Carg02580 (gene) Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2

Overview
NameCarg02580
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionUnknown protein
LocationCarg_Chr02: 7971102 .. 7976642 (-)
RNA-Seq ExpressionCarg02580
SyntenyCarg02580
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CCTTGCTTAGGCGCGCGCGCGTAGCCGCCGTGGTTATCGCTCCCTCTCTCCGCATGTGATCGCCTCGATGTCGTTCAATTTCCGTCTCCGACGATGTTAAGGTTAGTTTTCTGGTCACCGGTGGCTTTTTGAATAAATTGGTCTGCCCTTCGGATTCCACCCCACTTTAAAACCCATTATAACCCCGATTTAATAAGAAGAGGGGGAGGAAGGAACAGTGATTGTTGGGACAAATCCATTATTTTCCTATTCTGTGTTCTCTTCTTTGTTCTTGTTTGTATTTACAATTTTGTTTTTACCAATTTTTTACTGTTTTTGAAACAGAGCATTCTGAATTTCTGAAACAACTCATTACTAAGCCGCATACCTTGTAGTACATCCATTGTTTGTGGATCTGATTTTGTTCACATGTTAGTATCACGCGAATGAGAAATTGGTCACAAACTTTCCTCCATGATGGATTAGTCTACCTGTGATGTTTTAGTATCCAGCGAATGAGAAGTTTGTCTGGATTAGTCACAAACAATGACGTGCGTGGATTGTTTGTCTGATCTCTTTCTCTCTGTTTTACAACTGAGATGCCATTAGTTTGTGTTAAACTAATGTTACTATTGCATTTGGGTTGCTTCCTTCCATTTCTTAATCTGGGTAGTTTATTGGCAGCTAAAGGGTACATTATTAGAAGTAATTAGATTCCATTTTTGTGAGATCCAACGATGGTGGGAGACAAAAACGAAGCATTTCTTATAAGGATGTGGAAACCTCACCCTAATAGACGTGTTTTAAAACACTGAGGCTGATAGGGATACGTAATGGGCCAAAACGAACAATATCTGCTATCGGTGAGTTTGGGTTATTACAAATGGTATTAGAGCTACCGGAGGGTGTGCCAGCGAGAACGCTGACCCCCAAGGGGTTGGATTGTGAGATCCCATGTCGGTTGGAGAGGAGAACGAACCATTCCTTATAAGGTGTAAAAACCTCTTCCTAACAGACGTGTATTGAAATTGTGAAGCTGACAACAATAGTAACGAGTCAAAGCGGACAATATCTGCTAGCGGTGGGTTTGGGTTGTTACAGTTTAGTACTTAAGATCCAAATGTTTTGCTCTATGTGTGTTTTGTTTGTTGTTAGCTTGTCTGTTTCTTTTCAAGTTCTAATTTGGTTCCACTTTTACTGCTTCCAAAGATCATCTCATACATGTGTATGTGTGCGAGTAGAAAGTTGCATATATAGCCGTGTTAACAATGTTTTAGGCTCTGGCTTACACTAAGTAAGAAGTGATTTCTTTCTTAAGAAACCCCACGAGCCTTTTACTCTAGCAACTCTAGAAATCGAGTACTCATGAGTTGGTTGTATTTTTGTCCTTGGATGGCTTCATCTCTGAGACTTCTAAACAAAGTTATTCTAGTCGAACTCTTCGTTAAGTTGAAAGTGATATCCTAATTCACTTGTTGGTGGTAAAGCAGGATTATCAAGGACAAGAAAACCTACTAAACAATATTCAGATGTTTGAGAGCATTTTACTGAAGTAGAGGGATGCTATGCTGAATTTTATAGGGCTGCTTATAAATATTAGGCTAAATTAATAAAAATGCTCTCAACTTTTCACATTGTCTCAAAATACTTTTGAACTTTTAAAAGTTTCAATAATACCTTTAAACTAAAATCAAAGTCAAAAAAATACCCTTACCATTAGTTTTGGATGACAACTATCAGTATTTTGTTTCAAATATATCTTTGAACTTTTAAAATTGTTTAAAAAATATCCTTCAACTTTCCAAAGTTTCATTAATACCCTTAAACTTTTTTGAAAACATAAGAAATACCTATAAATTTTTTTAAAAAGTTCAAAAATACCTTTATCGTTGGAATGTTGGAACATGGCTAGAACTGTTAGTATCATGTTTCAAAAATACCACTTTTTTCAAAAGTAGCATTAATACCCTAACTTAAACTTTTTTTAATAAGTTTCTAGAGTTAATATATAAACAAAAATAGTTTATCTTCACCCCCATAGATCATCTCCCTCTTTGATTGTCTCTCTCTTCTTTGCTTTTACCCTGGCTCAACAATTTCTCATTTCTCTTTTTTCTTTCTCACTTCTCGAATATCCTATTAACCCCCTTCTTTTCCACCATCTCTAAAAATTAACCCCCTTCTTTTCTTTTTTACTCTTTTTAAATAACAAAACTTTGGTGGAAATCTCTCATTTGTGAGCATTTCTAGACATAAACACAAAAATTTTCATCACCCAAATAGACAATATGTTTTCAAATTGCCTATTTGGGTATTAATGTTTCATATTTATGTTTAGAAATGCTCAACAATGAGAAAGCTTCTCCTTTTCATTTAGAGTTTTGATATTTAAGAAGAGAAAAAAAGAGAAATGAGGGAAGTTTTAAAGATTGAGGAACAAAAGAAGGAGAATAAGGGATATTCAAGAATCAAGAGAAAAACGAGAAATTGTTGAGCCATAGGTTGAAGTAGAGGAGAGAGATGAAATTGAAGGAGATTTTTATACAGGGTGTAGATAAACAGTTTACGTCCATATATTAACAGTAAGAACTTGTTTAAGGCTAAGGGTATCAATTCTACTTTAGAAAGTTCATGGTTATTTTATACGTGGTATTAACGGTAAGGGTACTTTTGAACTTTTTTAAAAAGTTCAAGGGCATTAATAAAACTTTTGAAAGTTAAAGGGTATTTTAGAACAAAGTACTAATAGTTCCATCCAAAACTAATGGTTAGAATCTTTTTGAACTTTTGTCAATAGTTAAGGGTATTATTGAAACTTTTGAAAGTTCAAGAATATTTTTGATGCAAAGTACAAAGTTCGAAGGTATTTTTATTAATTTAGCATAAATATCACGGGGCTACATATGCACGTGATTCTTAGGAGAAATGGGGCAACAAATTTTAAAAGGCACCTAGGAGAAATGTAAGAAGTATACAAGTTAAGGAATTATGTTGAAGGAGATTCTAAATGTAATTTGATAACTAATCTTTCACTGGAGAATTATTTAACGATGTTTGCTTGTATGGTCCTATTGAATGAATTGCCATTTAAGTTTGTGAATGAAGAATTTCATAAATTTTGTAAGGCGAATCCTAAGTTTGTAATTTCATGACGAGTCACTATTGCAAAAGGTTGTTTTCAATTGGGAGAAAAAAAGGTTTAAAAGTGCTTTAATTCGAATAGCCAAAAAGTTTGTTTAGCGTTTGATACATGACTTTCATTCATGATATTAATTACAAGGTTATAAAGAAGAGGAGGTGGGGAAAAAAACTTGACCAAACCATTGGCGGATTCGTTTGTGGAGGGGGCTTATTTGCTTTTCTGTTGATTTCTCAAGCGTTCTTTCATGGTTTTTCATTCTTTCAACTCCAAAGTTCCCGTCTTCATCTCTCCAGTTTGTATGCAAGTATACCAAGGTTAGCTATTTCGTCCCAAACACTCCAGTCTTCCTCAGGTTCCTTCTATTTGAAACTGAATTGGCTGCCTTAGTTTCATCATTTAGAATTGAGATTCCTAAAGATTCTAGTATTTTTCTCTAAATTTTGCAGAGCTTTACGTTGCTGGATGTCCTGTTTTGTACTGAATCATTTGTTGGGCTGCTTATCATTCATGTAGATAAGTTTAGGTCTGTGGGAATTCGAATGTTTATATTATATTTGTGGGTCTTTGTTACGTTCTTCCTTGGAGCTCATTGATTGATAATTCAAGTTTCACAATCTCTAAACGTTCAGGTCAGGCTCCACTTGAGCTAAAATCTTTGATTTTCTCATGCATTCTAGAATATTGCAACGCTTATAAAAAGTTCAAATGTTTTTCTTTTCCTCTTTTGTTTTCTTGACTTGGTGTGATTTTATTCATCTTTTTTGTTGGAAATGGCTACCGCTTAGCCTAAATGTACTTAATTAGATATTATGCATATCCTTATAGCGTGTGTTTGCTTTATTAATTATTTCATCATGTGCCCAATCTGCATCCCTGGTTCAAGCTGGAGCCAGCTTTCTTTCTTAATGGATTCAATCTCTCTTTTATCGTTAATCTGTTGAATTGAAGCTCAATTGCAACCTAACCAGGATTATTTATTAAGTTAACACATCTATCGTGATGAATAATTAATATAATAGAAGTTTCTCTACTTTATTTGCTGGTTCTTTAAGCTTTAATGTTTCCGTATGAACTTGAGTAATGACTGATGAAATATTTTATTAATGCAATTTTGAGGATGGAAAGCCTTTAATTTATTGCAATTCTGTCCCATGATTTACTTTGTTACTTACCAATAAAATGCTTAATTTTCATCTGATTTGTTTGTTTGCATAATCATTTACGTCTGGTGATATCAGTTGAAGTGCATGCAAGCTTGCCTGAATACTCATCAATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCTTTTGTTGCTCCTCCAATCTTTTGGTTTGTTCTGTGTGTGAATCCATTATTCAATTGTAAGGGATGCTTTTTTTCAATATTGTCCTAACTGACACTATTTCTGATGGTTATGATATCATTTGGAGTGCACGCAGGGTTCTTGGTCGAGAGGCATCATCGACATTGTTGTTAGAAACCTTTACCTCAAAATTTTAGGTCCGTTTAGGTTATGGAAGGTGAATTGGTTCATTAAGAGATTAAACTAAGAGGCCTGCCTACACAGATTCATGGAAACATTAAATGAAATGAATATTTCAGCAAATACGATGAAATATGAAAACGCTATCCAAGGGAGGCATCTAAACAAACATTGTTCGATCCCTAAAACATTGTTCCAGGGCCGAATCTACTTCCTCGACTGTGTGCTTGTCGCCAAATCCACGGAGGTTGAGTCAGAAAGGTATGGTTGATGGACAACAAGAGATTATTCTTGTACTATCTCTTTTTGGTCTTGAGGGATGGGAGTGGTTTGGTTACACCAAAGATGGTTATTGGTTCAAGAAGGCATGGTAAGATTCTGTAATTTGTTGTAACCTATTACCTGGCTAAGATGTGGCTCTCCATACCTGATTCTGTTACATGTTTTTGTCCTACACGTCTTTTTTGTTTAGCATACCAATTCATTCTCCAAGATTGAAATCATTGCTAGTTTGAAAACCCATGGGATATTTTAACATTTTGGATAGGTGATTCAAAGACGATCTTGAATGTGGCTAGGCGACCGTGGACGGTCTGGAACAGGGGCAAGGAACTGGGATTTGTGTGGACATAAACAAGGAAACTGAGAAGAAAGGGTCCAAAAGCCGCACAAAGATCAGGGCTATAGTCAACTCACTCGAGAATCATGGTGTTAAAACTTATTCTCCGATGATGCATCTCGACCTAGCATAAGCATCCAAAAACATTCTTATTGTCATTAGCTGGGAAAGAGGGGGGGTGAAGCTTGAGCTCCACCAGTTATTTTGATGAGATGCTGCTATCTAAGGCTAAATGGAAGGAGCTATCTTTATTAGTTGCTATCAGATTAGACGTAATTCTGCGCATGATTTTTGGAAGTTTATGAAAGCAGAGATAAGTTTT

