAATTGCCAATTTGGCTGTATACATGAAATCTGGTAATCTCAGATTTCATCTTCTTTTTTACTTCACTAATTCTTGTAAAATTATGATTATACTAGTGATTATGTTCCTGAGTTAATCTTTCATTATGGTTAAGTCATAAAGCAATTTGGCCAGAGCAATGGCTTTCAGTTTCGCTTCATCCTTCCACTAATTAACAGGCACTGCTTTAGAAAGAGAGGTTCTGTTGCAAACTTTCTTTGAGAAGGATTAAAAAAATAACAAAAGCTATCGAACACGAGATTTCTGTCGACAATATCATAGTCGTCACTTTATAGTCATTCGTATTAGCCACAACTCAGAAACATAGACTAAAGCCACTGATTAAACTTTGGGTTACATCTTATATGCATGATGGAAGAATCATTTGAATTTTCTGTATATTCTAGAATTATTCAACGTCTTCGTAAACCTCAAATCTAGTTGTACATATCACATCTAATCAAAATCAACAGAAAGCTGGAACCTATGCAATTATGATCAGTGCTATATTTATGGTTTTTCTGGCTACGTTTATATCAAAGCTGGAACCCTATGCACTTGTTATAATCTAATGATTTGGAGTGTCGTGCTATTAGGTGGTTCTTCTTCTTGGAAGGACTTTCTGTCTAACTACTAATGACGTTGGTACATCCATGGCTGCACGTCAAGGTGCGGTGGCTGTGGCTGCACACCAAATATGTATTGCAAGTTATGGTTAGCAGTGTCTCTTCTAACTGATGCACTTGTGCTTCAAGTCAGGTACATACATTTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTCCCCGTTTAGCTCATTCTCTTTATAAGAAATCCTAAAATACTAAGAACTCTATTTAACTTCATGGGTTTGGCCTTGTGGTCAAGGCCAGGTAAATAATGGGAGACATATACGAGATGAGTTCAAACCATGGTGACTAGCGGTTAAGGATTTTAATATCCTACGGAGTTCCTTGCGCAACCAATGTAGTAGGATTAGTCAGTCTCGTGAGAATAGTCGAGAGTGTTGTGGCAAACTGACGCAGACATTCAGGATATAAAAAAAGTACATTTATTTGTCTTGTCCTTCATTATTTAATACCCTTATCAAGCAGTTATCTTTTGTGCTAAACCATTATCCATAAAATATCTATATTTTATTAGAAAATCCATTGTGTATTGTTAAGAGCATGCAAAACTAAGCAAGCATTCTTTTGAGGCTGAGAATGAAATGCAAGGTTAAAGGACCTTCTGAAATTCCTATCTCAAGTACAAAGCTAACAGTACAAAAATTGGTTACTGAAGTAGTGAAGTTCCAATTTATTTATGGTTCGTCCTATCTCCCTAATCGTGACGTAAGACCTTGAAGGTTTCTAACGATGATTGTCTTTATTTGTTTTCTCTCTGATCTTCGAATTATCTATCTTGGTAGGCCATGATTGCTAGCTCCGTGTCGAAAGGTGATTTACAGGACTGCAAAGGAAGTGACAAGCCTATATCCTTGAAAGTAGAATTTTTATGTGCAGATTTGAATCTTCTACACTTTCTGTCTTCACTCGTTAATTAGTACGATGAAAAGTTTTTGAGCTATATATAAACCCCGTGCAATAGACGTCGAGCTTCATATGAATTTGTTCTAACACCTACAGATAGGGATTGCTCGCAGGTACCCATATTATTTCGCAATTTCTTGGGGTATCCTTCGGTTCGCTTGCTACCTTGTTCACCAAGGATTCGGCGTTTTAGGAATTGTTAGAACTGGAGATCTTGGTAAGCTAAGTGAAATTATTATTAATTTCTCAGTGTTTCGTGATTATAATTGTGAACCCATCCTACTTTTTGGTTTTCATGAAACTTCTACAGTTGTGGTTAGTGCCACTCAACCTTGAATTCTCTGGCATTTGTCTTTTGATGGTCTGCATTATGGTGTCTCAGACTTCTCATATGCTGCGCTACTCAATGGTAAGCAGTTTCTTTAATTGAAATCATGACTGAAAGTTCTTCCTCTAGCAGATATATGATCTTGATTGATATTGTTAATGAACTGTAGATGGGTGTCGGGGCTATGCTCTTCTTCCGTTTTGGTGTATGCTTTCTTCTGTTTTGGGTCCTGTCGTGGGCTGTGGTTGGGCTTGTCCCTCTTTATGGGCCTGCGTTGGCTGTGCTTATGGTTTGCAGTGCGCTGGCTGGTTTGTTTTCAGGTAGAATCTCACGACTTTTTGCTTTCTTCTCTCAACTGAATGATTTTTTAGAGGAACATAGCCGTAAAGGGCTTCGGGCGAAACGTGTTATAATATATGAATGATTTAAGATAATGGAGAACTTGCCTGAAGATTGTTAGAGAAGTGATGCCTTTTGAATGATGTTTCTTAATTTCCTTATTGAAAACTCCTTGGTTTGCATCTTGGGCACCACTATCAGAAACCCATTGTAGATGGTTTAGCCACGTCTAGTGCCACGAAATGATTGAGAACTAAGACTAATTTAGCTTCATATTTAACTGGAAAGTATGTTTCTTTGTCTGGTGGGTAGTTTTTGGATGGTTATTAGAAACCCATTGTAGATGGTTCAGCCACGCCCGGTTAGCCACGAATTGATTGTTTTTGAGTTTTTGGAACTTTTACGACTAATTTTGGAGCTTTTAGCTATTTAGCTCGAAAGTATGTTTCTTTGTCTGGTGGGTAGTTTTTGGATGGCTTATTAGAAACCCATGGTAGATGGTTCAGCCATGTTCGGTGCAACGAGATGATTGAGAACTACGATTAATTATATCTCATATTTAGCTCGAAAGTATGTTTCTTTGTCTGTGTGGGTACTTTTCGGCTGGGATCTGCTTCTTCTATGATTCTCTGCATAGCTTATAACTTCCATTTATTGTTGGATTATGCAGATTACTTCCCAAAGAACGGTCCATGGTGGTTCCTGCACACAGTGATGTCCAGAATACCAAGGTTCAAACATCCCCATAGCTCTCTTCTTTATAGTTTTCGGAGTTCTTAATGTTCATCAGTTTAGACTCTTTCTAATTCTATAGCCCTTATAAGTTGTAGTTCCCACAAGTTTTTTCCATCAA

