Simple sequence repeat (SSR)
| >UN07539 GGATGGAAGTCCTGTACACATAACTCTTTATCTTCCTCCATCTCCTCATGATTTTATACACAACACCCAAGAATTTGCCCTGTCAAGATTACTT CAGTTCAGTTAACCTATTGTAACATTTAGAAACACAAACTGCAGCCTCTTCCATCGTTTGCCTGATGGGACCGAGCTTTATCTGAAATTGCTCT AACATGGGAATGACAGCCCAACCCAAACATTAGGGGTCAGAACCACTCAAAAGAAATTGTTACAGAGAGTGCACTATTCCCATCTAAAATTAGC AGGTAAGAGGTAGTAGTTATGATGGAAGCTGCTGCTGCTGCTGCATCTGTACACCGGTATCATGCCCAACAGTATCAGGCAAGCCGTCTGATGA AGACTGGTTATGAATTGTAACTTGATTAACTGTTGGTCCGGAATGTTCACTCTCGGTCCTCGCACCACTTGTTTGAGGGGGAGACATTTGTGTT TCTGCATTATCTGGAGCTGCAGGCGAAGAAACAACAGGGGCTTCACTACTATTTGCATCAGTAAAAGGTGCATGAGGCATTGGGACAGTCGTAG TTAGTGACTCGGTTTGAGCTTGCAGCTTGCTAGCAGGCTGGTCAGATGTATTGACTTTTCGATTAAGCAGCAATTTGTGCGGACTTAATGCTTG CTTTTGATTCACCAACTTCTGGTTTAGCAGAGACTGATGCTGTTGGTTGTTCATACTTGAGGCAACCACTGATGGAGCATGATTTTGATAATTG CTATTACTATCAGATGAATCAGAAGGATTCTTTGATAAAGCAGTTTGTATTTGACCAGAAAATTTCTTCTGCTGTTGCTGTTGACTTACAGAAT GAGGTACAGATTGCTTGCCAGCAGTAGATTGGGTGCCTGAAAAGCCATTCACTAGTGGAGAATCATTGGGTACAATCATATTTCCCCTTCCACC TTTCATAAGCTTAGGTTGCTGCTGAGGTGGCACCTGTAGTCTTTGCTGATGGGGTTGTTGGAACTGCTGTGATGGGCGTTGTCTATGCTGTTTC ACTAATTGGCTACCACTTGTTTGTGGGTTCCGCACAAGCCCATTAGGTGGTGGTACAAGATGTTTCGGAGTCATGGATACCGGCGGAGAAGAAG AGCGTGTAGTATTTTGTGGAGAAGAAACAGGAAGTTGAGAATCTTGTTGTGCAAATTGTTGCTGTTGTTGTAGTAAACGTTGTTGCTGAAGTTG TCTCTCTTTAGCTAGTCTCGCTGCGTAAGCTGGATGTTGTGTATTGGTTGCATGATTTGGGGGTCCTTGGAAATGATGTGGATGATGGGAATTA CTACTTAGCCCATGTGGTGACTGGTGGGGAGAAATTGGACGCGGATATGACTGGGCAGGTGGTTGAGACAATTGATTTGGAAATGATGAATTAG TTCCACTGGCAAACGCAGGAACTCCTTGAGTTGCCCCACTTTGTGATACCTGCTGGTCTGTATTATGGTTGGGCCGCATCATATGCATAGCATC ACGAGGCCTCAACATCGAGTTTCCTGGACCAGAGTGCATACTGGCAGAGGTTGGTGTTGCTGTACCAGAAGAGCTCAACATAGATGGCGAAGGA ATCCCTTGGAAGCCTGGTCTAGCCATCTTCATGTTTCTATTCATCCCACCCATAGCACCCACACCATTGCCAGCAGGCAACATGCGCACGCCGC GATCATTTACTGCATGAGACCCAGAAGCCAAACTGGACTGCTGTGCGTTTCTAGCAGATATCATTTGATTGTACTGTTGTATTCTTTGCTGGTC ATCTACAGATAATGACCCTGTTCTAGGGTTCCCATATCTTCCCTCCCTAGCAGATGGATTCAGTGAAGATCCAGAGGGAAGGTTATTGCCATGA ACCGAACTGGAAGAAGCGGGTGCTGAGGTGGAACCAGAACCAGAACCCGGAAGCATTGGCGGTAAGCCGCCACTATGAGGACCTTGAAAACCAA