Carg09288 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg09288
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr05: 2124333 .. 2127840 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg09288
SyntenyCarg09288
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGTAATTTCTAATATAGTTTCCATTTAAAGAGGAAAAATCTTGAACTTAGAAGTGGATGCAACACATTTGGGACATAAATCACTATTTTGATATCGATTTATTTAGGTTCTCGACATACCCTTCAAATGGCTTTGAGATGGAAAGGGCTTTGAGATGGAAAGAGTCACGTTCTAGTTAGTTTCTAGCCCGCAATCTCCGACCATCTTAAGGAAAAAGATACTAGTACTGAGTTTGTATATTAATTAATGAAAAATAATTAACAACAAAACATATCTATTTTTAATTAATGAATGAAGAGTAATTAACAACCAAAGCAAAATTTAAAAGACCTTTTTAGTCAAGTTCGGACCATCTTGATTTCACTCCGTCTCATATTAATTCTCTATTTTTTATTAATTAACGAAAAATAATTAACAACAAAATATATCTATATTTAATTAATGAATGAAGAATAATTAACACAAAATTAGGATAGAAGTGTATAAATATTGAAATTTATGGGCAAAATTAAACCATATAAAATTAGAGAAAAGATTAAATGAAAATTAAATTCATAAAATGTAGGGGTAAAAGTAAAAGTATAAAAATTATAAATATAAATAAATTATTTTTTAAAAAAATTGGTCATCGTTGGGACTCGTCTGAACCGCGGAATCATCTATTTTTGACAATCGGAGGTTAATTCCCAGTCAGAAGTTGTTCGCTTTTGCTCGCCGCCGCTCAAATCCTCGGCTCTTGGGAGGTCAAGAAGTTCCTATCCTCCGCTCCTTTCGTTGTCGAAGGATTGCGATCTGACACGCCCCGGCGAGTTGAATCGGACCCGCTCTTTCTTCTCTTATCTCCGTTTATGCACCTTCGGTAAGTATTCTGTGTTTTTCTTGAATCAGTGTTTTCGACGTTACGGGATTTCAGCTTAGACGATTTAGTTGAATTTAGGTTTGTGGATCAAACCCATTAACCGATTGCTTCTAGGGGTATCGAAAGATTTGGATCTTCGCTGGCGAAAGTTAATGTTTTAACATTGTTATCTATCCCCGATTTGTAAATCGAATTCGAGGTTGATTCTTCAAGATTTTAATATGTATCAGGAACTACATTTTGTAATAGTTTATACACAGCGATAGCTAGCTATGTTGTGTTCCAAAATCTTACTGGAAACTTCAGAGTCGTGTTTTGCCTTTCTTAGAAACCGAAGATTCAATTTTATTTGCTGTGAAATTTTCGAATTATCAGAAGCGGTTGTTGTCAATGCGAGATTTAGGTTGTAACCATGAAAAACTATGGATGTGTGCAGGTTGAACTTCATTGGGCCCGTTGCTAACTTGTTTTTCTTAACCTATTTCTAGATTGAATTGAAAGAGAGGATTGTGATTAGCGTGGATAATAACTGTCCCTTCGAACATGGTAATGGATCCTTGTCTTTGGTGTTTGGACTATGGACATTTTCATAGCCTTGGATAAACAGAGAAGCTACTAATCACTAACATGGTTATTTTTGGTTTTGCAGTCAGCTCTGTTCAATTTTCATTCCTTTCTGACAGTAATCCTATTGGGAATTTGTACCTGTACTTATGTGAAGATGCATTTTCCTGCTATTCTTGAGCAAAGAAATGGGTATTTCCTTTAGGTTTCTTATGCTATTTACTGCATTCAGATAAATATAGAAGATCAGGTCTCAAACATGTTGGCAAGTGTTTTGATTTTTACATTTCTTGTTGCTGCTCTCCTTTTCTTCTCCCTACATGATTGGAGTTAATTTGATGCTTGGAGAGATCCCCCATTCTTTCCCTAACTTCCTATATTTGAATTTCCCATACAATATGATAGGCGTCGATTTATGTTAGGTTTATCATGGTGGAGTATTTATCTATGAGATCCCGCATCAACTGAGGAGGGGAACGAAACATTCCTTATAAGGGTGTGGAAACTTCTCCCTAACAGATGCGTTTTGAAATTGTGAGGCTGCCGGTGATACATAACAGGCCAAAGCGAACAATATCTCCTCGCGGTGGTCTTGTGCTGTTACAAATGGTATCAGAACCAAACATCGGGCGGTGTTCCAACGAGGACACAGGGCTCCTAAGGGGATTATGAGATCCCACATCGGTTGGAGAGGGAAACGAAATATTCTTTATAAGGGTGTGGAAACCTCTCCCTAACAGTTGTGTTTTAAAACCGTGAGGCTGATGACGATATGTAACGGGCCAAAGCAAACAATATCTGCTCGTGGTGGCCTTGAGCTGTTACATTAGCACTGACATGTTTGTGCTTGCTATGCAAAACCATTGCCTATTATTTTCGAAGTACGTATACATTATAAATTCTGCATCATTTTTAATCGAGTTGCTCTTCCGACAGGTTTCGTGGCTTCTTCTGGAAAGCAGCCAGAATAGGTAGGCTTCTTGGTTAAATTTGCGTAGTTTCTCCTAACCATGAATTGTTTGCTGGAACAATTCATAAGAACTCTTTCTTTATTCTCTTCTCTTTGTTTATTCCATCATTCGTTTCTTTACGGACCCGCATTTCTGATGTTAACAATTGTACTCTATAATATGATCACTTACCTTCCTTTTCTCTCAAACTGTCAACAAAATATCTTAGAAATGACTCAACAAACAATCATAAGGCTTCTTTGGGAGCTTGAAACCTGTTCAGGCACAGGATTCAATGTTTCCCAAATGCATTTTCTTTCCTTATCTGATGATTTCCTACAAAGTTAAGGGCTTGAACTACAAAACAAGTACAGTTTCTTCATATTAAAAGAACTGTCAGTATCGTGTTGGCCTGTTAGATATGTAGTGATCAGCAGCTGTTGTTGTCCATATTAGTTAACCATATGTCAATTAGTATGGCATAGTTTTTGTTGGCAGGTATACGATGCATTATTATCTGACAGGATGATGTTCTTGTTTGTGAATCAGGTGAACGTTTGAGTCCTTGGGTAGCTGTGGGATGCTTCTCAATGGGAGTTTCAATAATCTTCTTCTGAGCTATGCCTCTATATTCCCTGTTTTGTGGTTTATTTAGCATGTTGTGCTTTTACAGTCTTATTTTAGTAATAGGGTGTTTGAAATTAGAGTTCTGTAGTGACATGATTGAAAGCTATTTAAATCCATTATAAATACACCAGCATTCCATTAGTCTTGTCAAAAAAATGAAGATAATTGCTGTGTTTCTTTATGATTCTTATCGAGAAAATTAAGGAGTTTATCATTGTTGGATGGTCACATGATGAACGGAAATATGTTTCACTGAAGTTTCTCTAATGCTTTATACTTCTCTACGGACACTTACCATCTATGTTGTATCACTTGGCTTCCTTCTGCTTTGACTGGTTTCTGTGGCCTCACTGCAATTATTTTGAGAGTTGTTTTAATTTAGTGTTTTCGAGTTAGTCGGGGTCGGGAGTTTCAAGTCTTTGATATCTAGGTCAAGAGTATATGCTTAAATTAATCGGGTTATACTCAAGTTGACTATAGATATCTAATCACTTTAGCTATAAAA