mRNA sequence

CAGATTTCCTTAGAAGGCTGTACGGATGAGAAACTAGTTGCGCGGTTATCTGAGAGAAAGCAGCTATCTTCAGTTTCTACTGCCCTATTGTTGGCAGTCGGATATTGGGACTTATTGAGGCCTTTAGCGTGGTACTTTTGGATCTGGAGTGATTTCTTAACATCATGGGCATTTCTTCAGAGCTCGTCTCTGACGGCCATTACCCTCCACAACAATTTACTCTCTACCCACTTCGTGCCCTTTGGTGCTCCTGCTGTCGTCTTTATTCTAACCCTTCAAGGAGTTTTTCGGGGTTACCTCAAGAGATAACCCTAAAAACTCTGTTCTTTGTCTAGGAATTGGAAATTTGCTAGCTGCTCTTGTTCTTTTCCCTCTTGATTTAATTTCATTTATTTTCCTATTTGGGTTGCAACTTTTGCAAAGGCCCAGCAATTTCTACACGTTGTGTCTCCCAATATGTTTATTGCCTTTTTAGCAATGTTTATGGTTTCTCAATAACAGACTGTCCACTATTGGACCGCCGACAACTCGGTTGAATTGCCAATTTGGCTGTATACATGAAATCTGGTGGTTCTTCTTCTTGGAAGGACTTTCTGTCTAACTACTAATGACGTTGGTACATCCATGGCTGCACGTCAAGGTGCGGTGGCTGTGGCTGCACACCAAATATGTATTGCAAGTTATGGTTAGCAGTGTCTCTTCTAACTGATGCACTTGTGCTTCAAGTCAGGCCATGATTGCTAGCTCCGTGTCGAAAGGTGATTTACAGGACTGCAAAGGAAGTGACAAGCCTATATCCTTGAAAATAGGGATTGCTCGCAGGTACCCATATTATTTCGCAATTTCTTGGGGTATCCTTCGGTTCGCTTGCTACCTTGTTCACCAAGGATTCGGCGTTTTAGGAATTGTTAGAACTGGAGATCTTGTTGTGGTTAGTGCCACTCAACCTTGAATTCTCTGGCATTTGTCTTTTGATGGTCTGCATTATGGTGTCTCAGACTTCTCATATGCTGCGCTACTCAATGATGGGTGTCGGGGCTATGCTCTTCTTCCGTTTTGGTGTATGCTTTCTTCTGTTTTGGGTCCTGTCGTGGGCTGTGGTTGGGCTTGTCCCTCTTTATGGGCCTGCGTTGGCTGTGCTTATGGATTATGCAGATTACTTCCCAAAGAACGGTCCATGGTGGTTCCTGCACACAGTGATGTCCAGAATACCAAGGTTCAAACATCCCCATAGCTCTCTTCTTTATAGTTTTCGGAGTTCTTAATGTTCATCAGTTTAGACTCTTTCTAATTCTATAGCCCTTATAAGTTGTAGTTCCCACAAGTTTTTTCCATCAA

Coding sequence (CDS)

ATGGTCTGCATTATGGTGTCTCAGACTTCTCATATGCTGCGCTACTCAATGATGGGTGTCGGGGCTATGCTCTTCTTCCGTTTTGGTGTATGCTTTCTTCTGTTTTGGGTCCTGTCGTGGGCTGTGGTTGGGCTTGTCCCTCTTTATGGGCCTGCGTTGGCTGTGCTTATGGATTATGCAGATTACTTCCCAAAGAACGGTCCATGGTGGTTCCTGCACACAGTGATGTCCAGAATACCAAGGTTCAAACATCCCCATAGCTCTCTTCTTTATAGTTTTCGGAGTTCTTAA

Protein sequence

MVCIMVSQTSHMLRYSMMGVGAMLFFRFGVCFLLFWVLSWAVVGLVPLYGPALAVLMDYADYFPKNGPWWFLHTVMSRIPRFKHPHSSLLYSFRSS

Homology

[Close]

BLAST of Carg18127 vs. NCBI nr
Match: KAG7022757.1 (hypothetical protein SDJN02_16493 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 199.9 bits (507), Expect = 9.9e-48
Identity = 96/96 (100.00%), Postives = 96/96 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MVCIMVSQTSHMLRYSMMGVGAMLFFRFGVCFLLFWVLSWAVVGLVPLYGPALAVLMDYA 60
          MVCIMVSQTSHMLRYSMMGVGAMLFFRFGVCFLLFWVLSWAVVGLVPLYGPALAVLMDYA
Sbjct: 1  MVCIMVSQTSHMLRYSMMGVGAMLFFRFGVCFLLFWVLSWAVVGLVPLYGPALAVLMDYA 60

Query: 61 DYFPKNGPWWFLHTVMSRIPRFKHPHSSLLYSFRSS 97
          DYFPKNGPWWFLHTVMSRIPRFKHPHSSLLYSFRSS
Sbjct: 61 DYFPKNGPWWFLHTVMSRIPRFKHPHSSLLYSFRSS 96

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Carg18127 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG7022757.1	9.9e-48	100.00	hypothetical protein SDJN02_16493 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]	[more]

BLAST of Carg18127 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Carg18127 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Carg18127 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Carg18127-RA	Carg18127-RA	mRNA