CaUC09G167890 (gene) Watermelon (USVL246-FR2) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGCAGCAACTACCGAACAGAGGAAAAGGTGAAGAAGCCTTTAGTTTGTTCTAACAGAACGAACCCAATTTGTACCACAACTGTATTCAGCTGCAGTGCAAGCATATTGCACTCATGGCTTTGTTCGCACTGCCATTTCATTCGGAATCTTGTCTTCAATAAGCTTTCGTCGCCGTCTCATCGGGGAAGTCAATGCACAGGCAAGTAAAATTCTCTCCGGGTCATGATAGCAGTTACAGATGCCCTACTAACCTAGTATCTCCTCTCCATTTCCTCAGGTTAAGCTCTCGTTTGGGATCAATAGCTGGCTCGATATGTAGATTCAGGCCCCACGAACATGTAAGCATCTTTAGTTCGGAAGTATGGCCGGATTTTATAAATTTGAATTTGTTATCTTGAAAGACGAAGAAAAGAAGCAGGGAGGTCACTTAAGGGGCCAGCTGATTCAGTTAATGCATAATTTTTCTTTGGAGAATTGCTAAACATGGCAGTTATTCAATGAACTTATATTTAGTTCATTTGGTTTAGCATTTCTGCAAATTAGTTATTGTTAAATACTAGGTTAGCCATCGTGTAGGGTCAAGTAGTTGTATTGTGAGATTAGTCTTGCCTGAACATATAGGAATTCCCATTGGATTTTGTGAGTTCTTATTTATTCTCCTTACTACTATCAATAGGTGCGAAAAAAGGATGCTAGCAAATTGGTATTCCATCGGGCTCTTCTCATCTCCAAGGGTAATCTATGGAAAATAAGTTGTTTGAATATGTCATGTTTTTCAGGACGAGTGATTCGATGGTTTTTTTTGACATAGTATGTATAAATCGGTCTTCTTACATCTGTTTACAAATTACAACTTTGGCAAAGAGTTTGTTCTAGGCCATGTTTTCTGGTAGAACATACAATCAAATTTCGTGTATGACATATGTTATAATACATATTTTACATGTTTATGTATCATTGTCCTTTATCGTAATTGTACATACCTAGTCTAGGTTTTCCTTGTTCCCTGTATATGTGTAACTTTCTTGTGAATAATAGTATGAGAATATATTCTAAATTACTCAGTACATGGTATTAAAGTTTCTAGGGTTTAGAATATTCGTTTGATGACTACCCTCTCACAAAATTAGGGTTTTAGTTTAGGTCACAAAGTTCAAGTGGCTGTTTGTTTACATCGCTCACCTCAGGAGAAGTGTCGTTGTCATTCGCTGTCGTTTGTCTTCGTCGTTGGCTGAAAAACGCCGCCCGTGAGGCTCAATTGCCGGCGGAAGGAAACTGCTCCGTCGCCACGAGCTAGCGCGTGGAAGCTCCGTTTCGTATTCCAACGGTTGGGTTCATCTTGGGTCCTCTCCCCCGATCAGTTTGTGCATTTGGTTCCGTCGAAAACTCTTTGGCCGTGAAGATATTTGAAGAATACATCTTTGTTTCTAGGGTTTGTGGTTGTTTTATTCAATTTTGTGGCTGTTTTGATCATGTGGAGTGATTTTACCCTAGTTTTGTATTATGGTTCTTTATTTTGGTTCTTTATTCTCGTTCCATCTATGAGATCTACGGTTCGTGTGTAAATTCATTATGGATGCGATGAAGAATTTGGTAGTATCTAATGTGATTCCCCCAACCTCAAAGATCACATAACACAAGTTAAATAGATCTAATTACTATGATTGGCGTTTGACAGTTCTGTTTTATTTACGAAGTATGGATATGGGTAATCATATGACTGCGGATCCACCAGAAGATGATAAGAAGAAGAAGGATTGGCTTCGTGGTGATGTTCGACTTTATCTTCAGATCAAAAATTCCATTGAGAATGAGGTAATTGGTTTGGTCGATCATTGTAATTCTGTGAAGGAGCTCCTAACATTTTTAGAATTTTTGTACTCGAGTAAAGAGCAAGTCCATAGATTGTTTGAAGTTTGTATGTAGTTCTTTCATGTCGAACAGAAAGCAGAATCTATGACCAACTACTTTATGAGACTTAAGAGAATAGCTGCTGAGCTTGCTTTGTAACCTTTCAACCCAGATGTTAAAGTTCAACAAACTCAACGAGAAAAGATGGTTGTTATGATCTTTTTGAATGGACTTTTACTTGAATTTGGAATGGCCAAAACACAAATTCTTTCTGAGTCTAAAATCCCATCATTAGAAGATGCTTTTAGTCGTGTTCTTCTCATTGAGAGTTCTTAATCCAGTTTTTCTGTTTCTCAACCCAACAGTGCTCTTATTAGCAAGAATAATAACCTAGGGTCTCTAGGGGATGGATAACAATTTTCAGAGAACTAATTATGATAATCGAAAATCAGATTCTCAGGAGATTGTCTGTAACTATTACCGTAAGCCTGACCATTTGAAATGTGACTGTTGGAAGTTGTTGTATAAGAATCAACGATCTCTGCATGCTCAGATAGCTTCCAACAGTGATATGACAAAGAAGTCGGTTACCATTTCCGCAGATGAGTTTGCTAAATTTCAGATGTACTAGGACTCATTGCAAATATCACCTTCATTTAATCCTACTGCCACCATTGCTGACACAGGTAATACGAAATGTCTCCTTACATTATCTACCAAATGGGCCATAGACTTTGGTGTCACAGCTCATATGACAATTAATTCTAGCTTATATTCTCCACTATTATCCCTTGCCTCTTCCCTATCTGTTACTTTGGTAGATGACTCAACATCCTCTGTTCTTGGTTTTGGCACCATTAACCTTTCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTCTGTTTTACATTTGCCTCAACTATCCTTTAATTTAATTTCTATTAGCCAACTTACTCATGACCTTAACTGTGTTGTTTCGTTTTCTCCTAGTCATTGCTTGTTTCAGGATCGTATGACGAAGAAGATTATTGGTAGAGGATATGAGTTAGGGGGCCTTTATTTTTTATCACCAAATGCCGAAAGTTGTGGCTTGCTCAGGAGTTACATCTCCGTTTGAAGTTTATTGTCGTTTGGGTCATCCGTCTTTGTTTGTGTTGAAGAAACTTTATCCAGAATTTTGGTCTTTGTCCTCTTTGAATTGTGATTCGTGTTAGTTCGCTAAATTTCATTGTCTTAGTTCTAGTCTTAGAGTCAATAAACGAGCAAGTTCTTCATTTGAATTAGTTCATTCTGATATTTTGGGTCCTTGCCCAATCGTATTCCGAACAGATTTTCGTTATTTTGTTACTTTTGTTGACAATCATTCTCGTTTGACTTGGTTATACTTAATGAAAAACCGTTATGAGTTGCTATCTCACTTTTGTGCTTTTCATGCTGAAATTCAAAATCAGTTCAATGTCTCTATCAAAACTTTGCGCACTAATAATGCTGGCAAATATTTTTCTCATGTGCTTGGATCTTACTTGTGTGAATATGATATCATTCATCAATTATCTTGTGCCGACACTCCATCCCAAAATGGAGTTGTTGAACGAAAGAATAGGCACTTACTTGAAACTGCACGTGTATTATCCTTTCAAATGCATGTTCCAAAGCAATTTTGGGCTGATCCTATTTCAACCGCTTGTTTTCTGATTGAGAGAATGCCTTTGTCTGTTCTTAATGGTGAGATTCCTTATCGTGTTCTTTTTCCTACCAAATCTTTATTTCCTATTGCTCCAAAGATATTTGGTTGTGTTTGTTTTGCTCGGGATGTTCATCCTCATCGTACCAAGTTAGATCTCAAATCCTTGAAATGCATATTCTTAGGTTATTCGCGTGTTCGAAAGGGGTATCGTTGTTATTGTCCTACTCTTAACAGGTACCTTGTCTCTCTTGGTGTTACGTTTTTCAAAGATATGCCTTTTAGTCCATCACCGACGAGTTCATGTCAGGGGGAGGATGACGTCTTTTTATCTATGAGATTACCTCTCCCACATCATCATCTACTCTGTCTTCATCTGTGTCTCTTCTCGCCCACCCACTACTCAAGTCTACTGTAGGCGACTTCCACAACAACCTTCAAGCACATGTCCTACACTAATGACTTCTTCGACAATTGATCTAGGACCAAGTGATGATCTTCCATCGCCCTTCGAAAAGGTAAACGCAATTGTACTTACCCTATTTCTTCGTTTGTTTCACATCATTAGTTGTTCTCGCCCACATATTCTTTTCTAACATCCCTTGATTCCATCTCTATTCCTAACTTTGTTCATGAAGCTTTATCTCAACCTGGCTAGTGTAGTGCAATAATTGAGGAGATGACTGCTTTAGATGATAATGGTACTTGGAATTTAGTCTCTCATTCTGTTGGAAAGAAGGCAATTGGATGTAAATGAGTGTTTGCTATCATGGTTAACCTTGATGGAACAGTGGCTCGATTGAAAGCTCATCTTGTTGCTAAAGGTTACGCCGAAATCTATGGGATTGATTATTTAGATACGTTTTCTCCAGTCTTCAAATTGAACTCCATCAGACTTTTTCTTTCCATGGTTGCTACCTATAATTGGCCTTTGTATCAACTTGACATAAAGAATGCCTTTTTGCATGGTGATCTCCAGGAGGAAGTTTATATGGAGCAACCACCTGGGTTTGTTGCTCAGGGGGAGAGTGATAAAGTATGTCACTTTCGACAATCTTTGTATGGTTTGAAACAGAGTCCACGTGCATGGTTTGGTAAGTTTAGGCAAACACTTGAACATTTTGGTATGAAGAAAAGTACGTCTGATTATTCTATCTTTTATCGGCGATCTGATAATGGTATTACTTTACTTGTTGTATATGTTAATGATATTGTTATTACTAGAAATAATGTATTGGGTATAACTTCTCTCAAGACTTTCCTTCAGGGTCAATTTCATACAAAAGATTTGGGACAATTGAAGTACTTTTTGGGTATTGAAGTAATGAGAAGCAAGAAAGGTATTTATTTGTCACAACGAAAATATGTACTTGATTTGTTGTTGGAGATAGGAAAATTAGGAGGCAAACCACGCAGTACCCCGATGATACCAAATCTGCAACTTACTAAAGAAGGAGAATTAT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BLAST of CaUC09G167890 vs. NCBI nr
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BLAST of CaUC09G167890 vs. NCBI nr
Match: XP_038897387.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1231.5 bits (3185), Expect = 0.0e+00 Identity = 640/829 (77.20%), Postives = 687/829 (82.87%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. NCBI nr
Match: XP_023536089.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1215.7 bits (3144), Expect = 0.0e+00 Identity = 625/825 (75.76%), Postives = 685/825 (83.03%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. NCBI nr
Match: XP_022976056.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1200.7 bits (3105), Expect = 0.0e+00 Identity = 620/825 (75.15%), Postives = 679/825 (82.30%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. NCBI nr
Match: XP_008461449.1 (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X3 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1198.7 bits (3100), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/779 (79.85%), Postives = 674/779 (86.52%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SGQ6 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g76280 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 605.1 bits (1559), Expect = 1.2e-171 Identity = 364/824 (44.17%), Postives = 493/824 (59.83%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LSL9 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At5g65560 