mRNA sequence

ATGATCAGAAGTTGTTCGCTTTTGCTCGCCGCCGCTCAAATCCTCGGCTCTTGGGAGGTCAAGAAGTTCCTATCCTCCGCTCCTTTCGTTGTCGAAGGATTGCGATCTGACACGCCCCGGCGAGTTGAATCGGACCCGCTCTTTCTTCTCTTATCTCCGTTTATGCACCTTCGTCAGCTCTGTTCAATTTTCATTCCTTTCTGACAGTAATCCTATTGGGAATTTGTACCTGTACTTATGTGAAGATGCATTTTCCTGCTATTCTTGAGCAAAGAAATGGGTTTCGTGGCTTCTTCTGGAAAGCAGCCAGAATAGGTGAACGTTTGAGTCCTTGGGTAGCTGTGGGATGCTTCTCAATGGGAGTTTCAATAATCTTCTTCTGAGCTATGCCTCTATATTCCCTGTTTTGTGGTTTATTTAGCATGTTGTGCTTTTACAGTCTTATTTTAGTAATAGGGTGTTTGAAATTAGAGTTCTGTAGTGACATGATTGAAAGCTATTTAAATCCATTATAAATACACCAGCATTCCATTAGTCTTGTCAAAAAAATGAAGATAATTGCTGTGTTTCTTTATGATTCTTATCGAGAAAATTAAGGAGTTTATCATTGTTGGATGGTCACATGATGAACGGAAATATGTTTCACTGAAGTTTCTCTAATGCTTTATACTTCTCTACGGACACTTACCATCTATGTTGTATCACTTGGCTTCCTTCTGCTTTGACTGGTTTCTGTGGCCTCACTGCAATTATTTTGAGAGTTGTTTTAATTTAGTGTTTTCGAGTTAGTCGGGGTCGGGAGTTTCAAGTCTTTGATATCTAGGTCAAGAGTATATGCTTAAATTAATCGGGTTATACTCAAGTTGACTATAGATATCTAATCACTTTAGCTATAAAA

Coding sequence (CDS)

ATGATCAGAAGTTGTTCGCTTTTGCTCGCCGCCGCTCAAATCCTCGGCTCTTGGGAGGTCAAGAAGTTCCTATCCTCCGCTCCTTTCGTTGTCGAAGGATTGCGATCTGACACGCCCCGGCGAGTTGAATCGGACCCGCTCTTTCTTCTCTTATCTCCGTTTATGCACCTTCGTCAGCTCTGTTCAATTTTCATTCCTTTCTGA

Protein sequence

MIRSCSLLLAAAQILGSWEVKKFLSSAPFVVEGLRSDTPRRVESDPLFLLLSPFMHLRQLCSIFIPF
Homology
[Close]
BLAST of Carg09288 vs. NCBI nr
Match: KAG7029554.1 (hypothetical protein SDJN02_07893, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 133.3 bits (334), Expect = 8.0e-28
Identity = 67/67 (100.00%), Postives = 67/67 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MIRSCSLLLAAAQILGSWEVKKFLSSAPFVVEGLRSDTPRRVESDPLFLLLSPFMHLRQL 60
          MIRSCSLLLAAAQILGSWEVKKFLSSAPFVVEGLRSDTPRRVESDPLFLLLSPFMHLRQL
Sbjct: 1  MIRSCSLLLAAAQILGSWEVKKFLSSAPFVVEGLRSDTPRRVESDPLFLLLSPFMHLRQL 60

Query: 61 CSIFIPF 68
          CSIFIPF
Sbjct: 61 CSIFIPF 67

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Carg09288 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7029554.18.0e-28100.00hypothetical protein SDJN02_07893, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Carg09288 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg09288 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Carg09288 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg09288-RACarg09288-RAmRNA