mRNA sequence

CCTTGCTTAGGCGCGCGCGCGTAGCCGCCGTGGTTATCGCTCCCTCTCTCCGCATGTGATCGCCTCGATGTCGTTCAATTTCCGTCTCCGACGATGTTAAGCGTTCTTTCATGGTTTTTCATTCTTTCAACTCCAAAGTTCCCGTCTTCATCTCTCCAGTTTGTATGCAAGTATACCAAGAGCTTTACGTTGCTGGATGTCCTGTTTTGTACTGAATCATTTGTTGGGCTGCTTATCATTCATGTAGATAAGTTTAGGGCCGAATCTACTTCCTCGACTGTGTGCTTGTCGCCAAATCCACGGAGGTTGAGTCAGAAAGGTGATTCAAAGACGATCTTGAATGTGGCTAGGCGACCGTGGACGGTCTGGAACAGGGGCAAGGAACTGGGATTTGTGTGGACATAAACAAGGAAACTGAGAAGAAAGGGTCCAAAAGCCGCACAAAGATCAGGGCTATAGTCAACTCACTCGAGAATCATGGTGTTAAAACTTATTCTCCGATGATGCATCTCGACCTAGCATAAGCATCCAAAAACATTCTTATTGTCATTAGCTGGGAAAGAGGGGGGGTGAAGCTTGAGCTCCACCAGTTATTTTGATGAGATGCTGCTATCTAAGGCTAAATGGAAGGAGCTATCTTTATTAGTTGCTATCAGATTAGACGTAATTCTGCGCATGATTTTTGGAAGTTTATGAAAGCAGAGATAAGTTTT

Coding sequence (CDS)

ATGTTAAGCGTTCTTTCATGGTTTTTCATTCTTTCAACTCCAAAGTTCCCGTCTTCATCTCTCCAGTTTGTATGCAAGTATACCAAGAGCTTTACGTTGCTGGATGTCCTGTTTTGTACTGAATCATTTGTTGGGCTGCTTATCATTCATGTAGATAAGTTTAGGGCCGAATCTACTTCCTCGACTGTGTGCTTGTCGCCAAATCCACGGAGGTTGAGTCAGAAAGGTGATTCAAAGACGATCTTGAATGTGGCTAGGCGACCGTGGACGGTCTGGAACAGGGGCAAGGAACTGGGATTTGTGTGGACATAA

Protein sequence

MLSVLSWFFILSTPKFPSSSLQFVCKYTKSFTLLDVLFCTESFVGLLIIHVDKFRAESTSSTVCLSPNPRRLSQKGDSKTILNVARRPWTVWNRGKELGFVWT
Homology
BLAST of Carg02580 vs. NCBI nr
Match: KAG7035990.1 (hypothetical protein SDJN02_02790 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 210.7 bits (535), Expect = 6.0e-51
Identity = 103/103 (100.00%), Postives = 103/103 (100.00%), Query Frame = 0

Query: 1   MLSVLSWFFILSTPKFPSSSLQFVCKYTKSFTLLDVLFCTESFVGLLIIHVDKFRAESTS 60
           MLSVLSWFFILSTPKFPSSSLQFVCKYTKSFTLLDVLFCTESFVGLLIIHVDKFRAESTS
Sbjct: 1   MLSVLSWFFILSTPKFPSSSLQFVCKYTKSFTLLDVLFCTESFVGLLIIHVDKFRAESTS 60

Query: 61  STVCLSPNPRRLSQKGDSKTILNVARRPWTVWNRGKELGFVWT 104
           STVCLSPNPRRLSQKGDSKTILNVARRPWTVWNRGKELGFVWT
Sbjct: 61  STVCLSPNPRRLSQKGDSKTILNVARRPWTVWNRGKELGFVWT 103

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7035990.16.0e-51100.00hypothetical protein SDJN02_02790 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Carg02580-RACarg02580-RAmRNA