CTGGAAGTGTATCTGGGGTTGGTGGCATTGCTTCACATAGTTCAAGAGGCGTAAGGACTTGCCCACCATTATTGAGGTTATTCGGGAAGACTTG GGAAAGAGCAAATGCATGTGAACTATGAGGCTGTTGCAACTGTTTTGGATCCTGATTATCATTCTGTGTCCTTCTATAATGTTGTTTTTGTCCA ATTATAATAATTTTCTCGAAATGAGTTTTGAGTGTATCCTCTTCCATTGGTCCCTGCAACCGTTGAAATAATTGTCGTGCACTGCCCTCGGGAA TGCCAGGTAAAGTAGATGGATAAGGTTGAGACGAGCCAGAATCCTCAGCACTATCAGCTCCATCACCAGTATTCCTATCCATTAATATTTTGTG GCGTTCTTTGCATTCTTTTGACTTCCGGAAGATGCACTTGAATTGCAAAGTACTGTTAATGGCATCACTTATAAGTTCCCAGTTCGGACCCATA TCATGTACGAGCACGACAAGTGCGCCTGATCTTCAAATAATGACCACGGACTTCCTGAACCTGGCTGCCCAGCAGGTGTCTTAAGTGCTTTGAC TTTCCTACCGCGGTCACGGGCAAGTAATTTCATGAACTTATTTGGGTTGGACATATTGCTCATTTGAGAAGCCACGCTGCTTCCATTAGAGTCA AATTGATGTGTATCTAGCCTCCTTCTTGAGTGATCCTTCTGGTCATTCTGAAAATTAGAATCAAGTTGCCATCTGTGCTCAAACGTGGATCCTG GATGTTTTGTCTTCTTTTTCTTTTTAGGTCTATTTGAAACTTCCATGGAGTCGAACTGTAGCTGCTTTTCATAATCTCCAATCGACTCAGCTTC CATATTGTTGTTCGGTATTTGAGACCCTCCATGTAGAGTACTTTGTTCATCCTGATAGGAATTAGTGTCACCACTTGAAGCATCTGTCCTATTT GGTGCTTGTATGCTCCCAGAAGTTCCGGCATTAAATGGACTTATAGTCCTCGGTCTTGATGCAGTACGCACGCGTTTTGTTGGAATTGCGACAT TTAGATTGCTGCCTGGTCGTTTCCCACTCAACACAGAGGGCTGACTACCGAATGTCAAATCACCTGCCATTTCATATGCTCTTCCGCCATAAAA CTGATAATTTTTCCTTCTTTTTTGAGTAGGTTGCGTGGATTTGCTGCCTTCATGCACACCTGGCAAATAATATGTGTTTGTTTCGCCCTCTTCC TCTTCAAAAGCATTATCTGCAACAGCATCATGGCAAGATGTGTCCACTTCCTCTTGTATGCTACTGCCGGTTATCTCAAACTGTAGCAAATGAG AATCAATAGCCTTTCTGTAGGCCTCAATCGCACCAGGTGGTACTTGATAAAAGAGGTTCTCTTCTGTCAGGTTATCGTCCCATGAATGGTCCAT GATGCCTAGATCAGATGTACTATCATGAGTCACAGGTGCTTCAGTTGCATTGTACTGAGCTTCAGAGCTATTATGTTTCAT |
Primers for UN07539 SSR
| Primer pair | Forward primer (5'-3') | Reverse primer (5'-3') | Product | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sequence | Temperature | Size | Sequence | Temperature | Size | Size | Start | End | |
| 1 | GGGGTCAGAACCACTCAAAA | 59.943 | 20 | TGCAGCTCCAGATAATGCAG | 60.119 | 20 | 271 | 221 | 491 |
| 2 | TGATGGGACCGAGCTTTATC | 60.036 | 20 | AGTGAACATTCCGGACCAAC | 59.827 | 20 | 271 | 157 | 427 |
| 3 | TGATGGGACCGAGCTTTATC | 60.036 | 20 | GAACATTCCGGACCAACAGT | 59.827 | 20 | 268 | 157 | 424 |