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.9e-12 Identity = 61/270 (22.59%), Postives = 115/270 (42.59%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SUD8 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At4g28010 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 75.9 bits (185), Expect = 2.5e-12 Identity = 47/150 (31.33%), Postives = 74/150 (49.33%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LMH5 (Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13800 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g13800 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 75.5 bits (184), Expect = 3.3e-12 Identity = 60/228 (26.32%), Postives = 107/228 (46.93%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZQF1 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At2g15630 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 75.1 bits (183), Expect = 4.3e-12 Identity = 74/310 (23.87%), Postives = 129/310 (41.61%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy TrEMBL
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BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IFV2 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476573 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1200.7 bits (3105), Expect = 0.0e+00 Identity = 620/825 (75.15%), Postives = 679/825 (82.30%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CEN8 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500041 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1198.7 bits (3100), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/779 (79.85%), Postives = 674/779 (86.52%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F9C6 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111443493 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1198.0 bits (3098), Expect = 0.0e+00 Identity = 620/825 (75.15%), Postives = 680/825 (82.42%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1BT64 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111005486 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1174.8 bits (3038), Expect = 0.0e+00 Identity = 610/829 (73.58%), Postives = 673/829 (81.18%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 605.1 bits (1559), Expect = 8.4e-173 Identity = 364/824 (44.17%), Postives = 493/824 (59.83%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.3 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 602.4 bits (1552), Expect = 5.4e-172 Identity = 366/865 (42.31%), Postives = 495/865 (57.23%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.2 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 501.1 bits (1289), Expect = 1.7e-141 Identity = 309/752 (41.09%), Postives = 422/752 (56.12%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. TAIR 10
Match: AT5G65560.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.4e-13 Identity = 61/270 (22.59%), Postives = 115/270 (42.59%), Query Frame = 0
BLAST of CaUC09G167890 vs. TAIR 10
Match: AT4G28010.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 75.9 bits (185), Expect = 1.8e-13 Identity = 47/150 (31.33%), Postives = 74/150 (49.33%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL246-FR2) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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